BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G43810.1
Length=3330
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948772 jgi|Araly1|948772|scaffold_800659.1 4785 0.0
> Ahg948772 jgi|Araly1|948772|scaffold_800659.1
Length=2994
Score = 4785 bits (2591), Expect = 0.0
Identities = 2864/2995 (96%), Gaps = 22/2995 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 105 TTTTGAAAATCCAAACAACAAAAAATGCCGATTAGGCAAATGAAAGATAGCTCTGAGACT 164
|||| || |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTCAATATCC-AA-AAC-AAAAATGCCGATTAGGCAAATGAAAGATAGCTCTGAGACT 57
Query 165 CACTTAGTTATCAAAACCCAACCTTTAAAGCACCACAATCCAAAAACCGTTCAAAACGGT 224
|| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 58 CATTTAGTCATCAAAACTCAACCTTTAAAGAACCATAATCCTAAAACCGTCCAAAACGGT 117
Query 225 AAAATCCCTCCTCCTTCTCCTTCTCCGGTGACGGTGACTACTCCGGCGACGGTTACTCAG 284
|||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 118 AAAA-------TCC--CTCCTTCT-C-----CGGTGACTACTCCGGCGACGGTGACTCAG 162
Query 285 AGTCAAGCTTCTTCACCTTCACCACCGTCAAAGAATCGTAGCCGGAGGAGAAACCGTGGT 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 163 AGTCAAGCTTCTTCACCTTCACCACCGTCAAAGAATCGTAGCCGGAGGAGAAATCGTGGT 222
Query 345 GGAAGAAAATCTGATCAAGGAGATGTTTGTATGAGACCTAGCTCTCGTCCTCGTAAACCG 404
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GGGAGAAAATCTGATCAAGGAGATGTTTGTATGAGACCTAGCTCTCGTCCTCGTAAACCA 282
Query 405 CCACCGCCAAGTCAAACCACTTCCTCCGCCGTCTCCGTCGCCACCGCCGGTGAGATTGTC 464
||||| || |||||||||||||| ||| |||||| | | |||||||||||||||||||
Sbjct 283 CCACCACCGTGTCAAACCACTTCCGCCGTCGTCTCAGCCTCCACCGCCGGTGAGATTGTT 342
Query 465 GCTGTGAATCATCAGATGCAGATGGGTGTTCGTAAAAACTCAAACTTTGCTCCAAGACCT 524
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 343 GCCGTGAGTCATCAGATGCAGATGGGTGTTCGTAAAAACTCAAACTTTGCGCCAAGACCT 402
Query 525 GGATTTGGAACACTTGGAACTAAATGCATTGTTAAAGCTAACCACTTT-CTCGCTGATTT 583
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 403 GGATTTGGAACACTTGGAACTAAATGCATCGTTAAAGCTAATCA-TTTCCTCGCTGATTT 461
Query 584 GCCTACCAAGGATTTGAATCAGTATGATGTTACAATTACTCCTGAAGTGTCATCAAAGAG 643
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 GCCTACCAAGGATTTGAATCAATATGATGTTACAATAACTCCTGAAGTGTCATCAAAGAG 521
Query 644 TGTTAACAGAGCTATAATTGCTGAGTTAGTTAGACTTTACAAAGAGTCTGATCTCGGGAG 703
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 522 TGTAAACAGAGCTATAATTGCTGAGTTAGTTAGACTTTACAAAGAGTCGGATCTCGGGAA 581
Query 704 GAGACTTCCGGCTTACGATGGCCGGAAAAGTCTTTACACTGCTGGAGAACTTCCTTTTAC 763
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 582 GAGACTTCCGGCTTACGATGGCCGGAAAAGTCTTTACACTGCCGGAGAACTTCCTTTTAC 641
Query 764 TTGGAAGGAGTTCAGTGTTAAGATTGTTGATGAAGATGACGGTATCATCAATGGCCCTAA 823
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 642 TTGGAAGGAGTTCACTGTTAAGATTGTTGATGAAGATGACGGTATCATCAATGGACCTAA 701
Query 824 AAGGGAGAGATCATATAAGGTGGCAATCAAGTTTGTTGCACGGGCAAATATGCATCACTT 883
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 AAGGGAGAGATCATATAAGGTGGCTATCAAGTTTGTTGCACGGGCAAATATGCATCACTT 761
Query 884 AGGCGAGTTTCTAGCTGGTAAACGGGCAGATTGTCCGCAAGAGGCGGTGCAGATTCTTGA 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 AGGCGAGTTTCTAGCTGGTAAACGGGCAGATTGTCCGCAAGAGGCGGTGCAGATTCTTGA 821
Query 944 TATTGTACTCAGGGAGTTGTCGGTTAAGAGGTTTTGTCCCGTTGGAAGATCTTTCTTTTC 1003
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 CATTGTACTCAGGGAATTGTCGGTTAAGAGGTTTTGTCCCGTTGGAAGATCTTTCTTTTC 881
Query 1004 GCCTGATATTAAAACACCGCAGCGACTCGGTGAAGGGTTAGAGTCATGGTGTGGGTTTTA 1063
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 GCCTGATATTAGAACACCGCAGCGACTCGGTGAAGGGTTAGAGTCATGGTGTGGGTTTTA 941
Query 1064 CCAGAGTATTAGACCAACTCAAATGGGTTTATCACTAAATATCGATATGGCTTCAGCTGC 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 CCAGAGTATTAGACCAACTCAAATGGGTTTATCACTAAATATCGATATGGCTTCAGCTGC 1001
Query 1124 ATTCATCGAGCCTCTTCCAGTGATAGAGTTTGTAGCACAGCTTCTTGGAAAGGATGTCTT 1183
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 GTTCATCGAGCCTCTTCCGGTAATAGAGTTTGTAGCACAGCTTCTTGGAAAGGATGTCTT 1061
Query 1184 GTCGAAGCCATTGTCGGATTCTGATCGCGTCAAGATTAAGAAGGGTCTTAGAGGAGTGAA 1243
||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1062 GTCGAAGCCATTGTCTGATTCTGATCGGGTTAAGATTAAGAAGGGTCTCAGGGGAGTGAA 1121
Query 1244 AGTAGAGGTTACTCACAGAGCGAATGTAAGAAGGAAATACCGTGTTGCGGGTTTAACAAC 1303
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 AGTAGAGGTTACTCACAGAGCGAATGTAAGGAGGAAATACCGTGTTGCGGGTTTAACAAC 1181
Query 1304 TCAACCAACAAGAGAGCTAATGTTTCCAGTAGATGAGAACTGTACTATGAAGTCAGTTAT 1363
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1182 TCAACCTACAAGAGAGCTAATGTTTCCAGTTGATGAGAACTGTACGATGAAGTCGGTTAT 1241
Query 1364 TGAGTATTTCCAAGAGATGTATGGATTCACGATCCAGCACACGCATTTGCCATGTCTCCA 1423
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1242 TGAGTACTTCCAAGAGATGTATGGATTCACGATCCAGCACACGCATTTGCCGTGTCTCCA 1301
Query 1424 AGTTGGAAACCAAAAGAAGGCAAGCTATTTGCCGATGGAGGCATGCAAAATTGTCGAGGG 1483
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 AGTTGGAAACCAAAAGAAAGCAAGCTATTTGCCAATGGAGGCATGCAAAATTGTCGAGGG 1361
Query 1484 ACAACGGTACACGAAAAGGTTGAATGAGAAGCAGATTACTGCTCTCTTGAAAGTTACATG 1543
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 ACAACGATACACGAAAAGGTTGAATGAGAAGCAGATTACTGCTCTCTTGAAAGTTACATG 1421
Query 1544 CCAAAGGCCGAGGGACAGAGAAAACGATATTTTGCGGACTGTCCAACACAACGCATATGA 1603
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 CCAAAGGCCAAGGGACAGAGAAAACGATATTTTGCGGACGGTCCAACACAACGCATATGA 1481
Query 1604 TCAAGATCCATATGCAAAGGAGTTTGGCATGAACATAAGCGAAAAGTTAGCTTCTGTTGA 1663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 TCAAGATCCATATGCAAAGGAGTTTGGCATGAACATAAGCGAAAAGTTAGCTTCTGTTGA 1541
Query 1664 AGCTCGTATTCTTCCAGCTCCATGGCTTAAGTATCACGAGAACGGGAAAGAAAAAGATTG 1723
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 AGCTCGGATTCTTCCAGCTCCATGGCTTAAGTATCACGAGAACGGGAAAGAAAAAGATTG 1601
Query 1724 TCTCCCGCAAGTTGGTCAGTGGAATATGATGAACAAGAAAATGATCAACGGGATGACTGT 1783
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1602 TCTCCCGCAAGTCGGTCAGTGGAATATGATGAACAAGAAAATGATCAACGGGATGACGGT 1661
Query 1784 GAGCAGATGGGCCTGTGTTAACTTCTCACGCAGCGTTCAAGAAAACGTTGCTCGTGGATT 1843
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1662 GAGCAGGTGGGCCTGTGTTAACTTCTCACGCAGCGTTCAAGAAAACGTTGCTCGTGCATT 1721
Query 1844 TTGTAATGAACTTGGTCAGATGTGTGAAGTCTCAGGCATGGAGTTTAATCCAGAACCCGT 1903
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1722 TTGTAATGAACTTGGTCAGATGTGTGAAGTCTCGGGCATGGAGTTCAATCCAGAGCCCGT 1781
Query 1904 GATACCAATATATAGTGCGAGGCCCGATCAAGTCGAGAAAGCTCTAAAGCATGTTTATCA 1963
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 GATCCCAATATATAGTGCGAGGCCCGATCAAGTCGAAAAAGCTCTAAAGCATGTTTATCA 1841
Query 1964 CACTTCAATGAACAAAACCAAAGGCAAAGAGTTAGAGCTTCTGCTGGCAATATTACCTGA 2023
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1842 CACTGCAATGAACAAAACCAAAGGAAAAGAGTTAGAGCTTCTGTTGGCAATTTTACCTGA 1901
Query 2024 TAACAACGGTTCACTTTATGGTGATCTTAAGAGAATCTGTGAAACCGAGCTTGGTTTGAT 2083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 TAACAACGGTTCACTTTATGGTGATCTTAAGAGAATCTGCGAAACCGAGCTTGGTTTGAT 1961
Query 2084 ATCTCAATGTTGTCTCACAAAACATGTGTTCAAGATTAGCAAACAGTATCTGGCAAATGT 2143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 ATCTCAATGTTGTCTCACAAAACATGTGTTCAAGATTAGCAAACAGTATCTGGCAAATGT 2021
Query 2144 ATCCCTTAAAATCAACGTAAAGATGGGAGGAAGGAACACAGTTCTAGTAGACGCCATAAG 2203
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2022 ATCCCTTAAAATCAATGTCAAGATGGGAGGAAGGAACACAGTTCTTTTAGACGCCATAAG 2081
Query 2204 CTGTAGAATACCACTGGTTAGCGATATACCGACAATCATTTTTGGCGCAGACGTGACTCA 2263
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 CTGTAGAATTCCACTGGTTAGCGATATACCGACAATTATATTTGGCGCAGACGTGACTCA 2141
Query 2264 CCCAGAGAACGGGGAAGAGTCAAGCCCTTCAATCGCTGCTGTTGTTGCTTCTCAAGACTG 2323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 CCCAGAGAACGGGGAAGAGTCAAGCCCTTCAATCGCTGCTGTTGTTGCTTCTCAAGACTG 2201
Query 2324 GCCTGAAGTGACAAAATATGCGGGTTTAGTTTGTGCTCAAGCTCACAGGCAAGAACTTAT 2383
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 GCCTGAAGTCACAAAATATGCGGGTTTAGTTTGTGCTCAAGCTCACAGGCAAGAACTTAT 2261
Query 2384 ACAAGATTTGTATAAAACATGGCAAGATCCTGTTCGCGGTACTGTTAGTGGCGGTATGAT 2443
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 ACAAGATTTGTATAAAACATGGCAAGATCCTGTACGCGGTACTGTTAGTGGCGGTATGAT 2321
Query 2444 CAGGGACCTTCTTATCTCATTTAGAAAAGCAACAGGGCAAAAACCGCTTCGAATTATCTT 2503
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 CAGGGACCTTCTGATCTCATTTAGGAAAGCAACAGGGCAGAAACCGCTTCGAATTATCTT 2381
Query 2504 TTATCGTGATGGAGTAAGCGAAGGGCAATTCTATCAAGTTTTACTCTATGAGTTGGATGC 2563
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 TTACCGTGATGGAGTAAGCGAAGGGCAATTCTATCAAGTTTTACTCTATGAGTTGGATGC 2441
Query 2564 AATTCGAAAGGCTTGTGCATCGCTTGAACCGAATTATCAGCCACCGGTGACATTCATAGT 2623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2442 AATTCGAAAGGCTTGTGCATCGCTTGAACCGAATTATCAGCCACCGGTGACATTCATCGT 2501
Query 2624 TGTACAGAAGCGTCACCACACTCGTTTGTTTGCTAATAATCACCGAGACAAAAACAGTAC 2683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2502 TGTACAGAAGCGTCACCACACTCGTTTGTTTGCTAATAATCACCGAGACAAAAGTAGTAC 2561
Query 2684 TGACCGAAGCGGAAATATCTTACCAGGTACTGTAGTTGACACTAAAATATGTCATCCAAC 2743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2562 TGACCGAAGCGGAAATATCTTACCAGGTACTGTAGTTGACACCAAAATATGTCATCCAAC 2621
Query 2744 TGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCATGCGGGTATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACA 2803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 TGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCATGCGGGTATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACA 2681
Query 2804 TTACCATGTTCTTTGGGACGAGAACAATTTCACAGCAGATGGTATTCAATCTCTGACTAA 2863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2682 TTACCATGTTCTTTGGGACGAGAACAATTTCACAGCTGATGGTATTCAATCTTTGACTAA 2741
Query 2864 CAATCTCTGTTATACCTATGCGCGGTGCACTCGGTCGGTCTCTATAGTTCCTCCAGCGTA 2923
||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2742 TAATCTCTGTTATACCTATGCGCGATGCACTCGATCAGTCTCTATAGTCCCTCCGGCGTA 2801
Query 2924 TTATGCTCATCTTGCAGCATTTCGAGCACGTTTCTACCTGGAACCGGAGATAATGCAAGA 2983
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2802 TTATGCGCATCTTGCAGCATTTCGAGCACGTTTCTACATGGAACCAGAGATAATGCAAGA 2861
Query 2984 CAACGGATCACCGGGTAAAAAGAACACGAAAACAACAACTGTCGGAGACGT-AGGTGTGA 3042
|||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||
Sbjct 2862 CAACGGATCACCCGGAAAAAAGAACACGAAAACTACAACTGTTGGAGAC-TCAGGTGTGA 2920
Query 3043 AGCCTTTACCAGCCTTGAAGGAGAATGTGAAGAGAGTAATGTTCTACTGCTAAAA 3097
|||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2921 AGCCTTTACCGGCTTTGAAGGAGAATGTTAAGAGAGTAATGTTCTACTGCTAAAA 2975
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125704163619
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5