BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42390.1
Length=4308
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494796 jgi|Araly1|494796|fgenesh2_kg.8__612__AT5G42390.1 6486 0.0
> Ahg494796 jgi|Araly1|494796|fgenesh2_kg.8__612__AT5G42390.1
Length=4249
Score = 6486 bits (3512), Expect = 0.0
Identities = 4010/4242 (95%), Gaps = 67/4242 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 CTCTCCTTTGTCCTCAATAGCCGACGATGGCTTCATCGTCCTCTTCCATTTTCACCGGTG 91
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 31 CTCTCCTTTGTCCTCAATAGCCGACGATGGCTTCATCGTCCTCCTCCATTTTCACCGGTG 90
Query 92 TTAAGTTCTCTCCGATCTTAGCTCCCTTTAACTCCGGAGATAGCCGCCGCTCTCGATATC 151
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 91 TTAAGTTCTCTCCGATCTTAGCTCCTTTTAACTCTGGAGATAGCCGCCGCTCTCGTTATC 150
Query 152 TAAAAGATAGCCGGAATAAAGTTAGGTTTAATCCATCGTCGCCGCGTCTCACTCCTC-AT 210
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 151 TAAAAGATAGCCGGAATAAAGTTAGGTTTAATCCAACGTCGCCGCGTCTCACTCC-CAAT 209
Query 211 CGTGTTCGCGTCGAAGCTCCGTCTTTAATTCCCTATAATGGTCTTTGGGCGGCGCAGCCA 270
||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 210 CGTGTTCTCGTCGAAGCTCAGTCTTTAATTCCTTATAATGGTCTTT--G-GTCGCAGCCA 266
Query 271 AATTCGCATAAGGGACGTTTAAAGAGGAACATTG-TTT------------CG-G------ 310
| |||| ||||||||||||| ||||||| | ||| ||| || |
Sbjct 267 ACTTCGAATAAGGGACGTTTGAAGAGGAGCTTTGTTTTGGGACACCGAAGCGCGATTTTC 326
Query 311 -GAAAAGAAGCTACCGGGATATCACTTTCTCAAGGACGTAATTTCTGTCTTACTTGTAAA 369
|||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 327 AGAAAAGAAGCTAGTGGGATATCACTTTCACAGGGACGTAATTTCTGTCTTACTTGTAAA 386
Query 370 AGGAA-TCAAGCTGGAATCAGAAGAGCATTACCTAGTGCCTTTGTGGATAGAACTGCATT 428
| ||| |||| | ||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 387 A-GAACTCAATCCGGAGTTAGAAGATCATTACCGAGTGCCTTTGTGGATAGAACTTCATT 445
Query 429 TAGTTTGTCGAGGTCGAGTTTGACATCTTCTCTGAGGAAACATTCTCAGATTGTGAATGC 488
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||
Sbjct 446 TAGTTTGTCGAGGTCTCGTTTGACATCTTCTCTGAGAAAACATTCTCAGATTTTAAATGC 505
Query 489 AACTCTTGGACCAGATGAGCCACATGCTGCTGGTACAGCTTGGCCTGATGGTATTGTTGC 548
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||
Sbjct 506 AACTGTTGGACCAGATGAGCCACATGCTGCTGGTACAGCTTGGCCAGATGGGATAGTCGC 565
Query 549 GGAGAGACAAGATCTCGACTTATTGCCTCCTGAGATTGATAGTGCAGAGCTAGAAGCGTT 608
|||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 566 AGAGAGACAAGATTTGGAGTTATTGCCTCCTGAGATAGATGGTGCTGAGCTAGAAGCGTT 625
Query 609 TCTTGGTTGTGAACTTCCTTCTCATCCAAAGTTGCACCGGGGTCAATTGAAAAATGGGCT 668
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 626 TCTTGGTTGTGAACTTCCTTCTCACCCGAAGTTGCACCGGGGGCAATTGAAAAATGGGCT 685
Query 669 TCGATATCTTATTTTGCCAAACAAAGTTCCACCGAACAGATTTGAGGCACACATGGAAGT 728
||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 TCGGTATCTTATTTTGCCGAATAAAGTTCCACCAAACAGATTTGAGGCACACATGGAAGT 745
Query 729 TCATGTAGGATCGATTGATGAGGAAGAAGATGAGCAAGGGATTGCTCATATGATAGAACA 788
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 746 TCATGTAGGATCGATTGATGAGGAAGATGATGAGCAAGGAATTGCTCATATGATAGAACA 805
Query 789 TGTTGCTTTCCTTGGGAGCAAGAAACGTGAGAAACTTCTTGGTACAGGTGCCCGCTCTAA 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 TGTTGCTTTCCTTGGGAGCAAGAAACGTGAGAAACTTCTTGGTACAGGTGCCCGCTCTAA 865
Query 849 TGCCTACACCGATTTCCACCATACAGTATTTCATATTCATTCTCCAACCCACACGAAGGA 908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 866 TGCCTACACCGATTTCCACCATACAGTATTTCATATCCATTCTCCAACCCACACAAAGGA 925
Query 909 CTCTGAGGATGACCTCTTCCCATCTGTGCTCGATGCCTTAAATGAGATAGCCTTTCACCC 968
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 926 CTCTGAGGATGACCTCTTCCCATCTGTGCTTGATGCCTTGAATGAGATAGCCTTTCACCC 985
Query 969 AAAATTTCTCTCTTCTCGAGTTGAGAAAGAAAGGCGGGCCATACTTTCAGAACTTCAGAT 1028
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 986 AAAATTCCTCTCTTCTCGAGTTGAGAAAGAAAGGCGGGCTATACTTTCAGAACTTCAGAT 1045
Query 1029 GATGAATACAATTGAGTATCGTGTTGACTGCCAGTTGTTGCAACATCTACATTCTGAGAA 1088
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 GATGAATACAATTGAGTATCGTGTTGATTGCCAGTTGTTGCAACATCTACATTCTGAGAA 1105
Query 1089 CAAGCTGGGTAGGAGGTTCCCTATTGGATTGGAAGAGCAGATTAAGAAGTGGGATGTTGA 1148
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 CAAGCTGGGTAGAAGGTTCCCTATTGGATTGGAAGAGCAGATTAAGAAGTGGGATGTTGA 1165
Query 1149 CAAAATTAGAAAATTTCATGAGCGATGGTACTTCCCAGCCAATGCCACTCTATATATTGT 1208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 CAAAATTAGAAAATTTCATGAGCGATGGTACTTCCCAGCCAATGCCACTCTATATATTGT 1225
Query 1209 GGGAGATATTGACAACATACCTCGGATAGTCCACAATATTGAAGCTGTGTTTGGAAAAAA 1268
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 GGGAGACATTGACAACATACCTCGGATAGTCCACAATATTGAAGCTGTGTTTGGAAAAAC 1285
Query 1269 TGGTTTGGATAATGAATCAACACCCAGTTCTCCTAGTCCTGGTGCCTTCGGTGCCATGGC 1328
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1286 TGGTTTGGATAATGAATCAACACCCACTTCTCCTACTCCTGGTGCCTTTGGTGCCATGGC 1345
Query 1329 TAATTTTCTCGTTCCAAAGCTGCCAGCTGGTCTTGGTGGTACCTTTTCAAATGAGAAAAC 1388
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1346 TAATTTTCTCGTTCCGAAGCTGCCAGCTGGTCTTGGTGGAACCTTTTCAAATGAGAGAAC 1405
Query 1389 AAATACTGCTGATCAGTCTAAGATGATTAAAAGAGAAAGACATGCAATTCGTCCCCCGGT 1448
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 AAACACTGCTGATCAATCTAAGATGATTAAAAGAGAAAGACATGCAATTCGTCCCCCGGT 1465
Query 1449 TGAGCATAATTGGTCGCTTCCTGGAACAAGTGTTGATCTAAAGCCTCCACAGATATTTAA 1508
||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1466 TGAGCATAACTGGTCTCTTCCTGGAACCAGTGTTGATCTAAAGCCTCCGCAGATATTTAA 1525
Query 1509 GCACGAGCTTCTTCAGAATTTTGCAATCAACATGTTTTGCAAGATACCTGTTAGCAAGGT 1568
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 GCATGAGCTTCTTCAAAATTTTGCAATCAACATGTTTTGCAAGATACCTGTTAGCAAGGT 1585
Query 1569 TCAGACATTTGGAGACCTGCGAAATGTTCTGATGAAAAGAATATTTCTCTCTGCTCTACA 1628
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 TCAGACATTTGGAGATCTGCGAAATGTTCTGATGAAAAGAATATTTCTCTCTGCTCTACA 1645
Query 1629 TTTTCGAATTAATACGAGATACAAGAGTTCAAACCCACCATTTACGTCTGTTGAACTGGA 1688
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1646 TTTTCGAATTAATACGAGATACAAGAGTTCAAACCCACCATTTACGTCAGTTGAACTGGA 1705
Query 1689 CCATAGTGATTCGGGAAGGGAAGGATGCACTGTTACGACTCTTACTGTCACCGCAGAGCC 1748
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1706 CCATAGTGATTCAGGAAGGGAAGGATGCACTGTTACGACTCTTACTGTCACCGCAGAACC 1765
Query 1749 CCAAAATTGGCAAAATGCAGTCAAAGTTGCTGTCCAAGAGGTTCGAAGACTTAAAGAATT 1808
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 CAAAAATTGGCAAAATGCAGTGAAAGTTGCTGTCCAAGAGGTTCGAAGACTTAAAGAATT 1825
Query 1809 TGGTGTCACCAGGGGTGAACTTACACGTTACATGGATGCTCTTCTAAAAGATAGTGAACA 1868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 TGGTGTCACCAGGGGTGAACTTACACGTTACATGGATGCTCTTCTAAAAGATAGTGAACA 1885
Query 1869 TCTTGCAGCTATGATAGATAATGTGTCTTCTGTTGATAACCTGGATTTTATCATGGAAAG 1928
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 TCTTGCAGCTATGATAGATAATGTGTCGTCTGTTGATAATCTGGATTTTATCATGGAAAG 1945
Query 1929 TGATGCACTAAGCCACACGGTTATGGATCAGACGCAAGGACATGAGACCTTGGTTGCTGT 1988
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1946 TGATGCACTAGGCCACACGGTTATGGATCAGACGCAAGGACATGAGACCTTGGTTGCTGT 2005
Query 1989 AGCTGGAACTGTTACTCTTGAAGAGGTAAACACTGTTGGCGCCAAGGTGCTAGAATTTAT 2048
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 AGCTGGAACTGTTACGCTTGAAGAGGTAAACACTGTTGGCGCCAAGGTGCTAGAATTTAT 2065
Query 2049 TTCTGATTTCGGAAGACCCACTGCCCCTCTTCCCGCAGCAATAGTTGCTTGTGTTCCCAC 2108
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2066 TTCTGATTTTGGAAGACCCACTGCACCTCTTCCCGCAGCAATAGTTGCTTGTGTTCCCAC 2125
Query 2109 TAAGGTGCATGTTGATGGGGTTGGTGAGAGTGATTTCAATA-TATCTCCTGATGAAATAA 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2126 AAAGGTGCATGTTGATGGGGTTGGTGAGAGTGATTTCAA-ACTATCTCCTGATGAAATAA 2184
Query 2168 TAGAGTCTGTCAAATCAGGATTATTAGCACCCATTGAAGCTGAGCCTGAGCTCGAGGTGC 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 TAGAGTCTGTCAAATCAGGATTATTAGCACCCATTGAAGCTGAGCCTGAGCTCGAGGTGC 2244
Query 2228 CAAAAGAATTGATCTCTCAATCACAATTGAAAGAGTTAACCTTGCAGAGAAATCCATGTT 2287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 CAAAAGAATTGATCTCTCAATCACAATTGAAAGAGTTAACCTTGCAGAGAAATCCATGTT 2304
Query 2288 TTGTCCCTATTCCTGGGTCAGGTTTAACCAAATTGCATGACAAAGAGACTGGGATCACTC 2347
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 TTCTCCCTATTCCTGGGTCAGGTGTAACCAAATTGCATGACAAAGAGACTGGGATCACTC 2364
Query 2348 AGCTTCGGTTATCCAATGGGATAGCTGTAAATTACAAGAAATCTACGACCGAATCCCGGG 2407
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2365 AGCTTCGGTTATCCAATGGGATATCTGTAAATTACAAGAAATCCACGACCGAATCCCGGG 2424
Query 2408 CAGGTGTCATGCGGCTCATTGTTGGTGGTGGACGAGCTGCTGAAACATCTGATTCCAAAG 2467
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 CAGGTGTCATGCGGCTTATTGTTGGTGGTGGACGAGCTGCTGAAACATCTGATTCCAAAG 2484
Query 2468 GAGCTGTGGTTGTTGGTGTTCGTACACTCAGCGAGGGTGGTCGAGTTGGAGACTTTTCAA 2527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 GAGCTGTGGTTGTTGGTGTTCGTACACTCAGCGAGGGTGGTCGAGTTGGAGACTTTTCAA 2544
Query 2528 GGGAGCAGG----TG-----G---AGCTGTTCTGTGTAAATCATTTGATAAACTGTTCGT 2575
||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2545 GGGAGCAGGCAAGTGAATCTGTGGAGCTGTTCTGTGTGAATCATTTGATAAACTGTTCGC 2604
Query 2576 TGGAGTCAACTGAGGAGTTCATTGCCATGGAATTCCGGTTTACTCTGAGAGACAATGGAA 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 TGGAGTCAACTGAGGAGTTCATTGCCATGGAATTCCGGTTTACTCTGAGAGACAATGGAA 2664
Query 2636 TGCAAGCGGCTTTTCAGCTGCTTCACATGGTGCTTGAGCGTAGTGTCTGGTTGGAAGATG 2695
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 TGCAAGCAGCTTTTCAGCTGCTTCACATGGTGCTTGAGCGTAGTGTCTGGTTGGAAGATG 2724
Query 2696 CATTTGATCGAGCAAGGCAGCTATATCTTTCGTATTTTCGATCAATTCCTAAAAGCTTGG 2755
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2725 CATTTGATCGAGCACGGCAGCTATATCTTTCGTATTTTCGATCAATTCCTAAAAGCTTGG 2784
Query 2756 AGCGTGCGACTGCTCATAAACTTATGATCGCTATGCTGAACGGTGATGAGCGTTTTGTTG 2815
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2785 AGCGTGCGACTGCTCATAAACTTATGATCGCGATGCTGAACGGTGATGAACGTTTTGTTG 2844
Query 2816 AGCCGACACCTAAGTCACTACAGAGCTTGAATCTAGAATCTGTGAAAGATGCGGTCATGA 2875
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2845 AGCCGACACCTAAGTCACTGCAGAGCTTGAATCTAGAATCTGTGAAAGATGCGGTCATGA 2904
Query 2876 GTCATTTTGTTGGGGACAATATGGAGGTAAGCATTGTGGGGGACTTTTCAGAGGAGGAAA 2935
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2905 GTCATTTTGTTGGGGCCAATATGGAGGTAAGCATTGTGGGTGACTTTTCAGAGGAGGAAA 2964
Query 2936 TCGAGCGTTGCATCCTTGATTACCTTGGTACAGTTAAAGCTAGCCATGATTCTGCAAAAC 2995
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 TTGAGCGTTGCATCCTTGATTACCTTGGTACAGTTAAAGCTAGCCATGATTCTGCAAAAC 3024
Query 2996 CACCAGGATCTGAGCCTATCTTGTTTCGCCAACCTACAGCTGGCTTGCAATTTCAACAGG 3055
|||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3025 TACCAGGATCTGAACCTATCGTGTTTCGTCAACCTACAGCTGGCTTGCAGTTTCAACAGG 3084
Query 3056 TATTCTTGAAGGATACTGATGAGAGAGCATGTGCATACATTGCGGGACCAGCGCCAAATC 3115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3085 TATTCTTGAAGGATACTGATGAGAGAGCATGTGCATATATTGCTGGACCAGCGCCAAATC 3144
Query 3116 GATGGGGCTTTACAGTTGACGGGGATGACCTTTTTCAGTCTGTTAGCAAACTTCCTGTTG 3175
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3145 GATGGGGCTTTACTGTTGACGGGGTTGACCTTTTTCAGTCTGTTAGCAAACTTCCTGCTG 3204
Query 3176 CTCATGATGGACTTTTGAAATCGGAGGAACAATTGCTAGAGGGAGGAGACAGGGAGTTGC 3235
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3205 CTCATGATGGGCTTTTGAAATCGGAGGAACAATTGCTAGAGGGAGGAGACAGGGAGTTGC 3264
Query 3236 AAAAGAAGCTTCGTGCCCACCCTCTTTTCTTTGGAGTTACAATGGGTCTTCTGGCCGAAA 3295
|||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3265 AAAAGAAGCTCCGCGCCCACCCTCTTTTCTTTGGAATTACAATGGGCCTTCTGGCAGAAA 3324
Query 3296 TCATAAACTCAAGGCTTTTCACGACAGTAAGAGATTCTCTTGGACTGACATATGACGTAT 3355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3325 TCATAAACTCAAGGCTTTTCACGACAGTAAGAGATTCTCTTGGACTGACATATGACGTAT 3384
Query 3356 CATTTGAGCTAAACCTATTTGATAGGCTGAATCTCGGGTGGTATGTGATATCTGTGACTT 3415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3385 CATTTGAGCTAAACCTATTTGATAGGCTGAATCTCGGGTGGTATGTGATATCTGTGACTT 3444
Query 3416 CAACTCCCGGCAAGGTATACAAAGCGGTTGATGCCTGTAAGAGTGTTCTTAGAGGTTTGC 3475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3445 CAACTCCCGGCAAGGTATACAAAGCGGTTGATGCCTGTAAGAGCGTTCTTAGAGGTTTGC 3504
Query 3476 ATAGCAACCAAATTGCCCCTAGGGAGTTGGATAGGGCAAAGCGAACTCTTCTAATGAGAC 3535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 3505 ATAGCAACCAAATTGCCCCTAGGGAGTTGGATAGGGCAAAGAGAACTCTTCTTATGAGAC 3564
Query 3536 ATGAAGCTGAACTCAAGTCCAATGCCTATTGGCTTAATCTATTAGCTCACTTGCAGGCCT 3595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3565 ATGAAGCTGAACTCAAGTCCAATGCCTATTGGCTTAATCTATTAGCTCACTTGCAGGCCT 3624
Query 3596 CCTCTGTTCCGAGGAAGGAACTGTCATGCATTAAAGAACTTGTTTCATTGTATGAAGCTG 3655
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 3625 CATCTGTTCCGAGGAAGGAACTGTCATGCATTAAAGAACTTACTTCATTATATGAAGCTG 3684
Query 3656 CTTCGATCGAGGACATATACCTAGCTTATAATCAATTAAGAGTGGACGAGGACTCTCTGT 3715
||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3685 CTTCGATTGAGGACATATACGTCGCTTATAATCAATTAAGAGTGGACGAAGACTCTCTGT 3744
Query 3716 ACTCCTGTATTGGTATTGCTGGGGCACAGGCGGGTGAAGAGATTACTGTTCTCTCAGAAG 3775
|||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 3745 ACTCATGCATCGGGATTGCTGGGGCTCAGGCTGGTGAAGAGATTACTGTTTTATCAGAAG 3804
Query 3776 AGGAAGAACCAGAAGATGTTTTCTCAGGAGTTGTTCCTGTGGGACGAGGCTCATCGATGA 3835
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3805 AGGAAGAACCAGAAGATACTTTCTCAGGAGTTGTTCCTGTGGGACGAGGCTCATCGATGA 3864
Query 3836 CCACAAGACCAACAACCTGATCGACATATATGGTTTGTAAGATAATGTAGGTGAAGA-AT 3894
|||||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3865 CCACAAGACCAACAACATGATCCACAT-T-TGGCTTGTAAGATAATGTAGGTGAAGACAT 3922
Query 3895 GTGTCATAGATACAACAGAGAATAAACCAGATAAACTACATCAGATTCTTTGTCACGGAA 3954
||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||| |||
Sbjct 3923 GTGCCATAGATACGACAGAGAATAAGCGAGATAAACTTCATCAGATTCGTTGTCACAGAA 3982
Query 3955 AGAAGCTTCATCAGAGGTGTTCCCGAGAGCTTTGGCATAAGAGCTTTGTATACTTCCTTG 4014
||||| |||||||||||| |||| ||||| | | || ||||||||| |||
Sbjct 3983 AGAAGATTCATCAGAGGTTTTCCTGAGAG----G---T------TT-GTATACTTCGTTG 4028
Query 4015 TGATCATCATCAAGGCTAATAAATGACCCCATTATCTATACT-C--ATCTCTCGTCTCCT 4071
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 4029 TGATCACCATCAAGGCTAATAAATGACCCCATTATCTATACTACTCATCTCTCGTCTCCT 4088
Query 4072 TCATATTTATagaagaaaacaagaaaaagaaaaaTAGTGACGAA-TGCGTACCttttttt 4130
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || || ||||||| |||
Sbjct 4089 TCATATTTATAGAAGAAAAAAAGAAAA-GAAAAATAGTGACAAAATGTGTACCTTATTTC 4147
Query 4131 tttttttGG-ACGGTGCAATATTTATGCAGCTGTATATGTAATTTGACTGTGATTTAAAC 4189
||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4148 TTTTT--GGTACGGTGCAAAATTTATGCAGCTGTAAATGTAATTTGACTGTGATTTAAAC 4205
Query 4190 GAGTCATTTTGCTCTCATTTTCATTTTTCTGTAAAATCATTG 4231
||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4206 GAGTCTTTTTGCTCTCATGTTCATTTATCTGTAAAATCATTG 4247
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162924470013
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5