BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G47010.1
Length=4243
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494279 jgi|Araly1|494279|fgenesh2_kg.8__95__AT5G47010.1 6981 0.0
> Ahg494279 jgi|Araly1|494279|fgenesh2_kg.8__95__AT5G47010.1
Length=4248
Score = 6981 bits (3780), Expect = 0.0
Identities = 4115/4270 (96%), Gaps = 49/4270 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATTCTCAACAGAGCGATCTCTTTGACACCGCATCGCAGCCGGACACGGTGGCCGAC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1 ATGGATTCTCAACAGAGCGATCTCTTTGACACCGCATCGCAGCCGGACGCGGTGGCTGAC 60
Query 61 GAGTATACCTTTTTGGAATTCAATACTCAAGGCGATTCAGAGTTCGATTACCAGGATTTT 120
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 GCGTATACCTTTTTGGAATTCAATACTCAAGGCGATTCAGAGTTCGATTACCCGGATTTT 120
Query 121 GGATCGCCGACGGCATGGCCGACACCGTCTGATTCTATTTCCATCGCTGACGTTGCCGAT 180
|||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 CGATCACCGACGGCATGGCCGACACCTTCTGATTCCATTTCCATCGCTGACGTTTCCGAT 180
Query 181 CGTGGTGAAGGAGGAGCTGCCGCGGATCATCATTCTGAGGCTTCGTCACCTTCGTCCCTC 240
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 181 CGTGGTGGAGGAGGAGCTGCCGCGGATCATCATTCCGAGGCTTCGTCACCTTCTTCTCTC 240
Query 241 TCTGCCGGTGCCGGGAATGGTGCGAAAGTGGGACGCGGTGGAGTTGGTGGAAGTGGTGGT 300
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTGCCGGTGCCGGAAATGGTGCCAAAGTTGGACGTGGTGGAGTTGGTGGAAGTGGTGGT 300
Query 301 GTTAGTAGTAGTAGTCAGGTTGATGCATTGGCCGCTGGTGTGGGAAATTTGAACTTTGAA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTAGTAGTAGTAGTCAGGTTGATGCATTGGCCGCTGGTATGGGAAATTTGAACTTTGAG 360
Query 361 GAGACTGGTGATGATGATGGTTTTGATTATGGTAAAAATGATTTCACGGAGCACGCTTGT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGACTGGTGATGATGATGGTTTTGATTATGGTAAGAATGATTTCACGGAGCACGCTTGT 420
Query 421 AAGTATTGTGGTATCTCGAACCCAGCTTGCGTCGTTAGGTGTAATGTGGCTTCTTGTAGA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAGTATTGTGGTATCTCGAACCCAGCTTGCGTTGTTAGGTGTAATGTGGCTTCTTGTAGA 480
Query 481 AAGTGGTTCTGCAATTCAAGGGGAAACACCTCAGGCTCTCATATTGTGAATCACCTGGTG 540
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAGTGGTTCTGCAATTCAAGAGGAAACACCTCAGGCTCTCATATTGTGAATCACCTGGTT 540
Query 541 CGAGCAAAACACAAGGAAGTTTGTCTCCATAGAGACAGTCCACTAGGGGAAACAATTCTC 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 CGAGCAAAGCACAAGGAAGTTTGTCTCCATAGAGACAGTCCGCTAGGGGAAACAATTCTC 600
Query 601 GAATGCTACAACTGTGGGTGTCGGAATGTCTTTCTTCTCGGTTTCATCTCAGCAAAGACA 660
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAATGCTATAACTGTGGGTGTCGAAATGTCTTTCTTCTCGGTTTCATCTCAGCAAAGACA 660
Query 661 GATAGTGTTGTCGTCCTTCTCTGTAGAGATCCTTGTCTAAATGTAAATGCCCTGAAGGAT 720
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 661 GACAGTGTTGTCGTCCTTCTCTGTAGAGATCCTTGTTTAAATGTAAATGCCTTGAAGGAT 720
Query 721 ATGAACTGGGACCTAAGTCAGTGGTGTCCCTTGATTGACGACAGATGTTTCCTCCCCTGG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATGAACTGGGACCTAAGTCAGTGGTGTCCCTTGATTGACGATAGATGTTTCCTCCCCTGG 780
Query 781 CTTGTTAAGGTCCCATCAGAGCAAGAACAGCTAAGGGCACGCCAAATTAGCGCACAGCAA 840
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTGTTAAGGTCCCATCAGAGCAAGAACAGCTGAGGGCACGCCAAATTAGCGCACAGCAA 840
Query 841 ATAAACAAGATAGAGGAATTATGGAAGACAAATCCGGATGCTACTCTTGAAGACCTTGAA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATAAACAAGATAGAGGAATTATGGAAGACAAATCCGGATGCTACTCTTGAAGACCTTGAA 900
Query 901 AAACCTGGTGTAGATGATGAACCTCAGCCTGTTCAACCTAAGTATGAAGATGCGTACCAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 901 AAACCTGGTGTAGATGATGAACCTCAGCCTGTTCAACCTAAGTATGAAGATGCATATCAG 960
Query 961 TATCAAAATGTGTTTGCACCTCTAATCAAACTCGAAGCAGACTATGACAAGATGATGAAA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TATCAAAATGTGTTTGCACCTCTAATCAAACTCGAAGCAGACTATGACAAGATGATGAAA 1020
Query 1021 GAGTCTCAAAGCAAGGAAAACCTCACTGTTCGGTGGGATATTGGTCTTAACAAGAAGCGT 1080
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GAGTCTCAAAGCAAGGAAAATCTCACTGTTCGGTGGGATATTGGTCTTAACAAGAAGCGC 1080
Query 1081 GTTGCATACTTCGTCTTCCCAAAGGAGGAAAATGAATTGCGATTGGTACCGGGTGATGAA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTTGCATACTTCGTCTTCCCAAAGGAGGAAAATGAATTGCGATTGGTACCGGGTGATGAA 1140
Query 1141 CTACGTCTGCGGTACTCGGGAGATGCTGTTCATCCATCCTGGCAGTCAGTTGGACATGTG 1200
||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTACGTCTGCGCTACTCGGGAGATGCTGCTCATCCAGCCTGGCAGTCAGTTGGACATGTG 1200
Query 1201 ATCAAGCTAACGGCGCAAGAGGAGGTTGCTCTTGAACTCCGAGCTAATCAGGGAGTTCCG 1260
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1201 ATCAAGCTAACCGCACAAGAGGAGGTTGCTCTTGAACTCCGAGCTAACCAGGGAGTTCCG 1260
Query 1261 ATTGACGTAAATCATGGATTCAGTGTTGATTTTGTTTGGAAAAGTACAAGCTTTGATCGA 1320
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ATTGACGTTAACCATGGATTCAGTGTTGATTTTGTTTGGAAAAGTACAAGCTTTGATCGA 1320
Query 1321 ATGCAGGGAGCAATGAAGAATTTTGCTGTAGATGAAACAAGTGTGAGTGGTTATATCTAC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATGCAGGGAGCAATGAAGAATTTTGCTGTAGATGAAACAAGTGTGAGTGGTTATATCTAC 1380
Query 1381 CATCAGTTATTGGGACATGAAGTTGAGGCCCAGATGGTTCGTAACACACTACCTCGACGT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CATCAGTTATTGGGACATGAAGTTGAGGCCCAGATGGTTCGTAACACACTACCTCGACGT 1440
Query 1441 TTTGGGGTACCTGGTCTTCCAGAACTGAATGCATCTCAGGTTAATGCGGTGAAAAGTGTC 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTTGGGGTACCTGGTCTTCCAGAACTGAATGCATCTCAGGTTAATGCGGTGAAAAGTGTC 1500
Query 1501 CTTCAGAAGCCCATCAGCTTGATCCAAGGTCCACCTGGCACAGGCAAAACTGTGACTTCT 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTTCAGAAGCCCATCAGCTTGATCCAAGGTCCTCCTGGCACAGGCAAAACTGTGACTTCT 1560
Query 1561 GCAGCAATTGTGTATCACATGGCAAAACAGGGCCAGGGACAGGTTCTCGTTTGTGCCCCA 1620
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 GCAGCAATTGTGTACCATATGGCAAAACAGGGCCAGGGACAGGTTCTTGTTTGTGCCCCA 1620
Query 1621 AGTAATGTTGCTGTGGACCAACTAGCTGAAAAAATTAGTGCTACTGGGTTAAAGGTTGTT 1680
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AGTAATGTTGCTGTAGACCAACTAGCTGAAAAAATTAGTGCTACTGGGTTAAAGGTTGTT 1680
Query 1681 CGCCTTTGCGCAAAATCAAGGGAAGCTGTAAGTTCTCCTGTAGAGTATTTGACCCTTCAC 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1681 CGCCTTTGCGCAAAATCAAGGGAAGCTGTAAGTTCTCCTGTAGAGCATTTGACCCTTCAC 1740
Query 1741 TACCAGGTAAGACATCTTGACACATCTGAAAAGAGCGAACTGCATAAGTTGCAGCAGTTG 1800
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1741 TACCAGGTAAGACATCTTGACACATCTGAGAAGAGCGAACTGCATAAGCTGCAGCAGTTG 1800
Query 1801 AAAGATGAACAAGGTGAGCTGTCAAGCAGTGATGAAAAGAAATACAAAAATTTGAAAAGA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AAAGATGAACAAGGTGAGCTGTCAAGCAGTGATGAAAAGAAATACAAAAATTTGAAAAGA 1860
Query 1861 GC-GACAGAACGCGAGATAACCCAGAGTGCTGATGTCATATGCTGCACATGTGTTGGTGC 1919
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 -CAGACAGAACGCGAGATAACCCAGAGTGCTGATGTCATATGCTGCACATGTGTTGGTGC 1919
Query 1920 TGCTGATCTTCGGTTGTCAAACTTTAGATTTAGACAGGTACTTATTGATGAGTCTACTCA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGCTGATCTTCGGTTGTCAAACTTTAGATTTAGACAGGTACTTATTGATGAGTCTACTCA 1979
Query 1980 AGCAACAGAACCTGAGTGCCTTATCCCTTTGGTCCTTGGAGTAAAACAGGTTGTTCTTGT 2039
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AGCAACAGAACCTGAGTGCCTCATCCCTTTGGTCCTTGGAGTAAAACAGGTTGTTCTTGT 2039
Query 2040 TGGTGATCATTGTCAGCTTGGCCCCGTCATTATGTGCAAAAAAGCAGCTCGTGCTGGCTT 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGGTGATCATTGTCAGCTTGGCCCCGTCATTATGTGCAAGAAAGCAGCTCGTGCTGGCTT 2099
Query 2100 GGCACAGTCTCTCTTTGAACGACTTGTGACT-CTTGGTATTAAACCAATCAGATTGCAGG 2158
||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GGCACAGTCTCTCTTTGAACGCCTTGTG-CTTCTTGGTATTAAACCAATCAGATTGCAGG 2158
Query 2159 TTCAATATCGTATGCATCCAGCTTTGTCCGAGTTTCCATCCAACAGCTTCTATGAAGGAA 2218
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TTCAATACCGTATGCATCCAGCTTTGTCCGAGTTTCCATCCAACAGCTTCTATGAAGGAA 2218
Query 2219 CTCTACAGAATGGAGTCACAATTATTGAAAGGCAAACAACAGGGATTGATTTCCCGTGGC 2278
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2219 CACTACAGAATGGAGTCACAATTATTGAAAGGCAAACAACAGGGATTGATTTCCCATGGC 2278
Query 2279 CTGTTCCTAACCGGCCCATGTTTTTCTATGTTCAGCTGGGACAAGAGGAGATCAGTGCTA 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CTGTTCCTAACCGGCCCATGTTTTTCTATGTTCAGCTGGGACAAGAGGAGATCAGTGCTA 2338
Query 2339 GTGGAACATCATATCTTAATAGAACTGAGGCTGCTAATGTGGAGAAACTTGTGACTGCTT 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GTGGAACATCATATCTTAATAGAACTGAGGCTGCTAATGTGGAGAAACTTGTGACTGCTT 2398
Query 2399 TCTTAAAGAGTGGAGTTGTCCCCAGTCAGATTGGAGTTATAACTCCATATGAGGGACAGA 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TCTTAAAGAGTGGAGTTGTCCCCAGTCAGATTGGAGTTATAACTCCATATGAGGGACAGA 2458
Query 2459 GGGCATACATTGTTAATTACATGGCAAGAAATGGTTCTCTCCGACAGCAACTGTACAAGG 2518
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2459 GGGCTTACATTGTGAATTACATGGCAAGAAATGGTTCTCTCCGACAGCAACTTTACAAGG 2518
Query 2519 AAATTGAGGTTGCCAGTGTTGATTCTTTTCAAGGAAGGGAAAAAGATTACATCATATTGT 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 AAATTGAGGTTGCCAGTGTTGATTCTTTTCAAGGAAGGGAAAAAGATTACATCATATTGT 2578
Query 2579 CCTGTGTGAGAAGTAATGAGCATCAGGGCATTGGATTCCTTAATGATCCACGGAGGCTTA 2638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2579 CCTGTGTGAGAAGTAATGAGCATCAGGGCATTGGATTCCTTAATGATCCACGGAGGCTCA 2638
Query 2639 ATGTTGCACTTACGCGAGCTCGTTATGGAATTGTTATTCTTGGAAACCCAAAAGTTCTTA 2698
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 ATGTTGCACTTACGCGTGCTCGTTATGGAATTGTTATTCTTGGAAACCCAAAAGTTCTTA 2698
Query 2699 GTAAACAGCCTCTGTGGAATGGATTGTTGACACATTACAAGGAACATGAGTGCTTGGTCG 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 GTAAACAGCCTCTGTGGAATGGATTGTTGACACATTACAAGGAACATGAGTGCTTGGTCG 2758
Query 2759 AGGGACCTCTTAATAATCTAAAGCAGAGCATGGTACAGTTTCAGAAACCAAGAAAGATTT 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 AGGGACCTCTTAATAATCTAAAGCAGAGCATGGTACAGTTTCAGAAACCAAGAAAGATTT 2818
Query 2819 ACAATGATCGGAGACTATTTTATGGTGGTGGAGCTGGCATGATTGGAAATGATAATTTTG 2878
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 ACAATGATCGGAGACTATTTTATGGTGGTGGCGCTGGCATGATTGGAAATGATAATTTTG 2878
Query 2879 GTTCGGGTAACCCTAATGCTGACAGAAGAGGCAGTCGAGGAAGGGCTGGTGGTTCCTATC 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2879 GTTCGGGTAACCCTAATGCTGACAGAAGAGGCAGTCGAGGAAGGGCTGGTGGTTCGTATC 2938
Query 2939 TTCCTTCTGGCCCACCTAATGGTGCTAGACCTGGACTACACCCGGCAGGGTACCCGATAC 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2939 TTCCTTCTGGCCCACCTAATGGTGCTAGACCTGGACTACACCCAGCAGGCTACCCGATAC 2998
Query 2999 CTAGGGTTCCACTTTCACCCTTTCCTGGTGGTCCTCCTTCTCAGCCATACGCTATTCCAA 3058
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 CTAGGGTTCCACTCTCACCCTTTCCTGGTGGTCCTCCTTCTCAGCCATACGCTATTCCAA 3058
Query 3059 CTCGTGGACCTGTTGGTGCTGTTCCTCATGCTCCTCAACCTGGAAACCATGGTTTTGGAG 3118
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 CTCGTGGACCTGTTGGTGCTGTTCCTCATGCTCCCCAACCTGGAAACCATGGTTTTGGAG 3118
Query 3119 CTGGTCGTGGAACTTCAGTTGGGGGGCACCTTCCGCACCAACAAGCCACCCAACATAATG 3178
|||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 CTGGTCGTGGAACTTCTGTTGGGGGCCACCTTCCACACCAACAAGCCACCCAACATAATG 3178
Query 3179 TTGGAACTATTGGCCCTAGTTTAAACTTTCCCCTTGATAGTCCGAATAGCCAGCCTTCAC 3238
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 TTGGAACTATTGGCCCAAGTTTAAACTTTCCCCTTGATAGTCCGAATAGCCAGCCTTCAC 3238
Query 3239 CTGGTGGTCCGCTATCCCAACCTGGATATGGTAGCCAAGCGTTCAGGGATGGATTTTCTA 3298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 CTGGTGGTCCGCTATCCCAACCTGGATATGGTAGCCAAGCGTTCAGGGATGGATTTTCTA 3298
Query 3299 TGGGTGGAATATCTCAGGATTTCTTGGCTGATGATATCAAGAGCCAGGGATCTCATGATC 3358
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3299 TGGGTGGCATATCTCAGGATTTCTTGGGTGATGATTTCAAGAGCCAGGGATCTCATGTTC 3358
Query 3359 CTTACAACATGGCCGACTTTGCTACACAGGCCTCACCGGGTGGATTTGCTGTTGATTATG 3418
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3359 CTTACAACATGGCCGACTTTTCTACACAGGCCTCACAGGGTGGATATGCTGTTGATTATG 3418
Query 3419 CCACACAAGGAGCACATGGGGCGTTTCCTGGAAACTTTATGAATCAGAATTCTCAAGGCG 3478
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3419 CCACACAAGGAGCACATGGGGCGTTTCCTGGAAATTTTATGAATCAAAATTCTCAAGGCG 3478
Query 3479 GTTATTCTCGTTTCAGCGGAATTAATGATTTCATGTCTCAGGAGTATATGGCACATGGAG 3538
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 GTTATTCCCGTTTCAGCGGAAATAATGATTTCATGTCTCAGGAGTATATGGCACATGGAG 3538
Query 3539 GTCAAGGTCTTTTCACCCAAGCTGGCTTTATCGACTCATCCCAGGATGATGGACAGCAGA 3598
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3539 GTCAAGGTCTTTTCACCCAAGCCGGCTTTATCGATTCATCCCAGGATGATGGACAG-A-A 3596
Query 3599 ATCCTTATGGTGTGAACAATCCAAATCTTCAGTCTCAGGGTCTCCCAAATTCGCTCTACT 3658
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3597 -TCCTTATGGTGTGAACAATCCTAATCTTCAGTCTCAGGGTCTCCCGAATTCGCTCTACT 3655
Query 3659 CGCAGCCATTCGCACACTACAACACACAGCCACTAAACCTTTCAGGCCCACAGCAATCTC 3718
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3656 CGCAGCCATTCTCACACTACAACACGCAGCCACTAAACCTTTCAGGCCCACAACAATCTC 3715
Query 3719 AACCTAACCAGAGCTCACAAAACCCAAAACATCCTTACAATGGCTGAGGGTGAGAAAGAC 3778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3716 AACCTAACCAGAGCTCACAAAACCCAAAACATCCTTACAATGGCTGAGGGTGAGAAAGAC 3775
Query 3779 AAAACTTGGATGCAACGGGTTTATAAACTCTTTTGCAAATTCACCGGCTTGGTTCCATGC 3838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3776 AAAACTTGGATGCAACGGGTTTATAAACTCTTTTGCAAATTCACCGGCTTGGTTCCATGC 3835
Query 3839 TGTTCACGGCTCCAAACAAACATCTGGTGACTTCCGGGTGCTTGAAAGATACACGCCTTT 3898
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3836 TAT-CACGGCTCCAAACAAACATCTGGTGACTTCCGGGTGCTTGCAAGATACACGCCTTT 3894
Query 3899 CTGGCTCGCTTAACGCAGCAAACAGGTAAATGGTTATGCAAAGAAACGGGTACCTAAGTA 3958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 3895 CTGGCTCGCTTAACGCAGCAAACAGGTAAATGGTTATGCAGAGAAACAGGTACCTAAGTA 3954
Query 3959 G---CCTGGGGAAAAAAGTCTTCGGTCCGTAAATCCTTTTGGCTTATATGTTTTGTTTTT 4015
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 3955 GTAGCCTGGGGAAAAAAGTCTTCGGTCCGTAAATCCTTTGGGCTTATATGTTTT-TATT- 4012
Query 4016 GCCTTGTATTATTAATATACGCTCATATGCTCTATATTATTATAGTCAGATATCTGAAGC 4075
||| | | |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4013 -------ATT-T-A-TATACGCTCATATGCTCTAT-T-ATTGTAGTCAGATATCTGAAGC 4060
Query 4076 CTACCCATATTTAAAATTGGTGGTGGTGTTTAATGGTGA-TATTGATATGATTTACAAGT 4134
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4061 CTACCCATAGTTAAAATTGGTGGTGGTGTTTGATGATGAATATTGATATGATTTACAAGT 4120
Query 4135 TCttttgctttatttggttttt-attttttt-CACGGTCTG---------AATTCATGAT 4183
|||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||
Sbjct 4121 TCTT--GCTTTATTTGGTTTTTGATTTTTTTTCACGGTCTGTTTGGTCTGAAATCATGAT 4178
Query 4184 TTGTGTGCAAGTTTTGGTATCATT-------G-G-CTTATGGGCTT-GTCCAATCTGAAA 4233
|| ||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 4179 TTATGTGCAAGTTTTGATATCATTTTTTTTTGTGGCTTATGGGCTTTGTCCAATCTGGAA 4238
Query 4234 TTTGTTTTGG 4243
|||| |||||
Sbjct 4239 TTTGCTTTGG 4248
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160450727768
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5