BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G46210.1
Length=2687
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg948327 jgi|Araly1|948327|scaffold_800214.1 3975 0.0
> Ahg948327 jgi|Araly1|948327|scaffold_800214.1
Length=2416
Score = 3975 bits (2152), Expect = 0.0
Identities = 2329/2416 (96%), Gaps = 5/2416 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 138 CACAATTTTCACCCATTTTCATGTCTCTTCCTACCAAACGCTCTACTTTCTCCGCCGCTT 197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CACAATTTTCACCCATTTTCATGTCTCTTCCTACCAAACGCTCTACTTTCTCCGCCGCTT 60
Query 198 CTGCCTCCGACGACTCTTCTTACTCTTCTCCTCCGATGAAAAAGGCCAAAAACGACCTCC 257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CTGCCTCCGACGACTCTTCTTACTCTTCTCCTCCGATGAAAAAGGCTAAAAACGACCTCC 120
Query 258 ACCATTCCCCTCAACACCCTAATACCGCCGACAAGGTTGTTGGCTTTCATATGGAGGAAG 317
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCATTCCCCGCAACACCCTAACACCGCCGACAA-G--GTTGGCTTTCATATGGAGGAAG 177
Query 318 ATCCAACTCCCGCCGCCGCTAATCTCTCTCGGAAGAAAGCTACACTTCCGCAACCTACTA 377
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 178 ATCCAACTCCCGCCGCTGCGAATCTCTCTCGGAAGAAAGCTACACTACCGCAACCTACTA 237
Query 378 AGAAGTTTGTAATCAAGCTCAATAAAGCCAAACCAA-CTCTACCAACAAACTTTGAGGAG 436
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||
Sbjct 238 AGAAGCTTGTAATCAAGCTCAATAAAGCCAAACCAACCT-TGCCAACAAACTTTGAGGAG 296
Query 437 AATACATGGGAGAAGTTGCAGTCAGCTATCAGAGCTATATTCCTCaaaaaaaaaaTTTCG 496
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 297 ACTACATGGGAGAAGTTGCAGTCAGCTATCAGAGCTATATTCCTCAAAAAACCATTTTCT 356
Query 497 TTTGACCTCGAGAGCCTTTACCAGGCTGTTGATAACCTTTGCTTGCATAAGTTGGATGGA 556
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 357 TTTGACCTCGAGAGCCTCTACCAGGCTGTTGATAACCTTTGCTTGCATAAGTTAGAAGGA 416
Query 557 AAGCTTTATGACCAGATTGAGAAGGAGTGTGAAGAACACATCTCTGCAGCTTTGCAATCT 616
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AAGCTCTATGACCAGATTGAGAAGGAGTGTGAAGAACACATCTCTGCAGCTTTGCAATCT 476
Query 617 TTAGTTGGGCAGAACACTGATCTGACTGTTTTCTTGTCACGTGTTGAGAAATGCTGGCAA 676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 477 TTAGTTGGGCAGAACACTGATCTGACTGTTTTCTTGTCACTTGTTGAGAAATGCTGGCAA 536
Query 677 GACTTTTGTGACCAGATGCTCATGATTCGTAGTATAGCCTTGACTCTGGATAGGAAGTAT 736
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GACTTTTGTGACCAGATGCTCATGATCCGTAGTATAGCCTTGACTCTGGATAGGAAGTAT 596
Query 737 GTGATACAGAATCCAAATGTACGTTCATTATGGGAGATGGGTTTGCAGCTTTTCCGGAAG 796
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 GTGATACAAAATCCAAATGTACGTTCATTATGGGAGATGGGTTTGCAGCTTTTCCGGAAG 656
Query 797 CATCTTTCTCTGGCCCCTGAAGTTGAGCAGAGGACGGTTAAAGGTCTCTTAAGTATGATT 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 CATCTTTCTCTGGCCCCTGAAGTTGAGCAGAGGACTGTTAAAGGTCTCTTAAGTATGATC 716
Query 857 GAAAAAGAAAGGTTAGCAGAAGCTGTTAATAGGACTCTACTAAGCCATCTTTTGAAGATG 916
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GAAAAAGAAAGATTAGCAGAAGCTGTTAATAGGACTCTACTAAGCCATCTTTTGAAGATG 776
Query 917 TTTACTGCACTGGGAATTTATATGGAAAGCTTTGAGAAACCTTTCCTTGAAGGGACCTCT 976
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 777 TTTACTGCACTGGGAATATATATGGATAGCTTTGAGAAACCTTTCCTTGAAGGGACTTCT 836
Query 977 GAATTTTATGCCGCTGAAGGAATGAAATACATGCAGCAGTCTGACGTTCCGGAGTACCTG 1036
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GAATTTTATGCTGCTGAAGGAATGAAATACATGCAGCAGTCTGACGTTCCGGAGTACCTG 896
Query 1037 AAGCATGTTGAGGGAAGGTTGCATGAAGAGAATGAGAGATGCATACTCTACATAGATGCA 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AAGCATGTTGAGGGAAGGTTGCATGAAGAGAATGAAAGATGCATACTCTACATAGATGCA 956
Query 1097 GTAACCAGGAAACCATTGATCACAACTGTTGAAAGGCAACTTCTCGAACGTCATATACTT 1156
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTAACAAGGAAACCATTGATCGCAACTGTTGAAAGGCAGCTTCTCGAACGTCATATACTT 1016
Query 1157 GTTGTTCTTGAAAAGGGTTTTACAACATTAATGGATGGACGTCGTACGGAGGACCTTCAG 1216
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1017 GTTGTTCTTGATAAGGGGTTTACAACATTAATGGATGGACGTCGTACTGAGGACCTTCAG 1076
Query 1217 AGGATGCAAACCTTGTTTTCTAGGGTCAATGCACTTGAGTCTCTGAGGCAGGCGCTAAGT 1276
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 AGGATGCAAACCCTGTTTTCTAGGGTCAATGCACTTGAGTCTCTGAGGCAGGCGCTAAGT 1136
Query 1277 TCATATGTTCGGAAAACTGGGCAGAAGATTGTTATGGATGAAGAGAAAGACAAAGATATG 1336
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1137 TCATATGTTCGGAAAACTGGGCAGAAGATTGTGATGGATGAAGAGAAAGATAAAGATATG 1196
Query 1337 GTACAATCACTGTTGGACTTCAAGGCTTCTCTTGACATAATATGGGAAGAGAGCTTTTAC 1396
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1197 GTACAATCACTATTGGACTTCAAGGCTTCTCTTGACGTAATATGGGAAGAGAGCTTTAAT 1256
Query 1397 AAGAACGAATCATTTGGTAACACAATCAAAGATTCGTTTGAGCATCTGATTAATCTTCGA 1456
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AAGAACGAATCATTTGGTAACACAATCAAAGATTCATTTGAGCATCTGATTAATCTTCGT 1316
Query 1457 CAGAACCGGCCAGCTGAGCTTATTGCCAAGTTTTTGGACGAGAAACTCCGTGCTGGGAAT 1516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1317 CAGAACCGGCCAGCTGAGCTTATTGCCAAGTTTTTGGACGAGAAGCTCCGTGCTGGGAAT 1376
Query 1517 AAGGGTACTTCTGAAGAAGAATTGGAGAGTGTTCTTGAAAAAGTCTTGGTTTTGTTCAGA 1576
|| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AAAGGTACTTCTGAAGAAGAACTGGAGAGTACTCTTGAAAAAGTCTTGGTTTTGTTCAGA 1436
Query 1577 TTTATCCAGGGTAAAGATGTGTTCGAAGCATTTTACAAAAAGGATCTTGCGAAGAGACTC 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TTTATCCAGGGTAAAGATGTGTTCGAAGCATTTTACAAAAAGGATCTTGCGAAGAGACTC 1496
Query 1637 CTGTTGGGAAAGAGTGCTTCAATCGATGCTGAGAAATCCATGATCTCTAAGCTTAAGACT 1696
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1497 CTGTTGGGAAAGAGTGCTTCAATTGATGCCGAGAAATCCATGATATCTAAGCTTAAAACT 1556
Query 1697 GAGTGTGGTAGCCAGTTTACAAACAAGCTCGAAGGGATGTTCAAGGATATTGAATTGTCA 1756
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GAGTGTGGTAGCCAGTTTACTAACAAGCTCGAAGGGATGTTCAAGGATATTGAATTGTCA 1616
Query 1757 AAGGAAATCAACGAGTCATTCAAACAATCTTCCCAGGCCAGAACAAAACTGCCATCGGGA 1816
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 1617 AAGGAAATCAATGAGTCATTCAAACAATCTTCTCAGGCCAGAACCAAATTACCATCGGGA 1676
Query 1817 ATTGAGATGAGTGTCCACGTTTTAACAACAGGGTACTGGCCAACATATCCGCCTATGGAT 1876
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1677 ATTGAGATGAGTGTCCACGTGTTAACAACAGGTTACTGGCCAACATATCCACCTATGGAT 1736
Query 1877 GTTAAGCTTCCTCATGAACTAAATGTCTATCAGGATATCTTCAAAGAGTTCTATTTAAGC 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GTTAAGCTTCCTCATGAACTAAATGTCTATCAGGATATCTTCAAAGAGTTCTATTTAAGC 1796
Query 1937 AAGTACAGTGGTAGGAGGTTAATGTGGCAAAATTCATTAGGCCACTGTGTTTTAAAGGCA 1996
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AAGTACAGTGGTAGGAGGCTAATGTGGCAAAACTCATTAGGTCACTGTGTTTTAAAGGCA 1856
Query 1997 GATTTCTCCAAAGGTAAAAAGGAGCTGGCTGTTTCCCTGTTTCAGGCTGTTGTGTTAATG 2056
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1857 GATTTCTCCAGAGGTAAAAAGGAGCTGGCTGTTTCCCTGTTTCAGGCTGTTGTGTTGATG 1916
Query 2057 TTATTTAACGATGCAATGAAACTTAGCTTTGAAGACATTAAAGATTCCACCAGCATAGAG 2116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TTATTTAACGATGCAATGAAACTTAGCTTTGAAGACATTAAAGATTCCACCAGCATAGAG 1976
Query 2117 GACAAGGAGCTGAGGAGGACTTTGCAGTCGCTTGCTTGTGGGAAAGTCCGTGTCCTGCAG 2176
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1977 GACAAAGAGCTGAGGAGGACGTTGCAGTCGCTTGCTTGTGGGAAAGTTCGTGTCCTGCAG 2036
Query 2177 AAGAATCCTAAGGGAAGAGATGTAGAAGACGGTGATGAATTTGAATTTAATGATGAGTTT 2236
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2037 AAGAATCCAAAGGGAAGAGATGTAGAAGATGGTGATGAATTTGAATTTAATGACGACTTT 2096
Query 2237 GCAGCTCCGCTGTATCGCATTAAGGTAAATGCGATCCAGATGAAAGAGACAGTAGAGGAG 2296
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2097 GCAGCTCCTCTATATCGCATTAAGGTAAATGCAATCCAGATGAAAGAGACAGTGGAGGAG 2156
Query 2297 AACACAAGTACAACGGAAAGAGTATTCCAGGACCGACAATACCAGATCGATGCAGCCATT 2356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2157 AACACAAGTACAACGGAAAGAGTATTCCAGGACCGACAATACCAGATCGATGCGGCCATT 2216
Query 2357 GTTCGTATTATGAAGACAAGAAAAGTCTTGAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTC 2416
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GTTCGTATTATGAAGACAAGAAAAGTCTTAAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTC 2276
Query 2417 CAACAGCTCAAATTCCCGATAAAGCCTGCTGATCTGAAGAAGAGGATTGAGAGCTTGATC 2476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2277 CAACAGCTCAAATTCCCGATAAAGCCTGCTGATCTGAAGAAGAGGATTGAAAGCTTGATC 2336
Query 2477 GATCGAGAATATTTGGAGAGGGAAAAAAGCAACCCTCAGATATACAATTATCTTGCTTAG 2536
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GATCGAGAATATTTGGAGAGGGAAAAAAGCAATCCTCAGATATACAATTATCTTGCTTAG 2396
Query 2537 AATCTCTTTGGTAAAC 2552
||||||| ||||||||
Sbjct 2397 AATCTCTCTGGTAAAC 2412
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101358141945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5