BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G43530.1
Length=3834
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948807 jgi|Araly1|948807|scaffold_800694.1 5195 0.0
Ahg946141 jgi|Araly1|946141|scaffold_702370.1 468 2e-130
> Ahg948807 jgi|Araly1|948807|scaffold_800694.1
Length=3959
Score = 5195 bits (2813), Expect = 0.0
Identities = 3215/3406 (94%), Gaps = 40/3406 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 448 AATCTGGTGGTTGCTAAAGAAGAAGAAGAAATGATTGTTGATTCTATAGAAGATTCTGTT 507
||||| || |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 550 AATCT-GTTGTTGATAAAGAAGAAG-AG--ATGATAGTTGATTCTATAGAAAATTCTGTG 605
Query 508 GTTGAAATTGTTTCAACTGCTTCGGGTTGTGATTGTAATGTGAAGGTTGAGGTAGTGGAC 567
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 606 GTTGAAATTGTTTCAAGTGCTTCAGGTTGTGATTGTAATGTGAAGGTAGTGGTAGTGGAA 665
Query 568 CCTGAATTGTGTGTTGATAATCTGGTG-GTTGTTAAAGAAGAAGAAATGATTGCTGATTC 626
||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||| |||| || ||||||
Sbjct 666 CCTGAATTGTGTGTTGAGACTCTGGTGAG-TGTTAAAGAAGAAGACATGAGTGTTGATTC 724
Query 627 GATAGCGGAATCTGTGGTTGAAACTGTTTCGAGAGGTTTAGATTATGAGTGTGTTGATGT 686
||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 725 TATAATGGAATCTGTGGTTGAAACGGTTTCCAGAGGTTCAGACAACAAGTGTGTTGATGT 784
Query 687 CAAGGTGAAAGAAGAACCTGATTTAGGTACAAAATTGGAAGAAGATTCTGTTTTTCCGAA 746
|||||| || |||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||| |
Sbjct 785 CAAGGTCAAGGAAGAACCTGATTTAGATATAAAGTTAGAAGAAGATTCTG----T----- 835
Query 747 TGTGCTTGAGAAGAAGGATGAGGTAATCAAAGTCCTGGAAGACCAGCCAAGTGAGATT-A 805
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 836 TGTGCTCGAGAAGAAGGATGAGGTAATCAAAGTCCAGGAAGACCAGCCAAGTGAGATTAA 895
Query 806 ---A----T--AAGAAGCTAGAGCAAG-AGA--ATG--A-TGATCTCTTTTCGTCTGGAG 850
| | ||||| || || ||| ||| | | | || ||||||||||||||| |
Sbjct 896 TGGATTGTTGCAAGAAAATA-AGAAAGTAGACCAAGAAATTGTTCTCTTTTCGTCTGGTG 954
Query 851 ATTCAGATGGTACATCAGCCAAGAGAAGGAAAATGGAGATGGAATCATATGCACCAGTCG 910
|||| |||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 955 ATTCGGATGGTGCATCAGCTAAAAGAAGGAAAATAGAGATGGAATCATCTGTACCAATCG 1014
Query 911 GTGTGGAAAGCTGTATCCTGGCGCCGACGCCTCTTCGAGTTGTGAAACCAGAGAAGTTGG 970
|||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1015 GTGTCCAAAGCTGTATCCTAGCGCCGACGCCCCTTCGAGTTGTGAAACCGGAGAAGTTGG 1074
Query 971 ATACCCCTGAAGTTATTGATCTGGAATCAGAGAAAAGTTATACTCATGTGAAGATGGAAC 1030
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 ATACCCCTGAAGTTATTGATCTGGAATCTGAGAAGAGTTATACTCATGTGAAGATGGAAC 1134
Query 1031 CTGTTGAGGAAATAAAGGTGGAAGCTGTTAAGATGAGTTCTCAAGTGGAAG-ATGTGAAA 1089
| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||
Sbjct 1135 CGGTTGAGGAAATAAAGGCGGAAGCTGTGAAGATGAGTTCTCAAGTGAAAGAAT-TGAAA 1193
Query 1090 TTTAGCCGTGAGCAGAAATCTGTGTATGTGAAGAAGGAACCAGTTGGAGCAAGAAAGGTG 1149
|||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1194 TTTAGCCGTGAGCAGAAACCGGTATTTGTGAAGAAGGAACCGGTTGAAGCAAGAAAGGTG 1253
Query 1150 AAAGTGGAAGATGGAGATTTTCCGGTGGAGAAAGATTGGTATTTGGTTGGGAGGTCACTT 1209
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 AAAGTGGAAGACGGAGATTTTCCGGTGGAGAAAGATTGGTATTTGGTTGGGAGGTCACTT 1313
Query 1210 GTTACTGCTACTTCTACGAGTAAAGGAAGGAAATTAGAAGATAATGAGATTGTGAATTTC 1269
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1314 GTCACTGCTACTTCTACAAGTAAAGGAAGGAAGTTAGAAGATAACGAGATTGTGAATTTC 1373
Query 1270 ACATTTTCTTCTGTTGCAAAATGGAAAGTCCCAAACATTGTTCGTTTCTCTACCAAAAGA 1329
|| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 ACTTTTTCCTCTGTTGCCAATTGGAAAGTCCCTAACATTGTTCGTTTCTCTACCAAAAGA 1433
Query 1330 TGTGGAGAGATTGGTAGACTTCCGATGGAGTGGTCAAATTGGGCTGTGAGCCTTTTAAGA 1389
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1434 TGTGGCGAGATTGGTAGACTTCCTATGGAGTGGTCTAATTGGGCTGTGAGTCTTTTAAGA 1493
Query 1390 TCTGGTAAGGTCAAGATGTTAGGCAGATGTGTAGCGGCGCCACCATTTCTTACAATGATG 1449
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1494 TCTGGTAAGGTCAAAATGTTAGGCAGATGTGTAGCGGCGCCACCGTTTCTTACAATGATG 1553
Query 1450 CAAGAAATTATGCTATATGTCAGTTTTTACATTCACAGCTCGATATTCACTGATGTTAGC 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 CAAGAAATTATGCTATATGTCAGTTTTTACATTCACATCTCGATATTCACTGATGTTAGC 1613
Query 1510 AAATCCACTTGGCGGATTGGTTCTTCCCCAAACCTTGAGTCCACCCTTCATCCTCTTCTC 1569
|||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1614 AAATCCACTTGGCGAATTGGTTCTTCCCCAAACATCGAGTCCACGCTTCATCCTCTTCTC 1673
Query 1570 CAGCTTTTCAAACACTTGACAATCAAACCTTATCAAAAGGCGGAGTTTACTCCTGAGGAA 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CAGCTTTTCAAACACTTGACAATCAAACCTTATCAAAAGGCGGAGTTTACTCCTGAGGAA 1733
Query 1630 CTCAACTCTCGTAAACGTTCACTGAATTTGGAGGATGACTATGATGAAAGAGCAGCATTG 1689
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1734 CTTAACTCTCGTAAACGATCACTGAATTTGGAGGATGACTTTGATGAAAGAGCAGCATTG 1793
Query 1690 TTGGCCATAGCAAAAAGAAGAAAAGGTTGTCAACAGTCTCTGGAGCAGAACAAAGATGAA 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TTGGCCATAGCAAAAAGAAGAAAAGGTTGTCAACAGTCTCTGGAGCAGAACAAAGATGAA 1853
Query 1750 GAAGAGGCTCCTGAGTCATATATGAATCGGGTTGTCGGCGCTGCCGATTCATACAACCTT 1809
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1854 GAAGAGGCTCCTGACTCATATATGAATCGGGTTGTCGGCGCTGCAGATTCATATAACCTT 1913
Query 1810 GAGGAAATGGAAGCTCCAAGTACACTCACGTGTAACCTGAGACCGTACCAGAAACAAGCT 1869
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 GAGGAAATGGAAGCTCCAAGTACACTAACGTGTAACCTGAGACCGTACCAGAAACAAGCT 1973
Query 1870 CTCTACTGGATGTCGGAATCTGAGAAAGGAATTGATGTTGAAAAGGCAGCTGAAACTCTA 1929
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 CTCTACTGGATGTCAGAATCTGAGAAAGGAATTGATGTTGAAAAGGCAGCTGAAACTCTA 2033
Query 1930 CATCCTTGCTGGGAGGCTTATCGAATCTGTGACGAGAGGGCACCTTCTATTTATTTGAAC 1989
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2034 CATCCATGTTGGGAGGCTTATCGAATCTGTGACGAGAGAGCACCTTCAATTTATTTGAAC 2093
Query 1990 ATCTTTAGTGGTGAAGCAACAATCCAGTTTCCAACAGCAACGCAGATGGCAAGAGGCGGA 2049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2094 ATCTTTAGTGGTGAAGCAACAATCCAGTTTCCAACAGCAACACAGATGGCAAGAGGCGGA 2153
Query 2050 ATATTGGCAGATGCCATGGGACTTGGTAAAACTGTGATGACAATTGCACTAATACTTGCA 2109
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 ATATTGGCAGATGCCATGGGACTTGGAAAAACTGTGATGACAATTGCACTAATACTTGCA 2213
Query 2110 CGGCCAGGCCGAGGTAACCC-GGAAAATGAAGATGTCTTGGTGGCAGATGTTAATGCAGA 2168
||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2214 CGGCCTGGCCGAGGTAACCCAGG-AAATGAAGATGGCTTGGCGGCAGATGTTAATGCAGA 2272
Query 2169 TAAACGCAATAGGAAGGAGATTCATATGGCACTAACGACTGTGAAGGCAAAAGGAGGCAC 2228
||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 TAAACGCAAGAGGAAGGAGAGTCATACCGCACTAACGATTGTGAAGGCAAAAGGAGGCAC 2332
Query 2229 TCTTATTATTTGTCCCATGGCATTGTTAAGCCAATGGAAGGACGAGCTTGAGACTCATTC 2288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 TCTTATTATTTGTCCCATGGCATTGTTAAGCCAATGGAAGGACGAGCTTGAGACTCATTC 2392
Query 2289 AAAGCCTGACACTGTGTCTGTGTTAGTTTACTATGGAGGGGATAGGACACATGACGCGAA 2348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 AAAGCCTGACACTGTGTCTGTGTTAGTTTACTATGGAGGGGATAGGACACATGACGCGAA 2452
Query 2349 AGCAATAGCGAGTCATGATGTGGTTTTGACAACTTATGGTGTTTTAACCTCAGCTTACAA 2408
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2453 AGCAATAGCGAGTCATGATGTGGTTTTGACAACTTATGGTGTCTTAACCTCAGCTTACAA 2512
Query 2409 GCAGGATATGGCAAACAGTATTTTCCACAGGATTGATTGGTATAGGATTGTTCTTGATGA 2468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 GCAGGATATGGCAAACAGTATTTTCCACAGGATTGATTGGTATAGGATTGTTCTTGATGA 2572
Query 2469 AGCTCACACGATCAAATCATGGAAAACTCAAGCTGCTAAAGCCACATTTGAGTTATCTTC 2528
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2573 AGCTCACACGATCAAATCGTGGAAAACTCAAGCTGCTAAAGCTACATTTGAGTTGTCCTC 2632
Query 2529 ACATTGCAGATGGTGTCTGACTGGGACTCCCTTACAAAACAAGCTCGAAGATCTATACAG 2588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2633 ACATTGCAGATGGTGTCTGACTGGGACTCCCTTACAAAACAAGCTTGAAGATCTTTACAG 2692
Query 2589 TCTTCTATGTTTCCTGCATGTTGAACCATGGTGCAATTGGGCTTGGTGGAGTAAGTTGAT 2648
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 TCTTCTATGCTTCCTGCATGTCGAACCATGGTGCAATTGGGCTTGGTGGAGTAAGTTGAT 2752
Query 2649 ACAGAAGCCTTATGAAAATGGTGATCCACGAGGACTGAAGCTGATCAAGGCGATTTTGAG 2708
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 ACAGAAGCCTTATGAAAATGGTGATTCACGAGGACTGAAGCTGATCAAGGCGATTTTGAG 2812
Query 2709 GCCATTGATGCTGAGAAGAACAAAGGAAACAAGGGACAAAGAAGGAAGTCTAATTCTTGA 2768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 GCCATTGATGCTGAGAAGAACAAAGGAAACAAGGGACAAAGAAGGAAGTCTAATTCTTGA 2872
Query 2769 ACTTCCTCCAACCGACGTCCAAGTCATTGAATGTGAACAATCTGAAGCAGAACGTGACTT 2828
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2873 ACTTCCTCCAACTGATATCCAAGTCATTGAATGTGAACAATCCGAAGCAGAACGTGACTT 2932
Query 2829 CTATACAGCC-TTGTTCAAGAGATCCAAAGTCCAATTTGACCAGTTTGTGGCACAAGGAA 2887
|||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 CTATACTGCCCTT-TTCAAGAGATCCAAAGTTCAATTTGACCAGTTTGTGGCACAAGGAA 2991
Query 2888 AAGTTCTTCACAACTATGCAAACATCCTCGAGCTCCTCCTCCGTCTACGCCAATGTTGTA 2947
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 AAGTTCTCCACAACTATGCAAACATCCTCGAGCTCCTCCTCCGTCTACGCCAATGTTGTA 3051
Query 2948 ACCACCCTTTTCTAGTTATGAGCCGAGCAGATTCACAACAGTACGCTGACTTAGATAGCC 3007
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3052 ACCACCCTTTTCTAGTTATGAGCCGAGCAGATTCACAACAGTACGCAGACTTAGATAGCC 3111
Query 3008 TTGCAAGGAGGTTTCTTGATAACAACCCTGACTCTGTTTCCCAAAATGCTCCTTCTCGGG 3067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3112 TTGCAAGGAGGTTTCTTGATAACAACCCTGACTCTGTTTCCCAAAATGCGCCTTCTCGGG 3171
Query 3068 CATATATCGAAGAAGTTATCCAAGATTTACGCGATGGCAATAGCAAAGAATGTCCAATAT 3127
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 CATATATCGAGGAAGTTATCCAGGATTTACGCGATGGAAATAGCAAAGAATGTCCAATAT 3231
Query 3128 GTCTGGAGTCTGCAGATGATCCCGTTCTCACACCTTGTGCTCACAGAATGTGCCGTGAAT 3187
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3232 GTCTGGAGTCTGCAGATGATCCCATTCTCACACCTTGTGCTCACAGAATGTGCCGGGAAT 3291
Query 3188 GTCTCCTTACTAGCTGGCGCTCTCCATCTTGTGGTCTATGCCCAATCTGCAGGACAATCC 3247
||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3292 GTCTCCTTACTAGCTGGCGGTCCCCATCTTGTGGTCTTTGCCCAATCTGCAGGACAATCC 3351
Query 3248 TGAAGAGAACCGAACTTATCTCATGCCCGACAGATAGTATATTCCGTGTTGATGTGGTAA 3307
|||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 TGAAGAGAACTGAGCTGATCTCATGCCCGACAGATAGTATATTCCGTGTTGATGTGGTAA 3411
Query 3308 AGAACTGGAAGGAGTCTTCAAAGGTTTCGGAGCTGCTCAAGTGCTTAGAGAAGATC-AAG 3366
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3412 AGAACTGGAAGGAGTCTTCAAAGGTTTCAGAGCTGCTCAAGTGCTTAGAGAAGATCCAA- 3470
Query 3367 AAATCTGGTTCGGGCGAGAAGAGCATTGTCTTTAGCCAGTGGACTTCATTTTTGGATCTT 3426
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3471 AAATCTGGTTCAGGTGAGAAGAGCATTGTCTTTAGCCAGTGGACTTCATTTTTGGATCTT 3530
Query 3427 TTGGAGATTCCATTGCGAAGAAGAGGATTTGAGTTTCTTAGATTCGATGGGAAGCTGGCT 3486
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3531 TTGGAGATTCCATTGCGAAGAAGAGGATTCGAGTTTCTTAGATTCGATGGGAAGCTGGCT 3590
Query 3487 CAGAAGGGAAGAGAAAAGGTTTTGAAAGAGTTCAATGAAACCAAACAGAAAACGATTCTG 3546
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3591 CAAAAAGGAAGAGAAAAGGTTTTGAAAGAGTTCAATGAAACCAAACAGAAAACGATTCTG 3650
Query 3547 CTTATGTCTCTGAAAGCTGGAGGAGTCGGTCTGAATCTAACTGCAGCTTCAAGTGTCTTC 3606
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3651 CTTATGTCTCTGAAAGCTGGAGGAGTTGGTCTGAATCTAACTGCAGCTTCAAGTGTCTTC 3710
Query 3607 TTAATGGATCCATGGTGGAATCCAGCGGTGGAAGAGCAAGCGATCATGAGAATTCATCGA 3666
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3711 TTAATGGATCCATGGTGGAATCCGGCGGTAGAAGAGCAAGCGATCATGAGAATTCATCGA 3770
Query 3667 ATAGGGCAGAAACGAACGGTATTCGTCAGAAGATTCATTGTCAAGGATACAGTGGAGGAA 3726
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3771 ATAGGGCAGAAACGAACAGTATTTGTCAGAAGATTCATTGTCAAGGATACAGTGGAGGAA 3830
Query 3727 CGGATGCAGCAAGTTCAGGCAAGGAAGCAGAGGATGATTGCCGGAGCTTTGACAGATGAA 3786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3831 CGGATGCAGCAAGTTCAGGCAAGGAAGCAGAGGATGATTGCCGGAGCTTTGACCGATGAA 3890
Query 3787 GAAGTCCGGTCTGCAAGACTTGAGGAGCTTAAAATGTTGTTCCGAT 3832
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3891 GAAGTCCGGTCGGCAAGACTTGAGGAGCTCAAAATGTTGTTCCGAT 3936
Score = 520 bits (281), Expect = 4e-146
Identities = 467/549 (85%), Gaps = 44/549 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCCATTGTTGATGACGCAGAGATGCGGTTAACCGAATCCGAAGCTGTTTCGAGTTCC 60
|||||||| ||||||||| | |||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGCCATCGTTGATGACTCTGAGAAGCTGATAACTGAATCCGAAGCTGTTTCGAGTTCC 80
Query 61 GATGATCGTAAGATCGTTGCAGATACTCCCGATTTTATAGACGAATCCTCTCTAGTCATC 120
| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 81 GTTGATGGTAAGATCGTTGCAGATACTCCCGACTTTATTGACGAATCCTCTCTAGTCGTC 140
Query 121 AGAACAACCACTGGAGTCCGAATCTCAGCTC-TACCGGCGGAGCAAAGCCTTGTTGACTC 179
||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 141 AGAACAACCACTGGAGTCCGAATCTCACCTCATTTC-GTAGAGCAAAGCCTTGTTGACTC 199
Query 180 CGATGGATCTAACTCGGA------GG---TTA---C----GC--TT-C-C----GGCGAA 215
|||||||||||| ||||| || || | || || | | ||||||
Sbjct 200 CGATGGATCTAAGTCGGATTTTTCGGGCGTTGTTGCCCCTGCGGTTACGCTTCCGGCGAA 259
Query 216 AGACGAGGTAATTAGTGATGGTTTTACTTGTGTGAACAAAGAGATTGTAGAATCTGATTC 275
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 AGACGAGGTAATTAGTGATGGTTTTGCTTCTGTGAATAAAGAGATTGTAGAATCTGATTC 319
Query 276 ATTTAGGGAGCAGAATCTAGAGA-T--TG----G-AG-AACCTGATTTAGATGTTGAGAA 326
|||||||| | | | | |||||| | || | || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 320 ATTTAGGGCGGATAGTTTAGAGACTCGTGTTAAGGAGGAACCTGATTTGGATGTTGAGAA 379
Query 327 TCGCAAAGAAGCGATGATTATTGATTCGATAGAAAATTCTGTGGTTGAAATTGTTTCAAG 386
|||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 380 TCGCGAAGAAGCGATGATTATTGATTCGATAGGAAATTCTGTGGTTGAAACTCTTCCAAG 439
Query 387 TGCTTCTGGTGATGATTGTAATGTTAAGGTAGAGGTAGTGGAACCTGAATTGCTTGTTGA 446
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TGCTTCGGGTGATGATTGTAATGTTCAGGTAGAGGTAGTGGAACCTGAATTGCTTGTTGA 499
Query 447 GAATCTGGTGGTTGCTAAAGAAGAAGAAGAAATGATT-GTTGATTCTATAG--AAGATTC 503
|||||||||||||| ||||||||| |||| || || |||||||| |||| || || |
Sbjct 500 GAATCTGGTGGTTGTTAAAGAAGACGAAG---TG-TTCGTTGATTCGATAGCGAA-AT-C 553
Query 504 TGTTGTTGA 512
|||||||||
Sbjct 554 TGTTGTTGA 562
Score = 198 bits (107), Expect = 2e-49
Identities = 168/195 (86%), Gaps = 13/195 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 332 AAGAAGCGATGATTA-TTGATTCGATAGAAAATTCTGTGGTTGAAATTGTTTCAAGTGCT 390
|||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 AAGAAGAGATGA-TAGTTGATTCTATAGAAAATTCTGTGGTTGAAATTGTTTCAAGTGCT 626
Query 391 TCTGGT-GATGATTGTAATGTTAAGGTAGAGGTAGTGGAACCTGAATTGCT-TGTTGAGA 448
|| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 627 TCAGGTTG-TGATTGTAATGTGAAGGTAGTGGTAGTGGAACCTGAATTG-TGTGTTGAGA 684
Query 449 ATCTGGTG-GTTGCTAAAGAAGAAGAAGAAATGATTGTTGATTCTATAGAAG-ATTCTGT 506
||||||| || | |||||||||||| | ||| ||||||||||||| | | | |||||
Sbjct 685 CTCTGGTGAGT-GTTAAAGAAGAAGAC-A--TGAGTGTTGATTCTATA-ATGGAATCTGT 739
Query 507 TGTTGAAATTGTTTC 521
||||||| |||||
Sbjct 740 GGTTGAAACGGTTTC 754
> Ahg946141 jgi|Araly1|946141|scaffold_702370.1
Length=326
Score = 468 bits (253), Expect = 2e-130
Identities = 281/295 (95%), Gaps = 0/295 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3540 GATTCTGCTTATGTCTCTGAAAGCTGGAGGAGTCGGTCTGAATCTAACTGCAGCTTCAAG 3599
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 11 GATTCTGCTCATGTCTCTGAAAGCTGGAGGAGTTGGTCTGAATCTAACCGCAACTTCAAG 70
Query 3600 TGTCTTCTTAATGGATCCATGGTGGAATCCAGCGGTGGAAGAGCAAGCGATCATGAGAAT 3659
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 TGTCTTCTTAATGGATCCATGGTGGAATCCGGCGGTGGAAGAGCAAGCGATCATGAGAAT 130
Query 3660 TCATCGAATAGGGCAGAAACGAACGGTATTCGTCAGAAGATTCATTGTCAAGGATACAGT 3719
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 131 TCATCGAATCGGGCAGAAACGAACAGTATTCGTCAGAAGATTCATTGTCAAGGATACAGT 190
Query 3720 GGAGGAACGGATGCAGCAAGTTCAGGCAAGGAAGCAGAGGATGATTGCCGGAGCTTTGAC 3779
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 191 GGAGGAACGAATGCAGCAAGTTCAGGCAAGGAAGCAGAGGATGATTGATGGAGCTTTGAC 250
Query 3780 AGATGAAGAAGTCCGGTCTGCAAGACTTGAGGAGCTTAAAATGTTGTTCCGATGA 3834
||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 251 CGATGAAGAAGTCCGGTCGGAAAGACTTGAGGAGCTCAAAATGTTGTTCCGATGA 305
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144885180411
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5