BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42870.1
Length=3049
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494731 jgi|Araly1|494731|fgenesh2_kg.8__547__AT5G42870.1 4468 0.0
> Ahg494731 jgi|Araly1|494731|fgenesh2_kg.8__547__AT5G42870.1
Length=3028
Score = 4468 bits (2419), Expect = 0.0
Identities = 2870/3076 (93%), Gaps = 77/3076 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATGCCGTCGGTAGGATCGGAAGCTATATCTACCGTGGTGTAGGTACGGTTTCAGGT 60
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATGCTGTAGGTAGGATCGGAAGCTATATCTACCGTGGTGTAGGTACGGTTTCAGGT 60
Query 61 CCGTTTCATCCATTTGGTGGTGCGATAGACATTATCGTTGTTGAACAACCTGATGGAACG 120
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCGTTTCATCCATTTGGTGGTGCGATTGACATTATCGTCGTTGAACAACCTGATGGAACA 120
Query 121 TTTAAATCGTCTCCTTGGTATGTTAGATTTGGGAAATTTCAAGGGGTTTTGAAGAATGGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 TTTAAATCGTCTCCTTGGTATGTTAGATTTGGGAAATTTCAAGGGGTTTTGAAGAATAGA 180
Query 181 AGGAATTTGATC-AGAATTGATGTTAATGGTGTTGATTCTGGTTTCAATATGTATTTAGC 239
|||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGGAATTTGATCAAG-ATTGAGGTTAATGGTGTTGATTCTGGTTTCAATATGTATTTAGC 239
Query 240 TCATACTGGACAAGCTTATTTTCTTAGAGAAGTTGAAGATGTTGTTGGTGAATCTGAGAG 299
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCATACAGGACAAGCTTATTTTCTTAGAGAAGTTGAAGATGTTGTTGGTGAATCTGAGAG 299
Query 300 TGGTGAAGTTTATACTTTGTCTTCTGGTGATGAAGCTGAGACTA---CT-AGTA-GG--G 352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || | || |
Sbjct 300 TGGTGAAGTTTATACTTTGTCTTCTGGTGATGAAGCTGAGACGACGTCTAAG-ATGGATG 358
Query 353 ATGATGTTGTTGATAAGGTTAAGATTCCTTTGAAGTCTAGGAGTTGTAACTATGATTCTC 412
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATGATGTTGTTGATAAGGTTAAGATTCCTTTGAAGTCTAGGAGTTGTAACTATGATTCTG 418
Query 413 CTAGTCCTCGTACTGGTAATGGGAAGATTGTTGGTAAGCCTGGGATTTTAGGGTATGTGT 472
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 419 CTAGTCCTCGTAGTGGTAATGGGAAGATTGTTGGTAAGCCTGGGATTTTAGGGTTTGTGT 478
Query 473 TTGGTGGGAGGTCTGTTAGAGAGAGTCAAGATTGTGGTG-T-G-------GAGAGAGCTG 523
|||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||
Sbjct 479 TTGGTGGGAGATCGGTTAGGGAGAGTCAAGATGGTGGTGTTAGTTCTATTGAGAGAGCTG 538
Query 524 AGATTGCTGCTGATTTATTGGAGGTTAAGTGGTCTACTAATATCGATACGCGTAAGCGTG 583
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 539 AGATTGCTGCTGATTTATTGGACGTTAAATGGTCTACTAATATCGATACTCGTAAGTGTG 598
Query 584 GAAAAGGTATGTCTTCTGAGTCTTTGGATGGTAAAGACTA-TGGTGAGAGTACTAGTACT 642
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||
Sbjct 599 GAAAAGGTAAATCTTCTGAGTCTTTGGATGGTAAAG-GGAGTGGTGAGAG---TAGTACT 654
Query 643 AGTGGAAAATCTTGTGTTGAGGGTAGCTCTGAGATGCTAGTTGATAGCGATTCGATATTG 702
||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 655 AGTGGCAAATCTTGTGTTGTGGGTAGCTCGGAGATGTTAGTTGATTGCGATTCGATATTG 714
Query 703 GAGACTCCTCTTGTTGCATCTCCTACATTGCGGTTTCTTGATGAGAAAGAGCAGGATTTT 762
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GAGACTCCTCTTGTTGCATCTCCTACGTTGCGGTTTCTTGATGAGAAAGAGCAGGATTTT 774
Query 763 CGTGAAAGCACTAATGTGGAAGATTATTGTGAAGAGGATGGATCGAGTGGAGTTGTTGTT 822
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||
Sbjct 775 CGTGAAAGCACTAATGTGGAAGATTATTGTGAAGAGAATGTATCAAGTGGA---GTTGTT 831
Query 823 GAAAATGGTTTATGTGAAGCATCGAGTATGGTGTTCTCTGTTACTAGTGAAGGGAGTGGA 882
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GAAAACGGTTTATGTGAAGCATCGAGTATGGTGTCCTCCATTACTAGTGAAGGGAGTGGA 891
Query 883 AACGTAGAGATCTTTGTCGAACCAAGAACCGAGGCACTAGCAGAGGATGCTGTAAGTGGA 942
|||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| | ||||
Sbjct 892 AACGTAGAGAGCTTTGTGGAACCAAGAACCGAGACACTAGCACAGGATTCTGTTACTGGA 951
Query 943 AGCGATCTGGATTCCAAGCAAGAACTGTTAAGGGCTCCTGAATCTGTGGAAATTGCAACA 1002
| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 952 TGTGTTCTGGATTCGAAGCAAGAACTGTTAAGTGCTCCTGAATCTGTGGAAATTGTAACA 1011
Query 1003 TTGGGTTCAGCTGACCAAGCGGATATGGGGAGCATTGGCACTTCTCAAGAAGGAAGCAGC 1062
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1012 GTGGGTTCAGCTGACCAAGCGGATTTAGGGAGCATTGGCACTTCTCAAGAAGGAAGTAGC 1071
Query 1063 ACTGGCTCTCCAGTTCAAGATGAAAATAAAATCACCATAAAAGATATGCATATCTCGGCA 1122
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1072 ACTGGCTCTACAGTTCAAGATGAAAATAAGATCACCATAAACGATATGCATATCTCGGCA 1131
Query 1123 GGAGATTTTGAGAAGTCCCAGTCAGCAAGTGGAGAAAGCATCCTGCAACCAGAGATAGAA 1182
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GGAGATTTTGAGAAGTCTCAGTCAGCAAGTGGAGAAAGCATCCTGCAACCAGAGATAGAA 1191
Query 1183 GAAGAACAATTTTCCTTTAGCGATCTTGATGAATGTAAACCTGGTGGTAATAGTTCTGTA 1242
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1192 GAAGAACAATTTTCCTTTAGCGATCTTGACGAAGGTAAACCTGGTGGTAATAGTTCTGGA 1251
Query 1243 GGGTCAAGTTCTTCTGACACTGTAAAAGTTGATGGGAAAGAGAGTTATGATGAAACTAAA 1302
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||
Sbjct 1252 GGGTCAAGTTCTCCTGATACTGTAAAAGTTGATGGGAAAGAGAGTTACGATGAAATTGAA 1311
Query 1303 ACTAGTCCTGAAAAA-----GG-CGTGGAGAACACAATGGCCTTGTCAGAGCCGATTAAC 1356
||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 ACTAGTCCTGAAAAAGGCGTGGTCGTGGAGAACTCAATCGCCTTGTCAGAGCCGATTAAC 1371
Query 1357 ATAGAGAGAAAAAAGGATATCTTC-ACAGATGAGATGGAGCGGTTGGTAGGATCATTACC 1415
|||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 ATAGAGAGGAAAAAGGATATC-TCTACAGATGAGATGGAGCGGTTGGTAGGATCATTACC 1430
Query 1416 GATTATGCGGCTTCAAAACAACGATGATATGGATGCCAGTCCTTCTCAGCCCTTGAGCCA 1475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1431 GATTATGCGGCTTCAAAACAACGATGATATGGATGCCAGTCCTTCTCAGCCTTTGAGCCA 1490
Query 1476 GTCATTTGACCCATGTTTCAATACTTCAAAGTTGGATTTGAGAGAAGATGAGTCGAGCTC 1535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GTCATTTGACCCATGTTTCAATACTTCAAAGTTGGATTTGAGAGAAGATGAGTCGAGCTC 1550
Query 1536 GGGGGGTTTAGATGCAGAAAGCGTTGCTGAGAGTAGCCCAAAATTAAAGGCATTTAAACA 1595
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1551 AGGGGGTTTAGATGCAGAAAACGTTGCTGAGGGTAGCCCAAAATTAAAGGCATTCAAGCA 1610
Query 1596 TGTTATAGCTAATCCTGAAGTGGTCGAGCTCTCTCTCTGCAAGCACTTATTAAGTGAAGG 1655
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TGTTATCGCTAATCCTGAAGTGGTCGAGCTCTCTCTTTGCAAGCACTTATTAAGTGAAGG 1670
Query 1656 AATGGGAGCAGAAGCGGCTTCTCAGGCTTTCAATTCCGAAAAACTGGATATGGAAAAGTT 1715
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 AATGGGAGCCGAAGCGGCTTCTCAGGCTTTCAATTCCGAAAAACTGGATATGGAAAAGTT 1730
Query 1716 TGCTTCTTTGGGCCCATC-GATCCTGGAGAACGATAAGCTTGTCGTGAAGATTGGTGGCT 1774
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TGCTTCTTTGGGCCCATCAG-TCCTGGAGAACGATAAGCTTATCGTGAAGATTGGTGGCT 1789
Query 1775 GCTATTTTCCATGGGATGCAGCAGCTCCTATTATCTTAGGAGTGGTTTCATTTGGGACTG 1834
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 GCTATTTTCCATGGGATGCAGCTGCTCCTATTATCTTAGGAGTGGTTTCATTTGGGACTG 1849
Query 1835 CCCAAGTATTTGAACCCAAGGGCATGATAGCTGTTGACCGGAATGAGAAACCTGGTGATG 1894
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 CCCAAGTCTTTGAACCCAAGGGTATGATAGCTGTTGACCGGAATGAGAAACCTGGTGATG 1909
Query 1895 TATTAGCTCAAGGCAGTGGAAGCTGGAAACTTTGGCCTTTCTCTCTGC-GAAGATCAACA 1953
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1910 TATTAGCTCAAGGCAGTGGAAGCTGGAAGCTTTGGCCTTTCTCTCT-CAGAAGATCAAGG 1968
Query 1954 AAAGA-AGCTGAAGCTTCTCCTTCTGGGGACACAGCTGAACCTGAAGAGAAACAAGAGAA 2012
|| || | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1969 AACGATA-CTGAAGCTTCTTCTTCTGGGGATACAGCTGAACCTGAAGATAAACAAGAGAA 2027
Query 2013 GTCGTCCCCAAGACCAATGAAAAAGACTGTCAGGGCACTAACTCCAACTTCTGAACAATT 2072
|||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 GTCGTCGCCAAGACCAGTGAAAAAGACGGTCAGGGCACTAACTCCAACTTCTGAACAATT 2087
Query 2073 GGCTTCGCTAGATCTGAAAGATGGAATGAATTCCGTGACTTTTACGTTCTCCACCAATAT 2132
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 GGCTTCGCTATATCTGAAAGAAGGAATGAATTCCGTGACTTTTACGTTCTCCACCAATAT 2147
Query 2133 TGTGGGTACACAACAGGTAGACGCAAGGATTTACTTATGGAAATGGAATTCGCGCATAGT 2192
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2148 TGTGGGTACCCAACAGGTAGACGCAAGGATTTACTTATGGAAATGGAATTCTCGCATAGT 2207
Query 2193 TGTGTCAGATGTAGATGGTACCATCACAAGATCGGATGTATTAGGCCAGTTTATGCCTTT 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 TGTGTCAGATGTAGATGGTACCATCACAAGATCGGATGTCTTAGGCCAGTTTATGCCTTT 2267
Query 2253 GGTTGGTATAGATTGGTCACAAACAGGTGTTACACATTTGTTTTCGGCTGTAAAGGAAAA 2312
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 GGTTGGTATAGATTGGTCACAAACAGGTGTCACACATTTATTTTCGGCTGTAAAGGAAAA 2327
Query 2313 TGGATATCAGTTGATATTTTTAAGTGCACGCGCGATTTCTCAAGCCTCAGTCACAAGACA 2372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2328 TGGATATCAGTTGATATTTTTAAGTGCACGCGCGATTTCTCAGGCCTCAGTCACAAGACA 2387
Query 2373 ATTTCTAGTTAATCTCAAGCAGGACGGAAAAGCATTGCCGGATGGGCCTGTTGTTATCTC 2432
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 ATTTCTAGTTAATCTCAAACAGGATGGAAAAGCATTGCCGGATGGGCCTGTTGTTATCTC 2447
Query 2433 TCCTGATGGTCTCTTTCCTTCGTTGTTTCGGGAAGTAATTAGAAGAGCACCTCATGAATT 2492
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2448 TCCTGATGGCCTCTTTCCGTCGTTGTTTCGGGAAGTAATTAGAAGAGCACCTCATGAATT 2507
Query 2493 CAAGATTGCTTGCTTAGAGGAGATACGGGGC-TTGTTTCCTCCCGAACACAACCCATTCT 2551
||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2508 CAAGATTGCTTGCTTGGAGGAAATACGGG-CATTGTTTCCTCCCGAACATAACCCCTTCT 2566
Query 2552 ATGCTGGTTTTGGAAACAGAGACACAGATGAGATAAGCTACCTTAAAGTCGGAATCCCCC 2611
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 ATGCTGGTTTTGGAAACAGAGACACGGATGAGATAAGCTACCTTAAAGTCGGAATCCCCC 2626
Query 2612 GAGGAAAGATCTTCATTATTAACCCAAAGGGAGAAGTAGCTGTGAATCGTAGAATTGATA 2671
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2627 GAGGAAAGATCTTCATAATTAACCCAAAGGGAGAAGTAGCAGTGAATCGTAGGATTGATA 2686
Query 2672 CAAGATCATACACAAATCTTCATACTCTTGTTAACAGAATGTTCCCAGCTACATCCTCTT 2731
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2687 CAAGATCATACACAAATCTTCATGCTCTTGTCAACGGAATGTTCCCAGCTACAACCTCTT 2746
Query 2732 CAGAACCGGAGGACTTTAACACATGGAATTTCTGGAAACTGCCTCCTCCATCGCTTatgt 2791
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2747 CAGAACCGGAGGACTTTAACACTTGGAATTTTTGGAAACTGCCTCCTCCATCGTTTACGT 2806
Query 2792 gatgctgatgatcatgatgatgataaagatgatgatTTGTCTTCAAGAAAATGCAGATTA 2851
| ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 -A-----ATGAT---GATGATGATAATGATGATG-TT-GTCTTCAAGAAAATGCAGATTA 2855
Query 2852 GTTGATAGAGATAACAAATTGGTGGTCTGGTGTAGttttttttttCATTTCTTGGACACG 2911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 2856 GTTGATAGAGATAACAAATTGGTGGTCTGGTGTAGTCT--------ATTTC----A---- 2899
Query 2912 AGGTTCtttttttttttGTCACACTGATTTCATATCACAGGTTACGATGTATGCCCAGTT 2971
|| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2900 ---TT-TTTTTTTTGTT---ACACTGGTTTCATATCACAGGTTACGATGTATGCGCAGTT 2952
Query 2972 ATATACTTGTATATATATATTaaaaaaaTGTTGGACACTGTTCATTAAAACATTTCGAAA 3031
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2953 ATATACTTGTATATATATATTGAAAAAGTGTTGGACACTGTTCATTAAAACATTTTGAAA 3012
Query 3032 TTTAAGAGAATCATAA 3047
||||||||||||||||
Sbjct 3013 TTTAAGAGAATCATAA 3028
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115146810635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5