BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G46100.1
Length=1419
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948341 jgi|Araly1|948341|scaffold_800228.1 2250 0.0
> Ahg948341 jgi|Araly1|948341|scaffold_800228.1
Length=1459
Score = 2250 bits (1218), Expect = 0.0
Identities = 1356/1423 (95%), Gaps = 8/1423 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTAGCAAAGTGATGATGTTCAAGTGGTCAAAGAACATCACGCCTTCACAGGTTATC 60
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 21 ATGGGTAGCAAAATGATGATGTTCAAGTGGTCTAAGAATATCACGCCTTCACAAGTTATC 80
Query 61 AAACTGATGCGAGCTGAAAAAGATGTGGAGAAGTCTATGGCAGTTTTTGATTCCGCAACG 120
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 81 AAACTGATGCGAGCTGAAAAAGACGTGGAGAAGTCAATTGCGGTTTTTGATTCCGCAACG 140
Query 121 GCGGAATACGCAAATGGGTACGTACATGATCAGAGTTCTTTTGGTTATATGGTCTTGAGG 180
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 141 GCGGAATACGCAAATGGGTACTTACATGATCAGAGTTCTTTTGGTTATATGGTGTCGAGG 200
Query 181 TTGGTCTCTGCTAATAAGTTCAAAGCAGCTGAAGAT-CTGATTGTTAGAATGAAGATTGA 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||
Sbjct 201 TTGGTCTCTGCTAATAAGTTCAAAGCAGCTGAAGATATTG-TTGCAAGAATGAAGATTGA 259
Query 240 GAATTGTGTTGTTAGTGAAGATATATTGCTTTCGATATGTCGAGGGTATGGTCGGGTTCA 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 260 GAATTGTGTTGTTAGTGAAGATATATTGCTTTCGATATGTAGAGGGTATGGTCGGGTTCA 319
Query 300 TAGGCCGTTTGATTCTTTAAGGGTTTTTCACAAAATGAAGGATTTTGATTGTGATCCTAG 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 TAGGCCATTTGATTCTTTAAGGGTTTTTCACAAGATGAAGGATTTTGATTGTGATCCTAG 379
Query 360 CCAGAAGGCTTATGTCACTGTTCTTGCCATTCTCGTGGAAGAGAATCAGTTAAATTTGGC 419
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CCAGAAGGCTTATGTCACTGTTCTTGCTATTCTCGTGGAAGAGAATCAGTTAAATTTGGC 439
Query 420 ATTTAAGTTTTACAAGAATATGAGAGAGATTGGTTTGCCTCCTACTGTGGCATCTCTCAA 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 440 CTTTAAGTTTTACAAGAATATGAGAGAGATTGGTTTGCCTCCTACCGTGGCATCTCTCAA 499
Query 480 TGTTTTGATTAAAGCTCTTTGCAGAAATGACGGAACTGTGGATGCTGGTCTTAAGATTTT 539
||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TGTTTTGATCAAAGCTCTTTGCAGAAATGACGGGACAGTTGATGCTGGTCTTAAGATTTT 559
Query 540 TCTTGAAATGCCTAAGA-GAGGGTGTGATCCGGATTCTTACACATATGGAACCTTGATTA 598
|| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 560 TCATGAAATGCCTAA-ACGAGGGTGTGATCCGGATTCTTACACGTATGGAACCTTGATTA 618
Query 599 GTGGTTTGTGTAGGTTCGGAAGGATAGATGAGGCGAAGAAGTTGTTTACA-GAGATGGTT 657
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 619 GTGGTTTGTGTCGGTTCGGAAGGATTGATGAGGCGAAGAAGTTGTTTA-AGGAGATGGTT 677
Query 658 GAGAAA-GACTGTGCACCAACTGTTGTTACCTATACTTCTCTGATTAACGGTTTGTGTGG 716
|| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 GA-AAAGGACTGTGCACCAACTGTTGTTACATATACTTCTCTGATTAACGGTTTGTGTGG 736
Query 717 ATCGAAAAATGTTGATGAAGCTATGAGATATCTAGAAGAGATGAAAAGTAAAGGCATTGA 776
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 737 ATCGAAAAATGTTGATGAAGCTATGAGATATCTTGAAGAGATGAAAGGTAAAGGCATTGA 796
Query 777 GCCGAATGTTTTCACGTACAGTTCTTTGATGGACGGTCTTTGCAAAGATGGGCGTTCTTT 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 797 GCCGAATGTTTTCACGTACAGTTCTTTGATGGACGGTCTTTGCAAAGATGGTCGTTCTTT 856
Query 837 GCAAGCCATGGAACTATTTGAGATGATGATGGCTAGAGGCTGCAGGCCAAACATGGTAAC 896
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 857 GCAAGCCATGGAATTATTTGAGATGATGATGGCTAGAGGCTGTAGGCCAAACATGGTAAC 916
Query 897 GTATACCACTTTGATCACTGGTCTCTGTAAGGAGCAGAAGATTCAAGAAGCCGTTGAACT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 GTATACCACTTTGATCACTGGTCTCTGTAAGGAGCAGAAGATTCAAGAAGCCGTTGAACT 976
Query 957 TCTTGATAGAATGAATCTTCAGGGTTTGAAACCTGATGCTGGATTATATGGGAAAGTAAT 1016
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 TCTCGATAGAATGAATCTTCAGGGTTTAAAACCTGATGCTGGATTATATGGGAAAGTAAT 1036
Query 1017 CAGTGGGTTCTGTGCTATTAGTAAGTTTCGTGAAGCTGCCAATTTCCTTGACGAGATGAT 1076
||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1037 CAGTGGGTTTTGTGCTGTCAGTAAGTTTCGCGAAGCTGCCAATTTCCTCGACGAGATGAT 1096
Query 1077 TCTTGGAGGAATTACTCCAAATCGTTTAACCTGGAACATCCATGTTAAGACAAGTAATGA 1136
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097 TCTTGGAGGAATTACTCCAAATCGTTTAACTTGGAACATCCATGTTAAGACAAGTAATGA 1156
Query 1137 AGTAGTCCGAGGTCTTTGTGCAAACTATCCAAGTCGTGCATTTACTCTATATCTTAGCAT 1196
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1157 CGTAGTCCGAGGTCTTTGTACAAACTATCCAAGTCGTGCATTTACTCTATATCTAAGCAT 1216
Query 1197 GAGGAGTAGAGGAATCTCGGTTGAGGTTGAAACACTAGAATCTTTGGTGAAGTGTTTGTG 1256
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1217 GAGGAGTAGAGGCATCTCGGTTGAGGTTGAAACACTAGACTCCTTGGTGAAGTGTTTGTG 1276
Query 1257 CAAAAAGGGTGAATTCCAGAAAGCTGTTCAATTAGTCGATGAAATAGTGACTGATGGGTG 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||
Sbjct 1277 CAAAAAGGGTGAATTCCAGAAAGCTGTTCAATTAGTTGACGAGATAGTGACTGACGGGTG 1336
Query 1317 TATTCCAAGTAAAGGAACATGGAAGCTACTTATAGGTCACACATTGGATAAAACGATTGT 1376
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1337 TATTCCAAATAAAGGAACATGGAAGCTACTTATAAGTCACACATTGGATAACACAATTGT 1396
Query 1377 AGGAGAGGCTTCAGATACTCTTCTCAGAGATTTGGATATCTAA 1419
|||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 AGGAGAAGCTTCAGATTCTATTCTCAGAGATTTGGATATCTAA 1439
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53059711285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5