BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42220.1
Length=3009
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494809 jgi|Araly1|494809|fgenesh2_kg.8__625__AT5G42220.1 4608 0.0
> Ahg494809 jgi|Araly1|494809|fgenesh2_kg.8__625__AT5G42220.1
Length=2995
Score = 4608 bits (2495), Expect = 0.0
Identities = 2850/3019 (94%), Gaps = 34/3019 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCCGACACAATCGCCCTTGTTCTTCCCCTTTAACTCTGAACACATCAGG-TTTGGTTTCG 59
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1 CCCGACACAATCGTCCTTGTTCTTCCCCTTTAACTCCGAACAAATCAGGCTTTGGTTTCG 60
Query 60 TGTTTCAACTTTGAGATACTTCTCTAGATTTCAATCGGA-GAGTCTTTTGTTCCGCCAAA 118
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||
Sbjct 61 TGTTTCAACTTTCAGATACTTCTCTAGATTTCAATCGGAGGA-TCTTTTGTTCCGACAAA 119
Query 119 GTTTCAATTTTTCAATACCCCACGACGGCAAATAGGGTTCATGGAAGATCAACCCATTAA 178
|||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTTTCAATTTTTTAATATCCTACGACGGCAAAGAGGGTTCATGGAAGATCAACCCATTAA 179
Query 179 CCAGTGCTCTAGTAGCACCAATGCGTCGGAGAAAACTCCAGAATCAACCCTTGAGCTTAA 238
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CCAGTGCTCTAGTAGCACCAATGCATCAGAGAAAACTCCAGAATCAACCCTTGAGCTTAA 239
Query 239 CATCAAAACGTTAGACTCGCGGACGTATACTTTCCAAGTGAACAAGAATGAAACTGTTTT 298
|||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CATCAAGACGTTAGATTCACGGACGTACACTTTCCAAGTGAACAAGAATGAAACTGTTTC 299
Query 299 GCTATTCAAGGAGAAGATTGCTAGTGAGACAGGGGTGCCGGTTGGTCAGCAGCGGCTCAT 358
|||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCTATTCAAGGAGAAGATAGCTAGTGAGACAGGAGTTCCGGTTGGTCAGCAGCGGCTCAT 359
Query 359 TTTCCGAGGACGGGTTTTGAAAGATGATCATCCTCTCTCGGAGTATCATTTGGAAAATGG 418
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTTCCGAGGAAGGGTTTTGAAAGATGATCATCCTCTCTCGGAGTATCATTTGGAAAATGG 419
Query 419 GCATACTTTACACTTGATTGTGAGGCAGCCAGCAGAATCAGCTCCTTCCTCTGGTACACC 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 420 GCATACTTTACACTTGATTGTGAGGCAGCCAGCAGAATCAGTTCCTTCATCTGGTACACC 479
Query 479 TTCACAAGGGGCAACTGCAAATGATGGAAATAATACAAATGGTGGACCATCTCGAAATGG 538
|||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTCAGAAGGGGCAACTCCAAATGATGGAAATAGTACAAATGGTGGACCATCTCGAAATGG 539
Query 539 AAGACATGTCTCCCACAGCGTAGTTCTTGGGTCTTTTAATGTTGGAGATCAGACAGAAGG 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AAGACATGTCTCCCACAGCGTAGTTCTTGGGTCTTTTAATGTTGGAGATCAGACAGAAGG 599
Query 599 CATTGTTCCAGACCTCAGCCGGGTCATTGGAGCAGTTCTAAATTCTTTTGGAGTTAGTGG 658
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 600 CATTGTTCCAGATCTCAGCCGGGTCATTGGAGCAGTTCTAAATTCTTTTGGGGTTGGTGG 659
Query 659 ACAGCTTCCTACAAATCACAGTACTAATGGCACGCAATCCTCTATGCCCTCGAATCAGTC 718
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 660 ACAGCATCCTACAAATAACAGTACTAATGGCACGCAATCCTCTATGCCCTCGAATCCGTC 719
Query 719 GTCTAATGCACCTCCTGGAAATACATCTGATGGAGAGCCTGGCATTGGTGGTCAAAGCCA 778
||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTCTCATGCACCTCCTGGCAATACATCTGATGGAGCGCCTGGCATTGGTGGTCAAAGCCA 779
Query 779 AGCTACGGGTCATTCACAACCTAGGCAAGCATTTCCTGGTGTATCATTTCAAACATCGAT 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 780 AGCTACGGGTCATTCACAACCTAGGCAAGCATTTCCTGGTGTATCATTTCAAGCATCGAT 839
Query 839 GCCTCGTGTAGTTCAGATTCCTGTTACAGCAGCCACAACGATTCCTATCCCTTCA-TTCT 897
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| || |||
Sbjct 840 GCCTCGTGTAGTTCAGATTCCGGTTACAGCAGCTACGACGATTCCTATTCCTACATTTC- 898
Query 898 TAACGCCTATTCCGGATTCCTTAGACACTCTAATGGAGTTCATTAATCGGATGGAGCAGG 957
|||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TAACGCCTATACCGGATTCGTTAGACACTCTAGTGGAGTTCATTAATCGGATGGAGCAGG 958
Query 958 CATTATCACAAAATGGCTATCAGCCAGATACCTCTTCTGCTGGATCCGGAGGGCGACCAA 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 959 CATTATCACAAAATGGCTATCAGCCAGATACCTCTTCTGCTAGATCCGGAGGGCGACCAA 1018
Query 1018 GGGAAGAGTTGCCTAGAAATAGACGAGGTGCAGCAACACCTGAAGCACTCTCTGTTGTCC 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GGGAAGAGTTGCCTAGAAATAGACGAGGTGCAGCAACACCTGAAGCACTCTCTGTTGTCC 1078
Query 1078 TAAGGAATGCACAACATTTACTGAGTGGTCTCGGTGTCTCTTCTTTATCGCATATTGCGG 1137
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TAAGGAATGCACAAGATTTACTGAGTGGTCTAGGTGTCTCTTCTTTATCGCATATTGCGG 1138
Query 1138 GACGTCTGGAGCAAGATGGTTCATCTTCAGATCCTACTCTAAGGTCACAAATCCAGACAG 1197
|||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1139 GACGCCTGGAGCAAGATGGGTCCTCTTCAGATCCTACTCTAAGGGCACAAATCCAGACAG 1198
Query 1198 AGGCCGTGCAAGTAGGTCTTGCCATGCAACATTTAGGGGCCCTCCTACTGGAGCTTGGAC 1257
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1199 AGGCCGTGCAAGTAGGTCTTGCTATGCAACATTTAGGGGCCCTCCTACTGGAGCTTGGGC 1258
Query 1258 GCACAATTTTGACATTGAGAATGGCACCGTCGCCGGAATTATCCTATGTGAATGCAGGGC 1317
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1259 GCACAATTTTGGCATTGAGAATGGCACCGTCTCCGGAATTATCCTATGTGAATGCTGGGC 1318
Query 1318 CTGCTGTGTATATATCTCCATCAGGACCGAATCCTATTATGGTTCAGCCTTTTCCTCACC 1377
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CTGCTGTTTATATATCTCCATCAGGACCGAATCCTATTATGGTTCAGCCTTTTCCTCACC 1378
Query 1378 AAATCAGCCCTCTCTTTACTGGTGCTACTGTCTCATCAAATCCACTAACCGGACCTGTTG 1437
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | || ||||| ||||
Sbjct 1379 AAATCAGCCCTCTCTTTACTGGTGCTGCTGCCTCATCAAATCCAGTCACAGGACCAGTTG 1438
Query 1438 GTTTAGGAACTGCCCAAAGGCACATTAATATTCACATACATGCTGGCACATCAGGTTCAC 1497
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTTTAGGAACTGCCCAAAGGCACATTAACATTCACATACATGCTGGCACATCAGGTTCAC 1498
Query 1498 CTATGTTGTCATCAGTTGGGAACCAGCGAAGCAATGGAGAAGGAGGACAAGGAGACCGTG 1557
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1499 CTATGATGTCATCAGTTGGGAACCAGCGAAGCAATGGAGAAGGAGGGCAAGGAGACCGTG 1558
Query 1558 ACAGCAATACAAGTTCAGTTCCTGCGGCTGTTCCATCACACTCTACCGGTGAGAACGTTT 1617
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1559 ACAGCAATACGAGTTCAGTTGCTGCGGCTGTTCCATCACACTCTACCGGTGAGAATGTTT 1618
Query 1618 CTGCTGGGGTTCAACCTGGTTTGGGTGATGATGTTTCAGTTGCTCAAATCAATGCAAGGA 1677
|||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1619 CTGCTGGGGTTCAACCTGGTTTGGATGGTGCTGTTTCAGTTGCCCAAATCAATGCAAGGA 1678
Query 1678 TAAGAGATATGGTAAACATTATGCAAGGAAGAGACCAGATTCCATCGGGAATAGAATCTC 1737
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1679 TCAGAGATATGGTAAACATTATGCAAGGAAGAAACCAAATTCCATCGGGAACAGAATCTC 1738
Query 1738 TCGAGAGGGATATGTCTACGGGCCATGGTGTTGCCACTGCTATGCCTGAGCAGCCTACCA 1797
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |
Sbjct 1739 TCGAGCGGGATACGTCTACGGGCCATGGTGTTGCCACTGCTATACATGAGCAGGCTACTA 1798
Query 1798 ACATTGCAACTACTTGCGCACCTGAGTCGTCT-AGTGGCTCACTGCATGACTTACCATCT 1856
|||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ACATTGCAGCTACTTGCACACCTGAGTCGT-TAAGTGGCTCACTGCATGACTTACCATCT 1857
Query 1857 GAGAGGAGCAACTCAGTGTGTCAAAATGAAAAAGATCTTGGTGGAGATTTAGAGCATCCA 1916
||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1858 GAGAGGAGCAATTCAGAGTGTCAAAGTGAAAAAGATCTTGGTGGAGATTTAGGGCATCCA 1917
Query 1917 GCCCGA-GCAAAAGATACCTCTTGTACTACAGGACAATCATCAGCTCCGTCTGGAGATGC 1975
|||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GCCC-ATGCAAAAGATATCTCTTGTACTACAGGACAATCTTCAGCTCCGTCTGGAGATGC 1976
Query 1976 TACCGGTGATGCCAAAGAAACCAATAAGGCTACTCCAGAGGTAGCTACAGCTACACCACT 2035
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TACCGGTGATGCCAAAGAAACCAAGAAGGCTACTCCAGAGGTAGCTACAGCTACACCACT 2036
Query 2036 TGGATTGGGGCTTGGCGGTTTAGACCGTAAGAAACGAAGCAAGCAGCCGAAGGTATCAGG 2095
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TGGATTGGGGCTTGGAGGTTTAGACCGTAAGAAACGAAGCAAGCAGCCGAAGGTATCAGG 2096
Query 2096 TAAGACTGAAGATAGCGGGACTTCAGCTACACTTGAAGGTGTGCAACAAAGCAGTGGGAC 2155
||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2097 TAAGAATGAAGATAGTGGGACTTTAGCTACACTTGAAGGTTTGCAACAGAGCAGTGGGAC 2156
Query 2156 CAGTGGTCAGCAGCTTTTGCAATCTCTCTTTTCTGGTAGTTCTCGTTCAGATGAGACTGG 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CAGTGGTCAGCAGCTTTTGCAATCTCTCTTTTCTGGTAGTTCTCGTTCAGATGAGACTGG 2216
Query 2216 TCTTAGACGCGGGCAAGGTTCAGATGATCGTGTAGATGTCTCAAGTGCAATGTCTCAGGT 2275
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 2217 TCTTAGACGCGGGCAAGGTTCAGATGATCGGGTAGATGTCTCAAGTGCAGTGTCTCAAGT 2276
Query 2276 CCTGGAGAGCCCTGTATTGGATGGATTGCTAGCAGGGGTATCTCGACAAGCTGGTGTTGA 2335
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 CCTGGAGAGCCCTGGACTGGATGGATTGCTAGCAGGGGTATCTCGACAAGCTGGTGTTGA 2336
Query 2336 TTCACCAAATATGCTGAGAAATATGCTCCAGCAGTTTACCCAGAATCCACAGATCATGAA 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2337 TTCACCAAATATGCTGAGAAATATGCTCCAGCAGCTTACCCAGAGCCCACAGATCATGAA 2396
Query 2396 CACAGTCCAACAGATTGCGCAACAGGTGGATGGGCAAGAGATAGAAAATATGATGTCAGG 2455
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CACAGTCCAACAAATTGCCCAACAGGTGGATGGGCAAGAGATAGAAAATATGATGTCAGG 2456
Query 2456 TGGAGCTCAAGGCGAGGGCGGCGGCTTTGATTTCTCTAGAATGGTCCAACAAATGATGCC 2515
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2457 CGGATCTCAAGGCGAGGGTGGCGGCTTTGATTTCTCTAGAATTGTCCAACAAATGATGCC 2516
Query 2516 TCTAGTCTCACGTGCTTTTAGCCAAGGAGGGCCATTGCCTCATCCCGCAACA-ATACAGC 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||
Sbjct 2517 TCTAGTCTCACGTGCTTTTAGCCAAGGAGGGCCATCGCCTCATCCCACAACACA-ACAGC 2575
Query 2575 CTGATGATCGTCAACCTTCTCAGGTAAATGTTCAATCCATGGCTCAAATGATTGAGCACT 2634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 CTGATGATCGTCAACCTTCTCAGGTAAATGTTCAATCCATGGCTCAAATGATTGAGCACT 2635
Query 2635 CTGATCCACCAGAGGATGTCTTCCGTGCAATGGTCGAAAATGCTGCGATAAGCCAAGACG 2694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2636 CTGATCCACCAGAGGATGTCTTCCGTGCAATGGTCGAAAATGCTGCGATGAGCCAAGACG 2695
Query 2695 AACTAGTGAACGAGCTTTGCTGTGATGAAGCTCTTTCTCAAGAATATGCGGAGTTGCTAA 2754
| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2696 ACCTAGTGAATGAGCTTTGCTGTGATGCAGTTCTTTCTCAAGAATATGCAGAGTTGCTAA 2755
Query 2755 GACGTGATATCGAAGGCCGGCTAAAAGATGATCAAGGTCTATAAGATATTTGGTTGAATT 2814
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 2756 GACGTGATATTGAAGACCGGCTAAAAGATGATCAAGGTCCATAAGCTATTTGGTAGAATT 2815
Query 2815 GGTTCTGTAAGTGTCATATCTTTGAAGTATCTTTGTTTATTTGCTGAGATCCCTCACTTA 2874
||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2816 GGTTCCATAAGTGTCAGATCTTTAAAGTATCTTTGTTTATTTGTTGAGATCCCTCTCTTT 2875
Query 2875 TGTATTAAGAATTAGGGTTTGGGATGGTCTATACTCTGCTAAACATAAGCAAACGTAATT 2934
||||||||||||||||||||||||||||||| | || | | |||| |
Sbjct 2876 TGTATTAAGAATTAGGGTTTGGGATGGTCTA--C------AA-C-----C----GTAAAT 2917
Query 2935 TATCTGGTCTCTAAAGGGCCGATTCAATTTGATATTTCCATC-TTTAACCAG---AGATT 2990
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||
Sbjct 2918 TATCTGGTCTTTAAAGGGCCGATTCAATTTGATATTTCC-TCCTTTAACCAGTTCATATT 2976
Query 2991 ACTCATAACTCTCGACATT 3009
|||||||||||||||||||
Sbjct 2977 ACTCATAACTCTCGACATT 2995
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113623200835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5