BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G43130.2
Length=2747
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948886 jgi|Araly1|948886|scaffold_800773.1 3819 0.0
> Ahg948886 jgi|Araly1|948886|scaffold_800773.1
Length=2515
Score = 3819 bits (2068), Expect = 0.0
Identities = 2257/2348 (96%), Gaps = 14/2348 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 AGCT-ATTTCAATGGATCCTTCAATTTTCAAGCTCCTTGAAGAAGATGAGGATGAATCGA 90
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 10 AGCTAATTTCAATGGATCCTTCAATTTTCAAGCTCCTCGAAGAAGACGAGGATGAATCGA 69
Query 91 TGCATTCAGGAGCTGACGTAGACGCGTTCCAAGCTGCTCTGAATCGTGATATTGAAGGTT 150
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 70 TGCATTCAGGAGCTGACGTAGATGCGTTCCAAGCTGCTCTGAATCGTGATATTGAAGGTT 129
Query 151 CTATGACAACTTCAATACCCCACGTGACAAACCCAGGAAACAACCATTCTTCCAGGCAGC 210
||||||| ||| || |||| | |||| |||||||||||||||| || ||| ||| ||||
Sbjct 130 CTATGACTACTACACTACCGCTCGTGGCAAACCCAGGAAACAATCACTCTCCCAACCAGC 189
Query 211 AGTTTTCGACATGGAAGAATGGTATTGGAGATTCTAATATCAATGTCCAGACTCAGCATA 270
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 190 AGTTTGCGACATGGAAGAATGGTATTGGAGATTCTAATATCAATGTCCAGACGCAGCACA 249
Query 271 GCCTTGAAAGTACTCAGATGAAGGAGCAAGAAGGATC-G----A-CTTTAGAAAATCAAC 324
||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| | | || ||||||||||||
Sbjct 250 GCCTTGAAAATACTCAAATGAAGGAGCAACAAGGATCAGCTACAGCTATAGAAAATCAAC 309
Query 325 ATCAACATGATTTGAAACGCGCAAATGAACCTCATTTACAACACAACCAGCCTCAAGACC 384
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 ATCAACATGATTTGAAACACGCAAATGAACCTCATTTACAACACAACCAGCCTCAAGACC 369
Query 385 TTCATCGAGCTGGTCAACTCTGGGAGAATCCCTCGCAGGTCCCCCAATCAACTGGGTTAC 444
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 370 TTCATCGAGCTGGTCAATTCTGGGAGAATCCCTCGCAGGTCCCCCAAACAACTGGGTTAC 429
Query 445 CGA-TTAGTGAAAAGAATCCTACTGGTAATGAATCAGATAGATCCCATAATCAAGAGAGT 503
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 430 CGAGTT-CTGAAAAGAATCCTACTGGTAATGAATCAGATAGATCACATAATCAAGAGAGT 488
Query 504 GAATCTCAGTATATGAAACTGCAAAAGATGAGTAGTCAACAGGCTCGGGGAGTGGAACCG 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 GAATCTCAGTATATGAAACTGCAAAAGATGAGTAGTCAACAGGCTCGGGGAGTGGAACCG 548
Query 564 CCTGTTAACCCTATGAATGTTAACCCTATAAACCGCAACCCTAAGCAAGTACCATTTGCT 623
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 CCTGTTAACCCTATAAATGTTAACCCTATGAACCGCAACCCTAAGCAAGTACCATTTGCT 608
Query 624 GCTTTGCTTCCTACTTTAATGAACCAACTCGATAAAGATAGAGCACTGCAGCTCCGTACC 683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GCTTTGCTTCCTACTTTAATGAACCAACTCGATAAAGATAGAGCACTGCAGCTCCGTACC 668
Query 684 CTATATGCTAGACTTAAGAAAAATGAAATCCCCAAAGAGGGGTTCACACGACATATGAAA 743
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 CTATATGCTAGACTTAAGAAAAATGAAATTCCCAAAGAGGGGTTCACACGACATATGAAG 728
Query 744 GATATTGTGGGCGATCAGATGCTCAGGATGGCAGTTAGTAAACTCCAGCAGGTGAACTAT 803
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 729 GATATTGTAGGCGATCAGATGCTCAGGATGGCAGTTAGTAAACTCCAACAGGTGAACTAT 788
Query 804 AACCAGGGAAAAATTGGAATTCAAGCTCCTTCTACTGAAATCAATAATCAAAAATCTCAG 863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 AACCAGGGAAAAATTGGAATTCAAGCTCCTTCTACTGAAATCAATAATCAAAAATCTCAG 848
Query 864 TCTGATCCTCGTGCAGTCCATCTTAACCAACTACCGTCCTCAGCTTCAGGCACCTTAGGC 923
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 TCTGATCCTCGTGCAGTCCACCTTAACCAACTACCGTCCTCAGCTTCAGGCACCTTAGGC 908
Query 924 AGTTCAGTTCCGGTACAGGGACTTACCAAACATCCGCAGCACCAGATGCAGCATCCACCA 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 AGTTCAGTTCCGGTACAGGGACTTACCAAACATCCGCAGCACCAGATGCAGCATCCACCA 968
Query 984 AGTTCTTTTCCTATGTATACCACTTCTGGTAGTTTTCATTCATTCCCGGGTCCAAACACC 1043
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 969 AGTTCTTTTTCTATGTATACCACCTCTGGTAGTTTTCACACATACCCGGGTCCAAACACC 1028
Query 1044 AATGCTTCTGGTTCCACGTTGAGACCTCACCTTCATGATTCCCATATGAGACATGTGGCA 1103
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1029 AATGCTTCTGGTTCCTCGTTGAGGCCTCACCTTCATGATTCCCATATGAGACATGTGACA 1088
Query 1104 CATAACCAGCCTATGGGATCAACTGGTCTTGGAGGACCGCCCCAGTCTACCACAAACATG 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1089 CATAACCAGCCTATGGGATCAACTGGTCTTGGAGGACCGCCCCAGTCGACCACAAACATG 1148
Query 1164 ATGACTATGCCCAAGTTTGAGAGGCCAAGTTCTGTAAATGATCCGAGTAGGGTTCAGGGT 1223
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1149 ATGACTATGCCCAAGTTTGAGAGGCCAAGTTCTGTAAATGATCCGAATAGGGTTCAAGGT 1208
Query 1224 GGCGCTACATCGCACTTCCAGAACAGCTCATCATTGCCTCTAAATTCTGCACCTGGTCAA 1283
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209 GGCGCTACATCGCACTTCCAGAACAGCTCATC---GCCTCTAAATTCTGCACCTGGTCAA 1265
Query 1284 GGATCATCAGTGTCCCACGTAAAGCAGGAATCAGTTGATCAAAGTTTTGAAAAGAATAAT 1343
||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 GGATCATCAGTGTCCAATGTAAAGCAGGAATTAGTTGATCAAAGTTTTGAAAAGAATAAT 1325
Query 1344 GCAGCCTCAATGACTTCGAATGAGGACTTAGAGAAGGAGTCCTCTAGAATGGTTTTATCC 1403
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 GCAGCCTCAGTGACTTCGAATGAGGACTTAGAGAAGGAGTCCTCTAGAATGGTTTTATCC 1385
Query 1404 ACGCCTAACAACATGGCGCCTGCAAGCTCTGTTTCTCCTTCCATGACAACTCAACTAGAC 1463
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 ACACCTAACAACATGGGGCCTGCAAGCTCTGTTTCTCCATCCATGACAACTCAACTAGAC 1445
Query 1464 GCCAGCACAACTATGAATTCTCGTGGCCCATTGGGAACCTCTCAAGGAGGAGCT-AATGC 1522
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||
Sbjct 1446 GCTAGCACAACGATGAATTCTCGTGGCCCATTGGGAAGCTCTCAAGGAGGAG-TAAATGC 1504
Query 1523 TAGGATGCCACCCAAAAAGCCTTCTGTTGGTCAGAAAAAACCTCTTGAGACATTAGGTTC 1582
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1505 TAGGATGCCACCTAAAAAGCCTTCTGTTGGTCAGAAAAAACCTCTTGAGTCATTAGGTTC 1564
Query 1583 TTCACCTCCACCACCAAGCAAGAAGCAAAAAGTAGCAGGGAATTCTATGGATCAAAGTAT 1642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 TTCACCTCCACCACCAAGCAAGAAGCAAAAAGTAGCAGGGAATTCTATGGATCAAAGTAT 1624
Query 1643 TGAACAGCTCAATGATGTCACTGCAGTCAGTGGTGTTAATCTCAGGGAAGAGGAAGAACA 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 TGAACAGCTCAATGATGTCACTGCAGTCAGTGGTGTTAATCTCAGGGAAGAGGAAGAACA 1684
Query 1703 ATTATTTTCTGGGGCCAAGGAAGATGGTCGTGTTTCCGAAGCATCTCGGAGAGTTGTGCA 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 ATTATTTTCTGGGGCCAAGGAAGATGGTCGTGTTTCCGAAGCATCTCGGAGAGTTGTGCA 1744
Query 1763 CGAAGAAGAAGAAAGATTAATCTTGCAGAAGAATCCTCTGCAAAGAAAGCTGGCGGAAAT 1822
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1745 CGAAGAAGAAGAAAGATTAATCTTGCAGAAAAATCCTCTGCAGAGAAAGCTGGCGGAAAT 1804
Query 1823 TATGGCTAAAGCCGGGTTAAAGCAGATAAGCAATGATGTCGAACGGTGCTTATCTTTGTG 1882
|||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1805 TATGGCGAAAGCTGGTTTAAAGCAGATAAGCAATGATGTCGAACGGTGCTTGTCTTTGTG 1864
Query 1883 TGTGGAGGAAAGGATGCGAGGACTATTATCCCATATAATTCGGTTGTCAAAGCAGCGGGT 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1865 TGTGGAGGAAAGGATGCGAGGACTATTATCCCATATAATACGGCTGTCAAAGCAGCGGGT 1924
Query 1943 TGATGCTGAGAAATCTAGGCACCGGACTTTTATCACATCAGATATTCGGCTACAAATCAA 2002
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TGATGCTGAGAAATCTAGACACCGGACTTTTATCACATCAGATATTCGGCTACAAATCAA 1984
Query 2003 CGAAATGAATCAGAAGGTGAAGGAAGAATGGGAGAAGAAACAGGCTGAAGCAGAAAAGCT 2062
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1985 CGAAATGAATCAGAAGGTGAAGGAGGAATGGGAGAAGAAACAGGCAGAAGCAGAAAAGCT 2044
Query 2063 TAAGAAACCGAGTGAGAGTGAAGAAGGTGATGGTGGAGTTGACAGTGAGAAGGATAAAGA 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2045 GAAGAAACCGAGTGAGAGTGAAGAAGGTGATGGTGGAGTTGACAGTGAGAAGGAGAAAGA 2104
Query 2123 AGATAATCGTTCAAAGGGTGTGAAGGGAAATAAAGAGGATGACGACAAAATGAGAACGAC 2182
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 AGATAATCGTTCAAAGGGTGTGAAGGTAAATAAAGAAGATGACGACAAAATGAGAACGAC 2164
Query 2183 AGCTGCAAATGTTGCTGCTCGTGCTGCTGTCGGAGGAGATGATGCGTTCTTAAAATGGCA 2242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2165 GGCTGCAAATGTTGCTGCTCGTGCTGCTGTCGGAGGAGATGATGCGTTCTTGAAATGGCA 2224
Query 2243 ATTAATGGCTGAAGCTCGTCAGAAATCTGTATCTGAAGCTGGTAAAGATGGGAATCAGAA 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 ATTAATGGCTGAAGCTCGTCAGAAATCTGTATCTGAAGCTGGTAAAGATGGGAATCAGAA 2284
Query 2303 AACTACTTCAGGTGGAGGAAAGAACTCCAAAGATAGACAAGATGGTGGACGACGGTTTTC 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2285 AACTACTTCAGGTGGAGGAAAGAACTCCAAAGACAGGCAAGATGGTGGACGAAGGTTTTC 2344
Query 2363 TGGTACTG 2370
||| ||||
Sbjct 2345 TGGAACTG 2352
Score = 276 bits (149), Expect = 7e-73
Identities = 160/165 (97%), Gaps = 2/165 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2457 GGTGGTCGAAGAGTAGGGAAAAACCAAGGTTCGTCGCTTCAACCGAAAGTGGTGAGGACA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GGTGGTCGAAGAGTAGGGAAAAACCAAGGTTCGTCGCTTCAACCGAAAGTGGTGAGGACA 2411
Query 2517 ATCTCTGTGAAGGATGTGGTTGCGGTCCTCGAAAGAGAGCCACAGATGTCCAAATCCACT 2576
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2412 ATCTCTGTGAAGGATGTGGTTGCGGTCCTTGAAAGAGAGCCGCAGATGTCCAAATCCACT 2471
Query 2577 CTGATGTATCGATTAATTCAATAGAAAGA-AGAATCATTATATTT 2620
|| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2472 CTAATGTATCGATTAATTCAATAGAAA-ACAGAATCATTATATTT 2515
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103643556645
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5