BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42920.2
Length=2642
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494728 jgi|Araly1|494728|fgenesh2_kg.8__544__AT5G42920.2 4071 0.0
> Ahg494728 jgi|Araly1|494728|fgenesh2_kg.8__544__AT5G42920.2
Length=2592
Score = 4071 bits (2204), Expect = 0.0
Identities = 2476/2606 (95%), Gaps = 23/2606 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 23 AATGGAGGACGGCGAAATAGAGGAAGGAATGGTAACTGCCGACGAATTCCCGACGCCGGA 82
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATGGAGGACGGCGAAATAGAGGAAGGAATGGTGACAACCGACGAATTCCCGACGCCGGA 60
Query 83 AGTAACTACCATAGAGACTATACAACCTCCCCGAGAGCCAG-GAAAATCTCCACTCGAGC 141
||| | |||| |||||||| |||||| || |||||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 61 AGT-A--ACCACAGAGACTACACAACCACCGCGAGAGCC-GTGTAAATCTCCACTCGAGC 116
Query 142 TACTTCGAGAGAGCAAAACCTCCGTAGAAGAAATCGTCGCGAAGATGCTCTCCATGAAAA 201
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 117 TACTTCGAGAAAGCAAAACCTCCGTAGAAGAAATCGTTTCAAAGATGCTCTCAATGAAAA 176
Query 202 AACAAGGAAACCACAAATCTGAGATTCGAGAACTCCTCACTCAAATGTTCCTCAACTTCG 261
|||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 177 AACAAGGAAATCAAAAATCCGAGATTCGAGAACTCCTCACACAAATGTTCCTCAACTTCG 236
Query 262 TCAATCTTCGTCAGGCGAATCGGGCGATTTTGACTGAGGAAGATAAAGTGAAAGCGGAGA 321
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 237 TCAATCTTCGTCAGGCGAATCGTGCGATTTTGACTGAGGAAGATAAAGTGAAGGCGGAGA 296
Query 322 CGGAAAGAGCAAAGGCACCTGTTGATTTCACGACATTGCAATTGCATAATCTTATGTATG 381
||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CGGAACGAGCAAAGGCACCAGTTGATTTCACAACATTGCAATTGCATAATCTTATGTATG 356
Query 382 AGAAGAGCCATTACGTTAAAGCTATCAAGGCTTGTAGAGATTTCAAATCTAAGTATCCTG 441
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 AGAAGAGTCATTACGTTAAAGCTATTAAGGCTTGTAGAGATTTCAAATCTAAGTATCCTG 416
Query 442 ATATTGACCTTGTTCCTGAACAAGACTTCTTTCGTCATGCTCCTGAAGCTATCAAAGATC 501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 417 ATATTGACCTTGTTCCTGAACAAGACTTCTTTCGTCATGCTCCTGAAGCTATCAAAGACC 476
Query 502 AATCGCTTTCAAGTGATAGTTCTCATGTTTTGATGCCTAAGAGACTCAATTTTGAGCTTC 561
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AATCGCTTTCAAGTGATAGTTCACATGTTTTGATGCCTAAGAGACTCAATTTTGAGCTTC 536
Query 562 ATCAGAGGAAAGAATTGTGTAAGCATCGAGCGAGATTGGAGCAACAGAAGAAGAGTTTAT 621
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 ATCAGAGGAAAGAATTGTGTAAGCAACGAGCGAGATTGGAGCAACAGAAGAAGAGTTTAC 596
Query 622 TAGAAACCATTGCGGAGCGTAAGAAGTTTTTGTCGAGTCTTCCTCTACACCTTAAGTCTC 681
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 597 TAGAAACTATTGCAGAGCGTAAGAAGTTTTTGTCAAGTCTTCCTCTTCACCTTAAGTCTC 656
Query 682 TGAAGAAAGCATCGCTTCCAGTACAGAACCACTTGGGTATACAGCACACAAAGAAACTGA 741
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 657 TGAAGAAAGCATCGCTTCCAGTACAGAACCAGTTGGGTATCCAGCACACAAAGAAACTGA 716
Query 742 AGCAGCATAAT-TTAGCTGAGCTGCTTCCTCCTCCGCTTTATGTTCTATACTCACAGCTC 800
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 717 AGCAGCATAATCTT-GCTGAGCTGCTTCCTCCTCCGCTTTATGTAATTTACTCACAGCTC 775
Query 801 TTGGCACAAAAGGAAGCTTTTGAGGAGAGTATTGAATTGGAGGTAGTTGGGAGTCTTAAG 860
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TTGGCACAAAAGGAAGCTTTTGAGGAGAGTATCGAATTGGAGGTAGTTGGGAGTCTTAAG 835
Query 861 GATGCTCAAGCTTATGCTAGACAACAATCCAGAAAGGACTCAGGTATGTCGAGTAATACA 920
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| || |||||||
Sbjct 836 GATGCTCAAGCTTATGCTAGACAACAATCGAAAAAGGACTCGGGTATGTTGAATAATACA 895
Query 921 GAGAGTTCTAGGTTGGAGGATGATGGACCTGATGACGATGATGATGGACAAAGGAGAAGA 980
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 GAAAGTTCTAGGTTGGAGGATGATGGACCTGATGACGATGATGATGGACAAAGGAGAAGA 955
Query 981 AAACGACCCAAGAAACTTACTAGCAAAGAAGGTTCTGACAAGGCAGGATTATATCAAGTC 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 AAACGACCCAAGAAACTTACTAGCAAAGAAGGTTCTGACAAGGCAGGATTATATCAAGTC 1015
Query 1041 CACCCTCTCAAAATTGTCCTTCACATATATGATGATGAGATACCAGATACAAAATCCTTG 1100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1016 CACCCTCTCAAAATTGTCCTTCACATATATGATGATGAGATACCTGATACAAAATCCCTC 1075
Query 1101 AAACTTGTCATTCTCAAGTTTGAGTACTTGCTGAAGTTGAATGTTGTATGTGTTGGCGCT 1160
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 AAACTTGTCATTCTCAAGTTTGAGTACGTGCTGAAGTTGAATGTTGTATGTGTTGGCGCT 1135
Query 1161 GAAGGCTCTCAGGATGGACCAGaaaaaaaCATATTTTGTAACTTGTTTCCAGATGACGCT 1220
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1136 GAAGGCTCTCAGGATGGACCAGAGAAAAACATCTTTTGTAACTTATTTCCAGACGACGCT 1195
Query 1221 GGACTTGAGCCTCCTCATCAGTCAACCAAGCTCATCCTTGGTGATGGTCAGACGTTTGAT 1280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1196 GGACTTGAGCCTCCTCATCAGTCAACCAAGCTCATCCTTGGTGATGGTCAGGCATTTGAT 1255
Query 1281 GAGAACAGAACTTCAAGGCCTTATAAATGGGTACAACATTTGGCGGGAATTGATATTTCA 1340
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1256 GAGAACAGAACTTCAAGGCCTTACAAATGGGTGCAACATTTGGCGGGAATTGATATTTTA 1315
Query 1341 CCGGTTTTATTAGGCCAAGAAGCTCATAACACTGACCCAGCTAAAAGTGATACGTTTGTG 1400
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CCGATTTTATTAGGCCAAGAAGCTCATAACACTGACTCAGCTAAAAGTGATACGTTTGTG 1375
Query 1401 CCTGATCTTTCATTGTATCGCCAGCAGCATAGAGTGCAAACAGTTCTGCGAAGAATACGC 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 CCTGATCTTTCATTGTATCGCCAGCAGCATAGAGTGCAAACAGTTCTGCAAAGAATACGC 1435
Query 1461 TTGCGGAAAAAAGCGCATCTGGCTCTTGCGGAACAGCTTGATTTGCTTATGAAACATGAG 1520
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TCGCGGAAAAAAGCGCATCTGGCCCTTGCGGAACAGCTTGATTTGCTTATGAAACATGAG 1495
Query 1521 TTACCAGTGGTGAACTGCGAAGATGCTCCTTGGGCACTGCATAAGGTTCTCTGTGCTTTG 1580
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1496 TTACCAGTGGTGAACTGCGAAGACGCTCCTTGGGCACTGCATAATGTTCTCTGTGCTTTG 1555
Query 1581 GATTCCTGGTTACATATACAATCTTCAGCTAGTAAGTCATGCTCTCTGACTCTGAACAGT 1640
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1556 GATTCCTGGTTACATATACGATCTTCAGCTAGTAAGTCATGCTCTCTGACTCTAAACAGT 1615
Query 1641 GTGGAACAAGTTCCAGAACCTATGGAAATCGATGTAGATGGAAGATCTATTTCTGGAAAA 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1616 GTGGAACAAGTTCCAGAACCTATGGAAATCGATGTAGATGGGAGATCTGTTTCTGGAAAG 1675
Query 1701 GAAGATTTTGAAAGTATACGGGAAGATGGAGAACTTCCCTCTTTGGTCACGGCGGCTGCT 1760
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1676 GAAGATCTTGAAACTATACGGGAAGATGGAGAACTTCCCTCTTTGGTCACAGCGGCTGCT 1735
Query 1761 TCGTTAACCAGTTCCAATCATACCCCATCGAAAGTATCTAATCAAGCACGGTCAAGGCAG 1820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TCGTTAACCAGTTCCAATCATACCCCATCGAAAGTATCTAATCAAGCACGGTCAAGGCAG 1795
Query 1821 TTGGCCTTGATGACAAAGAATCTAGATTCTCCGATTAGCAAAGGAAAGTCCCCAAGTTTC 1880
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1796 TTGGCCTTGATGACAAAGAACCTAGATTCTCCAATTAGCAAAGGAAAGTCACCAAGTTTC 1855
Query 1881 AAGAAATACGAAGATGATTTGGATCTTGTTCTGGACGATGATAGTGAAATAGATGAGCCA 1940
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1856 AAGAAATACGAAGATGATTTGGATCTTGTTTTGGA---TGATAGTGAAGTAGATGAGCCA 1912
Query 1941 ACCGGAAGAACTGAGGCGCATGTGGAAGAGTTATGCCCTGAGAAAGCTGATAATTCATGG 2000
| || ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 GC---AA---CTGAGGCACATGTAGAAGCGTTGTGCCCTGAGAAAGCTGATAATTCATGG 1966
Query 2001 GTGGATTATGGTTCGAGAGAGTTTGCGCTTGTGTTCTCCAGGAAAACAGATGGCGGAAAG 2060
|||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1967 GTGGATTATGGTGCGAGAGAGTTTGCACTTGTGCTCTCCAGGAAAATAGATGGCGGAAAA 2026
Query 2061 TTGTGGAAGTTAGAAGCAATGGTACAAATTAGCATGGAGTATCCTCTTCGACCTCCTTTG 2120
||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 TTGTGGAAGTTAGAAGCAACGGTTCGTGTTAGCATGGAGTATCCTCTTCGACCTCCTTTG 2086
Query 2121 TTTTCTCTGTCTCTCCACGCATCTTCTTCATCAGGAAATGAAAATGGGACAAATGAAAGT 2180
||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2087 TTTTCTCTGTCTCTCCATGCTTCTTCTTCGCCAGGAAATGACAATGGGACAAATGAAAGT 2146
Query 2181 GACCATTACAATGAACTTCGAGCAATGGAAGCAGAAGTGAACCTTCATATGTTGAAGATT 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GACCATTACAATGAACTTCGAGCAATGGAAGCAGAAGTGAACCTTCATATGTTGAAGATT 2206
Query 2241 ATTCCTTCAGATCAAGAAAACTATCTCCTATCTCATCAAATCAGATGCTTAGCAATGTTG 2300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 ATTCCTTCAGATCAAGAAAACTATCTCCTATCTCATCAGATCAGATGCTTAGCAATGTTG 2266
Query 2301 TTCGACTATTACGTGGATGACCCATCTCCAGATTCCAAAAGAGGAACAGCCACAACTGTG 2360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 TTCGACTATTACGTGGACGACCCATCTCCAGATTCCAAAAGAGGAACAGCCACAACTGTG 2326
Query 2361 GTTGATGTCGGTTTGTGCAAGCCTGTTGACGGTAAGCTTCTTGTGAGATCATTCAGAGGC 2420
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 GTTGATGTCGGTTTGTGCAAGCCTGTAGACGGTAAGCTTCTTGTGAGATCATTCAGAGGC 2386
Query 2421 AGAGATCACCGGAAAATGATCTCATGGAAGGGCAGAGGATGTGCATCGGGTTATCCATGC 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 AGAGATCACCGGAAAATGATCTCATGGAAGGGCAGAGGATGTGCATCGGGTTATCCATGC 2446
Query 2481 TAG-AGATTACATC---GCCACTCACTTCTCTATATTATCTTTCTCTGGTGGTACAAGCA 2536
||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2447 TAGGAGATTACATCACCGCCACTCATTTCTCTATATTATCTTTCCCTGTTGGTACAAGCA 2506
Query 2537 AAAGTTTTTGCATGTAACAtttttt-t-A-TCGTATAAACCGTTATTGAAACAGCCTACT 2593
|| ||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2507 AAGGTTTTTGCATGGAACATTTTTTCTTAGTCGTATAAACCGTTATTGAAACAGCCTTCT 2566
Query 2594 TGTTGGGTGAGGACCTGGTCTGTTTT 2619
||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TGTTGAGTGAGGACCTGGTCTGTTTT 2592
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99644080920
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5