BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G45140.1
Length=3793
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948528 jgi|Araly1|948528|scaffold_800415.1 5513 0.0
> Ahg948528 jgi|Araly1|948528|scaffold_800415.1
Length=3539
Score = 5513 bits (2985), Expect = 0.0
Identities = 3363/3544 (95%), Gaps = 31/3544 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 103 TTGCAAAGTTAAGAGCGATGGGACTTGATCAAGAAGATTTAGACTTGACCAATGATGATC 162
|||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 6 TTGC-AAGTCAAGAGCGATGAGACTCGATCAAGAAGATCTAGACTTGACGAATGATGATA 64
Query 163 ATTTCATTGACAAGGAAAAGCTTTCAGCTCCTATCAAGTCTACTGCAGATAAATTCCAGC 222
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 ATTTCATCGACAAGGAAAAGCTTTCAGCTCCTATTAAGTCTACTGCAGATAAATTCCAGC 124
Query 223 TCGTTCCTGAGTTCTTGAAGGTGAGAGGACTTGTGAAGCAACACCTGGATTCTTTCAACT 282
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 125 TCGTTCCCGAGTTCTTGAAGGTGAGAGGACTTGTGAAGCAACACCTCGATTCGTTCAATT 184
Query 283 ACTTTATCAATGTCGGGATTCATAAGATTGTTAAGGCAAATAGTCGTATTACATCCACAG 342
||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||| |||||||| |||| |
Sbjct 185 ACTTTATCAATGTCGGGATAAAAAAGATTGTTCATGCAAATTGTCGTATTGCATCTGTAA 244
Query 343 TGGACCCATCAATCTACCTAAGGTTTAAGAAGGTCAGAGTTGGTGAACCGTCAATTATAA 402
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 245 CAGACCCATCAATCTACCTAAGGTTTAGGAACGTCAGAGTTGGTGAACCGTCAATTATGA 304
Query 403 ACGTTAATACGGT-GGA-AAATATTAATCCGCACATGTGCCGATTAGCAGACATGACATA 460
|| | |||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 ACATCAATA-TATCAGATGAA-ATTAATCCGCACATGTGCCGATTAGCAGACATGACATA 362
Query 461 TGCTGCTCCAATATTTGTCAATATAGAATATGTTCACGGAAGTCATGGAAACAAGGCAAA 520
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 363 TGCTGCTCCAATATATGTCAATATAGAATATGTTCACGGAAGTCATGGAAAGAAAGCAAC 422
Query 521 AAGTGCAAAGGATAATGTAATTATCGGAAGGATGCCTATTATGTTGCGGAGTTGCCGCTG 580
||||| |||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 AAGTGTAAAGAATGATTTTATTATCGGAAGGATGCCTATTATGTTGCGGAGTTGCCGCTG 482
Query 581 TGTATTACATGGAAAAGACGAAGAGGAACTTGCAAGATTGGGTGAGTGCCCTCTTGATCC 640
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TGTATTACATGGAAAAGATGAAGAGGAACTTGCAAGATTGGGTGAGTGCCCTCTTGATCC 542
Query 641 TGGAGGATACTTCATCATTAAAGGAACTGAGAAGGTGTTGTTGATACAAGAACAACTTTC 700
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TGGAGGATACTTCGTCATCAAAGGAACTGAGAAGGTGTTGTTGATACAAGAACAACTTTC 602
Query 701 GAAGAACAGAATTATTATTGATTCTGATAAAAAGGGGAACATAAATGCATCCGTCACAAG 760
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 603 GAAGAACAGAATTATTATTGATTCTGATAAAAAAGGGAACATAAATGCATCTGTCACAAG 662
Query 761 CAGCACCGAAATGACAAAAAGCAAAACAGTTATTCAGATGGAAAAGGAGAAGATATATTT 820
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 CAGCACTGAAATGACGAAAAGCAAAACAGTTATTCAGATGGAAAAGGAGAAGATATATTT 722
Query 821 ATTTCTTCATCGATTTGTAAAAAAGATTCCAATTATAATTGTCCTAAAAGCTATGGGAAT 880
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 ATTTCTTCATCAATTTGTAAAAAAGATTCCAATTGTAATTGTCCTAAAAGCTATGGGAAT 782
Query 881 GGAGAGCGACCAAGAGATTGTACAAATGGTTGGAAGGGATCCCCGTTTTAGCGCGTCACT 940
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 783 GGAGAGCGACCAAGAGATTGTACAAATGGTTGGAAGGGATCCCCGTTTTAGCGCATCACT 842
Query 941 CTTACCTTCTATTGAGGAGTGTGTTAGCGAAGGTGTGAATACACAAAAACAAGCACTGGA 1000
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 CTTACCTTCTATTGAGGAGTGTGTTAGTGAAGGTGTGAATACACAAAAACAAGCACTGGA 902
Query 1001 CTATCTTGAGGCAAAGGTGaaaaaaaTATCATACGGAACTCCACCTGAAAAGGACGGAAG 1060
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 CTATCTTGAGGCAAAGGTGAAAAAAACATCATACGGACCTCCACCTGAAAAGGACGGAAG 962
Query 1061 AGCTCTATCCATCCTCAGAGATTTATTCCTTGCGCATGTACCAGTGCCTGACAACAATTT 1120
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 963 AGCTCTATACATCCTCAGAGATTTATTCCTTGCGCATGTACCTGTGCGTGACAACAATTT 1022
Query 1121 TCGTCAAAAATGTTTCTACGTTGGTGTGATGTTGAGACGAATGATTGAAGCAATGTTAAA 1180
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TCGTCAAAAATGTTTCTATGTTGGCGTGATGTTGAGACGAATGATTGAAGCAATGTTAAA 1082
Query 1181 CAAAGATGCGATGGATGACAAGGATTATGTTGGTAACAAGCGGTTGGAGTTATCTGGACA 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 CAAAGATGCGATGGATGACAAGGATTATGTTGGTAACAAGCGGTTGGAGTTATCTGGACA 1142
Query 1241 ACTAATATCTCTTCTCTTTGAGGATTTGTTCAAAACGATGCTCAGTGAGGCCATTAAAAA 1300
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 ACTAATGTCTCTTCTCTTTGAGGATTTGTTCAAAACGATGCTCAGTGAGGCCATTAAAAA 1202
Query 1301 TGTAGAT-CATATTC-TTAACAAACCAATCCGGGCTAGCCGATTTGATTTTTCTCAGTGT 1358
|||||| | ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1203 AGTAGATGC-TATTCTTTTA-AAACCAAGCCGGGCTAGCCGATTTGATTTTTCTCAGTAT 1260
Query 1359 CTTA--A-TAAAGACAGTCGTTACAGTATTTCTCTCGGACTAGAAAGAACCCTTTCAACT 1415
|||| | | |||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTTACTACTGGAGACAGTCATAACAGTATTTCTTTTGGACTAGAAAGAACCCTTTCAACG 1320
Query 1416 GGAAACTTCGATATTAAAAGGTTCAGAATGCATAGAAAAGGCATGACACAGGTCTTAACA 1475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGAAACTTCGATATTAAAAGGTTCAGAATGCATAGAAAAGGCATGACACAGGTCTTAACA 1380
Query 1476 AGGTTATCTTTTATCGGGAGCATGGGGTTTATCACGAAAATTTCGCCACAATTTGAAAAG 1535
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1381 AGGTTATCTTTTATCGGGAGCTTGGGGTTTATCACGAAAATTTCACCACAATTTGAAAAG 1440
Query 1536 TCCAGAAAAGTAAGTGGGCCTAGATCATTGCAACCCAGCCAGTGGGGCATGCTATGCCCA 1595
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1441 TCAAGAAAAGTAAGTGGGCCTAGATCATTGCAACCCAGCCAGTGGGGCATGCTCTGCCCA 1500
Query 1596 TGTGATACCCCAGAAGGCGAATCTTGTGGGCTTGTCAAGAACTTGGCTTTAATGACTCAT 1655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGTGATACCCCAGAAGGCGAATCTTGTGGGCTTGTCAAGAACTTGGCTTTAATGACTCAT 1560
Query 1656 GTCACAACAGATGAAGAGGAAGGCCCATTGGTTGCTATGTGCTACAAATTGGGTGTTACA 1715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GTCACAACAGATGAAGAGGAAGGCCCATTGGTTGCTATGTGCTACAAATTGGGTGTTACA 1620
Query 1716 GATCTGGAAGTATTGTCAGCAGAGGAGCTGCATACTCCGGACTCATTCTTGGTCATATTG 1775
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1621 GATCTGGAAGTATTATCAGCAGAGGAGCTGCATACTCCGGACTCATTTTTGGTCATATTG 1680
Query 1776 AATGGGCTAATACTTGGCAAACATAGTAGGCCACAGTACTTCGCCAATTCACTTAGAAGG 1835
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AATGGGCTAATACTTGGCAAACATAGAAGGCCACAGTACTTCGCCAATTCACTTAGAAGG 1740
Query 1836 CTGCGTAGAGCTGGAAAAATTGGAGAGTTTGTCAGTGTGTTCACAAACGAAAAGCAGCAT 1895
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1741 CTGCGTAGAGCTGGAAAAATTGGCGAGTTTGTCAGTGTGTTCACCAACGAAAAGCAGCAT 1800
Query 1896 TGTGTTTACGTTGCTTCTGATGTTGGGCGGGTTTGCCGTCCACTTGTTATAGCCGATAAA 1955
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TGTGTTTACGTTGCATCTGATGGTGGGCGGGTTTGTCGTCCACTTGTTATAGCCGATAAA 1860
Query 1956 GGAATATCAAGAGTTAAACAACACCACATGAAGGAATTACAGGATGGGGTTCGCACTTTT 2015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GGAATATCAAGAGTTAAACAACACCACATGAAGGAATTACAGGATGGGGTTCGCACTTTT 1920
Query 2016 GATGACTTTATTCGTGACGGTTTGATAGAGTACCTTGATGTCAATGAGGAAAACAATGCA 2075
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATGACTTTATTCGTGACGGTTTGATCGAGTATCTTGATGTCAATGAGGAAAACAATGCA 1980
Query 2076 TTGATCGCTTTATATGAAAGTGATGGCACTACGGAACTGGATGAAGGAGCAGAAGCAGCT 2135
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1981 TTGATCGCTTTATATGAAAGTGAAGCCACTACGGAACTGGATGAAGGAGCAGAAGCTGCT 2040
Query 2136 AAG----G--CAGACACAACCCACATTGAGATTGAACCTTTCACCATCTTAGGTGTTGTT 2189
||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AAGATAAGGGCAGACATAACCCACATTGAGATTGAACCTTTCACCATCTTAGGTGTTGTT 2100
Query 2190 GCTGGTCTTATTCCCTACCCTCACCATAATCAGTCACCTAGAAATACATATCAGTGTGCT 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2101 GCTGGTCTTATTCCCTACCCTCACCATAATCAGTCACCTAGAAATACGTATCAGTGTGCT 2160
Query 2250 ATGGGGAAACAAGCTATGGGAAATATTGCTTACAACCAGTTGAACCGGATGGACACATTG 2309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2161 ATGGGGAAACAAGCTATGGGAAATATTGCTTACAACCAGTTAAACCGGATGGACACATTG 2220
Query 2310 CTTTACCTATTGGTGTATCCTCAACGACCCCTGTTGACAACAAGGACAATTGAATTGGTT 2369
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CTTTACCTATTAGTGTATCCTCAGCGACCCCTGTTGACAACAAGGACAATTGAATTGGTT 2280
Query 2370 GGATACGATAAACTTGGAGCAGGTCAAAATGCAACAGTTGCTGTCATGAGTT-TTAGTGG 2428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||
Sbjct 2281 GGATACGATAAACTTGGAGCAGGTCAAAATGCAACAGTTGCTGTTATGAGTAATTC-TGG 2339
Query 2429 ATACGACATAGAGGATGCAATAGTGATGAACAAATCTTCCTTGGATCGTGGTTTTGGCCG 2488
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 ATATGACATAGAGGATGCAATAGTGATGAACAAATCTTCCTTGGATCGTGGTTTTGGCCG 2399
Query 2489 CTGCATTGTTATGaaaaaaaTTGTTGCTATGTCCCAGAAGTATGACAACTGTACAGCAGA 2548
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| |||
Sbjct 2400 CTGCATTGTTATGAAAAAAATTGTTGCTACGTGCCAGAAGTATGAGAACGGTACAGTAGA 2459
Query 2549 CAGAATACTCATTCCACAAAGAACAGGCCCAGATGCAGAAAAGATGCAGATACTGGATGA 2608
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 CAGAATACTCATGCCACAAAGAACAGGCCCAGATGCAGAAAAGATGCAGATACTGGATGA 2519
Query 2609 TGATGGA-TTAGCTACTCCAGGGGAGATTATCAGACCGAATGATATTTATATAAATAAAC 2667
||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2520 TGATGGAATT-GCTTCTCCAGGGGAAATTATCAGACCGAATGATGTTTATATATATAAAC 2578
Query 2668 AAGTCCCTGTG-G-ACA-CA-GTA-ACTAAGTTTACATCTGCGTTATCTGATAGTCAATA 2722
|| |||||||| | ||| || | | | |||| ||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2579 AAATCCCTGTGTGCACAACAAG-AGA-TAAGATTACATCCCCGCTATCTGATAGTCAATA 2636
Query 2723 CCGTCCGGCCAGAGAGTATTTCAAAGGTCCTGAAGGGGAGACGCAAGTGGTCGATAGAGT 2782
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 CCGTCCGGCCAGAGAGTTTTTTAAAGGTCCTGAAGGGGAGACGCAAGTGGTCGATAGAGT 2696
Query 2783 TGCTCTCTGTTCTGATAAGAAAGGCCAGTTG-TGCATCAAATATATCATACGCCATACTC 2841
|||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2697 TGCTCTCTGTTCTGATAAGAGTGGC-AGTTTATGCATCAAATATATCATACGACATACTC 2755
Query 2842 GTCGACCAGAGCTTGGCGACAAATTCAGCAGTAGGCATGGGCAGAAAGGTGTATGTGGTA 2901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 GTCGACCAGAGCTTGGCGACAAATTCAGCAGTAGGCATGGGCAGAAAGGTGTATGTGGTA 2815
Query 2902 TAATTATTCAGCAAGAAGATTTTCCATTTTCTGAGCTTGGAATTTGCCCTGATTTGATCA 2961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 CAATTATTCAGCAAGAAGATTTTCCATTTTCTGAGCTTGGAATTTGCCCTGATTTGATCA 2875
Query 2962 TGAATCCTCATGGGTTTCCAAGTCGTATGACTGTAGGTAAGATGATAGAACTCCTTGGAA 3021
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2876 TGAATCCTCATGGGTTTCCAAGTCGTATGACAGTTGGTAAGATGATTGAACTCCTTGGAA 2935
Query 3022 GTAAGGCTGGGGTTTCTTGTGGTAGATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAAAGAAGTG 3081
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GCAAGGCTGGCGTTTCTTGTGGTAGATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAAAGAAGTG 2995
Query 3082 GTCATGCTGACAAGGTTGAGACTATAAGTGCGACCCTTGTGGAAAAAGGGTTTTCATACA 3141
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2996 GTCATGCTGACAAGGTTGAGACTATAAGTAAGACCCTTGTGGATAAAGGGTTTTCATACA 3055
Query 3142 GTGGGAAGGACTTGTTATACTCAGGTATCAGTGGCGAGCCAGTGGAAGCGTACATCTTTA 3201
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 3056 GTGGGAAGGACTTGTTATACTCAGGTCTCAGTGGCGAGCCATTGGAAGCATACATCTTTA 3115
Query 3202 TGGGGCCAATATATTACCAGAAATTGAAACACATGGTTCTGGACAAGATGCATGCGCGAG 3261
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 TGGGGCCGATATATTACCAGAAATTGAAACACATGGTTTTGGACAAGATGCATGCGCGAG 3175
Query 3262 GGAGTGGACCACGTGTTATGATGACAAGACAGCCTACTGAAGGGAAATCTAAGAATGGAG 3321
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 GGAGTGGACCACGTGTCATGATGACAAGACAGCCTACTGAAGGGAAATCTAAGAATGGAG 3235
Query 3322 GTTTAAGAGTGGGAGAAATGGAAAGAGATTGTCTAATTGCTTATGGAGCCAGCATGTTGA 3381
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3236 GTTTAAGAGTGGGAGAAATGGAACGAGATTGTCTTATTGCTTATGGGGCCAGCATGTTGA 3295
Query 3382 TCTACGAGCGGCTCATGATATCTAGTGATCCTTTCGAAGTTCAGGTTTGCAGAGCTTGTG 3441
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3296 TCTACGAGCGGCTCATGATTTCTAGTGATCCTTTTGAAGTTCAGGTTTGCAGAGCTTGTG 3355
Query 3442 GTTTGTTGGGTTATTACAATTACAAGCTTAAGAAAGCAGTTTGTACAACATGTAAAAATG 3501
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3356 GTTTGTTGGGATATTACAATTACAAGCTTAAAAAAGCAGTTTGTTCAACATGTAAAAATG 3415
Query 3502 GCGATAACATTGCTACTATGAAACTCCCATACGCATGCAAGCTACTATTCCAGGAACTCC 3561
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3416 GCGATAACATTGCTACTATGAAACTCCCATATGCATGCAAGCTACTATTCCAGGAACTCC 3475
Query 3562 AGTCGATGAATGTTGTTCCGCGTCTGAAACTCACAGAGGCTTGATCTCAGAGAAATGTTA 3621
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 3476 AGTCCATGAATGTTGTTCCGCGTCTGAAACTTGTAGAGGCTTGATCTCAGGGAAACGTTA 3535
Query 3622 TCAA 3625
||||
Sbjct 3536 TCAA 3539
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143324819918
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5