BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G43120.1
Length=1767
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948887 jgi|Araly1|948887|scaffold_800774.1 2639 0.0
> Ahg948887 jgi|Araly1|948887|scaffold_800774.1
Length=1790
Score = 2639 bits (1429), Expect = 0.0
Identities = 1655/1764 (94%), Gaps = 16/1764 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGACCACTTCTCTTACAGGAATACAAACAAGATGGTCAGGACCCACGTTGTTGTCGGT 60
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGACCACTTCTCTTGCAAGAATACAAACAAGATGGCCAGGACCCACGTTGTTGTCGGT 80
Query 61 TCCAGACCCTGTTGTTTC-TCTTGTGCCATGGAGGAAAAAGACCCTTGTGTTAGAAAAGC 119
|||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TCCAGACCGTGTTGTTTCTTC-TGTGCCATGGAGGAAAAAGACCCTTGTGTTAGAAAAGC 139
Query 120 ATGGTTAGAGTTATCTCTGAGAGATATGCACATGATAAGAGATGATACAGAGCTTGCTCT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 140 ATGGTTAGAGTTATCTCTGAGAGATATGCACATGACAAGAGACGACACAGAGCTTGCTCT 199
Query 180 CACGCTCAGTTTCATCTGGAGATACGCCATGGCAGACCCCGAGAACCCCGAGTTACCGTC 239
|| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 200 AACACTCAGTTTTATCTGGAGATACGCCATGTCTGACCCCGAGAACCCCGAGTTACCGAC 259
Query 240 TCTCGGTGTCTTTGAGTGCATGACAAGGTTGATGAAGAAAGGTCTTGAGGATGTAGAATG 299
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TCTCGGGGTCTTTGAGTGCATGACAAGGTTGATGAAGAAAGGTCTTGAGGATGTAGAATG 319
Query 300 GGTAATGACTGGCCAAAATGTGTATGTTCCTTACTATGCAGCTCATATCATTGGATCTTA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 320 GGTAATGACTGGCCAAAATGTGTATGTTCCTTACTATGCTGCTCATATCATTGGATCTTA 379
Query 360 CACCATGAAGAAGCCC-GATTTTGCTACAAAAGCTGTGGAGTCTGGAGTCATAGCTCCAT 418
|||||||||||| | | || |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 380 CACCATGAAGAA-CTCTGAGTTTGCTGCAAAAGCAGTGGAGTCTGGGGTAATAGCTCCAT 438
Query 419 TGCTTGAGCTTATGAGAAG-AAAGATGAGTTGGGTCGAGCAAAGAGTCGTCGTTAGGGCG 477
||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 439 TGCTTGAGCTTATGAGAGGTAAA-ATGAGTTGGGTGGAGCAAAGAGTAGTGGTTAGGGCG 497
Query 478 TTAGGTCACTTGGCGAGCTACGAGACAACGTTTGAGGCAGTGGCTGCTTACGAGGATGAG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 498 TTAGGTCACTTGGCGAGCTACGAGACAACGTTTGAGGCAGTGGCTGCGTACGAGAATGAA 557
Query 538 GTGGTGAGATTAGCTATGGAGATTGCAATGACATGTGTTGATGTTGTATATGAAGAGTTT 597
|| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 558 GTAATGAGATTAGCCATGGAGATTGCAACGACATGTGTTGATGTTGTGTATGAGGAGTTT 617
Query 598 GTGAGTGTTCAAGAAAAAGAAGGAAGAGTGAGGTATCACAGTGACTTGCTTACTAGAGGA 657
|| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 618 GTAAGTGTTCAAGAAAAAG--G-AAGAGTGAGGTATCACAGTGAATTGCTTACTAGAGGA 674
Query 658 CTTGGAGGGTTAGAGATGGAAGACCGAAAAGCCGAGGAATGGGCAAGCCAACTCCAATGC 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 CTTGGAGGGTTAGAGATGGAAGACCGAAAAGCCGAGGAATGGGCAAGCCAACTCCAATGC 734
Query 718 TGGTCACTTCATTTACTCAATTGCTTTGCTTACAAGCAAAAGTGTATTTCTCTTATTTGC 777
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 735 TGGTCACTACATTTACTCAATTGCTTTGCTTACAAGCAAAGGTGTATTTCTCTTATTTGC 794
Query 778 AACAAAACATTTCTCAAGGAGCTTAGTCAAATGTGGGGTGGATTGGTTAACCACACTTCT 837
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 795 AACAAAACCTTTCTCAAGGAGCTTAGCCAAATGTGGGGTGGATTGGTTAACCAAACTTCT 854
Query 838 CCTTCGGGCATCGGACTAATCCGGATTCTTTGTTATAGTAAACAAGGGCGAAGGCATGTA 897
||| | || ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 855 CCTGCAGGAATCGGTCTAATTCGGATTATTTGCTATAGTAAACAAGGGCGAAGACATGTA 914
Query 898 TCGGGATCGAGAGAAATGATACTGAGTCTATGTAACCTCTCCCGGTCTTCTGATGATTGG 957
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 TCGGGATCGAGAGAAATGATACTGAGTCTATGCAATCTCTCCCGGTCTTCTGATGATTGG 974
Query 958 CAATACATGGGGATAGATTGCCTTTTGCTGCTTCTTAAAGACCAAGCAACAAGGTACAAT 1017
||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 975 CAATACATGGGTATAGATTGCCTACTGCTCCTTCTTAAAGACCAAGAAACAAGGTACAAA 1034
Query 1018 GTCTTAGAGATGTCATTGTTTTATCTAGTAGACCTAGTTGAGGTTAAAGCTCTTAACGTC 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1035 GTCTTAGAGATGTCATTGTTTTATCTAGTAGACCTAGTTGAGCTTAAAGCTCTTAACGTC 1094
Query 1078 AGAAAAAACTTAGGTGATAGAATAACTAAGGTTCTTTTAATGCATTACTGCAAGACAAAG 1137
||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1095 AGACCAAACCTAGGTGATAGAATAACTAAGGTTCTTGTAATGCATTAC---AACACAAAG 1151
Query 1138 AAAGGTTGTGCTTACTCTCACAAGGCCCAAAAAGCTTTGAAAGAACTATGGAGGAATAAA 1197
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 AAAGGTTGTGTTTACTCTCACAAGGCCCAAAAGGCTTTGAAAGAACTATGGAGGAATAAA 1211
Query 1198 GTAGAAAGGAGAAGGAGGGAGAGAAAGTTTATGAGTAAGAATCAAGATTTTCTGAGAGAG 1257
||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 1212 GTAGAGAGGAGAAAGAGGGAGCGAAAGTTTATGAGTAAGAATAAAGAATTTCTGACAGAG 1271
Query 1258 ACAAGTGTTGTTGTATATTTGATTAAGCAGCAAGCAAACCAACTT-CTTCATGTAGGAGA 1316
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||
Sbjct 1272 ACAAGTGTTGTCGTAAATTTGATTAAGCAGCAAGCAAACCAA-TTGCTTTGTGTAGGAGA 1330
Query 1317 CATAGAGGGAGCTATTAAATGCTACACCGAAGCAATAGGCTTATGTCCTTTAAAACTTAG 1376
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1331 CATAGAGGGAGCTATTAAATGCTACAACGAAGCGATAGGCTTATGTCCTTTGAAACTTAG 1390
Query 1377 GAGAAAGAGAATGAATCTTTATAGCGAAAGAGGAGAGTGTTACTTACTTCTTGGAGATGT 1436
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 GAGAAAGAGAATGATTCTTTATAGCGAAAGAGGAGAGTGTTACTTACTTCTTGGAGATGT 1450
Query 1437 AGATGCGGCCATAAGTGATTGCACAAGAGCTCTTTGCTTGTCGGAACCAGTGAATTCTCA 1496
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1451 AGATGCGGCTATAAGTGATTGCACAAGAGCTCTTTGCTTGTCGGAACCAGTGAATTCACA 1510
Query 1497 TGGTAAGAGTCTTTGGACAAGGTCAAGAGCTTATGACATCAAAGGGCTTTCAAGAGAAAG 1556
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 TGGTAAGAGTCTTTGGACAAGATCAAGAGCTTATGACATCAAAGGGCTTTCAAGAGAAAG 1570
Query 1557 CTTGATGGATTGTATCATGTTCGTCAATGGCCGCTGCTTTCGTGGTAATATCCCTTACTA 1616
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1571 CTTGATGGATTGTATCATGTTTGTCAATGGCCGCTGCTTTCGTGGTAATATTCCTTACTA 1630
Query 1617 TGCTGCTCAAATGATAAGCAAACAGATGGAGGCTACGTGGCTGTTTGAAAAGGCTAGAGC 1676
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1631 TGCTGCTCAAATGATCAGCAAACAGATGGAGGCTACATGGCTTTTTGAAGAGGCTAGAGC 1690
Query 1677 ATCAAAGCTTGGAAGAATGATGCTCAAGGAGAAATTTCACTTAACAGGTATATTCATTTT 1736
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1691 ATCAAAGCTTAGAAGAATGATGCACAAGGAGAAATATCACTTAACTGGTATATTCATTTT 1750
Query 1737 CTTATATATATGT--ATGAATATA 1758
|||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1751 CTTATACATATGTGTATGAATATA 1774
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 66315116545
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5