BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G44790.1
Length=3413
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494501 jgi|Araly1|494501|fgenesh2_kg.8__317__AT5G44790.1 5284 0.0
> Ahg494501 jgi|Araly1|494501|fgenesh2_kg.8__317__AT5G44790.1
Length=3396
Score = 5284 bits (2861), Expect = 0.0
Identities = 3235/3409 (95%), Gaps = 52/3409 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 TTACATAAAGGAAAAAAGAAAGGTCTCTGAGATTTTCAAATCACCATCATCATCATCGTT 96
|||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || | |||||||||
Sbjct 3 TTACATAAAGGAAAAAAGAAAGGTCTTTGAAACTTTCAAAT---CA-C--CATCATCGTC 56
Query 97 GAAGAAGACGAAGAAG-ATACCTTCCTCTTTATCTTCTCCGATTTCTCAA-CCTTCCCGT 154
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 57 GAAGAAGACGAAGAAGAAT-TCTTCCTCTTTATCTTCTCCGATTTCTCAATCC-TCCCGT 114
Query 155 CTGCTT---GTCG-----T-A--AAGAAATGGCGCCGAGTAGACGGGATTTACAGCTTAC 203
|||||| |||| | | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 115 CTGCTTGACGTCGAAATCTCATTAAAAAATGGCGCCGAGTAGACGGGATTTGCAGCTTAC 174
Query 204 TCCGGTCACCGGAGGTTCTTCTTCCCAGATCAGTGATATGGAAGAAGTTGGTCTTCTCGA 263
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 175 TCCGGTCACCGGAGAATCTTCTTCAGAGATCGGTGATATGGAAGAAGTTCGTCTTCTCGA 234
Query 264 TTCGTATCACAACGAAGCGAACGCCGATGATATTTTGACTAAAATCGAAG-A--AGGA-- 318
||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||
Sbjct 235 TTCGTATTACGACGAAGAGAACGCCGATGATATTTTGAGTAAGATCGAAGAAGGAGGAGG 294
Query 319 A-GAGATGTTTCCGGTTTAAGGAAGATTCAGGTCGGAGTCACCGGTATGACTTGTGCTGC 377
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 AGGAGATGATTCCGGTTTAAGGAAGATTCAGGTCGGAATCACCGGTATGACTTGTGCTGC 354
Query 378 TTGTTCTAATTCCGTTGAAGCAGCTTTGATGAACGTTAATGGCGTCTTCAAAGCCTCTGT 437
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 TTGTTCTAATTCCGTTGAAGGAGCTTTGATGAACGTTAATGGCGTCTTCAAAGCCTCTGT 414
Query 438 TGCTTTGTTACAGAATCGAGCCGATGTCGTCTTCGACCCTAATTTAGTCAAGGAAGAGGA 497
|||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 415 TGCTTTGTTACAAAACCGAGCCGATGTCGTCTTCGATCCAAATTTAGTCAAGGAAGAGGA 474
Query 498 TATTAAAGAAGCTATAGAGGATGCTGGATTTGAGGCTGAGATATTGGCTGAAG-AACAGA 556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |
Sbjct 475 TATTAAAGAAGCTATAGAGGATGCTGGATTTGAGGCTGAGATTTTGGCTGAGGTTGTTG- 533
Query 557 C-AC-AAG-CTACTTTGGTGGGTCAATTTACAATTGGAGGTATGACTTGTGCAGCTTGTG 613
| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 534 CTACTGGGACTACTTTGGTGGGTCAATTTACAATTGGAGGTATGACTTGTGCTGCTTGTG 593
Query 614 TTAACTCTGTTGAAGGTATTCTAAGAGATCTTCCTGGAGTGAAAAGAGCAGTGGTAGCTT 673
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 594 TTAACTCTGTTGAAGGAATTCTAAGAGATCTTCCTGGAGTGAAAAGAGCTGTGGTAGCTT 653
Query 674 TGTCTACATCATTAGGAGAAGTTGAGTATGATCCAAATGTTATTAACAAGGATGATATTG 733
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 654 TGTCTACATCATTAGGAGAAGTTGAGTATGATCCTAATGTTATTAACAAAGATGATATTG 713
Query 734 TTAATGCGATTGAAGATGCTGGGTTTGAAGGTTCGCTTGTGCAGAGTAATCAGCAGGATA 793
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 TTACTGCGATTGAAGATGCTGGGTTTGAAGGTTCGCTTGTGCAGAGTAATCAGCAGGATA 773
Query 794 AGCTTGTTTTAAGGGTGGATGGGATTTTGAATGAGCTTGATGCTCAGGTTTTAGAAGGGA 853
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 774 AGCTTGTTTTAAGGGTTGATGGGATTTTGAATGAGCTTGATGCTCAGGTTTTGGAAGGTA 833
Query 854 TACTTACTAGATTGAATGGGGTTAGACAGTTTCGTCTTGACAGGATATCTGGAGAGCTTG 913
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 834 TACTTACGAGATTGAATGGGGTTAGGCAGTTTCGTCTTGACAGGATATCGGGAGAGCTTG 893
Query 914 AGGTTGTGTTTGATCCGGAAGTTGTTAGTTCGAGATCTTTGGTTGATGGGATTGAAGAAG 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 894 AGGTTGTGTTTGATCCGGAAGTTGTTAGTTCGAGATCTTTGGTTGATGGGATTGAAGGAG 953
Query 974 ATGGATTTGGGAAGTTTAAGTTGCGTGTTATGAGCCCTTATGAAAGGTTGTCTTCGAAAG 1033
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 954 ATGGATATGGGAAGTTTAAGTTGCGTGTTATGAGCCCTTATGAAAGGTTGACTTCGAAAG 1013
Query 1034 ATACTGGAGAGGCCTCAAATATGTTTCGGCGTTTTATCTCCAGTCTTGTTCTTAGTATTC 1093
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1014 ATACTGGAGAGGCCTCGAATATGTTTCGGCGTTTTATCTCTAGTCTTGTTCTCAGTATTC 1073
Query 1094 CTCTCTTCTTCATCCAAGTAATCTGCCCCCACATTGCTCTTTTTGATGCCTTACTGGTAT 1153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 CTCTCTTCTTCATCCAAGTAATCTGCCCCCACATTGCTCTTTTTGATGCCTTACTGGTAT 1133
Query 1154 GGAGATGTGGACCCTTCATGATGGGTGATTGGTTGAAATGGGCCTTGGTAAGTGTTATTC 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1134 GGAGATGTGGACCCTTCATGATGGGTGATTGGTTGAAATGGGCCTTGGTAAGTGTAATTC 1193
Query 1214 AGTTTGTTATCGGCAAGCGATTCTATGTTGCAGCATGGAGAGCTCTACGAAATGGTTCAA 1273
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 AGTTTGTTATCGGCAAGCGGTTCTATGTTGCAGCATGGAGAGCTCTACGAAATGGTTCAA 1253
Query 1274 CTAACATGGATGTGCTCGTCGCTCTGGGCACGTCTGCTTCTTACTTCTACTCTGTTGGGG 1333
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 CTAACATGGATGTGCTCGTCGCTCTGGGCATGTCTGCGTCTTACTTCTACTCTGTTGGGG 1313
Query 1334 CTCTTTTATATGGAGCAGTCACTGGATTTTGGTCTCCAACATACTTTGATGCAAGCGCCA 1393
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 CTCTTTTATATGGAGCTGTCACTGGGTTTTGGTCTCCAACATACTTTGATGCAAGCGCCA 1373
Query 1394 TGCTGATAACTTTTGTCTTACTGGGAAAATATTTAGAGTCTCTTGCAAAGGGGAAAACCT 1453
|||||||||| |||||| | |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1374 TGCTGATAACATTTGTCCTGCTGGGAAAATATTTGGAATCCCTTGCAAAGGGGAAAACCT 1433
Query 1454 CGGATGCTATGAAGAAACTAGTACAACTTACGCCAGCAACAGCGATTTTACTAACT-GAA 1512
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1434 CAGATGCTATGAAGAAACTAGTACAGCTTACGCCAGCAACAGCGATTTTACTAA-TCGAA 1492
Query 1513 GGCAAAGGAGGAAAGCTTGTAGGGGAAAGGGAGATAGATGCATTATTGATTCAGCCTGGT 1572
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 GGCAAAGGAGGAAAGCCTGTAGGGGAAAGAGAGATAGATGCATTATTGATTCAGCCTGGT 1552
Query 1573 GATACATTAAAAGTTCATCCCGGTGCAAAGATCCCTGCAGATGGTGTTGTGGTGTGGGGT 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1553 GATACATTAAAAGTTCATCCCGGTGCAAAGATCCCTGCAGATGGTGTTGTGGTATGGGGT 1612
Query 1633 TCAAGTTACGTTAATGAAAGTATGGTGACTGGTGAATCAGTTCCTGTATCAAAAGAGGTT 1692
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TCAAGTTACGTCAATGAAAGTATGGTGACTGGTGAATCAGTTCCTGTATCAAAAGAGGTT 1672
Query 1693 GATTCACCAGTAATCGGGGGTACTATTAATATGCATGGTGCTCTTCACATGAAAGCTACA 1752
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 GATTCACCAGTAATTGGGGGTACTATTAATATGCATGGTGCTCTTCACATGAAAGCTACA 1732
Query 1753 AAGGTGGGATCTGATGCAGTTCTGAGCCAGATTATTAGTTTGGTCGAGACCGCCCAAATG 1812
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1733 AAAGTGGGATCTGATGCAGTTCTGAGCCAGATTATTAGTTTGGTCGAGACAGCCCAAATG 1792
Query 1813 TCAAAAGCTCCTATTCAGAAATTTGCGGATTATGTTGCAAGTATTTTTGTTCCGGTAGTG 1872
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1793 TCTAAAGCTCCTATTCAGAAATTTGCGGATTATGTTGCAAGTATTTTCGTTCCGGTAGTG 1852
Query 1873 ATTACTTTGGCATTGTTCACCTTAGTAGGCTGGTCAATTGGTGGAGCTGTTGGAGCTTAC 1932
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 ATTACTTTGGCATTGTTCACCTTAATAGGCTGGTCAATTGGTGGAGCTGTTGGAGCTTAC 1912
Query 1933 CCAGACGAATGGCTTCCGGAGAACGGGACTCACTTTGTTTTCTCGCTTATGTTCTCAATA 1992
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 CCAGACGAATGGCTGCCGGAAAACGGGACTCACTTTGTTTTCTCGCTTATGTTCTCAATA 1972
Query 1993 TCCGTTGTGGTAATTGCTTGTCCTTGTGCACTTGGCTTGGCAACACCGACTGCTGTTATG 2052
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1973 TCCGTTGTGGTAATTGCTTGTCCTTGTGCACTCGGATTGGCAACACCAACCGCTGTTATG 2032
Query 2053 GTGGCAACAGGAGTTGGAGCAACCAATGGTGTATTGATCAAAGGAGGTGATGCATTAGAG 2112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2033 GTGGCAACAGGAGTTGGAGCAACCAATGGTGTATTGATCAAAGGAGGTGATGCATTGGAG 2092
Query 2113 AAAGCTCACAAAGTGAAGTATGTAATCTTTGACAAAACAGGCACCTTAACTCAAGGAAAA 2172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 AAAGCTCACAAAGTGAAGTATGTAATCTTTGACAAAACAGGCACCTTAACTCAAGGAAAA 2152
Query 2173 GCTACTGTGACAACCACAAAGGTCTTCTCAGAGATGGACCGTGGAGAATTCCTTACACTT 2232
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2153 GCTACTGTGACAACCACAAAAGTCTTCTCAGAGATGGACCGTGGAGAATTCCTCACACTT 2212
Query 2233 GTTGCGTCTGCTGAGGCTAGCAGTGAACACCCATTGGCAAAAGCTATAGTTGCGTACGCT 2292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 GTTGCGTCTGCTGAGGCTAGCAGTGAACACCCATTGGCAAAAGCTATAGTTGCGTACGCT 2272
Query 2293 CGGCATTTCCACTTCTTTGATGAATCCACTGAAGATGGCGAAACAAATAACAAAGATTTG 2352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 CGGCATTTCCACTTCTTTGATGAATCCACTGAAGATGGCGAAACAAATAACAAAGATTTG 2332
Query 2353 CAAAACTCTGGATGGTTACTTGATACCTCGGATTTCTCTGCTCTTCCCGGAAAAGGGATT 2412
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2333 CAAAACTCTGGATGGTTACTTAATACCTCGGATTTCTCTGCTCTTCCCGGAAAAGGAATT 2392
Query 2413 CAGTGCTTAGTCAATGAGAAGATGATTCTGGTGGGAAACCGTAAACTTATGTCAGAAAAT 2472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2393 CAGTGCTTAGTCAATGAGAAGATGATTCTGGTGGGAAACCGTAAACTTATGTCCGAAAAT 2452
Query 2473 GCCATAAACATCCCAGACCATGTCGAGAAATTTGTGGAAGATCTTGAAGAAAGCGGAAAG 2532
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 GCCATAACCATCCCAGACCATGTCGAGAAATTTGTGGAAGATCTTGAAGAAAGCGGAAAG 2512
Query 2533 ACGGGAGTCATTGTAGCCTATAATGGGAAATTAGTTGGTGTGATGGGAATCGCGGATCCT 2592
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2513 ACGGGAGTCATTGTAGCCTATAATGGGAAATTAGTCGGTGTGATGGGAATTGCAGATCCT 2572
Query 2593 CTAAAGCGAGAAGCCGCTTTGGTTGTGGAAGGTCTCCTTAGAATGGGTGTTCGACCCATA 2652
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2573 CTAAAGCGAGAAGCCGCTGTGGTTGTGGAAGGTCTCCTTAGAATGGGTGTTCAACCCATA 2632
Query 2653 ATGGTTACAGGTGATAACTGGAGAACAGCAAGAGCAGTCGCCAAAGAGGTTGGTATCGAA 2712
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2633 ATGGTTACTGGTGACAACTGGAGAACAGCAAGAGCAGTCGCCAAAGAGGTTGGTATCAAA 2692
Query 2713 GATGTGAGAGCAGAAGTAATGCCAGCTGGTAAAGCTGACGTTATACGTTCGCTGCAAAAG 2772
||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2693 GATGTGAGAGCGGAAGTAATGCCGGCAGGAAAAGCTGATGTTATCCGTTCACTGCAAAAA 2752
Query 2773 GACGGAAGCACAGTAGCCATGGTAGGAGACGGAATCAATGACTCTCCCGCTCTAGCCGCT 2832
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 GACGGAAGCACAGTAGCAATGGTAGGAGACGGAATCAATGACTCTCCCGCTCTAGCCGCT 2812
Query 2833 GCAGATGTGGGAATGGCAATTGGTGCAGGAACAGATGTAGCAATAGAAGCAGCAGATTAC 2892
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 GCCGACGTGGGAATGGCAATTGGTGCAGGAACAGATGTAGCAATAGAAGCAGCAGATTAC 2872
Query 2893 GTTCTGATGAGAAACAACTTAGAAGACGTTATAACAGCCATCGATCTCTCTCGAAAAACC 2952
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2873 GTTCTGATGAGAAACAACTTAGAAGATGTCATAACAGCCATCGATCTCTCCCGAAAAACC 2932
Query 2953 TTAACACGAATCCGATTAAATTACGTCTTCGCAATGGCGTACAATGTAGTGTCAATCCCG 3012
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 CTAACACGAATCCGATTAAATTACGTTTTCGCAATGGCGTACAATGTAGTGTCAATCCCT 2992
Query 3013 ATAGCAGCAGGAGTGTTTTTCCCGGTTCTGCGGGTGCAATTACCGCCTTGGGCAGCCGGA 3072
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 ATAGCAGCAGGAGTGTTCTTCCCGGTTCTGCGGGTGCAATTACCGCCTTGGGCAGCCGGA 3052
Query 3073 GCATGTATGGCACTCTCTTCGGTTAGTGTTGTTTGCTCTTCTTTGCTTCTTAGAAGATAC 3132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3053 GCATGTATGGCACTCTCTTCGGTTAGTGTTGTTTGCTCTTCTTTGCTTCTTCGAAGATAC 3112
Query 3133 AAGAAGCCAAGACTTACCACTGTTTTGAAAATCACCACGGAGTAAAAA-GTCCTTTGTTT 3191
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 3113 AAGAAGCCAAGACTTACCACTATTTTGGAAATCACCACGGAGTAAAAAAGTCCTTT-TTT 3171
Query 3192 TCTTACATTGGAGTGACTCGACTACTTTTGTTCTGAAAATAATTTGTATTTACTT-TTCT 3250
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3172 -CTTACATTGGAGTGACTTGACTACTTTTGTTTTGAAAATAATTTGTATTTACTTCTTTT 3230
Query 3251 TTTGTGCTGTTGTT-GTTGT------AATCATGTAACAACGATATTGGTCTTGGAGAGGT 3303
||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3231 TTTTTGCTGTTGTTTGTTGTTGTTGTAATCATGTAACAACGATATTGGTCTTG-AGAGGT 3289
Query 3304 TTCtttttttCTGTAAGAAA-TGTGTCCTCTCGGCCTTTGTTGTaaaaaaa---TGGTTT 3359
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3290 TTCTTTTTTTCTGTAAGAAAATGTGTCCTCTCGGCCTTTGTTGTAAAAAAAAAATGGTTT 3349
Query 3360 CGATGCTTTGTGCTCGATTATTAATGTAAAATGGTGAAAGTAGTGAATT 3408
|||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3350 CGATGCTT-GTGCCCGAT-ATTAATGTAAAATGGTGAAAGTAGTGAATT 3396
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128862942178
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5