BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G44230.1
Length=1974
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948708 jgi|Araly1|948708|scaffold_800595.1 3066 0.0
> Ahg948708 jgi|Araly1|948708|scaffold_800595.1
Length=2020
Score = 3066 bits (1660), Expect = 0.0
Identities = 1873/1978 (95%), Gaps = 5/1978 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGGTGGCTCATTCTCACCGGTTCTCGACGGCGGTAAACCCCATTAACATTAGCTTG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 21 ATGACGGTGGCTCATTCTCACCGGTTCTCGACGGCGGTAAATCCCATTAACATAAGCTTG 80
Query 61 CTTTCAAAACAATTACTTCAGCTTGGAAGAA-C-A-AGTAACAATTCCGGTACCTTCTCA 117
|||||||||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 81 CTTTCAAAACAACTACTTCAGCTTGGAAGAACCAATAACAACAATTCCAGTACCTTCTCA 140
Query 118 GAGATCAGTAATCAAAAAGAACTTCTAGTGTCTTCACTCATCTCAAAGCTCGATGATTGC 177
||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 141 GAGATCAGTCACCAAAGAGAGCTTCTAGTGTCTTCACTCATCTCAAAGCTCGACGATTGC 200
Query 178 ATCAATCTCAATCAAATCAAGCAAATTCATGGCCATGTTCTCCGTAAAGGTCTCGATCAA 237
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 ATCAATCTCAATCAAATCAAGCAAATTCATGGTCATGTTCTCCGTAAAGGTCTCGATCAA 260
Query 238 AGCTGTTACATTCTCACGAAGCTAATTCGCACGTTAACGAAGCTCGGTGTTCCAATGGAT 297
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 261 AGCTGTTACATTCTCACCAAGCTAATTCGCACGTTAACCAAGCTCGGTGTTCCAATGGAT 320
Query 298 CCATA-CGCTCGCCGTGTAATCGAGCCTGTTCAATTCCGGAACCCGTTTCTATGGACCGC 356
||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 321 CCATATC-CTCGCCGTGTAATCGAGCCTGTTCAGTTCCGGAACCCATTTCTATGGACCGC 379
Query 357 AGTGATTCGTGGGTATGCGATAGAAGGTAAATTTGATGAAGCTATTGCTATGTATGGATG 416
|||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 AGTGATTCGTGGGTATACGATTGAAGGTAAATTCGATGAAGCTATTGCTATGTATGGATG 439
Query 417 TATGAGGAAAGAAGAGATTACGCCTGTTTCTTTCACTTTCTCTGCTCTTTTGAAAGCTTG 476
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TATGAGGAAAGAAGAGATTACGCCAGTTTCTTTCACTTTCTCTGCTCTTTTGAAAGCTTG 499
Query 477 TGGAACAATGAAAGATTTGAATTTGGGTCGTCAGTTTCATGCACAGACGTTTAGACTTAG 536
|||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TGGATTAATGGGAGATTTGAATTTAGGTCGGCAGTTTCATGCACAGACGTTTAGACTTAG 559
Query 537 AGGGTTTTGTTTTGTATACGTTGGGAATACAATGATTGATATGTATGTGAAATGTGAATC 596
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 560 AGGGTTTTGTTTTGTATATGTTGGGAATACAATGATTGATATGTATGTGAAATGTGGGTC 619
Query 597 TATTGATTGTGCGCGTAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGAACGAGATGTGATATCGTGGAC 656
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 620 TATTGTTTGTGCGCGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCTGAACGAGATGTGATTTCGTGGAC 679
Query 657 TGAGCTTATTGCTGCGTATGCGAGAGTTGGAAATATGGAATGTGCAGCGGAACTGTTTGA 716
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||
Sbjct 680 TGAGCTTATTGCTGCGTATGCTAGAGTTGGGAATATGGAATCTGCTGCGGATTTGTTTGA 739
Query 717 AAGTTTGCCTACGAAGGATATGGTGGCTTGGACTGCTATGGTTACGGGATTTGCGCAGAA 776
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 AAGTTTGCCTACGAAAGATATGGTGGCTTGGACTGCTATGGTTACGGGATTTGCGCAGAA 799
Query 777 TGCTAAACCTCAGGAAGCTTTAGAGTATTTTGATAGGATGGAGAAATCGGGAATTCGAGC 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 TGCTAAACCTCAGGAAGCTTTAGAGTATTTTGATAGGATGGAGAAATCGGGAATTCGAGC 859
Query 837 TGATGAGGTTACTGTCGCCGGATATATATCGGCTTGTGCGCAGCTTGGAGCAAGTAAATA 896
||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 860 TGATGAGGTTACTGTGGCTGGATATATATCGGCCTGTGCGCAGCTGGGAGCAAGTAAATA 919
Query 897 CGCTGATCGGGCTGTTCAAATTGCTCAGAAATCTGGGTATTCTCCTAGTGATCACGTTGT 956
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 920 CGCTGATCGAGCTGTTCAAATCGCTCAGAAATCTGGGTATTCTCCTAGGGATCATGTTGT 979
Query 957 TATCGGGTCTGCTTTGATAGATATGTACTCGAAATGTGGAAACGTAGAAGAGGCAGTTAA 1016
||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 980 TATTGGGTCTGCGTTGATAGATATGTACTCAAAATGCGGAAATGTAGAAGAGGCAGTTAA 1039
Query 1017 TGTGTTTATGTCGATGAACAACAAAAACGTTTTCACTTATAGTTCGATGATCCTAGGTCT 1076
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1040 TGTGTTTGTGTCGATGAACAACAAAAACGTTTTCTCTTACAGTTCGATGATCCTTGGTCT 1099
Query 1077 TGCTACGCACGGGCGTGCTCAAGAGGCTTTACATCTTTTTCATTACATGGTAACACAGAC 1136
||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| |||||
Sbjct 1100 TGCTATGCACGGACGTGCTCAAGAGGCTTTAGATCTGTTCCACTACATGGTAACGCAGAC 1159
Query 1137 AGAGATAAAACCAAATACGGTTACATTTGTTGGTGCGCTTATGGCTTGCAGCCACTCGGG 1196
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1160 AGCGATAAAACCAAACACGGTTACATTTGTTGGTGCGCTTACGGCTTGCAGCCACTCGGG 1219
Query 1197 ACTTGTTGACCAAGGACGTCAAGTATTTGATTCTATGTATCAAACATTTGGTGTTCAACC 1256
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1220 ACTCGTTGACCAAGGACGTCAAGTATTTGATTCTATGTATCAAACATTCGGTGTTGAACC 1279
Query 1257 AACGCGGGATCACTATACTTGTATGGTCGATCTTCTTGGCCGTACAGGGCGGTTACAAGA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1280 AACGCGGGATCACTATACTTGTATGGTCGATCTTCTTGGCCGTGCAGGGCGGTTACAAGA 1339
Query 1317 AGCCCTTGAGCTGATTAAAACTATGTCTGTTGAGCCACACGGAGGTGTATGGGGTGCATT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 AGCCCTTGAGCTGATTAAAACTATGTCTGTTGAACCACACGGAGGTGTATGGGGTGCATT 1399
Query 1377 GCTCGGTGCCTGCAGGATTCACAACAATCCAGAGATAGCAGAGATTGCTGCAGAACATTT 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GCTCGGTGCCTGCAGGATTCACAACAATCCAGACATAGCAGAGATTGCTGCAGAACATTT 1459
Query 1437 GTTTGAATTGGAACCGGACATTATCGGAAACTATATATTGCTCTCCAATGTCTACGCGTC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||
Sbjct 1460 GTTTGAATTGGAACCGGACATTATCGGAAACTATATATTGCTCTCTAACGTCTACTCGTC 1519
Query 1497 AGCTGGAGACTGGGGCGGAGTTTTAAGAGTGCGGAAACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAA 1556
|||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 AGCTGGAGACTGGGGCAGCGTTTTAAGAGTGAGGAAACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAA 1579
Query 1557 GAAGACACCCGCGGTTAGTTGGGTTGTAGATAAGAATGGTCAGATGCATAAGTTTTTCCC 1616
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GAAGACACCGGCGGTTAGTTGGGTTGTAGATAAGAACGGTCAGATGCATAAGTTTTTCCC 1639
Query 1617 TGGAAACCTGAACCATCCAATGTCAAATAAGATTCAAGACAAGTTAGAAGAGCTTGTAGA 1676
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 GGGAAACCTAAACCATCCAATGTCAAAAAAGATTCAAGACAAGTTAGAAGAGCTTGTAGA 1699
Query 1677 AAGATTAACGGTATTAGGATATCAACCGGATTTGAGCTCTGTGCCATACGACGTGAGTGA 1736
||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1700 AAGATTAACGGCACTAGGGTATCAACCGGATTTAAGCTCTGTGCCCTACGACGTGAGTGA 1759
Query 1737 CAATGCGAAGAGGTTGATACTGATACAGCATACCGAGAAGCTAGCTTTAGCGTTCTCTTT 1796
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1760 CAATGCAAAGAGGTTGATACTGATACAGCACACCGAGAAGCTGGCTTTAGCGTTCTCTTT 1819
Query 1797 ACTCACTACGAACAGAGATTCTACGATAACAATAATGAAGAATTTGAGGATGTGCCTAGA 1856
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1820 ACTCACTACGAACAGAGATTCTACAATAAAAATAATGAAGAATTTGAGGATGTGCCAAGA 1879
Query 1857 TTGTCACAAGTTTATGCGTTTGGCATCAGAGGTCACAGGGAAGGTAATTATAATGAGGGA 1916
|||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1880 TTGTCACATGTTTATGCGTTTAGCATCAGAGGTTACAGGGAGGGTGATTATAATGAGGGA 1939
Query 1917 TAATATGAGATTCCACCATTTTAGGAGTGGAGATTGTTCTTGTGGTGATTTTTGGTGA 1974
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 TAATATGAGATTCCACCATTTTAGGAGTGGAGCTTGTTCTTGTGGTGATTTTTGGTGA 1997
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74199797260
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5