BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G45560.1
Length=2540
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494427 jgi|Araly1|494427|fgenesh2_kg.8__243__AT5G45560.1 3589 0.0
Ahg492951 jgi|Araly1|492951|fgenesh2_kg.7__2384__AT4G19040.2 2440 0.0
> Ahg494427 jgi|Araly1|494427|fgenesh2_kg.8__243__AT5G45560.1
Length=2195
Score = 3589 bits (1943), Expect = 0.0
Identities = 2115/2198 (96%), Gaps = 12/2198 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 204 AAAATGTCTAAAGTTGTGTATGAAGGATGGATGGTAAGGTATGGAAGAAGAAAGATCGGA 263
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAATGTCTAAAGTAGTGTATGAAGGATGGATGGTGAGGTATGGAAGAAGAAAGATCGGA 60
Query 264 CGATCGTATATTCATATGAGGTATTTCGTGTTGGAGCCTCGTCTTTTGGCTTATTACAAG 323
||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGATCGTATATTCATATGAGGTATTTTGTGTTAGAACCTCGTCTTTTGGCTTATTACAAG 120
Query 324 AAGAAGCCTCAAGATAATCAGCTTCCTATCAAGACGATGGTTATTGATGGAAACTGTAGA 383
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAGAAGCCTCAAGATAATCAGCTTCCTATTAAGACCATGGTAATTGATGGAAACTGTAGA 180
Query 384 GTTGAGGATCGTGGCTTGAAGACACATCATGGACATATGGTTTATGTGTTGTCTATTTAT 443
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTGAGGATCGAGGATTGAAGACACATCATGGACATATGGTTTATGTGTTGTCTATTTAT 240
Query 444 AACAAGAAAGAAAAGCACCACAGAATCACGATGGCAGCTTTCAACATCCAGGAAGCTTTA 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACAAGAAAGAAAAGCACCACAGAATCACGATGGCAGCGTTCAACATCCAGGAAGCTTTA 300
Query 504 ATGTGGAAGGAGAAAATTGAGTGTGTCATAGATCAGCATCAAGACTCCCTAGTTCCAAGT 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATGTGGAAGGAGAAAATTGAGTGTGTCATAGATCAGCATCAAGACTCCCTAGTTCCAAGT 360
Query 564 GGTCAGCAATATGTTTCTTTTGAATATAAACCTGGAATGGACGCTGGAAGGACCGCTTCA 623
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 GGTCAGCAGTATGTTTCTTTTGAATATAAGCCTGGGATGGACGCTGGAAGGACTGCTTCA 420
Query 624 TCTTCAGATCATGAAAGCCCGTTCAGTGCGCTGGAGGATGAAAATGACTCTCAG-CGTGA 682
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||
Sbjct 421 TCTTCAGACCATGAAAGCCCGTTCAGTGCGCTGGAGGATGAAGATGACTCTC-GACGTGA 479
Query 683 TTTATTAAGGAGGACAACTATTGGAAATGGCCCTCCAGAATCTATACTTGACTGGACTAA 742
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCTATTGAGGAGGACAACTATTGGAAATGGCCCTCCAGAATCTATACTTGACTGGACTAA 539
Query 743 AGAGTTTGATGCTGAGTTGTCAAACCAGAGTTCCAGCAACCAAGCGTTTTCGAGAAAACA 802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 540 GGAGTTTGATGCTGAGTTGTCAAACCAGAGTTCCAGCAACCAAGCATTTTCGAGAAAACA 599
Query 803 CTGGCGTCTCCTTCAGTGCCAAAATGGTCTACGGATTTTTGAAGAGCTACTTGAAGTTGA 862
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CCGGCGTCTCCTTCAGTGCCAAAATGGTCTACGGATTTTTGAAGAGCTACTTGAAGTTGA 659
Query 863 TTATCTTCCAAGAAGCTGCAGCAGGGCTATGAAGGCTGTTGGTGTTGTAGAGGCCACATG 922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 TTATCTTCCAAGAAGCTGCAGCAGGGCTATGAAGGCTGTTGGTGTTGTGGAGGCCACATG 719
Query 923 TGAAGAGATATTCGAGCTTGTGATGAGCATGGATGGCACTCGATATGAGTGGGACTGCAG 982
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAAGAGATATTCGAGCTCGTGATGAGCATGGATGGCACTCGATATGAGTGGGACTGCAG 779
Query 983 TTTTCA-TAATGGAAGATTAGTGGAAGAGGTCGATGGTCACACAGCAATACTCTATCACA 1041
|||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTTTCAGTA-TGGGCGATTAGTGGAAGAGGTCGATGGTCACACAGCAATACTCTATCACA 838
Query 1042 GACTTCTGCTCGACTGGTTTCCAATGGTTGTATGGCCTCGTGACCTCTGCTATGTACGTT 1101
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 839 GACTTCTGCTCGACTGGTTTCCAATGGTTGTGTGGCCCCGTGATCTCTGCTATGTACGTT 898
Query 1102 ATTGGCGACGTAATGACGATGGAAGTTATGTGGTATTGTTTCGTTCTAGGGAGCATGAAA 1161
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ATTGGCGGCGTAATGACGATGGAAGTTATGTGGTATTGTTTCGTTCTAGGGAGCATGAAA 958
Query 1162 ATTGTGGTCCACAACCTGGATTTGTGCGGGCTCATCTTGAGAGTGGAGGATTTAACATCG 1221
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 959 ATTGTGGTCCACAACCTGGATTTGTTCGGGCTCATCTGGAGAGTGGAGGATTCAACATCG 1018
Query 1222 CCCCACTAAAGCCCCGGAATGGAAGGCCTAGGACACAAGTGCAACATCTAATACAAATCG 1281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CCCCACTAAAGCCCCGGAATGGAAGGCCTAGGACACAAGTGCAACATCTAATACAAATCG 1078
Query 1282 ATCTGAAAGGGTGGGGTTCAGGTTATCTTCCAGCATTTCAACAACATTGTCTTCTTCAAA 1341
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATCTGAAAGGGTGGGGTGCAGGTTATCTTCCAGCATTTCAACAACATTGTCTTCTTCAAA 1138
Query 1342 TGCTGAACAGTGTTTCTGGTTTGCGTGAGTGGTTCTCACAGACAGATGATAGAGGTCAAC 1401
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGCTGAACAGTGTTTCCGGTTTGCGCGAGTGGTTCTCACAGACAGATGATAGAGGTCAAC 1198
Query 1402 CGATCAGGATCCCTGTTATGGTTAATATGGCATCTTCTTCCTTAGCGTTGGGTAAAGGTG 1461
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1199 CGATAAGGATCCCTGTTATGGTTAATATGGCATCTTCTTCCTTAGCCTTAGGTAAAGGTG 1258
Query 1462 GAAAGCATCACCATAAGTCTTCCCTTTCTATTGATCAAACAAATGGTGCCAGCAGAAACT 1521
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1259 GAAAGCCTCAGCATAAGTCTTCCCTTTCTATTGATCAAACAAATGGTGTCAGCAGAAACT 1318
Query 1522 CTGTGCTAATGGATGAAGACTCGGATGACGATGACGAGTTTCAGATACCTGATTCAGAAC 1581
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CTGTGCTAATGGATGAAGACTCGGACGACGATGACGAGTTTCAGATACCTGATTCAGAAC 1378
Query 1582 CAGAGCCTGAAACGAGTAAGCAGGATCAGGAG-A-----CTGATGCCAAGAAAACAGAGG 1635
|||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AAGAGCCTGAAACGAGTAAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGACTGATGCCAAGAAAACAGAGG 1438
Query 1636 AACCTGCTCTCAACATTGATCTGTCATGTTTCTCGGGTAATCTGCGACACGATGATAACG 1695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1439 AACCTGCTCTCAACATTGATCTGTCATGTTTCTCGGGTAATCTGCGACACGATGATAATG 1498
Query 1696 AAAATGCCCGTAACTGCTGGAGGATTTCTGATGGGAACAACTTTAAAGTCCGTGGCAAGA 1755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAAATGCCCGTAACTGCTGGAGGATTTCTGATGGGAACAACTTCAAAGTCCGTGGCAAGA 1558
Query 1756 GTTTCTGTG-ACGATAAAAGGAAGATTCCTGCTGGGAAGCATCTAATGGATCTTGTCGCC 1814
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GTTTCTGTTCA-GATAAAAGGAAGATTCCTGCTGGGAAGCATCTAATGGATCTTGTCGCC 1617
Query 1815 GTCGATTGGTTCAAAGACACTAAAAGAATGGATCATGTGGTTAGACGCAAGGGCTGTGCT 1874
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1618 GTCGATTGGTTCAAAGACACTAAAAGAATGGATCATGTAGTTAGACGTAAGGGCTGTGCT 1677
Query 1875 GCACAAGTTGCTGCAGAGAAAGGTCTTTTCTCAACGGTAGTAAATGTTCAAGTTCCTGGA 1934
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GCACAAGTTGCTGCGGAGAAGGGTCTTTTCTCAACGGTAGTAAATGTTCAAGTTCCTGGA 1737
Query 1935 TCAACACACTATAGTATGGTATTTTATTTCGTGACTAAAGAACTTGTACCTGGATCACTC 1994
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1738 TCAACACACTACAGTATGGTATTTTATTTTGTGACCAAAGAACTTGTACCTGGATCCCTC 1797
Query 1995 TTCCAACGTTTTGTTGATGGTGATGACGAATTTCGTAATAGCAGGCTCAAGCTTATACCT 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TTCCAACGTTTTGTTGATGGTGATGACGAATTTCGAAATAGTAGGCTCAAGCTTATACCT 1857
Query 2055 TTAGTCCCAAAGGGTTCATGGATAGTAAGGCAAAGCGTGGGAAGCACTCCGTGTCTCCTC 2114
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TTAGTCCCCAAGGGTTCATGGATAGTAAGGCAAAGCGTGGGAAGCACTCCGTGTCTCCTC 1917
Query 2115 GGGAAAGCAGTAGATTGCAACTATATCCGTGGTCCAACATACTTAGAAATAGATGTAGAT 2174
||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GGGAAAGCAGTGGATTGCAACTATATACGCGGTCCAACATACTTAGAAATAGATGTAGAT 1977
Query 2175 ATCGGCTCATCCACAGTCGCAAATGGAGTTCTTGGTCTTGTCATCGGCGTAATCACATCT 2234
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ATCGGTTCATCCACAGTCGCAAATGGAGTTCTTGGTCTTGTCATCGGCGTAATCACATCT 2037
Query 2235 TTGGTTGTCGAAATGGCTTTCCTTGTACAGGCGAATACACCAGAAGAATTGCCCGAGCGG 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2038 TTGGTTGTCGAAATGGCTTTCCTTGTACAGGCGAATACACCAGAAGAATTGCCAGAGCGG 2097
Query 2295 CTTATCGGGGCGGTGAGGGTTTCTCATGTAGAGCTATCATCGGCTATAGTTCCCAATTTG 2354
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2098 CTTATCGGGGCGGTGAGGGTTTCTCATATAGAGCTATCATCGGCTATAGTTCCTAATCTG 2157
Query 2355 GATTCAGATTAGTCCATAAGCTCTCTCCTAACTCAAAA 2392
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2158 GATTCAGATTAGTCCCTAAGCTCAATCCTAACTCAAAA 2195
> Ahg492951 jgi|Araly1|492951|fgenesh2_kg.7__2384__AT4G19040.2
Length=2650
Score = 2440 bits (1321), Expect = 0.0
Identities = 1894/2172 (87%), Gaps = 33/2172 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 206 AATGTCTAAAGTTGTGTATGAAGGATGGATGGTAAGGTATGGAAGAAGAAAGATCGGACG 265
||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||
Sbjct 234 AATGTCTAAGGTAGTGTACGAAGGATGGATGGTTAGGTATGGACGGAGGAAGATCGGACG 293
Query 266 ATCGTATATTCATATGAGGTATTTCGTGTTGGAGCCTCGTCTTTTGGCTTATTACAAGAA 325
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 294 ATCGTATATTCATATGAGGTATTTTGTGTTGGAGCCTCGTCTTTTGGCGTATTACAAGAA 353
Query 326 GAAGCCTCAAGATAATCAGCTTCCTATCAAGACGATGGTT-ATTGATGGAAACTGTAGAG 384
||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 354 GAAACCTCAAGATTATCAGGTTCCTATCAAGACCAT-GTTAATTGATGGTAACTGCAGAG 412
Query 385 TTGAGGATCGTGGCTTGAAGACACATCATGGACATATGGTTTATGTGTTGTCTATTTATA 444
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 413 TTGAGGATCGAGGCTTGAAAACACATCATGGACATATGGTTTACGTGTTGTCTGTCTATA 472
Query 445 ACAAGAAAGAAAAGCA-CCACAGAATCACGATGGCAGCTTTCAACATCCAGGAAGCTTTA 503
|||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 473 ACAAGAAAGAAAAG-AGTCATAGAATTACGATGGCAGCGTTCAACATCCAGGAAGCACTA 531
Query 504 ATGTGGAAGGAGAAAATTGAGTGTGTCATAGATCAGCATCAAGACTCCCTAGTTCCAAGT 563
||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||| |
Sbjct 532 ATGTGGAAGGAAAAAATTGAGTCTGTTATAGACCAGCATCAAGAGTCCCAAGTTCCAAAT 591
Query 564 GGTCAGCAATATGTTTCTTTTGAATATAAACCTGGAATGGACGCTGGAAGGACCGCTTCA 623
|||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 592 GGTCAGCAGTATGTTTCCTTTGAATATAAGTCTGGAATGGATACTGGAAGGACTGCTTCA 651
Query 624 TCTTCAGATCATGAAAGCCCGTTCAGTGCGCTGGAGGATGAAAATGACTCTCAG-CGTGA 682
|||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||||| | ||| |
Sbjct 652 TCTTCAGACCATGAAAGCCAATTTAGTGCGCCAGAGGATGAAGAGGACTCTC-GACGT-A 709
Query 683 -TTTATTAAGGAGGACAACTATTGGAAATGGCCCTCCAGAATCTATACTTGACTGGACTA 741
||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 710 GCTTAATGAGGAGGACAACTATTGGAAATGGTCCTCCAGAATCTGTGCTTGACTGGACCA 769
Query 742 AAGAGTTTGATGCTGAGTTGTCAAACCAGAGTTCCAGCAACCAAGCGTTTTCGAGAAAAC 801
|||| |||||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 770 AAGAATTTGATGCAGAGTTGGCGAACCAGAATTCCAACAACCAAGCATTTTCCAGAAAAT 829
Query 802 ACTGGCGTCTCCTTCAGTGCCAAAATGGTCTACGGATTTTTGAAGAGCTACTTGAAGTTG 861
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 830 ACTGGCGTCTCCTTCAGTGCCAAAATGGTCTTCGGATTTTTGAAGAGCTTCTTGAAGTTG 889
Query 862 ATTATCTTCCAAGAAGCTGCAGCAGGGCTATGAAGGCTGTTGGTGTTGTAGAGGCCACAT 921
|||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||
Sbjct 890 ATTACCTTCCAAGGAGCTGTAGCAGGGCAATGAAGGCTGTTGGTGTAGTGGAGGCAACAT 949
Query 922 GTGAAGAGATATTCGAGCTTGTGATGAGCATGGATGGCACTCGATATGAGTGGGACTGCA 981
|||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 950 GTGAGGACATATTCGAGCTTCTGATGAGCATGGATGGCACTCGTTATGAGTGGGACTGCA 1009
Query 982 GTTTTCA-TAATGGAAGATTAGTGGAAGAGGTCGATGGTCACACAGCAATACTCTATCAC 1040
| ||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1010 GCTTTCAGT-ATGGTAGCTTAGTGGAAGAGGTCGATGGTCACACAGCAGTGCTCTATCAC 1068
Query 1041 AGACTTCTGCTCGACTGGTTTCCAATGGTTGTATGGCCTCGTGACCTCTGCTATGTACGT 1100
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| || ||||| ||
Sbjct 1069 AGACTTCTGCTCGACTGGTTTCCAATGATTGTGTGGCCTCGCGACCTGTGTTATGTCCGA 1128
Query 1101 TATTGGCGACGTAATGACGATGGAAGTTATGTGGTATTGTTTCGTTCTAGGGAGCATGAA 1160
|||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1129 TATTGGCGCCGTAATGATGATGGGAGTTATGTTGTGTTGTTCCGTTCTAGGGAGCATGAG 1188
Query 1161 AATTGTGGTCCACAACCTGGATTTGTGCGGGCTCATCTTGAGAGTGGAGGATTTAACATC 1220
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1189 AATTGTGGTCCACAACCTGGATGTGTTCGGGCTCATCTTGAGAGTGGAGGATATAATATT 1248
Query 1221 GCCCCACTAAAGCCCCGGAATGGAAGGCCTAGGACACAAGTGCAACATCTAATACAAATC 1280
||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 TCCCCACTAAAGCCTCGGAATGGGAGGCCTAGAACACAAGTGCAACATCTAATACAAATT 1308
Query 1281 GATCTGAAAGGGTGGGGTTCAGGTTATCTTCCAGCATTTCAACAACATTGTCTTCTTCAA 1340
||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 GATCTAAAAGGGTGGGGTGCAGGCTATCTTCCAGCATTTCAACAACATTGTCTTCTTCAA 1368
Query 1341 ATGCTGAACAGTGTTTCTGGTTTGCGTGAGTGGTTCTCACAGACAGATGATAGAGGTCAA 1400
|||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1369 ATGCTGAATAGTGTTGCTGGTTTGCGGGAATGGTTTTCACAGACAGATGAGAGAGGTGTT 1428
Query 1401 CCGA-TCAGGATCCCTGTTATGGTTAATATGGCATCTTCTTCCTT-AGCGTTGGGTAA-A 1457
|| | || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||| |
Sbjct 1429 CCTACTC-GGATCCCTGTCATGGTTAATATGGCATCATCTTCCTTGAGC-TTGACTAAGA 1486
Query 1458 GGTGGAAAG-CATCACCATAAGTCTTCCCTTTCTATTGATCAAACAAATGGTGCCAGCAG 1516
| ||| ||| | || ||||||||| || ||||| |||||||||||||| || | |||
Sbjct 1487 G-TGGGAAGTC-TCTGCATAAGTCTGCCTTTTCTCTTGATCAAACAAATTCTGTTAACAG 1544
Query 1517 AAACTCTGTGCTAATGGATGAAGACTCGGATGACGATGACGAGTTTCAGATACCTGATTC 1576
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||
Sbjct 1545 AAACTCTGTGCTTATGGATGAAGACTCGGATGATGATGATGAATTTCAGATTGCTGAATC 1604
Query 1577 AGAACCAGAGCCTGAAACGAGTAAGCAGGATCAGGAGACTGATGCCAAGAAAACAGA-G- 1634
||||| |||||||||||| ||||| | | ||| |||| |||| ||||| | |||| |
Sbjct 1605 AGAACAAGAGCCTGAAACAAGTAA--A--A-CAG-AGACCGATGTCAAGAGACCAGAAGA 1658
Query 1635 -GAACCTGCTCTCAACATTGATCTGTCATGTTTCTCGGGTAATCTGCGA-CACGATGATA 1692
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || | | | |||| |
Sbjct 1659 AGAACCTGCTCACAACATTGATCTGTCATGCTTCTCGGGTAACCTAA-ATCGCAATGAAA 1717
Query 1693 ACGAAAATGCCCGTAACTGCTGGAGGATTTCTGATGGGAACAACTTTAAAGTCCGTGGCA 1752
| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 1718 ATGAAAACGCTCGTAACTGCTGGAGGACTTCTGATGGGAACAACTTCAAAGTTCGGGGCA 1777
Query 1753 AGAGTTTCTGTG-ACGATAAAAGGAAGATTCCTGCTGGGAAGCATCTAATGGATCTTGTC 1811
||| |||| ||| | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1778 AGAATTTCAGTGTA-GAGAAAAGAAAGATACCTGCTGGGAAGCATCTTATGGATCTCGTT 1836
Query 1812 GCCGTCGATTGGTTCAAAGACACTAAAAGAATGGATCATGTGGTTAGACGCAAGGGCTGT 1871
|| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||
Sbjct 1837 GCTGTTGATTGGTTCAAAGACAGTAAAAGAATAGATCATGTTGCTAGACGCAAAGGCTGT 1896
Query 1872 GCTGCACAAGTTGCTGCAGAGAAAGGTCTTTTCTCAACGGTAGTAAATGTTCAAGTTCCT 1931
|| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1897 GCAGCACAAGTTGCTGCAGAAAAAGGTCTATTCTCGATGGTGGTAAATGTTCAAGTTCCA 1956
Query 1932 GGATCAACACACTATAGTATGGTATTTTATTTCGTGACT-AAAGAACTTGTACCTGGATC 1990
|||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||
Sbjct 1957 GGATCAACTCACTACAGTATGGTGTTTTATTTCGTGA-TGAAAGAACTCGTACCTGGGTC 2015
Query 1991 ACTCTTCCAACGTTTTGTTGATGGTGATGACGAATTTCGTAATAGCAGGCTCAAGCTTAT 2050
||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2016 CCTCTTGCAACGGTTTGTGGATGGTGATGATGAATTCCGAAATAGTAGGCTAAAGCTTAT 2075
Query 2051 ACCTTTAGTCCCAAAGGGTTCATGGATAGTAAGGCAAAGCGTGGGAAGCACTCCGTGTCT 2110
||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2076 ACCATTAGTTCCTAAGGGCTCATGGATAGTACGGCAAAGCGTGGGAAGCACCCCTTGTCT 2135
Query 2111 CCTCGGGAAAGCAGTAGATTGCAACTATATCCGTGGTCCAACATACTTAGAAATAGATGT 2170
||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||
Sbjct 2136 CCTTGGGAAAGCAGTGGACTGCAACTACATTCGTGGCCCGACATACTTAGAAATTGACGT 2195
Query 2171 AGATATCGGCTCATCCACAGTCGCAAATGGAGTTCTTGGTCTTGTCATCGGCGTAATCAC 2230
|||||| || ||||| || || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 2196 AGATATTGGTTCATCAACCGTTGCAAATGGAGTTCTCGGCCTTGTCATTGGCGTAATCAC 2255
Query 2231 ATCTTTGGTTGTCGAAATGGCTTTCCTTGTACAGGCGAATACACCAGAAGAATTGCCCGA 2290
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||| ||
Sbjct 2256 GTCTCTGGTTGTGGAAATGGCTTTCCTTGTACAGGCAAATACAGCGGAAGAACAGCCAGA 2315
Query 2291 GCGGCTTATCGGGGCGGTGAGGGTTTCTCATGTAGAGCTATCATCGGCTATAGTTCCCAA 2350
| |||||||||| || || ||||||| ||| | ||||| || ||||||||||| || ||
Sbjct 2316 GAGGCTTATCGGCGCAGTTCGGGTTTCGCATATCGAGCTCTCTTCGGCTATAGTACCGAA 2375
Query 2351 TTTGGATTCAGA 2362
| |||| |||||
Sbjct 2376 TCTGGAGTCAGA 2387
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95758875930
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5