BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42310.1
Length=2538
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494802 jgi|Araly1|494802|fgenesh2_kg.8__618__AT5G42310.1 3579 0.0
> Ahg494802 jgi|Araly1|494802|fgenesh2_kg.8__618__AT5G42310.1
Length=2398
Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0
Identities = 2257/2409 (94%), Gaps = 30/2409 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 63 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCACCACTGGTTTCAACTAGATTTCAC 122
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCTCCACTGGTTTCATCTCGATTTCAC 60
Query 123 TCTCTCTACTTCCTCACT------caccaccaccaccaccaccaccGCTTCTTCCAACCA 176
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTCTCTACTTCCTCACTCACCACCACCACCACCACCACCACCACCGCTTCTTCCAACCA 120
Query 177 CCAATCTCAGctttctctgcaacaacctctgcttctttaccttcaccatctccatcttct 236
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |
Sbjct 121 CCAATCTCTGCTTTCTCTGCAACCACCTCTGCTTCATTACCTTCACCA--T-CATCTCCG 177
Query 237 tcttcttcttacttctCCTCATGGAATGGTTTAGATACAAATGAAGAAGAAGACAATGAA 296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||
Sbjct 178 TCTTCTTCTTACTTCTCCTCATGGAATGGTTTAGATAC-AA--ACGAAGAAGACGATGAA 234
Query 297 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTCCTAAAATTCCTCTCAAGA 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 235 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTTCTAAAATTCCTCTCAAGA 294
Query 357 TTCGGACCAGTCGAGTTAGCTCTAGA-T-----TCGGAATCGGAATCAGAAGCTTCACCG 410
||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 295 TTCGGACCAGTCGAGTTAGTTTTAGATTCAGAATCGGAATCGGAATCGGAAGCTTCACCG 354
Query 411 GAATCGCTTAATCCGGTAGAGTTCGATCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 470
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GAATCGCTTAATCCGGTGGAGTTCGAGCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 414
Query 471 TACTGGCACTC-TCTGATAAAATCGTTAACCTCATCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 529
|| |||||||| | |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 TATTGGCACTCAT-TGATAAAATCTTTATGTTCGTCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 473
Query 530 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTACGAGCTTCTTTACTC 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 474 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTATGAGCTTCTCTATTC 533
Query 590 GATTCTCATCCACGCGCTTGGCCGTTCCGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTCTCTCA 649
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 534 GATTCTCATTCACGCGCTTGGCCGTTCGGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTTTCTCA 593
Query 650 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 653
Query 710 CGATATCGAAAAAGCTCTTAATTTGATCGCTAAGATGCGTCAAGACGGTTATCAATCCGA 769
|||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 654 TGATATCGAAAAAGCGCTTAATTTGATCTCTAGGATGCGTCAAGACGGTTACCAATCCGA 713
Query 770 TTTTGTTAACTATAGTTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTAGCAATAAGATTGATTCTGT 829
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 714 TTTCGTTAACTATAGCTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTTGCAATAAGATTGATTCAGT 773
Query 830 TATGTTGTTGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 889
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 TATGTTGCAGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 833
Query 890 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAGTCTGGTGATCCTTCTAAGGCTTTGCAGCT 949
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 834 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAATCTGGTGACCCTTCTCGGGCTTTGCAGCT 893
Query 950 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACCGCTACTCTTGTATCGATTAT 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 894 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACTGCTACTCTTGTTTCGATTAT 953
Query 1010 CTCTGCGTTGGCGGATTCAGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1069
|| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 TTCGGCGTTGGCGAATTCGGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1013
Query 1070 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAGAGCTTACAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1129
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAAAGCTTATAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1073
Query 1130 GACGGGTCCTTTGAAAGACGCAGAGTCAATGGTTTCTGAGATGGAGAAGCGAGGTGTTTC 1189
|||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1074 GACGGGTCCTTTGAAAGATGCGGAGTCGATGGTTTCGGAGATGGAGAAGAGAGGTGTTTC 1133
Query 1190 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATCGATGCGTATGTTAATGCAGGTAGATGGGA 1249
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1134 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATTGATGCGTATGTGAATGCCGGTAGATGGGA 1193
Query 1250 AAGTGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1309
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 AAGCGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1253
Query 1310 TTTCAGTAGACTCTTAGCTGGTTTTCGCGATAGAGGTGAATGGCAGAAGACATTTCAAGT 1369
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1254 TTTCAGCAGACTCTTAGCTGGTTATCGCGATAGAGGTGAGTGGCAAAAGACATTTCAAGT 1313
Query 1370 TCTTAAAGAGATGAAGAGTATCGGTGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTATAACGTGGTGAT 1429
||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1314 TCTCAAGGAGATGAAGAGTATCGGGGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTACAACGTGGTGAT 1373
Query 1430 CGATACCTTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCCATGACGACTTTCGATAGAATGTT 1489
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1374 CGATACATTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCGATGACGACTTTTGATAGAATGTT 1433
Query 1490 AAGCGAAGGTATTGAACCAGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATTGATTGTCATTGTAA 1549
|||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1434 AAGCGAGGGGATTGAACCCGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATCGATTGCCATTGTAA 1493
Query 1550 GCATGGTCGGCATATCGTAGCGGAAGAGATGTTCGAGGCGATGGAGAGGCGAGGG-TGTT 1608
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| || |
Sbjct 1494 GCATGGTCGGCATATAGTAGCAGAAGAGATGTTTGAGGCAATGGAGAGGCG-GGGCTGCT 1552
Query 1609 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATTATGATCAATAGTTATGGTGATCAAGAAAGATGGG 1668
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1553 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATCATGATAAATAGTTATGGAGATCAAGAAAGATGGG 1612
Query 1669 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATCCTGCCTAATGTTGTGA 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||
Sbjct 1613 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATACTTCCTAACGTCGTGA 1672
Query 1729 CACACACTACACTTGTCGACGTTTATGGCAAATCGGGTAGGTTTAATGATGCGATAGAGT 1788
||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1673 CACACACAACACTTGTTGACGTGTATGGCAAATCCGGTAGGTTCAATGATGCGATAGAGT 1732
Query 1789 GCTTGGAAGAGATGAAGTCGGTTGGGTTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1848
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 GCTTGGAAGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1792
Query 1849 TCAATGCATATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTGATGA 1908
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1793 TCAACGCCTATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTAATGA 1852
Query 1909 CATCGGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCGCTCATCAATGCCTTTGGTG 1968
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1853 CATCAGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCCCTCATCAATGCCTTTGGTG 1912
Query 1969 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCCTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAATGGCGTAA 2028
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1913 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCTTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAACGGCGTAA 1972
Query 2029 AACCAGACGTGGTCACTTACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTTC 2088
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1973 AACCAGACGTGGTCACATACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTCC 2032
Query 2089 AGAAGGTACCGGTTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2148
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 AGAAGGTACCGGGTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2092
Query 2149 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2152
Query 2209 AACATAGG-GAAACAATGCAAAGGTTTTATCTTGAGCTAAAGTGATCAAATATTTCTCGA 2267
|||||||| ||| |||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2153 AACATAGGAGAA-CAATGCTACGGTTTTATCTCGAGCTCAAGTGATCAAATTTTTCTCGA 2211
Query 2268 GCTTCTGATATCGTCTCGCAAGCTCAGGACCGATATGTAA-ACGA-C-ACAA-ACCACAC 2323
|||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| || | | ||| |||||||
Sbjct 2212 GCTTATGATAGCATCTCACAAGCTCAGGACAGATATGTAACACAAACCACAGTACCACAC 2271
Query 2324 ATCACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCGCACATTCTCTGTCTATGTAAAGATTCAAC 2383
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2272 ATTACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCTCACATTCT--GTCTATGTAAAGATTCAAC 2329
Query 2384 CTGTACAAATATATAAGTGTGTTGACCAAATTGGATACGGTTACTGTCTGTACTACAGAG 2443
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2330 CTGTACAAATATATAACTGTGTTGACCAAATTGGATCCGGCTACTGTCTGTACTACAGAG 2389
Query 2444 ATCATGTAG 2452
|||||||||
Sbjct 2390 ATCATGTAG 2398
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95682695440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5