BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G43710.1
Length=2144
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494638 jgi|Araly1|494638|fgenesh2_kg.8__454__AT5G43710.1 3295 0.0
> Ahg494638 jgi|Araly1|494638|fgenesh2_kg.8__454__AT5G43710.1
Length=2137
Score = 3295 bits (1784), Expect = 0.0
Identities = 2036/2154 (95%), Gaps = 31/2154 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TGTTGAATTGTGATTGAAGGACGAGGCACCGAGTGACGCAGTTGAAAAACTCAAGAATCT 62
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| | || || ||
Sbjct 1 TGTTGAATCGTGATTGAAGGACGAGCCACCGAGTGACACAGTTG--AAA-T-AA-AA-CT 54
Query 63 CCTCGGACAAGAGCAGAGATCCAGAGTGATGTCTGAGAAGATTCATTCAACACATTA-AC 121
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 55 CCTCGGACAAGAG--GAGATCCAGAGTGATGTCTGAGAAGATTCATTCAACACA-CAGAC 111
Query 122 GA-AACTC-C-CCAAAATAGCTTTTATTGATGGACTCAAATTTCAAGTGGCTTTTGTTTG 178
| ||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||
Sbjct 112 -ACAACTCTCACCAAAATAG--TTTATTGATGGAATCAAATATCAGGTGGCTTGTGTTTG 168
Query 179 CCATCTTGATCTCTCTGACATTTTCGGGTTTTGTTCTTCACCATGGAGTTCTCGCTGAAA 238
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||
Sbjct 169 CCATCTTGATCTCTCTGACATTTTCAAGTTTTGTCCTTGACCATGGAGCTCTCGCCGAAA 228
Query 239 GTGTTAAGCCTGATGAAGCTAAACAGCTTAGAGACGAGGTACGTGGGATGTTTTATCATG 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 GTGTTAAGCCTGATGAAGCTAAACAGCTTAGAGACGAGGTACGTGGGATGTTTTATCATG 288
Query 299 CCTTTGATGGATATATGAACAATGCGTTTCCACTCGATGAATTGAGACCGTTATCTTGCC 358
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 289 CTTTTGATGGATATATGAACAATGCGTTTCCGCTCGATGAATTGAGACCATTATCTTGCC 348
Query 359 AAGGAGAAGATACTCTTGGAGGCTATGCGTTGACTCTGATTGACTCGTTGGATACATTAG 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 349 AAGGAGAAGATACTCTTGGAGGCTATGCGTTGACCCTGATTGACTCCTTGGATACATTAG 408
Query 419 CTTTACTTGGTGACCGAGAGCGCTTCACTTCTTCTGTTGAATGGATTGGTAAAAATCTTC 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 409 CTTTACTTGGTGACCGAGAGCGCTTCACTTCTTCTGTTGAATGGCTTGGTAAAAACCTTC 468
Query 479 AGTTTAATATAAATAAAACAGTCTCTGTGTTTGAGACAACTATCCGAGTCCTTGGGGGGT 538
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 469 AGTTTAATATAAATAAAACAGTCTCTGTGTTCGAGACAACTATCCGAGTCCTTGGGGGCT 528
Query 539 TACTATCTGCTCATCTGATTGCAAGTGATTATGCAACGGGCATGAGAATTCCATCTTACA 598
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 529 TACTTTCTGCTCATCTGATTGCAAGTGATTATGCAACGGGCATGAGAATTCCGTCTTACA 588
Query 599 ACAATGAATTACTAGTTTTGGCTGAGAATTTGGCACGGAGAATGCTTCCTGCATTTGATA 658
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 ACAATGAATTACTAGTTTTGGCTGAGGATTTGACACGGAGAATGCTTCCTGCATTTGATA 648
Query 659 CACCGACTGGAATCCCATTTGGATCTGTGAATTTGATGTACGGTGTTGACAAACATGAAA 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 CACCGACTGGAATCCCATTTGGATCTGTGAATTTGATGTACGGTGTTGACAAACATGAAA 708
Query 719 GCAAGATAACATCAACTGCCGGTGGTGGTACTTTGTCTTTAGAGTTTGGCGTGCTTAGTC 778
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 GCAAGATAACATCAACTGCGGGTGGTGGTACTTTGTCTTTAGAGTTTGGCGTGCTTAGTC 768
Query 779 GTTTAACAAATGATCCTGTTTTCGAACAAGTTGCAAAGAATGCGGTGAGGGGACTATGGG 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 GTTTAACAAATGATCCTGTTTTCGAACAAGTTGCAAAGAATGCGGTGAGGGGACTATGGG 828
Query 839 CACGTCGTTCAAATCTCGACTTGGTTGGTGCTCACATCAATGTCTTTACAGGTGAATGGA 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 CACGTCGTTCAAATCTCGACTTGGTTGGTGCTCACATCAATGTCTTTACAGGTGAATGGA 888
Query 899 CACAGAAGGATGCTGGTATAGGAACAAGCATTGATTCCTTCTATGAGTATCTACTCAAGG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 889 CACAGAAGGATGCTGGTATAGGAACAAGCATTGATTCCTTTTATGAGTATCTCCTCAAGG 948
Query 959 CTTATATACTATTTGGGGATGAGGAATATCTATACATTTTTCAAGAAGCTTATAGATCTG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 CTTATATACTATTTGGGGATGAGGAATATCTATACATTTTTCAAGAAGCTTATAGATCTG 1008
Query 1019 CAATGCAGTACCTTCACAAGGATCCTTGGTATGTAGAAGTCAATATGGATTCCGCAGCTA 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1009 CAATGCAGTACCTTCACAAGGATCCTTGGTATGTAGAAGTCAATATGGATTCTGCAGCTA 1068
Query 1079 TTGTCTGGCCAGTATTTAACAGCCTTCAAGCTTTCTGGCCAGGACTTCAGGTTTTAGCTG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 TTGTCTGGCCAGTATTTAACAGCCTTCAAGCTTTCTGGCCAGGACTTCAGGTTTTAGCTG 1128
Query 1139 GAGACGTTGATCCAGCAATAAGAACTCACACTGCCTTCTTTAGCGTCTGGAAACGATATG 1198
|||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 GAGATGTTGATCCGGCAATTAGAACTCACACTGCCTTCTTTAGCGTCTGGAAACGATATG 1188
Query 1199 GTTTCACCCCTGAGGGTTTTAATCTTGCTACACTTAGTGTCCAGTATGGGCAAAAGAGTT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 GTTTCACCCCTGAGGGTTTTAATCTTGCTACACTTAGTGTCCAGTATGGGCAAAAGAGTT 1248
Query 1259 ATCCCTTAAGGCCGGAATTAATCGAGAGTACATACTGGTTGTACAAAGCTACCAGAGATC 1318
||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 ATCCCCTAAGGCCGGAACTAATCGAGAGCACATATTGGTTGTACAAAGCTACCAGAGATC 1308
Query 1319 CCAGGTATCTTGATGCAGGACGTGACTTTGTGGCTAGTTTGCAATACGGGGCAAAATGTC 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 CCAGGTATCTTGATGCAGGACGTGACTTTGTGGCTAGTTTGCAATACGGGGCAAAATGTC 1368
Query 1379 CTTGCGGTTATTGTCACATCACAGATGTAGAACTGCATAAACAAGAAGATCACATGGAGA 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 CTTGCGGTTATTGTCACATCACAGATGTAGAACTTCATAAACAAGAAGATCACATGGAGA 1428
Query 1439 GCTTCTTCCTCGCAGAAACGGTGAAGTACTTATGGCTACTCTTTGACTTAGCTGTTGACT 1498
|||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1429 GCTTTTTCCTCGCAGAAACTGTAAAGTACTTATGGCTACTCTTCGACTTAGCTGTTGACT 1488
Query 1499 CGGATAACCTCGTAGACAATGGCCCTTACAAGTACATCTTCAGTACTGAGGGTCATCTCT 1558
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |
Sbjct 1489 CAGATAACCTCGTTGACAATGGCCCTTACAAGTATATCTTTAGCACGGAAGGTCATCTTT 1548
Query 1559 TACCAATAACACCACAAATATCTCTAGCTCGGGAACATTGCTCTTACTTTGGTGGATACT 1618
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1549 TACCATTAACACCGCAAATATCTCTAGCTCGGGAACGTTGCTCTTACTTTGGCGGATATT 1608
Query 1619 GTCCAAGCAATTCCACAAAACTAGAACAAGAAGTCCTTGGAGAAGACAGTAGTAACGATG 1678
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
Sbjct 1609 GTCCAAGCAATTCCACAAAACTGGAACAAGAAGTCCTTGAAGAAGAGAGTAATAACGATG 1668
Query 1679 ATCACAGTAAC-GATTATCCTTACCACGAATCTTTTCCAGTTACCGGTTTGATAAAGGGT 1737
||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 ATCGCAGTAACAGCT-ATCCTTACCACGAATCTTTTCCAATTACCGGTTTGATAAAGGGT 1727
Query 1738 TTATGTCCAGGACTAACACATGCTCAGAAATATGGTTTTTCGTATGTTCTACCGGAGAAG 1797
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1728 TTATGCCCAGGACTAACACATGCTCAGAAATACGGTTTGTCTTATGTTCTACCGGAGAAG 1787
Query 1798 ACAGATCGTGAAGATGTTAATC-AACCTAAACCGGTAGTTACAAGCAGTTCAATTGTGTT 1856
|||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1788 ACAGATCGTGAAGATGTTGA-CGAAGCTAAACCGGTAGTTACTAGCAGTTCAATTGTGCT 1846
Query 1857 AATCTCGGATCAAACAGTGGAGAA-GAGACCACAGGAAGAAGAAGGATTTACTTCTCAGT 1915
||| ||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GATCACGGATCAAAGAGTGG-GAAAGAAACCACAGGAAGAAGAAGGATTTACTTCTCAGT 1905
Query 1916 CTGAACCAATAATGACAATCTCTGGTGGTAGTAGCAACGACCAAACAGGTCAAGAGCTAA 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1906 CTGAACCAATAATGACAATCTCTGGTGGTAGTAGCAACGACCAAACAGGTCAAGAGTTAA 1965
Query 1976 CCTTGTTAGAGTCAGAAACTGATGATCAAAGATCATACTCTTCTTAAATCTCTCATTTAT 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1966 CCTTGTTAGAGTCAGAAACTGATGATCAAAGATTATACTCTTCTTAACTCTCTCATTTAT 2025
Query 2036 ATATATGTTCCACAGAAGAAGATTACAAAAACTTT-TGTTAGAAATATAGATT------C 2088
|||||||| || | ||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||| |
Sbjct 2026 TTATATGTTTCAAA-AAGAAGATTACAAAACCTTTAT-TTAGGAATATAGATTAATATTC 2083
Query 2089 AGTTTTCCAATCTCATCAAGAATCTTGAATCCTTCTTTTGTTGATCGATTGTTG 2142
|||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2084 AGTTATACAATCTCATCAAGAATCTTGAATCCGTCTTGTGTTGATCGATTGTTG 2137
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80675138910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5