BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G44180.1
Length=5224
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494576 jgi|Araly1|494576|fgenesh2_kg.8__392__AT5G44180.1 7899 0.0
> Ahg494576 jgi|Araly1|494576|fgenesh2_kg.8__392__AT5G44180.1
Length=5173
Score = 7899 bits (4277), Expect = 0.0
Identities = 4920/5223 (94%), Gaps = 74/5223 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAGGTGGGTCTGAAAAAACAACACCTGAAGGTTGTGGTGGTGAGAGTAAGTCTAAA 60
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAAGGTGGGTCTGAGAAAACAACACCTGAA------GGTGGTGAGAGTAAGTCTAAA 54
Query 61 CGGAAAATGAAAACTGCTGCTCAACTTGAAGTTCTTGAAAACACTTATTCAGCTGAGCCT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 55 CGGAAAATGAAAACTGCTGCTCAACTTGAAGTTCTTGAAAACACTTATGCAGCTGAGCCT 114
Query 121 TATCCTTCGGAAGCTATAAGAGCGGATCTCTCAGTGAAACTGAATCTTTCCGATAGACAG 180
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 115 TATCCTTCGGAAGCTATAAGAGCGGATCTTTCAGTGAAACTGAATCTTTCCGACAGGCAG 174
Query 181 TTACAGATGTGGTTTTGTCACCGGCGGCTTAAAGAACGGAAATCTACTACGCCGAGCAAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 175 TTACAGATGTGGTTTTGTCACCGGCGGCTTAAAGACCGGAAATCTACTACGCCGAGTAAA 234
Query 241 CGTCAGCGTAAGGAGTTAGTAACTCCAACGGCTA-TGGAATCCTGGGAACCACCCGTCAA 299
||||||||||||||||| ||||| || ||||| | | ||||||| | ||||| |||||||
Sbjct 235 CGTCAGCGTAAGGAGTTGGTAACACCTACGGC-AGTTGAATCCTCGAAACCAGCCGTCAA 293
Query 300 TGCCGGTGATTTAGTGGCGGGAAATGAGCTTGATTCTAGAAGAGCTGCTC---GAGGC-- 354
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 294 TGCTGGTGATTTGGTGGCGGGAAATGAGCTTGATTCTAGAAGAGCTGCTCGAGGAGGCGG 353
Query 355 ----AGTGGCGGTAGTGGTGTGACGGTTGTGAGGCGGTTTAATGAACCGTCTTCTGCTGA 410
||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TGGTAGTGGTGGTGGTGGTGTGACTGTTGTTAGGCGGTTTAATGAACCGTCTTCTGCTGA 413
Query 411 GGTTAGAGCTATTGGTTATGTTGAAGCTCAATTGGGAGAGCGGTTGAGAGATAACGGACC 470
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 414 GGTTAGAGCTATTGGTTATGTGGAAGCTCAATTGGGAGAGCGTTTGAGAGATAACGGACC 473
Query 471 GGTTCTTGGAATGGAGTTTGATCCTTTACCTCCTGGTGCATTTGGCATGCCTATTGAGAT 530
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 474 GATTCTTGGAATGGAGTTTGATCCTTTACCTCCTGGTGCATTTGGGATGCCTATTGAGAT 533
Query 531 GCCAAGCCATCGCAAGGCGACTAGGCAAGC-TTTCGAGACCAACATATATGTCCGATCCG 589
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 534 GCCAAGCCATCGAAAGGCGACTAGGCAAGCGTTT-GAGACCAACATATATGTTCGATCCG 592
Query 590 ATGTCAAGCCTATCAAAGATCATGTGAGGCCTATTCGTGAATATCAGTTCATTCCTGAGC 649
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ATGTAAAGCCTATCAAAGATCATGTGAGGCCCATTCGTGAATATCAGTTCATTCCTGAGC 652
Query 650 TGCCATCTTCGAGGACTGATCATTCGGAACGAGTTTCTCCGTCACATCATTTTGGAGTTC 709
|||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 653 TGCCATCTTCAAGGACTGATCATTCCGAAAGAGTTTCTCCGTCTCATCATTTTGGAGTTC 712
Query 710 CACTTGATGGTTCGGTTATGAGGGTTTCAGCTGTGTCTGCTGGACATCGGGATGACTATA 769
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 CACTTGATGGTTCGGTTATGAGGGCTTCAGCTGTGTCTGCTGGACATCGGGATGACTATA 772
Query 770 AAATTTCACCTCAGATACCAAATTTGAATCTTGCAACTCATCAAGGGAAGCCGGGGCATG 829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 AAATTTCACCTCAGATACCAAATTTGAATCTTGCAACTCATCAAGGGAAGCCGGGGCATG 832
Query 830 TCTATTCGCCTAACTTGGTCGAATATGACTCACCGTATCAGAAAAGCTACATGGATACTG 889
|||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 833 TCTACTCGCCTAACTTGGCCGAATATGACTCATCGTATCAGAAAAGCTACGTGGATACTG 892
Query 890 CTGCACAAGTTCATGATGATCCTTTTGTGAAATCAGAGAGAGAAGTTGGTAATGAGGATG 949
||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 893 CTGCACATGTTCATGAGGATCCTTTTGTGAAACCTGAGAGAGACTTTGGTAATGAGGATG 952
Query 950 AGGATGATGATGCCCTGCAATTAGAGAGACACCGCAAGAATGAAGAAGCAAGAATAGCTC 1009
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 AGGATGATGATGCCCTGCAATTAGAGAGACAACGCAAGAATGAAGAAGCAAGAATAGCTC 1012
Query 1010 GGGAAGTCGAGGCTCATGAGAAGAGGATCCGAAGGGAACTAGAGAAACAAGATATGCTGA 1069
||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 GGGAAGTTGAGGCTCACGAGAAGAGGATCCGAAGAGAACTAGAGAAACAAGATATGCTGA 1072
Query 1070 GGCGAAAGAGAGAAGAGCAAATAAGGAAAGAAATGGAGAGGCAAGATCGTGAAAGACGGA 1129
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 GGCGAAAGAGAGAGGAGCAAATAAGGAAAGAAATGGAGAGGCAAGATCGTGAAAGACGGA 1132
Query 1130 AAGAGGAAGAACGTCTTTTACGTGAAAAACagagagaggaagagaggtaccttaaagagc 1189
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1133 AAGAGGAAGAACGTCTTTTACGTGAAAAGCAGAGAGAGGAAGAGAGGTACCTGAAAGAGC 1192
Query 1190 agatgcgagagttgcagcgaagagagaagTTCTTGAAGAAAGAAACAATCAGGGCTGAGA 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 AGATGCGAGAGTTGCAGCGAAGAGAGAAGTTCTTGAAGAAAGAAACAATCAGGGCTGAGA 1252
Query 1250 AAATGCGACAAAAAGAAGAGATGCGTAAAGAAAAAGAGGTTGCCAGGCTTAAAGCTGCTA 1309
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1253 AAATGCGTCAAAAAGAAGAGATGCGTAAAGAAAAAGAGGTTGCAAGGCTTAAAGCTGCTA 1312
Query 1310 ATGAGAGGGCCATTGCTCGTAAGATCGCAAAGGAATCTATGGAACTTATTGAAGATGAAC 1369
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 ACGAGAGGGCCATTGCTCGTAAGATCGCAAAGGAATCTATGGAACTTATTGAAGATGAAC 1372
Query 1370 GCTTAGAGCTCATGGAGGTTGCTGCGTTAACAAAAGGCTTGCCTTCAATGCTCGCCCTTG 1429
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1373 GCTTAGAACTCATGGAGGTTGCTGCGTTAACCAAAGGATTGCCTTCAATGCTCGCTCTTG 1432
Query 1430 ACTTTGAAACTCTACAGAACCTCGATGAATATAGAGACAAGCAGGCAATATTTCCCCCAA 1489
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1433 ACTTTGAAACTCTTCAGAACCTCGATGAATATAGAGACAAGCAGGTGTTATTTCCCCCAA 1492
Query 1490 CATCTGTAAAATTGAAAAAGCCCTTTGCAGTCAAGCCGTGGAATGGTTCTGATGAGAATG 1549
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CATCTGTAAGATTGAAAAAGCCCTTTGCAGTCAAGCCATGGAATGGTTCTGATGAGAATG 1552
Query 1550 TTGCAAATCTTCTTATGGTGTGGAGATTCTTAATCACTTTCGCAGACGTTCTTGGTCTTT 1609
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1553 TTGCAAATCTTCTAATGGTGTGGAGATTCTTAATCACTTTTGCGGACGTTCTTGGTCTTT 1612
Query 1610 GGCCATTTACCCTGGACGAGTTTGCT-CAGGCATTCCATGACTATGACCCACGGCTAATG 1668
||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1613 GGCCATTTACCCTAGACGAGTTTG-TGCAGGCATTCCATGACTATGACCCACGACTAATG 1671
Query 1669 GGAGAGATACACATTGTTCTATTGAAGACTATAATCAAAGATATCGAGGGTGTGGTAAGA 1728
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1672 GGAGAGATACACATTGTTCTTTTGAAGACTATAATCAAAGATATCGAGGGTGTTGCAAGA 1731
Query 1729 ACGCTGTCGACCGGTGTTGGAGCAAACCAGAATGTTGCTGCTAATCCCGGAGGGGGTCAT 1788
||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 ACGCTATTGACCGGTGTTGGAGCAAACCAGAATACTGCTTCTAATCCCGGAGGGGGTCAT 1791
Query 1789 CCTCACGTTGTGGAGGGTGCATACGCGTGGGGTTTTGATATACGCAGCTGGAGAAAAAAC 1848
||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1792 CCTCATGTTGTGGAGGGTGCATATGCATGGGGTTTTGATATACGCAGCTGGAGACGAAAC 1851
Query 1849 TTGAATGTTTTTACATGGCCTGAAATCTTGAGGCAACTCGCTCTCTCTGCCGGGTTGGGA 1908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1852 TTGAATGTTTTTACATGGCCTGAAATCTTGAGGCAACTCGCTCTCTCTGCAGGATTGGGA 1911
Query 1909 CCGCAACTGAAGAAAATGAACATTAGGACTGTGTCTGTTCATGATGACAATGAGGCCAAC 1968
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CCGCAACTGAAGAAAATGAACATTAAGACTGTGTCTGTTCATGATGACAATGAGGCCAAT 1971
Query 1969 AACTCTGAGAATGTGATTTTCAACCTAAGGAAAGGAGTAGCAGCTGAGAATGCTTTTGCC 2028
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 AACTCTGAGAATGTGATTGTCAACCTAAGGAAAGGAGTAGCAGCTGAGAATGCTTTTGCC 2031
Query 2029 AAGATGCAAGAGAGGGGACTTTCTAATCCACGACGTTCACGGCATCGTTTGACTCCAGGC 2088
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 AAGATGCAAGAAAGGGGACTTTCTAATCCGCGACGTTCACGGCATCGTTTGACTCCAGGC 2091
Query 2089 ACTGTTAAGTTTGCTGCATTTCATGTTCTATCTCTTGAAGGTGAAAAAGGTTTGAACATT 2148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2092 ACTGTTAAGTTTGCTGCATTTCATGTTCTATCTCTTGAGGGTGAAAAAGGTTTGACCATT 2151
Query 2149 CTTGAGGTTGCAGAGAAGATTCAGAAATCAGGATTGAGGGATCTAACGACGAGTAGGACA 2208
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CTTGACGTTGCAGAGAAGATTCAGAAATCAGGATTGAGGGATCTAACGACGAGTAGGACA 2211
Query 2209 CCTGAAGCCTCGGTTGCTGCTGCGTTGTCTCGAGATACAAAACTCTTTGAGAGGGTAGCT 2268
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CCTGAAGCCTCTGTTGCTGCTGCGTTGTCTCGGGATACAAAACTCTTTGAGAGGGTAGCT 2271
Query 2269 CCTTCTACGTATTGTGTACGTGCTTCCTATAGAAAAGATGCAGGTGATGCTGAGACTATA 2328
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 CCTTCTACGTACTGTGTGCGTGCTTCCTATAGAAAAGATGCAGGTGATGCTGAGACTATA 2331
Query 2329 TTTGCTGAAGCGAGAGAGAGAATACGTGCATTCAAGAGCGGCATCACTGATGTAGAAGAT 2388
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2332 TTTGCTGAAGCAAGAGAGAGAATACGGGCATTCAAGAGTGGGGTCACTGATGTAGAAGAT 2391
Query 2389 GTTGATGACGCTGAGAGAGATGAAGACTCTGAAAGCGATGTCGGAGAAGACCCAGAGGTT 2448
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2392 GTTGATGACGTTGAGAGAGATGAAGACTCCGAAAGCGATGTCGGAGATGACCCAGAAGTT 2451
Query 2449 GATGTGAACCTTAAAAAGGAAGATCCCAATCCTCTGAAGGTAGAAAACTTAATTGGAGTC 2508
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||
Sbjct 2452 GATTTGAACCTTAAAAAGGAAGATCCCAATGCTCTGAAGATAGAAAACCTAATCGGAGTC 2511
Query 2509 GAACCATTGTTGGAAAATGGGAAACTGGATACCGTGCCCATGAAAACTGAACTGGGACTG 2568
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 GAACCAGTGTTGGAAAATGGGAAACTGGATACCGTGCCCATGAAAACTGAACTGGGACTG 2571
Query 2569 CCTCTTACTCCCTCTCTCCCCGAGGAAATGAAAGATGAGAAAAGAGATGACACTTTAGCG 2628
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2572 CCTCTTACTCCCTCTCTCCCCGAGGATATGAAAGATGAGAAAAGAGATGACATTTTAGTG 2631
Query 2629 GACCAATCTCTAGAGGATGCGGTAGCAAACGGTGAAGATAGTGCTTGTTTTGACGAGAGC 2688
|| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 GAACAATCTCTAGAAGATGCAGTAGCAAACGGTGAGGATAGTGCTTGTTTTGACGAGAGC 2691
Query 2689 AAACTTGGGGAACAGTGGGTTCAAGGACTTGTAGAAGGAGATTACTCGAATCTTAGCAGC 2748
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2692 AAACTTGGGGAACAGTGGGTTCAAGGACTTGTGGAAGGAGATTACTCGAATCTCAGCAGC 2751
Query 2749 GAGGAACGTTTAAACGCACTTGTTGCTCTGATTGGTATTGCCACCGAAGGAAACACAATC 2808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2752 GAGGAACGTTTAAACGCACTTGTTGCTCTGATTGGTATTGCCATCGAAGGAAACACAATC 2811
Query 2809 CGAATCGCCCTTGAGGAACGGTTGGAGGTAGCAAGTGCATTAAAGAAACAGATGTGGGGT 2868
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 CGAATCGCCCTTGAGGAACGGTTGGAAGTTGCAAGTGCCTTAAAGAAACAGATGTGGGGT 2871
Query 2869 GAAGTGCAACTCGACAAACGCTGGAAAGAAGAGTCTTTGATTCGAGCAAATTACCTCTCA 2928
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2872 GAAGTGCAACTCGACAAACGCTGGAAAGAAGAGTCTTTGATTCGAGCAAATTACCTTTCA 2931
Query 2929 TACCCAACAGCAAAGCCGGGGCTTAATATCGCAACCCCTGCATCTGGAAATCAAGAAAGT 2988
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 TACCCAACAGCAAAGCCGGGGCTTAATATCGCAACTCCTGCATCTGGAAATCAAGAAAGT 2991
Query 2989 TCA-TCAGCGGATGTGACTCCAATCTCCTCACAGGACCCGGTGAGTCTTCCACAGATCGA 3047
| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2992 T-ACTCAGCAGATGTGACTCCAATCTCCTCACAGGACCCGTTGAGTCTTCCACAGATCGA 3050
Query 3048 TGTGAATAACGTGATTGCTGGACCAAGCTTGCAATTGCAAGAAAATGTACCTGGAGTGGA 3107
||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3051 TGTAAATAACGTGATCGCAGGACCAAGCTTGCAATTGCAAGAAAATGTACCTGGAATGGA 3110
Query 3108 GAATTTGCAGTATCAGCAGCAACAGGGGTACACAGCGGACCGGGAAAGGCTGCGTGCACA 3167
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3111 GAATTTGCAGTATCAGCAGCAACAGGGCTACACAGCGGACCGGGAAAGGCTGCGTGCACA 3170
Query 3168 GTTAAAAGCGTATGTTGGGTATAAAGCTGAAGAGCTATATGTATATAGGTCGCTTCCGCT 3227
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3171 GTTAAAAGCGTATATTGGGTATAAAGCTGAAGAGCTATATGTATATAGGTCGCTTCCGCT 3230
Query 3228 AGGTCAAGATCGAAGACGCAATCGCTATTGGCGGTTTTCAGCATCCGCCTCTCGAAATGA 3287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3231 TGGTCAAGATCGAAGACGCAATCGCTATTGGCGGTTTTCAGCATCCGCCTCTCGAAATGA 3290
Query 3288 TCCTGGTTGTGGTAGAATATTCGTGGAACTTCAGGACGGACGCTGGAGGCTCATTGATTC 3347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3291 TCCTGGTTGTGGTAGAATATTCGTGGAACTTCAGGACGGACGATGGAGGCTCATTGATTC 3350
Query 3348 CGAAGAGGCTTTTGACTATTTGGTGAAGTCACTAGATGTTCGCGGTGTAAGAGAATCACA 3407
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3351 CGAAGAGGGTTTTGATTATTTGGTGAAGTCACTAGATGTTCGCGGTGTAAGAGAATCACA 3410
Query 3408 TTTACACTTTATGTTGCTGAAGATCGAAGCATCCTTCAAGGAAGCATTAAGGAGGAATGT 3467
||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||| |||
Sbjct 3411 TTTACACTTTATGTTACTGAAGATTGAAGCATCTTTCAAGGAAGCAGTGAGGAGGAGTGT 3470
Query 3468 GGCAGCAAATCCCGGGGTGTGTTCCATATCTTCTAGCTTGGATTCCGATACTG-CGGAAA 3526
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | |
Sbjct 3471 GGAAGCAAATCCCGGGTTGTGTTCCATATCTTCTAGCATGGATTCTGATACTGGCG-AGA 3529
Query 3527 TCTCCACGACGTTTAAGATCGAGCTAGGGGATAGTAACGCCGTTGAGAGATGCAGCGTAT 3586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3530 TCTCCACGACGTTTAAGATCGAGCTAGGGGATAGTAACGCCATTGAGAGATGCAGCGTAT 3589
Query 3587 TGCAACGCTTCCATAGTTTCGAGAAGTGGATGTGGGATAATATGCTGCATCCTAGTGCTT 3646
||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3590 TGCAACGGTTCCATAGTTTTGAGAAATGGATGTGGGATAATATGCTGCATCCGGGTGCGT 3649
Query 3647 TATCTGCATTTAAGTATGGTGCTAAGCAAAGCAGTCCGCTTTTTCGCATATGCAGAATCT 3706
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3650 TATCCGCATATAAGTATGGTGCTAAGCAAAGCAGTCCGCTTTTTCGCATATGCAGAATCT 3709
Query 3707 GTGCGGAACTACACTTTGTCGGAGATATTTGCTGTCCTAGTTGCGGTCAGATGCATGCTG 3766
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3710 GTGCGGGACTACACTTTGTCGGAGATATTTGCTGTCCTAGTTGCGGTCAGATGCATGCTG 3769
Query 3767 GTCCAGATGTTGGTGAGTTGTGTTTTGCTGAGCAAGTGGCTCAACTCGGGGATAATTTGA 3826
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 3770 GTCCGGATATTGGTGAGTTGTGTTTTGCTGAGCAAGTGGCTCAACTTGGGGATATTTTGA 3829
Query 3827 GAAGAGGAGATACTGGCTTTATCTTGCGTAGCTCAATCTTGTCTCCTCTTAGAATAAGAC 3886
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3830 GAGGAGGAGATATTGGCTTTATCTTGCGTAGCTCAATCTCGTCTCCTCTTAGAATAAGAC 3889
Query 3887 TACTCAAGGTTCAGTTAGCACTTGTCGAAGCTTCTCTTCCACCTGAAGGACTTGAAGCTT 3946
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3890 TACTCAAGGTTCAATTAGCGCTTGTCGAAGCTTCTCTTCCACCTGAAGGACTTGAAGCTT 3949
Query 3947 TTTGGACAGAGAATCTTAGGAAATCTTGGGGTATGAAGCTGTTGTCATCAAGTTCCCATG 4006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 3950 TTTGGACAGAGAATCTTAGGAAATCTTGGGGTATGAAGCTGATGTCATCAAGTTCCCCCG 4009
Query 4007 AAGATCTTTATCAGGTTCTCACAACGTTAGAGGCAGCACTAAAGAGGGATTTCTTGTCTT 4066
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4010 AAGAACTTAATCAGGTTCTCACAACGTTAGAGGCTGCACTAAAGAGAGATTTCTTGTCTT 4069
Query 4067 CAAACTTTGAAACAACTTCTGAACTCTTGGGTTTACAAGAAGGAGCTCTCGCCAGCGATC 4126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 4070 CAAACTTTGAAACAACTTCTGAACTCTTGGGTTTACAAGTAGAAGCTCTCGCCAACGAT- 4128
Query 4127 TT-ACTTGTGGGGTTAATGTACTACCGTGGATACCAAAGACAGCAGGAGGTGTAGCTTTG 4185
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4129 TTCACTTGTGGAGTTAATGTACTACCGTGGATACCGAAGACAACAGGAGGTGTAGCTTTG 4188
Query 4186 AGACTCTTTGATTTCGACAGCTCGATTGTTTACACACCCGATCAAAACAACGATCCTCTA 4245
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4189 AGGCTCTTTGAATTCGACAGCTCGATTGTTTACACAACCGATCAAAACAAAGATCCTCTA 4248
Query 4246 AAAGACAAAGAATCTGAAGATTTCGTGGGTTTGGAGACAAATATTCTGAGAAAC-TTACA 4304
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| || ||
Sbjct 4249 AAAGACAAAGAATCTGAAGATTTCGTCGGTTTGGAGACAAATTTTGTGAGAAACGTT-CA 4307
Query 4305 TGAGAAGGACGTAATGGAAACTCCGGTGCAAGTTGCTGCTTATAAGCAAGAAGAGAACTG 4364
|| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| | | | |||||||||||||||
Sbjct 4308 AGAAAAGGACGTAATGGAGACTCTGGTGCAAGTTGCT--T-ACACGCAAGAAGAGAACTG 4364
Query 4365 GACGGATCCTGGTTTAGGTGGTGTGTCTAGCTCTGGGAGAGGAGGTCGACCACCACGAGG 4424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4365 GACGGATCCTGGTTTAGGTGGTGTGTCTAGCTCTGGGCGAGGAGGTCGACCACCACGAGG 4424
Query 4425 ACGTGGCCGGCCTCGTGCCCGTGGCAATGGCAAGAAACCGGCAGTTTCTGTTAAACCACC 4484
||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 4425 ACGTGGCCGACCTCGTTCCCGTGGCAACGGCAAGAAACCGGCAGTTTCTGGTAGACCACC 4484
Query 4485 ACGAGGTGCAGCAAACTCAAATGGTGAAACCATGTTGAGACCGAGAGCACAACCACGTGG 4544
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4485 ACGAGGTGCAGCAAACTCAAATGGCGAAACCATGTTGAGACCAAGAGCACAACCACGTGG 4544
Query 4545 GGGTAGAAAGAATGGGCGGCGTAGT-GGCACCAAAGGCCGAAAGAGACCAACGCAAGGAA 4603
|||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 4545 GGGTAGAAAGAACGGGCGGCGTA-TCGGCACCAAAGGCCGGAAGAGACCAACGAAAGGAA 4603
Query 4604 CACTCGGTATATGTAATGAAGTAGGAGGAGGACGTCGGGTTAAGGAAGTTGCTGTAACCG 4663
|||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4604 CACTAGGTATATCTAATGAAGTAGGAGGA--A-GTCGGGCAAAGGAAGTTGCTGTAACCG 4660
Query 4664 CCAAAACCAGTCTTCCTGATAACGATGACGATTGGATCGAAACCCCTGAACTGCAAGACG 4723
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4661 CCAAAACTAGTCTTCCTGATAACGACGACGATTGGATCGATACCCCTGAACTGCAAGACG 4720
Query 4724 ATGACGGAGAAGCTAGCAGCTCGGGGAGATCGTTTCAGTATGAGGACTatgatgatgatg 4783
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4721 ATGACGGAGAAGCTAGCAGCTCAGGGAGATCGTTTCAGTATGAAGACTATGATGATGATG 4780
Query 4784 atgtcatggctccgattgatgattttgatgGCGGCGGCGAATCAAGTAAATTAGTAGGTA 4843
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4781 -T--CATGGCTCCGATTGATGATTTTGATGGCGGCGGTGAATCAAGTAAATTAGTAGGTA 4837
Query 4844 GGGGGGAATTTAGCTTACATAGTGATGATGAATACgaagaagaagaggaagaagaagaag 4903
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 4838 GGGGTGAATTTAGCTTACATAGTGATGATGAATACGAAGAAGAAGA--A-GAAGAAGAAG 4894
Query 4904 aCATGAACATGAAAATGGATGTGAATGTTGTTGATGATGAGGATGAAGATTACATAAACG 4963
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4895 ACATGAACATGAAAATGAATGTGAATGTTGTTGATGATGAAGATGAAGATTACATAAACG 4954
Query 4964 AAGACTCGTATGGTAGAAAGCAGCATGGGATTAGCATTAGCAACGATGCAGCGACTCGGA 5023
| ||||| ||||||||| |||||| || | | ||||||| | | | | || |
Sbjct 4955 ATGACTCATATGGTAGAGAGCAGCC-GG--T--G-ATTAGCA-C--T-C-G-GA-----A 4997
Query 5024 AAAGGTTTAATAAGTTTGAAGATCCTGATCTAACATCTTCATCGTCTTCTGATTTTCAAT 5083
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4998 AA-GGTTTAA---GTTTGAAGATCCTGATCTAACATCTTCATCGTCTTCTGATTTTCAGT 5053
Query 5084 GACTGATTTTAGACAAGAACCTACGAAGCTTGTTTTT-GTATTCTTCAAAATGAAT---T 5139
|| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 5054 GATTGATTTTAGACA-GAAACTACGAAGCTTTTTTTTTGTATTCTTCAAAATGAATGAAT 5112
Query 5140 CTTTT-AGTGTAACAACCTTTTTGTAAGGTAACGTCAATGTAATCCTTTTGTCTCTTATG 5198
|||| ||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5113 TTTTTTAGTTTAACT---TTTTT-TAAGTTAACGTCAATGTAATCCTTTTGTCTCTTATG 5168
Query 5199 AGC 5201
|||
Sbjct 5169 AGC 5171
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 197785206881
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5