BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G44635.1
Length=2496
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948636 jgi|Araly1|948636|scaffold_800523.1 4119 0.0
> Ahg948636 jgi|Araly1|948636|scaffold_800523.1
Length=2538
Score = 4119 bits (2230), Expect = 0.0
Identities = 2409/2497 (96%), Gaps = 5/2497 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAGCTTTTGGTGGATTTGTAATGGATGAACAAGCGATTCAAGTCGAGAATGTCTTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 26 ATGGAAGCTTTTGGTGGATTTGTAATGGATGAACAAGCGATTCAAGTAGAGAATGTCTTC 85
Query 61 CTCGAATTCCTGAAAAGTTTTCGATTAGATGCGAACAAGCCGGAGTTGTATTACGAAGCA 120
||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 86 CTCGAGTTCCTCAAAAGTTTCCGATTAGACGCGAACAAGCCGGAGTTGTATTACGAAGCG 145
Query 121 GAGATTGAAGCGATTCGAGGTGGTGAATCAACAATGATGTACATTGATTTCTCACATGTA 180
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 146 GAGATTGAAGCAATTCGAGGCGGTGAATCAACAATGATGTACATCGATTTCTCACATGTT 205
Query 181 ATGGGTTTTAATGACGCTCTTCAGAAAGCAATAGCTGATGAATATTTGAGGTTTGAGCCG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 206 ATGGGTTTTAATGACGCTCTTCAGAAAGCAATAGCTGATGAGTATTTGAGGTTTGAGCCA 265
Query 241 TATTTGAGGAATGCGTGTAAGAGATTTGTGATTGAAATGAATCCTTCTTTCATTTCTGAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 TATTTGAGGAATGCGTGTAAGAGATTTGTGATTGAAATGAATCCTTCTTTCATTTCTGAT 325
Query 301 GATACTCCAAATAAAGATATCAATGTTTCTTTCTACAATCTTCCTTTCACTAAAAGGTTG 360
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 GATACTCCGAATAAAGATATCAATGTTTCTTTCTACAATCTTCCTTTCACTAAAAGGTTG 385
Query 361 AGGGAGTTAACGACGGCAGAAATTGGAAAGTTAGTGTCGGTGACAGGTGTGGTTACTCGA 420
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 386 AGGGAGTTAACGACTGCAGAAATTGGGAAGTTAGTGTCGGTGACTGGTGTGGTTACTCGA 445
Query 421 ACAAGTGAAGTGAGACCTGAGCTTCTATATGGGACTTTCAAGTGTTTAGATTGTGGTAGT 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 ACAAGTGAAGTGAGACCTGAGCTTCTTTATGGGACTTTCAAGTGTTTAGATTGTGGTAGT 505
Query 481 GTTATAAAGAATGTTGAACAACAGTTTAAGTATACACAGCCTACGATCTGTGTGAGCCCG 540
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 506 GTTATAAAGAATGTTGAACAACAGTTTAAGTACACTCAGCCTACAATCTGTGTGAGCCCG 565
Query 541 ACTTGTTTGAACAGAGCAAGATGGGCGTTGCTTAGACAAGAAAGTAAGTTTGCGGATTGG 600
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 566 ACTTGTTTGAACAGAGCAAGATGGGCATTGCTTAGACAAGAGAGCAAGTTTACGGATTGG 625
Query 601 CAAAGGGTTAGAATGCAGGAGACTTCAAAAGAGATACCTGCAGGTTCCTTGCCACGGTCT 660
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 CAAAGAGTTAGAATGCAGGAGACGTCAAAAGAGATACCTGCAGGTTCCTTGCCACGGTCT 685
Query 661 TTGGATGTCATTTTGCGTCATGAGATTGTGGAACAGGCCAGAGCGGGTGACACGGTTATT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 686 TTGGATGTCATTTTGCGTCATGAGATTGTGGAACAGGCCAGAGCGGGTGATACGGTTATT 745
Query 721 TTTACGGGAACAGTAGTTGTTATACCTGACATATCAGCACTGGCAGCACCTGGAGAGAGA 780
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 TTTACAGGAACGGTAGTTGTTATACCTGACATATCAGCACTGGCAGCACCTGGAGAGAGA 805
Query 781 GCAGAATGTCGTCGAGACTCATCACAGCAGAAAAGCTCTACTGCTGGACATGAAGGTGTT 840
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 806 GCAGAATGTCGTCGAGACTCATCACAACAGAAAAGCTCCACAGCTGGACATGAAGGTGTT 865
Query 841 CAAGGTCTCAAGGCTCTAGGAGTTAGAGATCTTTCGTATCGGCTTGCCTTTATCGCTAAT 900
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 CAAGGTCTCAAGGCTCTGGGAGTTAGAGATCTTTCTTATCGGCTTGCCTTTATCGCTAAT 925
Query 901 TCAGTGCAGATTGCTGATGGTAGTAGGAACACTGACATGAGGAACCGCCAAAATGATTCT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 926 TCAGTGCAGATTGCTGATGGTAGTAGGAACACTGACATGAGGAACCGCCAAAACGATTCC 985
Query 961 AACGAAGATGATCAACAGCAGTTCACGGCAGAAGAGTTAGATGAAATTCAGCAGATGAGA 1020
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 986 AATGAAGATGATCAGCAGCAGTTCACGGCAGAAGAGTTGGATGAAATTCAGCAGATGAGA 1045
Query 1021 AATACTCCTGATTACTTCAATAAGTTAGTTGGAAGCATGGCCCCAACCGTTTTTGGTCAT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AATACTCCTGATTACTTCAATAAGTTAGTTGGAAGCATGGCCCCAACCGTTTTTGGTCAT 1105
Query 1081 CAAGACATCAAACGTGCAGTTCTACTTATGCTTCTAGGCGGTGTGCACAAGACAACTCAT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 CAAGACATCAAACGTGCAGTTCTACTTATGCTTCTAGGCGGTGTGCACAAGACAACTCAT 1165
Query 1141 GAAGGCATCAACCTTAGAGGAGACATCAATGTTTGTATAGTTGGGGATCCCAGCTGTGCT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 GAAGGCATCAACCTTAGAGGAGACATCAATGTTTGTATAGTTGGGGATCCCAGCTGTGCT 1225
Query 1201 AAATCCCAATTCCTCAAGTATACCGCAGGTATTGTACCACGATCTGTGTATACATCTGGG 1260
|||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 AAATCCCAGTTCCTCAAGTATACCGCGGGCATAGTACCAAGATCTGTGTATACATCTGGG 1285
Query 1261 AAGTCCTCTTCTGCAGCTGGGTTGACTGCAACTGTGGCAAAAGAACCGGAAACTGGTGAA 1320
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 AAGTCCTCCTCTGCAGCTGGGTTGACTGCAACTGTGGCAAAAGAACCGGAAACTGGTGAA 1345
Query 1321 TTCTGCATTGAGGCTGGTGCTTTAATGCTTGCTGACAATGGAATATGTTGCATTGACGAG 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1346 TTCTGCATTGAGGCTGGTGCTTTAATGCTTGCTGACAATGGAATATGTTGTATTGACGAG 1405
Query 1381 TTTGACAAGATGGATATCAAAGATCAGGTTGCTATTCATGAAGCAATGGAGCAGCAGACG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1406 TTTGACAAGATGGATATCAAAGATCAGGTTGCTATTCATGAAGCGATGGAGCAGCAGACG 1465
Query 1441 ATAAGCATTACAAAAGCTGGTATACAAGCAACCTTGAATGCTAGGACATCAATTCTTGCA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466 ATAAGCATTACAAAAGCTGGTATACAAGCAACCTTGAATGCTAGGACATCAATTCTTGCA 1525
Query 1501 GCAGCTAATCCTGTTGGTGGGCGATATGATAAATCTAAACCACTTAAGTATAACGTTAAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 GCAGCTAATCCTGTTGGTGGGCGATATGATAAATCTAAACCACTTAAGTATAACGTTAAT 1585
Query 1561 CTTCCACCTGCCATTCTTTCGAGGTTTGATCTTGTGTACGTTATGATTGATGACCCTGAT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 CTTCCACCTGCCATTCTTTCGAGGTTTGATCTTGTGTACGTTATGATTGATGACCCTGAT 1645
Query 1621 GAGGTAACGGATTACCACATTGCCCATCATATTGTGCGAGTTCACCAGAAGCATGAAGCA 1680
|||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 GAGGTAACAGATTACCACATTGCCCATCATATCGTTCGAGTTCACCAGAAGCATGAAGCA 1705
Query 1681 GCGCTATCTCCTGAATTCACTACCGTACAACTCAAGCGCTACATTGCATATGCCAAAACG 1740
||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 GCGCTGTCTCCTGAATTCACCACTGTACAACTTAAACGCTACATTGCATATGCCAAAACG 1765
Query 1741 TTAAAGCCAAAGCTAAGCCCAGAAGCAAGAAAGTTACTTGTCGAGTCTTATGTTGCTCTT 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 CTAAAGCCAAAGCTAAGCCCAGAAGCAAGAAAGCTACTTGTCGAGTCTTATGTTGCTCTT 1825
Query 1801 CGTAGAGGTGATACAACTCCAGGTACAAGAGTCGCATATCGAATGACAGTTAGGCAGCTA 1860
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 CGTAGAGGCGATACAACTCCAGGTACAAGAGTCGCATATCGAATGACAGTTAGGCAGCTA 1885
Query 1861 GAGGCACTGATCAGGCTCTCAGAAGCCATTGCTAGGAGTCATTTGGAAATTCTGGTTAAA 1920
|||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 GAGGCACTGATCCGACTTTCAGAAGCCATTGCTAGGAGTCATTTGGAAATTCTGGTTAAA 1945
Query 1921 CCAAGTCATGTTCTTTTAGCTGTCAGACTGCTAAAGACTTCAGTCATCAGTGTTGAGTCA 1980
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1946 CCAAGTCATGTTCTTTTAGCTGTCAGACTTTTGAAGACTTCAGTCATCAGTGTTGAGTCA 2005
Query 1981 GGCGATATCGATCTTTCTGAGTACCAAGATGCTAATGGTGACAACATGGACGACACAGAT 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 GGCGATATCGATCTTTCTGAGTACCAAGATGCTAATGGTGACAACATGGACGACACAGAT 2065
Query 2041 GACATTGAAAACCCTGTTGATGGAGAGGAAGATCAACAGAATGGTGCAGCTGAGCCAGCT 2100
|||||||||||||| | | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2066 GACATTGAAAACCCCGATAACGGAGATGAAGATCAACAGAATGGTGCAGCTGAGCCAGCT 2125
Query 2101 TCTGCAACTGCAGATAATGGAGCAGCAGCTCAAAAGCTGGTGATTAGCGAGGAAGAATAT 2160
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2126 TCTGCAACTATAGATAATGGAGCAGCAGCTCAAAAGCTGGTGATTAGCGAGGAAGAATAT 2185
Query 2161 GATAGAATCACACAGGCTTTAGTCATTCGCCTTAGACAACATGAAGAAACTGTAAACAAA 2220
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2186 GATAGAATCACACAGGCCTTAGTCATTCGCCTTAGACAACACGAAGAAACTGTAAACAAA 2245
Query 2221 GACAGTTCTGAATTGCCTGGAATTAGACAAAAGGAACTGATTCGATGGTTCATCGATCAA 2280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2246 GACAGTTCTGAATTGCCTGGAATTAGACAAAAGGAACTTATTCGATGGTACATAGATCAA 2305
Query 2281 CAGAATGAGAAAAAGAAATATAGTTCGCAAGAGCAAGTAAAACTCGATATCAAGAAACTC 2340
||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2306 CAGAACGAGAAAAAGAAGTACAGTTCCCAAGAGCAAGTAAAACTCGATATCAAGAAACTC 2365
Query 2341 AGAGCCATCATTGAGAGTTTGGTATGTAAAGAAGGTCATCTTATAGTGTTAGCTAATGAG 2400
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 AGAGCCATCATTGAGAGTTTGGTATGCAAAGAAGGTCATCTTATAGTGTTAGCTAATGAG 2425
Query 2401 CAAGAAGAAGCCGCAGAAGCAGAGGAAACGAAG-AAAAAATCTTCACAAAGAGACGAGAG 2459
||||||| || |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 CAAGAAG---CCACAGAAGCAGAAGAAAC-AAGGAAAAAATCTTCACAAAGAGACGAGAG 2481
Query 2460 GATCTTAGCTGTTGCTCCAAACTATGTTATTGAGTGA 2496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 GATCTTAGCTGTTGCTCCAAACTATGTTATTGAGTGA 2518
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94082905150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5