BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42620.2
Length=3219
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494774 jgi|Araly1|494774|fgenesh2_kg.8__590__AT5G42620.1 4165 0.0
> Ahg494774 jgi|Araly1|494774|fgenesh2_kg.8__590__AT5G42620.1
Length=3115
Score = 4165 bits (2255), Expect = 0.0
Identities = 2671/2861 (93%), Gaps = 72/2861 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 TTTTTGTACAAAGAGAGAAAGAGATTGGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGA--TTTTTGT 100
|||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 1 TTTTTGTACAAATAGAG--AGAGATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTTTTTTT 58
Query 101 -TTGTTGAGGTTGCTGAAATCTAGATCACCTGTTTTGAATCAGTCATACCTCAAAAACCC 159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 59 GTTGTTGAGGTTGCTGAAATCTAGATCACCTGTTTTGAATCAGTCTTACCTCAAAAA--C 116
Query 160 TAACTCTTATTATCCTCTCCCAATTGAATTTTTCAAAGCTTGAAGAAACTAGTAGTAGTA 219
| | || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 117 ---C-C----TA---------AATTGAATTTTTCAAAGCTTGAA-CAAGTAGTAGTAGTA 158
Query 220 ATCTTCGCTCTGTCGTCTGATCCAtttttttATCAAAATCTCGAGCTAAAAACTCTTGTG 279
|||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||
Sbjct 159 ATCTTCGCTC--T-ATCTGATCCA--CTTTT-TCAAATTCTCGAGCT-AAATCTC-TGT- 209
Query 280 TTTAAGCAAATGAAATGCACTGTGTTTGATTTTGAGATTTGATGGAAGTGAAGCTGTTTC 339
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 210 ATTAAGCAAATGAAATGCACTTTGTTTGA--TTGAGATTTGATGGAAGTGAAGCTGTTTC 267
Query 340 TTCGAAGAATTTCATGGAGGTTTTAGTTC---C-----C-TGTTGTAGGCTCTTTG-TTA 389
| | ||||||||||||| ||||||||| | | |||| ||| ||||||| |||
Sbjct 268 -T-G-GGAATTTCATGGAGCTTTTAGTTCGTTCTTGTTCATGTTTTAGACTCTTTGTTTA 324
Query 390 GTAA--T----CTTAGATTCGTCA-TTTCCTGGGTTTCGTTGATTCTATTGTTATTGGGA 442
||| | ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||| || |||
Sbjct 325 -TAATCTCCAGCTTCGATTCGTCACTTT-CTGGGTTTTGTTGATTCTGTTGTGGTTAGGA 382
Query 443 GCGTCTGATGCGAAAGCTAGGcatcatcatcatcatcatcaACGAATAGCAGTGGAAGGT 502
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 383 GCGTCTGATGCGAAAGCTAAGCATCATCGTCATCATCAT---CGAATAGCATTGGAAGGT 439
Query 503 GTGGAAAGTGGAG-T-A--G-CT-TCA---CACTCGTGTATTCATGATCAGATTATAGAG 553
||||||||||||| | | | | ||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 440 GTGGAAAGTGGAGTTGATGGAGTATCATCTCATTCGTGTATACATGATCAGATTATAGAA 499
Query 554 CAGAGGAAGAGACCGGGTCGGAAAGTGTATTCGGTTACTCCTCAGGTTTATCATGAGCCA 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 500 CAGAGGAAGAGACCGGGTCGGAAAGTGTATTCGGTTACTCCTCAGGTATATCATGAGCCG 559
Query 614 AGGAGTGTTGAAAAAGCTTTTCATCATAATGGAAGGGTTTTGCTTAGTGTTTTTGATGAG 673
|| |||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 560 AGAAGTGTTGATAAAGCGTATCCGCATAATGGAAGGGTGTTGCTTAGTGTTTTTGATGAG 619
Query 674 GAGAAGGATGTGAAACAACCTATTAGGATTTATTTGAATTATGATGCTGTTGGTCATTCG 733
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 GAGAAAGATGTGAAACAACCTATTAGGATTTATTTGAATTATGATGCTGTTGGTCATTCA 679
Query 734 CTTGACCGAGATTGTCAACGAGTTGGCAATATTGTGAAGTTGGGTGAGCCTCCTTCAAGT 793
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 CTTGACCGAGATTGCCAACGAGTTGGCGATATTGTGAAGTTGGGTGAGCCTCCTTCAAGT 739
Query 794 ACTTTTCCTGCTGTTCCTGCTTGTAATCCTAATACAAAACCTCCGGTTTCTGGTGATTGT 853
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 740 ACTTTTCCTGCTGTTCCTGCTTGTAATCCTAATGTGAAACCTCCAGTTTCTGGTGATTGT 799
Query 854 TGGTATAACTGCACTTTAGATGACATATCTGGCAAGGACAAAAAGCATCGCCTACGCAAG 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 800 TGGTATAACTGCACTTTAGATGACATATCTGGCAAGGACAAGAAGCATCGCCTACACAAG 859
Query 914 GCTTTAGAGCAGACTGCAGATTGGTTCAGAAGAGCGTTGGCTGTTGAACCTGTGAAAGGG 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 GCTTTAGAGCAGACTGCAGATTGGTTCAGAAGAGCGTTGGCTGTTGAACCTGTGAAAGGG 919
Query 974 AATTTACGGTTAAGTGGATACTCTGCTTGTGGGCAAGATGGTGGTGTGCAGCTTCCTCGT 1033
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 AATTTGCGTTTAAGTGGATACTCTGCTTGTGGGCAAGATGGTGGTGTGCAGCTTCCTCGT 979
Query 1034 GAATATGTAGAGGAGGGTATTGCTGATACTGATTTAGTTCTATTGGTGACCACAAGACCT 1093
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 980 GAATATGTGGAGGAGGGTATTGCTGATACTGATTTAGTTCTATTGGTGACTACAAGACCT 1039
Query 1094 ACTACTGGTAATACCCTTGCATGGGCTGTAGCTTGTGAACGTGATCAGTGGGGACGTGCA 1153
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 ACTACTGGTAATACCCTTGCGTGGGCTGTAGCTTGTGAACGTGATCAGTGGGGACGTGCA 1099
Query 1154 ATTGCTGGGCATGTCAATGTTGCTCCCCGCCATTTGACTTCAGAATCTGGGACTTTGCTT 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 ATTGCTGGGCATGTCAATGTTGCTCCCCGCCATTTGACTTCAGAATCTGGGACTTTGCTT 1159
Query 1214 TCAGCAACCCTCATTCACGAGGTTATGCATGTCCTTGGCTTTGATCCGCATGCCTTTGCT 1273
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 TCAGCAACTCTCATTCATGAGGTTATGCATGTCCTTGGCTTTGATCCGCATGCCTTTGCT 1219
Query 1274 CATTTTAGAGATGAAAGGAAAAGAAGACGCACTGAGGTCACTGAGCAACAAATGGATGAA 1333
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 CATTTTAGAGATGAGAGGAAAAGAAGACGCACTGAGGTCACTGAGCAACAAATGGATGAA 1279
Query 1334 AAGCTGGGCCGGTTAGTAACACGCGTAGTGCTTCCAAGGGTTGTCATGCATTCACGGCAT 1393
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1280 AAGCTAGGCCGGTTAGTGACACGCGTAGTGCTTCCACGGGTTGTCATGCATTCGCGGCAT 1339
Query 1394 CATTACGGAGCATTTTCTCAAAACTTCTCGGGATTAGAACTTGAGGATGGAGGAGGACGT 1453
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 CATTATGGAGCATTTTCTCAAAACTTCTCGGGTTTAGAACTTGAGGATGGAGGAGGACGT 1399
Query 1454 GGAACATCGGGTTCCCACTGGGAAAAGAGACTACTCATGAATGAGATAATGACTGGATCA 1513
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GGCACATCGGGTTCCCACTGGGAAAAGAGACTACTCATGAATGAGATAATGACTGGATCA 1459
Query 1514 GTGGACACAAGATCAGTCGTTTCAAAAATGACTCTAGCGCTATTAGAGGACAGTGGCTGG 1573
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1460 GTGGACACAAGATCAGTTGTTTCAAAAATGACTCTAGCGCTTTTAGAGGATAGTGGCTGG 1519
Query 1574 TATAAGGCTAATTATAGCATGGCAGACCGTCTCGATTGGGGTCGGAACCAGGGGACTCAG 1633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1520 TATAAGGCTAATTATAGCATGGCAGACCGTCTCGATTGGGGCCGGAACCAGGGGACTCAG 1579
Query 1634 TTTGTCACATCTCCATGTAACATGTGGAAAGGTGCTTACCATTGTAACACAACTCAACTA 1693
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1580 TTTGTTACATCTCCATGTAACATGTGGAAAGGTGCTTACCATTGTAACACAACCCAACTA 1639
Query 1694 TCTGGTTGTACATACAACAGAGAGGCTGAAGGTTACTGCCCAATTCTAAGCTATAACGGA 1753
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 TCTGGCTGTACATACAACAGAGAGGCGGAAGGTTACTGCCCAATTCTAAGCTATAACGGA 1699
Query 1754 GAATTGCCACAATGGGCCCGTTACTTTCCACAGCCTAACAAAGGCGGCCAGTCTTCCTTA 1813
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 GACTTGCCTCAATGGGCCCGTTACTTTCCACAGCCTAACAAAGGCGGCCAGTCTTCCTTA 1759
Query 1814 GCAGATTATTGTACATATTTTGTTGCGTATTCAGATGGGTCTTGTACGGATATCAATAGT 1873
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1760 GCAGATTATTGTACATATTTTGTTGCCTATTCAGATGGGTCTTGTACAGATATTAATAGT 1819
Query 1874 GCACGTGCACCTGACAGAATGTTGGGCGAAGTGAGAGGGAGTGAATCCAGGTGTATGGCC 1933
|| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 GCGCGAGCGCCTGACAGAATGTTGGGTGAAGTGAGAGGGAGTGAATCCAGGTGTATGGCC 1879
Query 1934 TCATCTTTAGTGCGTACTGGGTTTGTTCGGGGTTCCATGACACAGGGGAATGGTTGTTAT 1993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 TCATCTTTAGTGCGTACTGGGTTTGTTCGGGGTTCCATGACACAGGGGAATGGTTGTTAT 1939
Query 1994 CAACATAGATGTAGAAATAATTTGTTGGAGGTTGCTGTGGAGGGAGTATGGAAATTTTGC 2053
|| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1940 CAGCATAGATGTAGAAATAATTTATTGGAGATTGCTGTGGAGGGAGTATGGAAGTTCTGC 1999
Query 2054 CCTCAAGCTGGTGGACCAATTCGATTTCCCGGTTTTAATGGTGAATTAATTTGTCCGGCT 2113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2000 CCTCAAGCTGGTGGACCAATTCGATTTCCCGGTTTTAATGGTGAATTGATTTGTCCGGCT 2059
Query 2114 TACCATGAACTCTGCAGTACATCCGTAGTTTCTGTACTTGGTCAGTGTCCTAATTCTTGT 2173
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2060 TACCATGAACTCTGCAGTACATCCGTAGTTTCTGTGCTTGGTCAATGTCCTAATTCTTGT 2119
Query 2174 AACTTTAATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTCGTTGTCTCCTTGGTTATCACGGTCAT 2233
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2120 AACTTTAATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTCGTTGTCTCCTTGGTTATCTCGGTCAT 2179
Query 2234 GACTGTAGAAACCGTTCATGTCCTAATAATTGCAATGGACATGGAAAATGCACAACTCAG 2293
||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 GACTGCAGAAACCGTTCTTGTCCTAATAATTGTAATGGACATGGAAAATGCACAACTCAA 2239
Query 2294 GGTGTATGCATATGTGAAAATGGATTTACTGGAATCGACTGTTCCACTGCTATTTGCGAT 2353
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2240 GGTGTATGCATATGTGAAAATGGATTTACTGGAATTGACTGTTCCACTGCTGTGTGCGAT 2299
Query 2354 GAACAATGCAGCCTACATGGAGGAGTGTGTGATAATGGGGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCT 2413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 GAACAATGCAGCCTACATGGAGGAGTGTGTGATAATGGGGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCT 2359
Query 2414 GATTATGCAGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTTACAAGTTTATTGGTGTGC 2473
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2360 GATTATGCTGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTTACGAGTTTACTGGTGTGC 2419
Query 2474 AAAGATGTATTGGAGAAAGACATGTCAGGGCAACATTGTGCTCCAAGAGAGCCTAGCATT 2533
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2420 AAAGATGTGTTGGAGAGAGACATGTCAGGGCAACATTGTGCTCCAAGAGAGCCTAGCATA 2479
Query 2534 CTTCAGCAGCTTGAGGAGGTTGTGGTAATGCCCAACTACAATAGGCTGTTTCCGGGCGGG 2593
||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2480 CTTCAGCAGCTTGAGGAAGTTGTGGTCATGCCTAACTACAATAGGCTCTTTCCGGGCGGG 2539
Query 2594 GCTCGGAAGTTATTTAACATTTTCGGTAACAGTTATTGTGATGAAGCAGCTAAAAGACTA 2653
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540 GCTCGGAAGTTATTTAACATTTTCGGTAACAGCTATTGTGATGAAGCAGCTAAAAGACTA 2599
Query 2654 GCCTGTTGGATATCGATCCAGAAGTGTGATATCGATGGAGACGACAGACTACGAGTATGC 2713
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2600 GCCTGTTGGATATCGATCCAGAAGTGTGATATTGATGGAGACGATAGACTACGGGTATGC 2659
Query 2714 CATTCAGCATGTCAGTCCTACAATATGGCGTGTGGGGCTTCTTTAGACTGCTCAGATCAA 2773
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2660 CATTCAGCTTGTCAGTCCTATAATATGGCGTGTGGGGCTTCCTTAGACTGCTCAGATCAA 2719
Query 2774 ACCCTTTTCAGCACGGCAGAAGAAGGTGATGCTGAATGTACGGGGTCTGGCGAAATCAGA 2833
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720 ACCCTTTTCAGCACAGCGGAAGAAGGCGATGCTGAATGTACGGGGTCTGGCGAAATCAGA 2779
Query 2834 TCGCCATGGTTTAG-CAGTTTGTGGAGTAGATTAGTAGCAA 2873
|| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2780 TCACCATGGTTTAGTC-GTTTGTGGAGTAGATTAGTAGCAA 2819
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121622152285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5