BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G46280.1
Length=2588
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494345 jgi|Araly1|494345|fgenesh2_kg.8__161__AT5G46280.1 3984 0.0
> Ahg494345 jgi|Araly1|494345|fgenesh2_kg.8__161__AT5G46280.1
Length=2556
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2435/2567 (95%), Gaps = 27/2567 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 CTTACGAAGAACCCAGATTTTGTTAAGAAATGGATGTGCCAGAGGAGACGAGGCTTCGCC 83
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTTCGAAGAACCCAGATTTTGTTAAGAAATGGATGTACCGGAGGAGACGAGGCTTCGCC 60
Query 84 ACAAGCGAGATTTTATCCAGTTCCTCGATAGTATGTATATGGAGGAAATCAAGGCTTTGG 143
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 61 ACAAGCGAGATTTTATCCAGTTCCTCGATAACATGTATATGGATGAAATCAAAGCTTTGG 120
Query 144 TACATCAAAAGCGTCACCGTCTCATTATTAATATCTCTGACATTCACCACCACTTCAGGG 203
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | |
Sbjct 121 TACAGCAAAAACGTCACCGTCTCATTATTAATATCTCTGATATTCATCACTACTTCCGCG 180
Query 204 AAGT-TGCCTCTAGGATACTGAAGAATCCAAATGAGTATATGCAGTCATTTTGTGACGCA 262
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 -ATTCTGCCTCTAGGATACTGAAGAATCCAAATGAGTATATGCAGTCATTTTGTGACGCA 239
Query 263 GCCACTGAAGCTACTCGTGCTATTGACCCTAAATACTTGAAGGAAGGAGAGCTTGTCCTT 322
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 240 GCCACTGAAGCTACTCGCGGTATTGACCCTAAATACTTGAAGGAAGGAGAGCAAGTCCTT 299
Query 323 GTTGGTTTTGAAGGTTATTTTGTTTCTCGCGTTGTTACTCCTAGAGAGCTTCTCTCTGAT 382
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTTGGTTTTGAAGGTTATTTTGTCTCTCGTGTTGTGACTCCTAGAGAGCTTCTCTCTGAG 359
Query 383 TTTATTGGATCTATGGTCTGTGTTGAGGGCATTGTCACCAAATGCTCTCTTGTGAGGCCA 442
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTTATCGGATCTATGGTTTGTGTTGAGGGCATTGTCACCAAATGCTCTCTTGTGAGGCCA 419
Query 443 AAGGTTGTTAAAAGCGTTCACTTTTGTCCATCAACCGGTGAATTTACCAATCGAGATTAT 502
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAGGTTGTTAAAAGCGTACACTTTTGTCCATCAACCGGTGAATTTACCAATCGAGATTAT 479
Query 503 CGAGACATAACATCTCACGCTGGTTTACCCACTGGCTCTGTCTATCCCACAAGGGATGAT 562
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CGAGACATAACATCTCACGCCGGTTTACCCACTGGGTCTGTCTATCCCACAAGGGATGAT 539
Query 563 AAGGGAAACTTATTGGTGACTGAGTATGGGCTGTGCAAATACAAAGATCACCAGACCTTG 622
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 540 AAGGGAAACTTATTGGTGACTGAGTATGGGCTGTGCAAATACAAAGATCATCAGACCTTG 599
Query 623 TCAATTCAAGAAGTGCCTGAAAATGCTGCTCCTGGTCAGCTTCCACGAAGCGTTGATGTC 682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCAATTCAAGAAGTGCCTGAAAATGCTGCTCCTGGTCAGCTTCCACGAAGCGTTGATGTC 659
Query 683 ATTGCTGAGGATGACCTTGTTGACTCATGCAAGCCAGGAGATCGAGTATCTGTTTTCGGT 742
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 ATAGCTGAGGATGACCTTGTTGACTCATGCAAGCCAGGAGATCGAGTGTCTGTTTTCGGC 719
Query 743 ATTTACAAAGCTCTTCCTGGAAAAAGCAAGGGTAGTGTAAATGGAGTCTTTAGGACTATC 802
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 ATTTACAAAGCTCTTCCGGGAAAAAGCAAGGGTAGTGTAAATGGAGTCTTTAGGACTATC 779
Query 803 CTCATAGCCAATAATATCGCTCTGCTCAATAAAGAAGCAAATGCACCTATATACACTAAG 862
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 780 CTCATAGCCAATAATATCGCTCTGCTCAATAAAGAAGCAAATGCACCTATATACAC-AC- 837
Query 863 CA--AGACCTAGATAACATTAAAAATATTGCACGAAGAGATGATGCATTTGATCTCCTTG 920
|| ||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 838 CACGAGACCTACAGAACATTAAAAAGATTGCAGGAAGAGATGATGCGTTTGATCTTCTTG 897
Query 921 CTCGTTCCTTAGCACCTTCTATTTATGGGCACGCTTGGATAAAGAAAGCAGTAGTTTTAC 980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 898 CTCGTTCCTTAGCACCTTCTATTTATGGGCACGCTTGGATTAAGAAAGCAGTAGTTCTAC 957
Query 981 TGATGCTTGGTGGTGTTGAAAAGAACCTGAAGAACGGAACCCACTTGAGGGGAGACATCA 1040
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 958 TGATGCTTGGTGGTGTTGAAAAGAACCTCAAGAACGGTACCCACTTGAGAGGAGACATCA 1017
Query 1041 ACATGATGATGGTTGGTGATCCATCTGTTGCCAAATCTCAACTTCTGAGAGCGATAATGA 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ACATGATGATGGTTGGTGATCCATCTGTTGCCAAATCTCAACTTCTGAGAGCGATAATGA 1077
Query 1101 ATATTGCACCTTTGGCTATATCAACCACAGGCCGTGGTTCTTCCGGTGTTGGGTTAACTG 1160
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 ATATTGCACCATTGGCTATATCAACCACTGGCCGTGGTTCTTCCGGTGTTGGGTTAACTG 1137
Query 1161 CTGCTGTGACTTCTGACCAAGAAACAGGGGAACGAAGACTAGAAGCTGGTGCAATGGTCC 1220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1138 CTGCTGTGACTTCTGACCAAGAAACAGGGGAACGAAGACTAGAAGCCGGTGCAATGGTCC 1197
Query 1221 TCGCTGATAAAGGTATCGTGTGCATTGACGAGTTTGATAAGATGAATGATCAGGACCGAG 1280
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1198 TCGCTGATAAAGGTATTGTGTGCATTGACGAGTTTGATAAGATGAACGATCAGGACCGAG 1257
Query 1281 TTGCTATACACGAAGTGATGGAGCAACAGACTGTAACAATTGCAAAAGCCGGTATCCATG 1340
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1258 TTGCTATACATGAAGTGATGGAGCAACAGACTGTAACGATTGCAAAAGCTGGTATCCATG 1317
Query 1341 CATCACTGAATGCTAGATGCAGTGTGGTTGCAGCTGCAAATCCCATATACGGAACTTATG 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1318 CATCACTGAATGCTAGATGCAGTGTGGTTGCAGCTGCAAATCCCATATATGGAACTTATG 1377
Query 1401 ACAGATCACTGACTCCAACAAAGAACATTGGACTTCCAGATTCGCTGCTTTCTCGTTTTG 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 ACAGATCACTGACTCCAACAAAGAACATTGGACTTCCAGATTCGCTGCTTTCTCGTTTTG 1437
Query 1461 ATCTACTGTTTATTGTGTTGGATCAAATGGATGCTGGTATCGACAGCATGATTTCAGAAC 1520
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1438 ATCTGTTGTTTATTGTGTTGGATCAAATGGATGCTGGTATCGACACCCTGATTTCAGAAC 1497
Query 1521 ATGTCTTGCGCATGCATCGTTACAAGAACGATAGAGGTGAGGCAGGGCCAGATGGGAGCT 1580
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1498 ATGTCTTGCGCATGCATCGTTACAAAAACGATAGAGGTGAGGCAGGGCCAGATGGGAACT 1557
Query 1581 TGCCTTACGCGAGAGAAGACAATGCTGAGAGTGAAATGTTTGTTAAGTATAACCAAACAC 1640
|||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1558 TGCCATACGCGAGAGAAGACGATGGTGAGAGTGAATTGTTTGTTAAGTATAACCAAACGC 1617
Query 1641 TACATGGGAAGAAGAAAAGAGGCCAAACACATGATAAAACCCTTACGATTAAGTTCTTGA 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TACATGGGAAGAAGAAAAGAGGCCAAACACATGATAAAACCCTTACGATTAAGTTCTTGA 1677
Query 1701 AGAAGTACATTCATTACGCCAAGCACCGTATTACACCAAAGCTCACTGATGAAGCATCGG 1760
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1678 AGAAGTACATTCATTATGCCAAGCACCGTATTACGCCAAAACTCACTGATGAAGCATCAG 1737
Query 1761 AACGTATTGCAGAAGCATATGCAGATCTCAGAAATGCAGGTTCCGATACTAAGACTGGAG 1820
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AACGTATTGCAGAAGCATATGCGGATCTCAGAAATGCAGGTTCCGATACTAAGACTGGAG 1797
Query 1821 GTACGCTTCCGATAACAGCCAGAACTCTAGAGACAATAATTCGTCTTGCTACGGCACATG 1880
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1798 GTACGCTTCCGATAACAGCAAGAACTCTAGAGACAATAATCCGTCTAGCTACGGCACATG 1857
Query 1881 CCAAAATGAAGTTGAGTAGCGAGGTTACTAAAGCTGATGCAGAGGCTGCCTTGAAGCTTA 1940
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CCAAAATGAAGTTGAGCAGAGAGGTTACTAAAGCCGATGCAGAGGCTGCCTTGAAGCTTA 1917
Query 1941 TGAACTTTGCAATATATCATCAAGAATTAACTGAGATGGATGATCGTGAGCAAGAAGAAC 2000
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1918 TGAACTTTGCAATATATCATCAAGAATTAACAGAGATGGATGATCGCGAGCAAGAAGAAC 1977
Query 2001 GTCAAAGGGAACAAGCTGAACAAGAAAGAACACCAAGTGGACGTAGAGGCAACCAACGCA 2060
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1978 GTCAAAGGGAACAAGCAGAACAAGAAAGAACACCAAGTGGCCGTAGAGGCAACCAACATA 2037
Query 2061 GGAATAATGAAGATGGAGCAGAGAATGACACTGCAAATGTCGACAGTGAAACAGCAGATC 2120
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GGAATAATGAAAATGGAGAAGAGAATGACACTGCAAATGTCGACAGTGAAACAGCAGATC 2097
Query 2121 CAATGGAAGTAGATGAACCTTCTGTAGAGCAATTCAGCGGCACGGTCTCTGCAGCAAGGA 2180
| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CCATGGAAGTGGATGAACCTCCAGTAGAGCAATTCAGCGGCACGGTCTCTGCAGCAAGGA 2157
Query 2181 TTGAAACCTTTGAGCGAGTGTTTGGGCAGCACATGAGGACACACAGGCTCGATGACATCT 2240
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2158 TTGAAACATTTGAAAGAGTGTTTGGGCAGCACATGAGGACACACAGGCTCGACGACATTT 2217
Query 2241 CTATTGCAGATATAGAGACTGTTGTCAACAACAATGGGGTTGGAGCATCTCGTTACTCTG 2300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 2218 CTATTGCAGATATAGAGACTGTTGTCAACAACAATGGAGTTGGGGCTTCTCGTTACTCTG 2277
Query 2301 CAGATGAGATTATGGCTCTCTTAGAGAAACTGCAAGATGATAACAAAGTGATGATCAGCG 2360
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 CAGATGAGATTATGGCTCTCTTAGAGAAACTACAAGATGATAACAAAGTGATGATCAGCG 2337
Query 2361 ATGGCAAAGTTCATATCATTTGATCATATGAAGAAATCAATATTGATTGCATCATCATCA 2420
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||| |
Sbjct 2338 ATGGCAAAGTTCATATCATTTGATCAT--GAAGAAACCCATGTTGATTGCATCATCA-C- 2393
Query 2421 TCATATTAGAACTCAAAAATAGTGTAGTA-GT-AA-A---CTCTTGGAAACCAAAATATC 2474
||||||||||||||||| |||||||||| | || | |||||| |||||||||||||
Sbjct 2394 -CATATTAGAACTCAAAA-TAGTGTAGTATGAGAAGAGAACTCTTGTAAACCAAAATATC 2451
Query 2475 ATTTTGTAAAATCTTTATTCATAC-------GTTATGTTTTTTGCATTTACTAGTGAAGT 2527
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2452 ATTTTGTATAATCTTTATTCATACTTTTTAAGTTATGTTTTT-GCATTTACTAGTGAAGT 2510
Query 2528 AAAACTGATGATAAAATGCTTaaaaaaaCGCATCTGATTATAAAATT 2574
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2511 AAAACTGATGACAAA-TGCTTAAAAAAACGCATCTGATTACAAAATT 2556
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97587207690
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5