BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G44240.1
Length=3688
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg356659 jgi|Araly1|356659|fgenesh1_pg.C_scaffold_8000446 4226 0.0
> Ahg356659 jgi|Araly1|356659|fgenesh1_pg.C_scaffold_8000446
Length=3291
Score = 4226 bits (2288), Expect = 0.0
Identities = 2414/2476 (97%), Gaps = 3/2476 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 261 CGTTTTGTGTACATTAACGATGATGAAGCTTCAAAAGAGCTTTGTTGTGATAACCGTATA 320
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 CGTTTTGTATACATTAACGATGATGAAGCTTCGAAAGAGCTTTGTTGTGATAACCGTATA 66
Query 321 TCTAACAGAAAGTATACGTTATGGAATTTTCTTCCGAAGAACTTGTGGGAGCAATTCAGC 380
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 TCTAACAGAAAGTATACGTTGTGGAATTTTCTTCCAAAGAACTTGTGGGAGCAATTCAGC 126
Query 381 CGGTTTATGAACCAGTACTTTTTGTTGATTGCTTGCCTTCAGCTATGGTCACTTATCACC 440
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 127 CGGTTCATGAACCAGTATTTTTTGTTGATTGCTTGCCTTCAGCTCTGGTCACTTATCACC 186
Query 441 CCTGTGAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGTTAATATTCATATTTGCAGTCTCTGCTTCC 500
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 187 CCGGTAAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGTTAATATTCATATTTGCGGTCTCGGCTTCG 246
Query 501 AAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGATATCTATCAGATAAGAAAGCAAATGAGAAAGAA 560
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 AAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGGTATCTATCAGATAAGAAAGCAAATGAGAAAGAA 306
Query 561 GTTTGGATCGTGAAACAGGGGATCAAGAAGCATATTCAAGCACAGGACATACAAGTTGGG 620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 GTTTGGATCGTGAAACAGGGGATCAAGAAGCATATTCAAGCACAGGACATACAAGTTGGT 366
Query 621 AATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTTGTTTTGCTTGGTACC 680
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 367 AATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTAGTTTTGCTTGGTACC 426
Query 681 TCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGACTGCTGCTTTAGATGGTGAAACTGATCTC 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 TCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGACTGCTGCTTTAGATGGTGAAACTGATCTC 486
Query 741 AAAACAAGAGTGATACCCTCAGCATGTGTGGGAATTGATTTAGAATTGTTACACAAAATG 800
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 AAAACAAGAGTCATACCTTCAGCATGTGTGGGAATTGATTTAGAATTGTTACACAAAATG 546
Query 801 AAAGGTGTGATTGAATGTCCTGTTCCAGATAAGGATATTCGAAGATTTGATGCAAACATG 860
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 547 AAAGGTGTGATTGAATGTCCTATTCCAGATAAGGATATTCGAAGATTTGACGCAAACATG 606
Query 861 CGCTTATTTCCGCCATTTATTGACAATGATGTCTGTTCTTTAACCATAAAAAACACTCTT 920
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 CGCTTATTTCCGCCATTTATTGACAATGACGTCTGTTCTTTAACCATAAAAAACACTCTT 666
Query 921 CTTCAGTCCTGTTACTTGAGAAATACAGAGTGGGCTTGTGGAGTATCTGTCTATACAGGC 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CTTCAGTCCTGTTACTTGAGAAATACAGAGTGGGCTTGTGGAGTATCTGTCTATACAGGC 726
Query 981 AACCAAACTAAGCTTGGTATGAGTAGGGGTATTGCTGAGCCGAAGCTTACTGCTATGGAT 1040
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 AACCAAACTAAGCTTGGTATGAGTAGGGGTATAGCTGAGCCGAAGCTTACTGCTATGGAT 786
Query 1041 GCAATGATTGATAAACTGACTGGAGCAATATTCGTTTTCCAAATTGTCGTTGTTCTGGTC 1100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 787 GCAATGATTGATAAACTGACTGGAGCAATATTCGTTTTCCAAATTGTCGTTGTTGTGGTC 846
Query 1101 CTCGGTATAGCTGGAAATGTTTGGAAAGATACAGAAGCAAGGAAGCAATGGTATGTGCAG 1160
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 CTCGGTGTAGCTGGAAATGTTTGGAAAGATACAGAAGCAAGGAAGCAATGGTATGTGCAG 906
Query 1161 TACCCAGAGGAAGCCCCGTGGTATGAGCTGCTTGTAATCCCTTTGCGGTTTGAACTCCTA 1220
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 TATCCAGAGGAAGCCCCGTGGTATGAGCTGCTTGTAATCCCTTTGCGGTTTGAACTCCTA 966
Query 1221 TGTTCCATCATGATACCCATCTCCATTAAGGTGTCTCTAGATCTCGTTAAGGGTCTTTAT 1280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 967 TGTTCCATCATGATACCCATCTCCATTAAGGTGTCTCTAGATCTGGTTAAGGGTCTTTAT 1026
Query 1281 GCAAAATTTATAGAATGGGATGTAGAGATGATAGATCAAGAGACTGGTACAGCATCTTAT 1340
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 GCAAAATTTATAGAATGGGATGTGGAGATGATAGATCAAGAGACTGGTACAGCATCTTAT 1086
Query 1341 GCAGCAAACACAGCAATAAGCGAGGACCTTGGGCAAGTAGAGTACATTTTGACCGACAAA 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 GCAGCAAACACAGCAATAAGCGAGGACCTTGGGCAAGTAGAGTACATTTTGACCGACAAA 1146
Query 1401 ACTGGAACCCTGACAGATAACAAGATGATATTTAGAAGATGCTGTATTGGAGGCATATTT 1460
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1147 ACTGGGACCCTGACAGACAACAAGATGATATTTAGAAGATGCTGTATTGGTGGCATATTT 1206
Query 1461 TATGGGAATGAGAATGGAGATGCTTTAAAAGATGCACAACTTCTTAATGCCATCACCAGT 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1207 TATGGGAATGAGAATGGAGATGCTTTAAAAGATGCACAACTTCTTAATGCCATTACCAGT 1266
Query 1521 GGCTCTACAGATGTTATCCGATTTCTTACAGTGATGGCCATCTGCAACACAGTTCTACCT 1580
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1267 GGCTCTACAGATGTTATCCGATTTCTTACAGTTATGGCCATCTGCAACACAGTTATACCT 1326
Query 1581 GTGCAGAGCAAAGCTGGAGATATTGTTTACAAGGCGCAATCTCAGGATGAGGACGCTCTT 1640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1327 GTGCAGAGCAAAGCTGGAGATATTGTTTACAAGGCGCAATCTCAGGATGAAGACGCTCTT 1386
Query 1641 GTAATCGCTGCTTCAAAGTTGCATATGGTCTTTGTCGGCAAAAATGCCAATCTTCTAGAA 1700
||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 GTAATTGCTGCTGCAAAGTTGCATATGGTCTTTGTTGGCAAAAATGCCAATCTTCTAGAA 1446
Query 1701 ATCAGATTTAATGGTTC-AGTAATTCGCTATGAGGTACTGGAGATTCTTGAATTCACTTC 1759
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 ATCAGATTTAATGGTTCGA-TAATTCGCTATGAGGTACTGGAGATTCTTGAATTCACTTC 1505
Query 1760 AGATCGAAAAAGAATGTCAGTGGTAGTGAAAGATTGTCAGAATGGGAAAATTATACTTCT 1819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 AGATCGAAAAAGAATGTCAGTGGTAGTGAAAGATTGTCAGAATGGGAAAATTATACTTCT 1565
Query 1820 GTCCAAAGGTGCAGATGAAGCAATCCTTCCCTATGCACGTGCTGGTCAACAAACCCGAAC 1879
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 GTCAAAAGGTGCAGATGAAGCAATCCTTCCGTATGCATGTGCTGGTCAACAAACCCGAAC 1625
Query 1880 TATTGGTGACGCCGTAGAACACTATTCCCAGCTGGGGCTCCGAACATTGTGTTTGGCTTG 1939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 TATTGGTGACGCCGTAGAACACTATTCCCAGCTGGGGCTCCGAACATTGTGTTTGGCTTG 1685
Query 1940 GCGTGAACTTGAAGAGAATGAGTATCTAGAGTGGTCAGTGAAGTTTAAAGAGGCTAGTAG 1999
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1686 GCGTGAACTGGAAGAGAATGAGTATCTAGAGTGGTCAGTGAAGTTTAAGGAGGCTAGTAG 1745
Query 2000 TCTTCTGGTTGATAGGGAGTGGAGAATTGCTGAGGTCTGTCAAAGGTTAGAACATGATCT 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1746 TCTTCTGGTTGATAGGGAGTGGAGAATTGCTGAGGTCTGTCAAAGATTAGAACATGATCT 1805
Query 2060 TTATATTCTAGGGGTCACTGCAATAGAAGACCGCTTGCAGGATGGTGTACCAGAGACGAT 2119
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1806 TTATATTCTAGGGGTCACTGCAATAGAGGACCGGTTGCAGGATGGTGTACCAGAGACAAT 1865
Query 2120 TGAGACACTTCGAAAAGCAGGGATAAACTTTTGGATGCTGACTGGAGATAAGCAGAATAC 2179
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1866 CGAGACACTTAGAAAAGCAGGGATAAACTTTTGGATGCTGACCGGAGATAAGCAGAATAC 1925
Query 2180 AGCTATACAGATTGCTCTTTCATGTAATTTTATCTCCCCAGAGCCTAAAGGCCAACTTCT 2239
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1926 AGCTATACAGATTGCTCTTTCCTGTAATTTTATCTCCCCAGAGCCTAAAGGTCAACTTCT 1985
Query 2240 GATGATTGATGGAAAAACTGAAGAAGATGTTTCTAGAAGTTTGGAGAGGGTTTTGCTTAC 2299
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1986 GATGATTGATGGAAAAACTAAAGAAGATGTTTCTCGAAGTTTGGAGAGGGTTTTGCTGAC 2045
Query 2300 AATGCGGATTACAGCTTCAGAACCTAAGGACGTGGCATTTGTTATTGATGGCTGGGCTCT 2359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 AATGCGGATTACAGCTTCAGAACCTAAGGACGTGGCATTTGTTATTGATGGCTGGGCTCT 2105
Query 2360 AGAAATTGCTCTGAAACACCATCGCAAGGATTTTGTTGAATTAGCTATACTTTCTAGGAC 2419
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 AGAAATTGCTCTGAAACACCATCACAAGGATTTTGTTGAATTAGCTATACTTTCTAGGAC 2165
Query 2420 AGCCATATGTTGTCGCGTCACACCTTCACAAAAAGCCCAGTTAGTTGAAATCTTAAAATC 2479
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 AGCCATATGTTGTCGCGTCACACCTTCACAGAAAGCCCAGTTAGTTGAAATCTTAAAATC 2225
Query 2480 CTGCGATTATCGAACCCTTGCAATTGGTGACGGTGGGAATGATGTAAGAATGATACAGCA 2539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 CTGCGATTATCGAACCCTTGCAATTGGTGACGGTGGGAATGATGTAAGAATGATACAGCA 2285
Query 2540 AGCTGATATTGGGGTCGGCATCAGCGGAAGAGAAGGGCTGCAGGCAGCAAGAGCTGCAGA 2599
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 AGCTGATATCGGGGTCGGCATTAGCGGAAGAGAAGGGCTGCAGGCAGCAAGAGCTGCAGA 2345
Query 2600 CTATAGCATTGGAAGATTCAGGTTTCTAAAAAGACTGATTCTTGTTCATGGGAGGTATTC 2659
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 TTATAGCATTGGAAGATTCAGGTTTCTGAAAAGACTGATTCTTGTTCATGGGAGGTATTC 2405
Query 2660 ATATAACCGGACAGCATTTTTGTCCCAGTATTCCTTCTACAAATCGTTGTTGATATGCTT 2719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2406 ATATAACCGGACAGCATTTTTGTCCCAGTATTCCTTCTACAAATCGTTGTTGATATGCTT 2465
Query 2720 CATCCAGATTTT-CTT 2734
|||||||||||| |||
Sbjct 2466 CATCCAGATTTTTCTT 2481
Score = 1360 bits (736), Expect = 0.0
Identities = 788/814 (97%), Gaps = 0/814 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2765 TCTTTTCAATTCAGTTAGCCTGATGGCTTATAACGTTTTCTACACCAGTGTTCCTGTTCT 2824
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2478 TCTTTTCAATTCGGTTAGCCTGATGGCTTATAACGTTTTCTACACCAGTATTCCTGTTCT 2537
Query 2825 TGTTAGTGTAATTGATAAAGATCTTAGTGAAGCATCAGTGATGCAACACCCTCAAATTTT 2884
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 TGTTAGCGTAATTGATAAAGATCTTAGTGAAGCATCAGTGATGCAACACCCTCAAATTTT 2597
Query 2885 GTTCTACTGCCAAGCGGGAAGGCTTCTGAATCCAAGCACATTTGCGGGTTGGTTTGGCCG 2944
||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2598 GTTCTACTGCCAAGCTGGAAGGCTTCTAAACCCAAGCACATTTGCGGGGTGGTTTGGCCG 2657
Query 2945 ATCCCTTTTCCACGCCATTATTGTATTTGTAATAACCATACACGCCTATGCTTACGAGAA 3004
||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2658 ATCCCTTTTTCACGCAATTGTTGTATTTGTAATAACCATACACGCATATGCTTACGAGAA 2717
Query 3005 AAGTGAAATGGAGGAGCTTGGAATGGTAGCTCTGTCTGGATGTATATGGCTTCAAGCTTT 3064
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 AAGTGAAATGGAGGAGCTTGGAATGGTAGCTCTTTCTGGATGTATATGGCTTCAAGCTTT 2777
Query 3065 TGTTGTGGCTCAAGAAACCAATTCCTTTACGGTGTTGCAACACCTTTCCATTTGGGGAAA 3124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 TGTTGTGGCTCAAGAAACCAATTCCTTTACGGTGTTGCAACACCTTTCCATTTGGGGAAA 2837
Query 3125 TCTAGTCGGTTTCTATGCAATCAACTTTCTCTTCAGCGCAATACCGTCATCGGGAATGTA 3184
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2838 CCTGGTCGCTTTCTATGCAATCAACTTTCTCTTCAGCGCAATACCGTCATCCGGAATGTA 2897
Query 3185 CACCATCATGTTCCGCCTCTGTTCTCAACCTTCTTACTGGATAACAATGTTTCTCATAGT 3244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 CACCATCATGTTCCGCCTCTGTTCTCAACCTTCTTACTGGATAACAATGTTTCTCATAGT 2957
Query 3245 TGGAGCAGGCATGGGTCCTATTTTCGCATTGAAGTACTTCCGCTACACATACAGACCCAG 3304
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958 TGGGGCAGGCATGGGTCCTATATTCGCATTGAAGTACTTCCGCTACACATACAGACCCAG 3017
Query 3305 CAAAATCAATATACTCCAGCAAGCTGAACGAATGGGTGGTCCAATACTGACACTAGGAAA 3364
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3018 CAAAATCAATATACTCCAACAAGCTGAAAGAATGGGTGGTCCAATACTGACTCTAGGAAA 3077
Query 3365 CATCGAAACGCAACCAAGGACCATTGAAAAGGACTTGTCTCCAATATCCATCACTCAGCC 3424
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3078 CATCGAAACGCAACCAAGGACCATTGAGAAGGACTTGTCTCCATTATCCATCACTCAGCC 3137
Query 3425 CAAGAACAGAAGCCCGGTCTATGAGCCATTGCTATCAGATTCTCCAAACGCAACACGACG 3484
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3138 CAAAAACAGAAGCCCGGTCTATGAGCCATTGCTATCAGATTCTCCAAACGCAACACGACG 3197
Query 3485 CTCATTTGGCCCTGGAACTCCATTCGAGTTTTTCCAATCACAGTCAAGATTATCATCATC 3544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3198 CTCATTTGGCCCTGGAACTCCATTCGAGTTTTTCCAATCACAGTCAAGATTATCATCATC 3257
Query 3545 CTCTGGTTATACCAGAAACTGCAAAGACAACTAA 3578
|||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3258 GTCTGGTTACACCAGAAACTGCAAAGACAACTAA 3291
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139328774753
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5