BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42480.1
Length=2627
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494787 jgi|Araly1|494787|fgenesh2_kg.8__603__AT5G42480.1 3868 0.0
> Ahg494787 jgi|Araly1|494787|fgenesh2_kg.8__603__AT5G42480.1
Length=2554
Score = 3868 bits (2094), Expect = 0.0
Identities = 2376/2512 (95%), Gaps = 19/2512 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 109 CTCCCATGGAAGCTCTGAGTCACGTCGGCATTGGTCTCTCCCCATTCCAATTATGCCGA- 167
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 54 CTCCTATGGAATCTCTGAGTCACGTCGGCATTGGTCTCTTCCCGTTCCAATTATGCCGAC 113
Query 168 TTACCACCGGCGACGACAAAGCTCCGACGTAGCCACAACACCTCTACAACTATCTGCTCC 227
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 114 TT-CCACCGGCGACGACAAAGCTCCGACGTAGCCACAACACCTCCACTACGATCTGCTCC 172
Query 228 GCCAGCAAATGGGCCGACCGTCTTCTCTCCGACTTCAATTTcacctccgattcctcctcc 287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 GCCAGCAAATGGGCCGACCGTCTTCTCTCCGACTTCAATTTCACCTCCGATTCCTCCTCC 232
Query 288 tcctccttcgccaccgccaccaccaccgccactctcgtctctccgccaccaTCTATTGAT 347
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 233 TCCTCCTTCGCCACCG------CCACCGCCACTCTCGTCTCTCCACCACCGTCTATCGAT 286
Query 348 CGTCCCGAACGCCACGTCCCCATCCCCATTGATTTCTACCAGGTATTAGGAGCTCAAACA 407
|| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 287 CGCCCCGAACGCCACATTCCCATTCCCATTGATTTCTACCATGTATTAGGAGCTCAGACG 346
Query 408 CATTTCTTAACCGATGGAATCAGAAGAGCATTCGAAGCTAGGGTTTCGAAACCGCCGCAA 467
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 CATTTCTTAACTGATGGAATCAGAAGAGCATTCGAAGCTAGGGTTTCGAAACCGCCGCAA 406
Query 468 TTC-GGTTTCAGCGACGACGCTTTAATCAGCCGGAGACAGATTCTTCAAGCTGCTTGCGA 526
||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 407 TTCGGGTTT-AGCGACGATGCTTTGATCAGCCGGAGACAGATTCTTCAAGCTGCTTGTGA 465
Query 527 AACTCTGTCTAATCCTCGGTCTAGAAGAGAGTACAATGAAGGTCTTCTTGATGATGAAGA 586
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 466 AACTCTGTCGAATCCTCGGTCTAGAAGAGAGTACAATGAAGGTCTTCTTGATGATGAGGA 525
Query 587 AGCTACAGTCATCACTGATGTTCCTTGGGATAAGGTTCCTGGTGCTCTCTGTGTATTGCA 646
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 AGCTACAGTCATCACTGATGTTCCTTGGGAAAAGGTTCCTGGTGCTCTCTGTGTATTGCA 585
Query 647 AGAAGGTGGTGAGACTGAGATAGTTCTTCGGGTTGGTGAGGCTCTGCTTAAGGAGAGGTT 706
||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 586 AGAAGCTGGTGAGACTGAGGTTGTTCTTCGGGTTGGAGAAGCTCTGCTTAAGGAGAGGTT 645
Query 707 GCCTAAGTCGTTTAAGCAAGATGTGGTTTTAGTTATGGCGCTTGCGTTTCTCGATGTCTC 766
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 646 GCCTAAGTCGTTTAAGCAGGATGTTGTTTTAGTTATGGCGCTTGCGTTTCTCGATATCTC 705
Query 767 GAGGGATGCTATGGCATTGGATCCACCTGATTTTATAACTGGTTATGAGTTTGTTGAGGA 826
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 GAGGGATGCTATGGCTTTGGATCCACCTGATTTTATTACTGGTTATGAGTTTGTTGAGGA 765
Query 827 AGCTTTGAAGCTTTTACAGGAGGAAGGAGCAAGTAGCCTTGCACCGGATTTACGTGCACA 886
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 766 AGCTTTGAAGCTTTTGCAGGAAGAAGGAGCAAGCAGCCTTGCACCAGATTTACGTGCACA 825
Query 887 AATTGATGAGACTTTGGAAGAGATCACTCCGCGTTATGTCTTGGAGCTACTTGGCTTACC 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 826 AATTGATGAGACTTTGGAAGAGATCACTCCGCGTTATGTTTTGGAGCTTCTTGGCTTACC 885
Query 947 GCTTGGTGATGATTACGCTGCGAAAAGACTAAATGGTTTAAGCGGTGTGCGGAATATTTT 1006
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 886 GCTTGGTGATGATTACGCAGCGAAAAGACTAAATGGTTTAAGCGGTGTGCGAAATATTTT 945
Query 1007 GTGGTCTGTTGGAGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTGGGGGTTTGACCCGTGAGAAGTT 1066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 946 ATGGTCTGTTGGAGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTGGGGGTTTGACCCGAGAAAAATT 1005
Query 1067 TATGAATGAGGCGTTTTTACGAATGACAGCTGCTGAGCAGGTTGATCTTTTTGTAGCTAC 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TATGAATGAGGCGTTTTTACGAATGACAGCTGCTGAGCAGGTTGATCTTTTTGTAGCTAC 1065
Query 1127 -CCCAAGCAATATTCCAGCAGAGTCATTTGAAGTTTACGAAGTTGCACTTGCTCTTGTGG 1185
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1066 GCCC-AGCAATATTCCAGCAGAGTCATTTGAAGTTTACGAAGTTGCACTTGCGCTTGTGG 1124
Query 1186 CTCAAGCTTTTATTGGTAAGAAGCCACACCTTTTACAGGATGCTGATAAGCAATTCCAGC 1245
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1125 CTCAGGCTTTTATTGGTAAGAAGCCACATCTTTTACAGGATGCTGATAAGCAATTTCAGC 1184
Query 1246 AACTTCAGCAGGCTAAGGTAATGGCTATGGAGATTCCTGCGATGTTGTATGATACACGGA 1305
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 AACTTCAGCAGGCTAAAGTAATGGCTATGGAGATTCCTGCGATGTTGTATGATACACGGA 1244
Query 1306 ATAATTGGGAGATAGACTTCGGTCTAGAAAGGGGACTCTGTGCACTGCTTATAGGCAAAG 1365
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1245 ATAATTGGGAGATAGACTTTGGTCTGGAAAGGGGACTCTGTGCGCTGCTTATAGGCAAAG 1304
Query 1366 TTGATGAATGCCGTATGTGGTTGGGCTTAGACAGTGAGGATTCACAATATAGGAATCCAG 1425
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TTGATGAATGCCGTACGTGGTTGGGCTTAGACAGTGAGGATTCACAATATAGGAATCCAG 1364
Query 1426 CTATTGTGGAGTTTGTTTTGGAGAATTCAAATCGTGATGACAATGATGATCTCCCTGGAC 1485
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 CTATTGTGGAGTTTGTCTTGGAGAATTCAAATCGTGATGACAATGATGATCTCCCTGGAC 1424
Query 1486 TATGCAAATTGTTGGAAACCTGGTTGGCAGGGGTTGTCTTTCCTAGGTTCAGAGACACCA 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 TATGCAAATTGTTGGAAACCTGGTTGGCAGGGGTTGTCTTTCCTAGGTTCAGAGACACCA 1484
Query 1546 AAGATAAAAAATTTAAACTCGGGGACTACTATGATGATCCTATGGTTTTGAGTTACTTGG 1605
||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1485 AAGATAACAATTTTAAACTTGGGGACTATTATGATGATCCCATGGTTTTGAGTTACTTGG 1544
Query 1606 AAAGAGTGGAGGTAGTTCAGGGTTCTCCTTTAGCTGCTGCTGCAGCTATGGCAAGGATTG 1665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1545 AAAGAGTGGAGGTAGTTCAGGGTTCTCCTTTAGCTGCTGCTGCTGCCATGGCAAGGATTG 1604
Query 1666 GAGCCGAGCATGTGAAAGCTAGTGCTATGCAGGCACTGCAGAAAGTTTTTCCTTCCCGCT 1725
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1605 GAGCCGAGCATGTGAAGGCTAGTGCTATGCAGGCACTGCAGAAAGTTTTTCCTTCTCGCT 1664
Query 1726 ATACAGATAGAAACTCGGCTGAACCCAAGGATGTGCAAGAGACAGTGTTTAGTGTAGATC 1785
|| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||
Sbjct 1665 ATGCAGATAGAACCTCAGCTGAACCCAAGGATGCGCAAGAGACGGTGCTTAGAGTAGATC 1724
Query 1786 CTGTTGGTAACAATGTAGGCCGTGATGGTGAGCCTGGTGTCTTTATTGCAGAAGCTGTAA 1845
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1725 ATGTTGGTAACAACGTAGGCCATGATGGTGAGCCTGCCGTCTTTAATGCAGAAGCTGAAA 1784
Query 1846 GACCCTCTGAAAACTTTGAAACTAATGATTATGCAATTCGAGCTGGGGTCTCAGAGAGTA 1905
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1785 GACCCTCTGAGAACTTTGATACTAATGATTATGCAATTCGAGCTGGGGTCTCAAAGAGTA 1844
Query 1906 GCGTTGATGAAACTACTGTTGAA-ATGTCCGTTGCTGATATGTTAAAGGAGGCAAGTGTG 1964
||||||||| || || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 GCGTTGATGCAATTAATGTT-AACATGTCCGTTGCTGATATGTTAAAGGAGGCAAGTGTG 1903
Query 1965 AAGATCCTAGCTGCTGGTGTGGCAATTGGACTGATTTCACTGTTCAGCCAGAAGTATTTT 2024
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1904 AAGATCCTAGCTGCTGGTGTGGCTATTGGAATGATTTCGCTGTTTAGCCAGAAATATTTG 1963
Query 2025 C-T-T-AAAAGCAGCTCATCTTTTCAACGCAAGGATATGGTTTCTTCTATGGAATCTGAT 2081
| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1964 CCTCTCAAAAGCAGCTCATCTTTTCAACGCAAGGATATGGCTTCTTCTATGGAATCTGAC 2023
Query 2082 GTCGCTACCATAGGGTCAGTCAGAGCTGACGATTCAGAAGCACTTCCCAGAATGGATGCT 2141
| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 ATTGCTACCATAGGGTCAGTGAGACCTGATGATTCAGAAGCACTTCCCAGAATGGATGCT 2083
Query 2142 AGGACTGCAGAGAATATAGTATCCAAGTGGCAGAAGATTAAGTCTCTGGCTTTTGGGCCT 2201
||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2084 AGGACTGCAGAGAGTATAGTATCCAAATGGCAGAAGATCAAGTCTCAGGCTTTTGGGCAT 2143
Query 2202 GATCACCGCATAGAAATGTTACCAGAGGTTTTGGATGGGCGAATGCTGAAGATTTGGACT 2261
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 GATCACCGCATAGAAATGCTACCAGAGGTTTTGGATGGGCGAATGCTGAAGATTTGGACT 2203
Query 2262 GACAGAGCAGCTG-AAACTGCGCAGCTTGGGTTGGTTTATGATTATACACTGTTGAAACT 2320
|||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 GACAGAGCAG-TGGAAACTGCGCAGCTTGGGCTGGTTTATGATTATACACTGTTGAAACT 2262
Query 2321 ATCTGTTGACAGTGTGACAGTCTCAGCAGATGGAACCCGTGCTCTGGTGGAAGCAACTCT 2380
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 ATCAGTTGACAGTGTGACAGTCTCAGCAGATGGAACCCGTGCTCTGGTGGAAGCAACTCT 2322
Query 2381 GGAGGAGTCTGCTTGTCTATCTGATTTGGTTCATCCAGAAAACAATGCTACTGATGTCAG 2440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2323 GGAGGAGTCTGCTTGTCTATCTGATTTGGTTCATCCAGAAAACAATGCTACAGATGTTAG 2382
Query 2441 AACCTACACAACAAGATACGAAGTTTTCTGGTCCAAGTCAGGGTGGAAAATCACTGAAGG 2500
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2383 AACCTACACAACAAGATACGAAGTCTTCTGGTCCAAGTCAGGGTGGAAAATCACTGAGGG 2442
Query 2501 CTCTGTTCTTGCATCATAATATACTCATATGTAGCATGTCTGAGCTTGCGAGATTCTCTT 2560
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2443 ATCTGTTCTTGCATCATAATATGCTCATATGTAGCATACCTGAGCTTGCGAAATTCTCTT 2502
Query 2561 TGTTTTGTAAATTCTCTCTCTAAGTTAGTGTTTATAAATGAACACaaaaaaa 2612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2503 TGTTTTGTAAATTCTCTCTCTAAGTTAGTGTTTATAAACGAACACAAATAAA 2554
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99072727245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5