BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G44230.1 Length=1974 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg948708 jgi|Araly1|948708|scaffold_800595.1 3066 0.0 > Ahg948708 jgi|Araly1|948708|scaffold_800595.1 Length=2020 Score = 3066 bits (1660), Expect = 0.0 Identities = 1873/1978 (95%), Gaps = 5/1978 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGACGGTGGCTCATTCTCACCGGTTCTCGACGGCGGTAAACCCCATTAACATTAGCTTG 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 21 ATGACGGTGGCTCATTCTCACCGGTTCTCGACGGCGGTAAATCCCATTAACATAAGCTTG 80 Query 61 CTTTCAAAACAATTACTTCAGCTTGGAAGAA-C-A-AGTAACAATTCCGGTACCTTCTCA 117 |||||||||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||| ||||||||||| Sbjct 81 CTTTCAAAACAACTACTTCAGCTTGGAAGAACCAATAACAACAATTCCAGTACCTTCTCA 140 Query 118 GAGATCAGTAATCAAAAAGAACTTCTAGTGTCTTCACTCATCTCAAAGCTCGATGATTGC 177 ||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 141 GAGATCAGTCACCAAAGAGAGCTTCTAGTGTCTTCACTCATCTCAAAGCTCGACGATTGC 200 Query 178 ATCAATCTCAATCAAATCAAGCAAATTCATGGCCATGTTCTCCGTAAAGGTCTCGATCAA 237 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 201 ATCAATCTCAATCAAATCAAGCAAATTCATGGTCATGTTCTCCGTAAAGGTCTCGATCAA 260 Query 238 AGCTGTTACATTCTCACGAAGCTAATTCGCACGTTAACGAAGCTCGGTGTTCCAATGGAT 297 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 261 AGCTGTTACATTCTCACCAAGCTAATTCGCACGTTAACCAAGCTCGGTGTTCCAATGGAT 320 Query 298 CCATA-CGCTCGCCGTGTAATCGAGCCTGTTCAATTCCGGAACCCGTTTCTATGGACCGC 356 ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 321 CCATATC-CTCGCCGTGTAATCGAGCCTGTTCAGTTCCGGAACCCATTTCTATGGACCGC 379 Query 357 AGTGATTCGTGGGTATGCGATAGAAGGTAAATTTGATGAAGCTATTGCTATGTATGGATG 416 |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 380 AGTGATTCGTGGGTATACGATTGAAGGTAAATTCGATGAAGCTATTGCTATGTATGGATG 439 Query 417 TATGAGGAAAGAAGAGATTACGCCTGTTTCTTTCACTTTCTCTGCTCTTTTGAAAGCTTG 476 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 TATGAGGAAAGAAGAGATTACGCCAGTTTCTTTCACTTTCTCTGCTCTTTTGAAAGCTTG 499 Query 477 TGGAACAATGAAAGATTTGAATTTGGGTCGTCAGTTTCATGCACAGACGTTTAGACTTAG 536 |||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 500 TGGATTAATGGGAGATTTGAATTTAGGTCGGCAGTTTCATGCACAGACGTTTAGACTTAG 559 Query 537 AGGGTTTTGTTTTGTATACGTTGGGAATACAATGATTGATATGTATGTGAAATGTGAATC 596 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 560 AGGGTTTTGTTTTGTATATGTTGGGAATACAATGATTGATATGTATGTGAAATGTGGGTC 619 Query 597 TATTGATTGTGCGCGTAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGAACGAGATGTGATATCGTGGAC 656 ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 620 TATTGTTTGTGCGCGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCTGAACGAGATGTGATTTCGTGGAC 679 Query 657 TGAGCTTATTGCTGCGTATGCGAGAGTTGGAAATATGGAATGTGCAGCGGAACTGTTTGA 716 ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| Sbjct 680 TGAGCTTATTGCTGCGTATGCTAGAGTTGGGAATATGGAATCTGCTGCGGATTTGTTTGA 739 Query 717 AAGTTTGCCTACGAAGGATATGGTGGCTTGGACTGCTATGGTTACGGGATTTGCGCAGAA 776 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 AAGTTTGCCTACGAAAGATATGGTGGCTTGGACTGCTATGGTTACGGGATTTGCGCAGAA 799 Query 777 TGCTAAACCTCAGGAAGCTTTAGAGTATTTTGATAGGATGGAGAAATCGGGAATTCGAGC 836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 800 TGCTAAACCTCAGGAAGCTTTAGAGTATTTTGATAGGATGGAGAAATCGGGAATTCGAGC 859 Query 837 TGATGAGGTTACTGTCGCCGGATATATATCGGCTTGTGCGCAGCTTGGAGCAAGTAAATA 896 ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 860 TGATGAGGTTACTGTGGCTGGATATATATCGGCCTGTGCGCAGCTGGGAGCAAGTAAATA 919 Query 897 CGCTGATCGGGCTGTTCAAATTGCTCAGAAATCTGGGTATTCTCCTAGTGATCACGTTGT 956 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 920 CGCTGATCGAGCTGTTCAAATCGCTCAGAAATCTGGGTATTCTCCTAGGGATCATGTTGT 979 Query 957 TATCGGGTCTGCTTTGATAGATATGTACTCGAAATGTGGAAACGTAGAAGAGGCAGTTAA 1016 ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 980 TATTGGGTCTGCGTTGATAGATATGTACTCAAAATGCGGAAATGTAGAAGAGGCAGTTAA 1039 Query 1017 TGTGTTTATGTCGATGAACAACAAAAACGTTTTCACTTATAGTTCGATGATCCTAGGTCT 1076 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1040 TGTGTTTGTGTCGATGAACAACAAAAACGTTTTCTCTTACAGTTCGATGATCCTTGGTCT 1099 Query 1077 TGCTACGCACGGGCGTGCTCAAGAGGCTTTACATCTTTTTCATTACATGGTAACACAGAC 1136 ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| ||||| Sbjct 1100 TGCTATGCACGGACGTGCTCAAGAGGCTTTAGATCTGTTCCACTACATGGTAACGCAGAC 1159 Query 1137 AGAGATAAAACCAAATACGGTTACATTTGTTGGTGCGCTTATGGCTTGCAGCCACTCGGG 1196 || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1160 AGCGATAAAACCAAACACGGTTACATTTGTTGGTGCGCTTACGGCTTGCAGCCACTCGGG 1219 Query 1197 ACTTGTTGACCAAGGACGTCAAGTATTTGATTCTATGTATCAAACATTTGGTGTTCAACC 1256 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 1220 ACTCGTTGACCAAGGACGTCAAGTATTTGATTCTATGTATCAAACATTCGGTGTTGAACC 1279 Query 1257 AACGCGGGATCACTATACTTGTATGGTCGATCTTCTTGGCCGTACAGGGCGGTTACAAGA 1316 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1280 AACGCGGGATCACTATACTTGTATGGTCGATCTTCTTGGCCGTGCAGGGCGGTTACAAGA 1339 Query 1317 AGCCCTTGAGCTGATTAAAACTATGTCTGTTGAGCCACACGGAGGTGTATGGGGTGCATT 1376 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1340 AGCCCTTGAGCTGATTAAAACTATGTCTGTTGAACCACACGGAGGTGTATGGGGTGCATT 1399 Query 1377 GCTCGGTGCCTGCAGGATTCACAACAATCCAGAGATAGCAGAGATTGCTGCAGAACATTT 1436 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1400 GCTCGGTGCCTGCAGGATTCACAACAATCCAGACATAGCAGAGATTGCTGCAGAACATTT 1459 Query 1437 GTTTGAATTGGAACCGGACATTATCGGAAACTATATATTGCTCTCCAATGTCTACGCGTC 1496 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| Sbjct 1460 GTTTGAATTGGAACCGGACATTATCGGAAACTATATATTGCTCTCTAACGTCTACTCGTC 1519 Query 1497 AGCTGGAGACTGGGGCGGAGTTTTAAGAGTGCGGAAACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAA 1556 |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1520 AGCTGGAGACTGGGGCAGCGTTTTAAGAGTGAGGAAACTGATTAAAGAAAAGGGTTTGAA 1579 Query 1557 GAAGACACCCGCGGTTAGTTGGGTTGTAGATAAGAATGGTCAGATGCATAAGTTTTTCCC 1616 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1580 GAAGACACCGGCGGTTAGTTGGGTTGTAGATAAGAACGGTCAGATGCATAAGTTTTTCCC 1639 Query 1617 TGGAAACCTGAACCATCCAATGTCAAATAAGATTCAAGACAAGTTAGAAGAGCTTGTAGA 1676 |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1640 GGGAAACCTAAACCATCCAATGTCAAAAAAGATTCAAGACAAGTTAGAAGAGCTTGTAGA 1699 Query 1677 AAGATTAACGGTATTAGGATATCAACCGGATTTGAGCTCTGTGCCATACGACGTGAGTGA 1736 ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1700 AAGATTAACGGCACTAGGGTATCAACCGGATTTAAGCTCTGTGCCCTACGACGTGAGTGA 1759 Query 1737 CAATGCGAAGAGGTTGATACTGATACAGCATACCGAGAAGCTAGCTTTAGCGTTCTCTTT 1796 |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1760 CAATGCAAAGAGGTTGATACTGATACAGCACACCGAGAAGCTGGCTTTAGCGTTCTCTTT 1819 Query 1797 ACTCACTACGAACAGAGATTCTACGATAACAATAATGAAGAATTTGAGGATGTGCCTAGA 1856 |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1820 ACTCACTACGAACAGAGATTCTACAATAAAAATAATGAAGAATTTGAGGATGTGCCAAGA 1879 Query 1857 TTGTCACAAGTTTATGCGTTTGGCATCAGAGGTCACAGGGAAGGTAATTATAATGAGGGA 1916 |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| Sbjct 1880 TTGTCACATGTTTATGCGTTTAGCATCAGAGGTTACAGGGAGGGTGATTATAATGAGGGA 1939 Query 1917 TAATATGAGATTCCACCATTTTAGGAGTGGAGATTGTTCTTGTGGTGATTTTTGGTGA 1974 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1940 TAATATGAGATTCCACCATTTTAGGAGTGGAGCTTGTTCTTGTGGTGATTTTTGGTGA 1997 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 74199797260 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5