BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G46400.1
Length=3239
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494332 jgi|Araly1|494332|fgenesh2_kg.8__148__AT5G46400.1 4796 0.0
> Ahg494332 jgi|Araly1|494332|fgenesh2_kg.8__148__AT5G46400.1
Length=3216
Score = 4796 bits (2597), Expect = 0.0
Identities = 2987/3173 (94%), Gaps = 35/3173 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGACGACGGAGGTTAGGACCGCCGTCTCCGATAAGGAACCATTGCAACGGTCTCCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1 ATGGTGACGACGGAGGTTAGGACCGCCGTCTCCGATAAGGAACCATTGCCACCGTCTCCA 60
Query 61 GAATTAGACAGCTCCACTGATTTCCTTGACAACGATAGATTAAAAGAAACATTCTCCAGT 120
|||||||| | || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 61 CAATTAGACGGATCTAGTGATTTCCTCGACAACGATAGATTACAAGAAACTTTCTCCAGT 120
Query 121 GGAGCTCTTGATTTTGATGAATGGACTTTGTTAATCTCCGAAATAGAGACGACTTCGTTC 180
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 121 GGAGCTCTTGATTTTGATGAATGGATTTTGTTAATCTCCGAAAT--AGA-GACTTCGTTC 177
Query 181 CCTGATGATATTGAGAAGCTATGTTTAGTTTATGATGCTTTCTTGTTGGAGTTTCCATTG 240
|| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CCCGATGATATTGAGAAGTTATGTTTAGTTTACGATGCTTTCTTGTTGGAGTTTCCATTG 237
Query 241 TGTCATGGCTATTGGAGGAAATATGCTTACCATAAGATAAAGTTATGCACTTTAGAAGAT 300
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 238 TGCCATGGCTATTGGAGGAAATATGCTTACCATAAAATAAAGTTATGCACTTCAGAAGAT 297
Query 301 GCTGTTGAAGTTTTCGAACGAGCAGTACAAGCAGCTACTTACTCTGTAGCTGTATGGCTC 360
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 298 GCTCTTGAAGTTTTCGAACGAGCAGTACAAGCAGCTACTTATTCTGTAGCTGTATGGCTC 357
Query 361 GACTATTGTGCTTTCGCTGTTGCTGCTTATGAAGATCCTCATGATGTTAGTAGATTATTT 420
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 358 GACTATTGCGCTTTCGCTGTTGCTGCTTATGAAGATCCTCATGATGTTAGTAGATCATTT 417
Query 421 GAGAGGGGGCTTTCATTTATTGGAAAAGATTATTCTTGCTGCACTCTTTGGGACAAATAT 480
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 418 GAGAGGGGGCTTTCATTTGTTGGAAAAGATTATTCTTGCTGCAATCTTTGGGACAAATAT 477
Query 481 ATAGAATATCTTTTGGGTCAGCAGCAATGGAGTTCACTGGCTAATGTATATCTCCGGACC 540
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 478 ATAGAATATCTTATGGGGCAGCAGCAATGGAGTTCATTGGCTCATTTATATCTCCGGACC 537
Query 541 TTGAAATATCCATCCAAAAAGTTGGATCTCTATTACAAAAACTTCAGGAAGATTGCAGCT 600
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 538 CTGAGATATCCATCCAAAAAGTTGGATCTCTATTACAAAAACTTCAGGAAGATTGTGGCT 597
Query 601 TCTTTGAAAGAGAAGATTAAATGTAGAATAGATGTTAACGGAGACCTTTCTTCAGACCCC 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TCTTTGAAAGAGAAGATTAAATGTAGAATAGATGTTAACGGAGACCTTTCTTCAGACCCC 657
Query 661 ATGGAAGAAGATTTGGTCCATACACGTCACACTGATGAGGAGATCTCTATTGTTGTAAGA 720
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 658 ATGGAAGAAGATTTGGTCCTTACACGTCACACTGATGAGGAGATCTCTGTTGTTGTAAGA 717
Query 721 GAATTGATGGGTCCTTCCTCTAGCTCAGCTGTGTCAAAAGCACTGCATACATATTTGTCA 780
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 718 GACTTGATGGGTCCTTCCTCTAGCTCAGCTGTGTCAAAAGCACTGCATGCATATTGGTCA 777
Query 781 ATTGGAGAACAGTTCTATCAAGACTCACGGCAGTTGATGGAGAAAATAAGCTGCTTTGAG 840
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ATTGGAGAACAGTTCTACCAAGACTCACAGCAGTTGATGGAGAAAATAAGCTGCTTTGAG 837
Query 841 ACACAAATCCGCAGGCCTTATTTTCATGTAAAACCATTGGATACTAATCAGCTCGACAAT 900
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 838 ACACAAATCCGCAGGCCTTATTTTCATGTAAATCCGTTGGACACTAATCAGCTCGACAAT 897
Query 901 TGGCATGCATATTTGAGCTTCGGTGAAACATATGGGGACTTTGACTGGGCTA-TCAATCT 959
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 898 TGGCATGCATATTTGAGCTTCGCCGAAACATATGGGGACTTTGATTGGGCTATTC-ATCT 956
Query 960 CTATGAGAGATGCTTAATACCATGCGCTAATTACACCGAGTTCTGGTTCCGCTATGTGGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CTATGAGAGATGCTTAATACCATGCGCTAATTACACCGAGTTCTGGTTCCGCTATGTGGA 1016
Query 1020 TTTTGTAGAAAGCAAGGGTGGAAGGGAGCTAGCAAACTTTGCATTGGCTCGAGCGTCACA 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1017 TTTTGTAGAAAGCAAGGGTGGAAGGGAGCTAGCAAACTTTGCATTGGCTCGAGCATCACA 1076
Query 1080 AACTTTTGTCAAGAGTGCTTCTGTTATCCATCTATTCAATGCAAGATTCAAAGAACATGT 1139
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1077 AACTTTTGTCAAGAATGCATCTGTTATCCATCTATTCAATGCAAGATTCAAGGAACACGT 1136
Query 1140 TGGAGATGCATCTGCTGCTTCAGTTGCTCTGTCTCGATGTGGTGAGGAACTTGGTTTTGG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TGGAGATGCATCTGCTGCTTCAGTTGCTCTGTCTCGATGTGGTGAGGAACTTGGTTTTG- 1195
Query 1200 TTTTG-TTGAAAATGTAACTAAGAAGGCTAACATGGAAAAGCGCCTGGGTAATTTTGAAG 1258
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTTTGGTTGAAAATGTAACTAAGAAGGCTAACATGGAAAAGCGCCTGGGTAATTTTGAAG 1255
Query 1259 CTGCTGTTACCACGTATAGAGAAGCTCTGAATAAAACGCTCATTGGAAAAGAAAATTTGG 1318
||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GTGCTGTTACTACGTACAGAGAGGCTCTGAATAAAACGCTCATTGGAAAAGAAAATTTGG 1315
Query 1319 AAACCACCGCCCGGCTGTATGTTCAATTTTCTCGCCTCAAGTACGTGATTACAAATAGTG 1378
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1316 AAACCACCGCCTTGCTGTATGTTCAATTTTCTCGCCTCAAGTACATGATTACAAATAGTG 1375
Query 1379 CTGATGATGCAGCTCAGATTCTGTTAGAAGGCAATGAGAATGTTCCTCACTGCAAATTAC 1438
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CTGATGATGCAGCTCAGATTCTGATAGAAGGCAATGAGAAAGTTCCTCACTGCAAATTAC 1435
Query 1439 TTCTTGAGGAACTTATGAGACTCTTGATGATGCATGGAGGGTCTCGACAAGTGGATTTGT 1498
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1436 TTCTTGAGGAACTTATAAGACTCTTGATGATGCATGGAGGGTCTCGACGAGTGGATTTGT 1495
Query 1499 TAGATCCTATCATAGATAAGGAATTATCTCATCAGGCAGATTCCTCCGATGGTCTAAGCG 1558
||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1496 TAGATCCTATCATAGGTAAGGAAATATCTCACCAGGCAGATTCCTCCGATGGTCTGAGCG 1555
Query 1559 CAGAGGACAAAGAAGAAATATCAAATTTATACATGGAGTTTATTGATCTCTCTGGAACCA 1618
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 CAGAGGACAAAGAAGAGATATCAAATTTATACATGGAGTTTATTGATCTCTCTGGAACCA 1615
Query 1619 TCCATGATGTGAGGAAGGCTTTGGGTCGACACATAAAATTATTCCCACATTCTGCTAGAG 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1616 TCCATGATGTGAGGAAGGCTTTGGGTCGACACATAAAATTATTCCCCCATTCTGCTAGAG 1675
Query 1679 CCAAGTTACGTGGGTCCCGTCCTTCAGGAAATTTATTTAGAGAGTTGATTCAGAGAAGAG 1738
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CCAAGTTACATGGGTCCCGTCCTTCAGGAAATTCATTTAGAGAGTTGATTCAGAGAAGAG 1735
Query 1739 AGAAGACTCGAGAGC-GCTTGAATCAGGACCTATTAACAAACAAAGGCATTAGCAGTATA 1797
|||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1736 AGAAGACTCGTGA-CTGCTTGAATCAGGACCTCTTAACAAACAAAGGCATTAGCAGCACA 1794
Query 1798 GTCGATTC-ACCACCAAAAGAAAAGAAAGAGTCATCTCTAGACTCTTATGGTACCCAATC 1856
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 1795 GTCGATTCGAC-ACCAAAAGAAAAGAAAGAGTCATCTCTAGACCCTGATGGTGCCCAATC 1853
Query 1857 TAAAGATGCTGTACGGGCTGACTATGTAAACACTGAGCCTAATCAGGGCTGTCTGACTTC 1916
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||
Sbjct 1854 TAAAGATGCTGTTCGGGCTGACTATGTAAACACTGAGCCTAATCGGGGGTGTCTGGCTTC 1913
Query 1917 TGGACATCTAGTTGAAGGAAACGATAATGTTATTGAGAGGGAG-ACTTTGTGTGAGTCAC 1975
||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||
Sbjct 1914 AGGACATCTAGTTGAAAGAAAGGATAATGTTGCTGAGAGGGAGGA-TTTGTGGGAGTCAC 1972
Query 1976 AGAGCGATCTGTCCATGGGATTAAAAGCCAATGAAGGTGGTAAACGCTCTCATGAAGTTA 2035
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1973 AGAGAGATCTGTCCATGGGATTAAAAGCTGATGAAGGTGGTGGACGCTCTCGTGAAGTTA 2032
Query 2036 GCCTACCGATCCAAGCCTCACCAGAACATGGTTTTGTCACTAAACAAGCTCACTTCTCGT 2095
||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2033 GCCTACCAATCCAAGCCACACCAAAACATGGTTTTGTCACTAAACAAGCTTACTTCTCGT 2092
Query 2096 CCAATTCAGTAGATACTGTGAAGTCAGATGCTATAGTGATCCAACCTAGTGGCTCACAGA 2155
||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2093 CCAGTTCTGTAGATACTGTGAAAACAGATGCTATAGTGATCCAACCTAGTGGCTCACGGA 2152
Query 2156 GTCCCCAAAGTTACCAAAGTCAAGAGTCTCTCAGGCAAACTGGTCGGAACAGGTACCAC- 2214
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2153 GTCCCCAAAGTTACCAAAGCCAAGAGTCTCTCAGGCAAACTGGTCGGAGCAGGTACC-CT 2211
Query 2215 AGAAGAGATTTAAACCAGA-TGCACAGAGATTCAAAACCTCGTTCTCAAGAGAGACCTCC 2273
||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2212 AGAAGAGATTTAAACCAGACT-CATAGAGATTCGAAACCTCGTTCTCGAGAGAGACCTCC 2270
Query 2274 TCAGATGCCATATTCTCCAGTCGGAACTGGTCGTGAAATTCTTGGTCAGCACATGGCTTT 2333
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2271 TCAGATGTCGTATTCTCCAGTCGGAACTGGTCGTGAAATTCCCGGTCAGCACATGGAAGT 2330
Query 2334 TACTCATCAAGACAATCGAGTAGCGCTACAAAGCTCAACCTCTCAGAATCCGCAAAACCA 2393
| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2331 TGCTCCTCGAGACAATCGAGCAGCGCTACAAAGCTCAATCTCACAGAATCCGCAAAACCA 2390
Query 2394 ATTTCAGAACTCTGCACTTCAGATGCATCCTGTGGTTCAAACATCCAATGCTTATCCTCA 2453
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2391 ATTTCACAACTCTGCACTTCAGATGCATCCTGTGGTTCAAACATTCAATGCTTATCCTCA 2450
Query 2454 ATCTCAGATACATGGTCAGCACATGATTGTATCCCCTCCAGAGTCACAGAATCCGCAGAA 2513
| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2451 AACTCAGATACTTGGTCAGCACATGATTGTATCGCCTCCAGACTCACAGAATCTGCAGAA 2510
Query 2514 CCAATGTCAAAACTCTACATCTCAGGTTCAAACATCCTTTGCTTATCCTCAAACTCAGAT 2573
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2511 CCAATATCAAAACTCTACATCTCAGGTTCAAACCTCCTTTGCCTATCCTCAAACTCAGAT 2570
Query 2574 TCCTCAGAATCCAGTGCAGAGTAACTACCAACAAGAAGGTCAGATGCAGAGTCATGAAGC 2633
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 TCCTCAGAATCCAGTGCAAAGTAACTACCAACAAGAAGGTCAGATGCAGAGTCATGAAGC 2630
Query 2634 TTATAACCAGATGTGGCAACAGTATTATTATAGCTATTATTACTATCAGCAACAGCAACA 2693
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2631 TTATAACCAGATGTGGCAACAGTATTATTATAGCTATTATTACTATCAGCAACACCAACA 2690
Query 2694 GCTTATGTCTGAACAGCCTCAACCAAATCAGAACCCTCAGCCACAACTAGATCAGAATCT 2753
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 GCTTATGTCTGAACAGCCACAACCAAATCAGAACCCTCAGCCACAACTAGATCAGAATCT 2750
Query 2754 TGTGCAACTTCTCTCCAAACAGTACCAGTCTCAAGCCAAAACTCAGTATCTACAACCACA 2813
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||
Sbjct 2751 TCTGCAACTTCTCTCCAAACAGTACCAATCTCAAGCCAGTACTCAGTATCCACAACCTCA 2810
Query 2814 ACAGGTG--G-AACAGGTCAATACACAGCAACAGAGTCAAGAACCACAAAATCAGCAGCA 2870
||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2811 ACAGGTGAAGGAACAGCTCAATACACAGCAACAGAGCCAAGAACCAGAAAATCAGCAGCA 2870
Query 2871 AATTCAGTTCcagcaacaacaacaacaacaagagtggttccaacagcaacagcaatggca 2930
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2871 AATTCAGTTCCAGCAACAACAACAAGAA------TGGTTCCAACAGCAACA--A-TGGCA 2921
Query 2931 acaacagcagTATCTTCTCTATATTCAGCAACAGCAGTTGCAAGGAGAAGCAAAAGGCGA 2990
|||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2922 ACAACAACAGTATTTTCTCTATCTTCAACAACAGCAGTTGCAAGGAGAAGCAAAAGGCGA 2981
Query 2991 TGAACAAAGACTCTCTATGCCGCAG-----GGT-TCCACAACAAACAGTGATATTCAAAA 3044
||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2982 TGAACAAAGACCCTCTATGCCACAGCCACAGGTCTCCACAACAAACAGTGATGTTCAAAA 3041
Query 3045 GAGTCAAGAATCTGGAGCAGTCAATGAAGCAAATCTATCTTCTGACACTTCCATCAGTTC 3104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3042 GAGTCAAGAATCTGGAGCAGTCAATGAAGCAAATCTATCTTCTGACACTTCCATCAGTTC 3101
Query 3105 TATATGAGTCTCATGAAAGCCGATGGACACGTAATTGATTGTGTTATTAAAAA 3157
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3102 TATATGAATCTCATGAAAGCCGATGGACACGTAACTGATTGTGTTATTAAAAA 3154
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122240924476
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5