BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G47020.1
Length=4894
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494278 jgi|Araly1|494278|fgenesh2_kg.8__94__AT5G47020.1 7251 0.0
> Ahg494278 jgi|Araly1|494278|fgenesh2_kg.8__94__AT5G47020.1
Length=4431
Score = 7251 bits (3926), Expect = 0.0
Identities = 4277/4447 (96%), Gaps = 21/4447 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 406 ATGCTTGGACTTGTGTTCTTGTGTGTCCTTTTGGTCTCTACGCCATGTTTTAGCTTATCA 465
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCTTGGACTTGTGTTCTTGTGTGTTCTTTTGGTGTCCACGCCATGTTTTAGCTTATCA 60
Query 466 CAGTATGGGGTCACTGAATTTGAGAGCTCTGTGAGATTGTTTTCAGATGAAGCTTCTGGA 525
|||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CAGTATGGGGGCACTGACTTTGAGAGCCCTCTGAGATTGTTTTCAGATGAAGATTCTGGG 120
Query 526 AATTCTACTAGTTCT-CCGATTTCTGTGACTTGTCAAGACCTGGATGGTGTTGGATCGTT 584
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 121 AATTCTACTAGTT-TACCGATTTCTGTGACTTGTCAAGACTTGGATGGTGTTGGATCTTT 179
Query 585 GAATACCACTTGTACATTGAACTCGAATTTGCGATTCGATTCCGATGTTTATGTATATGG 644
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 GAATACCACTTGTACATTGAACTCGAATTTGCGGTTCGATTCTGATGTTTATGTATATGG 239
Query 645 AACTGGTAATCTGAACATACTTGCACATGTCTTAGTTGATTGCCCTGTTGAAGGATGTAT 704
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 240 AACGGGTAATCTGAACATACTTGCCCATGTCTTAGTTGATTGCCCTATTGAAGGATGTAT 299
Query 705 GATCACCTTCAATGTATCTGGAACTATTCATTTGGGTCAATCAGCAAGAATTGTTGCTGG 764
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 300 GATCATTTTCAATGTATCTGGAACTATTCATTTGGGTCAATCAGCAAGAATCGTTGCTGG 359
Query 765 TTCTGTGGTTTTTTCTGCTATCAACTTAACAATGGATAGCAATTCGTCTATCTACACGAC 824
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 TTCTGTGGTTTTTTCTGCTATCAATTTAACAATGGATAGCAATTCGTCTATCTACACGTC 419
Query 825 AGCATTGGCTGGACCACCACCTTCTCAGACTAGTGGAACACCATATGGTATTGATGGTGC 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 420 GGCATTGGCTGGACCACCACCTTCTCAGACTAGTGGAACACCATATGGTAGTGATGGTGC 479
Query 885 CGGTGGAGGCCATGGTGGGAGAGGTGCTTCCTGTGTGAAGAGTAATAAAACGACTTATTG 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 480 GGGTGGAGGCCATGGTGGGAGAGGTGCTTCCTGTGTGAAGAGTAATAAGACGACCTATTG 539
Query 945 GGGTGGTGATGTTTATGCTTGGTCGTCTTTGCATGATCCGTGGAGCTATGGGAGTGAGGG 1004
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 GGGTGGTGATGTTTATGCTTGGTCGTCTTTGCATGACCCGTGGAGCTATGGGAGCGAGGG 599
Query 1005 AGGGGTTAAGTTATCCACAAAGAATATCAGAGGCAAAGGTGGAGGTCGTGTTAAACTCAT 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
Sbjct 600 AGGGGTTAAGTTATCCACAAAGAATATCAGAGGCAAAGGTGGAGGTCGTGTCAGACTCCT 659
Query 1065 ATTGACGGACACAGTACATGTGAATGGAACTGTTTCCGCAGATGGTGGTGATGCTGGAGA 1124
||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATTGAAGGACACGGTACATGTGAATGGAACTGTTTACGCAGATGGTGGTGATGCTGGAGA 719
Query 1125 GGAAGGGGGTGGAGGATCTGGAGGAAGTATCTGTATTCGTGCGGTAAAGCTGAAGGGTTA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || || ||||||
Sbjct 720 GGAAGGGGGTGGAGGATCTGGAGGAAGTATCTGTA-T--T-C-GT---GC----GGGTTA 767
Query 1185 CGGTAAAATATCTGCATCGGGTGGGAGGGGATGGGGTGGAGGTGGCGGAGGAAGGATCTC 1244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 768 CGGTAAAATATCTGCATCGGGTGGGAGGGGATGGGGTGGAGGTGGCGGAGGGAGGATCTC 827
Query 1245 TCTTGACTGTTACAGCATACAAGAAGATGTCAAAGTTTTTGTTCATGGTGGCGCAAGTAT 1304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 828 CCTTGACTGTTACAGCATACAAGAAGATGTCAAAGTTTTTGTGCATGGTGGCGCAAGTAT 887
Query 1305 CGGGTGCCCCAAAAATGCAGGAGCAGCTGGAACATACTTTAATGCTGAATTAGTGAGTTT 1364
|||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 CGGGTGTCCCAATAATGCTGGAGCAGCTGGAACATACTTTAATGCTGAATTAGTGAGTTT 947
Query 1365 AAGGGTTGGAAATGATAACATGACTACAGAGACAGAAACTCCTTTGCTCGATTTTCCTAC 1424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 AAGGGTTGGAAATGATAACATGACTACAGAGACAGAAACTCCTTTGCTCGATTTTCCTAC 1007
Query 1425 AAGGCCTCTGTGGTCAAACATCTATGTAGATAATAATGCAAAAGTTTTGGTCCCGCTGCT 1484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 AAGGCCTCTGTGGTCAAACATCTATGTAGATAATAATGCAAAAGTTTTGGTCCCGCTGCT 1067
Query 1485 GTGGACCAGAATGCAGGTCGGAGGTCAAATCAGTCTTTATCGGGGAAGCAGCATTGTTTT 1544
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 GTGGACCAGAATGCAGGTCAGAGGTCAAATCAGTCTTTATCGGGGAAGCAGCATTGTTTT 1127
Query 1545 CGGGTTATCAAAATATCCAATTTCAGAATTTGAGCTTGTTGCTGAAGAACTTTTAATGAG 1604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1128 TGGGTTATCAAAATATCCAATTTCAGAATTTGAGCTTGTCGCTGAGGAACTTTTAATGAG 1187
Query 1605 TAACTCCGTTATAAAGGTTTTTGGTGCATTACGACTTGTTACGAAGATGCTGCTCATGTT 1664
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 TAACTCCGTTATAAAGGTTTTTGGTGCGTTACGACTTGTTACGAAGATGCTGCTCATGTT 1247
Query 1665 GAATTCTGTGATTCAAATTGATGGTGAAGGAAACCCTGCAGTGCCTTCCTCTGTTCTTGA 1724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1248 GAATTCTGTGATTCAAATTGATGGTGAAGGAAACCCTGCGGTGCCTTCCTCTGTCCTCGA 1307
Query 1725 AGTTCGCAACCTTGCAGTTCTAAAGGGAAAATCCGTCATTACTTCTAATACGAACTTGGG 1784
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1308 AGTTCGCAACCTTGCAGTTCTAAGGGGAAAATCCGTCATTACTTCTAATGCAAACTTGGG 1367
Query 1785 TGTATATGGTCAAGGAATGTTGACGCTATCTGGTCCTGGGGATGCAATTAAAGGCCAAAG 1844
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1368 TGTATATGGTCAAGGAATGTTGACGCTCTCCGGTCCTGGGGATGCAATTAAAGGCCAGAG 1427
Query 1845 ACTTTCCTTATCTCAATTTTACAACATAACTGTTGGACCAGGCTCTATACTTCAAGCACC 1904
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1428 ACTTTCCTTATCTCAATTTTACAACATAACTATTGGGCCAGGTTCTTTACTTCAAGCACC 1487
Query 1905 ACTTGATGATTATGAAAGCAAAAACGCGGTTACTCAGACCCTTTGTGAGAGCAAAACATG 1964
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 ACTTGATGATTACGAAAGCAAAAACGCGGTTACTCAGACCCTTTGTGAGAGCAAAACATG 1547
Query 1965 CCCAATAGATTTAATCAGTCCGCCGGATGATTGCCATGTCAATTATACACTATCCTTTTC 2024
||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 CCCAATAGACTTGATCAGTCCGCCGGATGATTGTCATGTCAATTATACACTATCCTTTTC 1607
Query 2025 CCTTCAGATATGTCGAGTTGAGGACATTCTTGTGAGAGGACTTGTGAAAGGAAGCATAAT 2084
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1608 CCTTCAGATATGTCGAGTTGAAGACATTCTTGTGATTGGACATGTGAAAGGAAGCATAAT 1667
Query 2085 TCAAATCCACAGGGCGAGAACGGTAGTAGTTACTGATGATGGCTTGATAACTGCATCTGG 2144
||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1668 TCAAATCCACAGGGCGAGAACAGTGGTGGTTACTGATGATGGCTTGATTACTGCAACTGG 1727
Query 2145 ATTTGGTTGCAGTGCTGGGTTGGGGAAGGGACTTTATTCAAATGGGGCTGGTAGTGGTGC 2204
|||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 ATTTGGTTGCAGTGGTGGCTTGGGGAAGGGGCTTTATTCAAATGGGGCTGGTAGTGGTGC 1787
Query 2205 TGGGCATGGAGGACGAGGGGGATCAGGCATTTTCAATGGGAGAGTATGCAACGGAGGACA 2264
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1788 TGGGCATGGAGGAAGAGGGGGATCAGGCATTTTCAATGGGAGAGTATGCAACGGAGGTCA 1847
Query 2265 TACCTATGGTGATCCTGATTTTCCCTGTGAGTTAGGAAGCGGAGCAGAGAGTCCAGATAA 2324
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1848 TACCTATGGTGATCCTGATTTTCCCTGTGAGCTAGGAAGCGGAGCAGAAAGTCCAGATAA 1907
Query 2325 ATCATATGGGAATGTGACTGGTGGAGGGATGATAGTAATTGGCTCCATCCAGTTTCCTCT 2384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 ATCATATGGGAATGTGACTGGTGGAGGGATGATAGTAATTGGCTCCATCCAGTTTCCTCT 1967
Query 2385 TTTGACTCTTAATCTGCGGGGATCTCTGAGCTCTGATGGTCAAAGCCTTTGGAAGCCAAC 2444
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TTTGACACTTAATCTGCGTGGATCTCTGAGCTCTGATGGCCAAAGCCTTTGGAAGCCAAC 2027
Query 2445 AGCGAATGGTAACAGATCTTTGGTCGGTGGAGTTGGTGGGGGATCTGGTGGGACGATTCT 2504
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 AGCGAATGGTAACAGATCTTTGGTCGGCGGAGTTGGTGGGGGATCTGGTGGGACGATTCT 2087
Query 2505 TCTTTTCCTTCAGATGCTTGAACTCTCAAAGAATTCATCTCTATCAGTTCGAGGGGGCCG 2564
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 TCTTTTCCTCCAGATGCTTGAGCTCTCAAAGAATTCATCTCTATCAGTTCGAGGGGGCCG 2147
Query 2565 GGGTGGGCCTCTTGGGGGTGGTGGAGGTGGAGGAGGGA-GACTTCACTTTCACTGGGACA 2623
|||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 GGGTGGCCCTCTTGGGGGTGGTGGGGGTGGAGG-GGGAAGACTTCACTTTCACTGGGACA 2206
Query 2624 TGTTACATACTGGGGACGAGTATTCTCCTGTTGCAATTGTCAAGGGGTCCATTAGTAATA 2683
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 TGTTACACACTGGGGACGAGTATTCTCCTGTTGCAGTTGTCAAGGGGTCCATTAGTAATA 2266
Query 2684 GAGGAGGTGCAGGGGACAATGGAGGTCGATTCGGGGAAGAGGGAACAATGACTGGGAAAA 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 GAGGAGGTGCAGGGGACAATGGAGGTCGATTCGGGGAAGAGGGAACAATGACTGGGAAAA 2326
Query 2744 AGTGTCCAAAGGGACTCTACGGTACATTCTGCTTGGAATGCCCCATTGGCACTTACAAGA 2803
||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 AGTGTCCGAAGGGACTCTATGGTACATTTTGCTTGGAATGCCCCATTGGCACTTACAAGA 2386
Query 2804 ACGTCGAAGGCTCTGACAAACGTCTTTGTACTCCCTGCCCGCCTGAGCATCTTCCAAGTC 2863
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 ATGTTGAAGGCTCTGACAAACGTCTTTGTACTCCCTGCCCGCCTGAGCATCTTCCAAGTC 2446
Query 2864 GTGCAAAATTTGTATACGTACGAGGAGGAGTTAGCGAACCTGTTTGTCCCTATAAATGTG 2923
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 GTGCAAAATTTGTATACGTACGAGGAGGAGTTAGTGAACCTGTTTGTCCCTATAAATGTG 2506
Query 2924 TATCAGAAAAATACAGATTGCCAAACTGCTATACACCTCTGGAAGAGCTTGTCTATACAT 2983
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 TATCTGACAAATACAGATTGCCAAACTGCTATACACCTCTGGAAGAGCTTGTCTATACAT 2566
Query 2984 TTGGAGGGCCATTGCCCTTTACTCTTCTTCTATCTTGTGTGGTGGTAGTTTTGGGTCTGT 3043
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TTGGAGGGCCATTGCCCTTTACCCTTCTTCTATCTTGTGTGGTGGTAGTTTTGGGTCTGT 2626
Query 3044 TGCTAAGCACATTAAGTATCAAATTGCTCAGGTTGAGTTTCTATGGTGCTAATTCCATTG 3103
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2627 TGCTAAGCACATTAAGTATCAAATTGCTCAGATTGAGTTTCTATGGTGCCAATTCCATCG 2686
Query 3104 AACACCAGAGTGCACATTGTTTACCCCATCTTCTGTCACTCTCTGAGGTTCGAGGCGCAA 3163
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 AACACCAGAGTGCTCATTGTTTACCCCATCTTCTGTCACTCTCTGAGGTTCGAGGCGCAA 2746
Query 3164 AATCTGAGGACACGCAAACCCATGCTTACCGTATGTACTTCATGGGTCCAAACAATTTCA 3223
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2747 AATCTGAGGACACGCAAACCCATGCTTACCGTATGTACTTCATGGGTCCAAACACTTTCA 2806
Query 3224 GGGAACCTTGGCATCTGCCCTACTCTCCTCCTGGTGCAATCATAGAGATAGTGTACGAAG 3283
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 GGGAACCTTGGCATCTGCCCTACTCTCCTCCTGATGCAATCATAGAGATAGTGTACGAAG 2866
Query 3284 ATGCTTTTAACAGCTTTATTAATGAAATAAACTCTACCGCAGCATATGATTGGTGGGAAG 3343
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 ATGCTTTTAACAGATTTATTGATGAAATAAACTCTACCGCAGCATATGATTGGTGGGAAG 2926
Query 3344 GGTCTGTGCACAGCATTCTTTCAGTTCTTGCAAATCCTTGTGCCTGGTCGTGGAAACAAT 3403
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 GGTCTGTGCACAGCATTCTATCAGTTCTTGCAAATCCTTGTGCCTGGTCGTGGAAACAAT 2986
Query 3404 GGCGTCGCAGGAGAAAAATTCATCGCCTTCAAGAATATGTCAAATCTCAATATGACCATT 3463
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2987 GGCGTCGCAGGAGAAAAATTCACCGCCTTCAAGAATATGTCAAATCTCAATATGACCACT 3046
Query 3464 CTTGCCTCCGCTCATGCAGATCTAGAGCTCTCTACAAAGGGATGAAGGTTGGAGCCACTC 3523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 CTTGCCTCCGCTCATGCAGATCTAGAGCTCTCTACAAAGGGATGAAGGTTGGAGCCACTC 3106
Query 3524 CGGATCTGATGGTTGCATACATAGATTTCTTCCTTGGCGGTGACGAGAAGCGTGTAGATA 3583
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 CGGATCTGATGATTGCATACATAGATTTCTTTCTTGGCGGTGACGAGAAGCGTGTAGATA 3166
Query 3584 TGGTCTCTATTATACAGAAAAGATTCCCAATGTGCATACTTTTTGGAGGAGATGGAAGTT 3643
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3167 TGGTCTCCATTATACAGAAAAGATTCCCAATGTGCATACTTTTTGGTGGAGATGGAAGTT 3226
Query 3644 ATATGTCACCCTATAGTCTCCATAGTGATACACTGTTAACAAATCTTCTTGGCCAGCACA 3703
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3227 ATATGTCACCTTATAGTCTCCATAGTGATACACTATTAACAAATCTTCTTGGCCAGCACA 3286
Query 3704 TCCCACCGAGTGTTTGGCACCGGTTTGTTGCTGGTTTAAATGCTCAGCTTAGGACTGTGA 3763
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3287 TCCCACCAAGTGTTTGGCACCGGTTTGTTGCTGGTTTAAATGCTCAGCTTAGGACTGTGA 3346
Query 3764 GGCACGGATCAATTCGGTCAGCATTACTTCCTGTCATTAGGTGGATAAACAGCCATGGAA 3823
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3347 GGCACGGATCAATTCGTTCAGCATTACTTCCTGTCATTAGGTGGATAAACAGTCATGGAA 3406
Query 3824 ATCCTCAACTCGAATTCCATGGAGTAAGAATTGAACTTGGATGGTTTCAAGCTACAGCTT 3883
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3407 ATCCTCAGCTAGAATTCCATGGAGTAAGAATTGAACTTGGATGGTTTCAAGCTACAGCTT 3466
Query 3884 CTGGATATTACCAACTTGGTATCTTGGTTTTTGTTGGCGATTTTCCTCTGAACACTGTAA 3943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3467 CTGGATATTACCAACTTGGTATCTTGGTTTTTGTTGGCGATTTTCCTCTGAGCACTGTAA 3526
Query 3944 ACAGATCACTGTCGTTCAGCAGAAGTGACGACGAGTCCCCTGGGAACAACTCTGCATGTC 4003
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||
Sbjct 3527 CCCGATCACTTTCGTTCAGCAGAAGTGACGACGAGTCACCTCGGAACAGCTCTGCATGTC 3586
Query 4004 CAAGCAAATCTCTTATCGAGTTGCAGCAAAACTTGATCCAACCAGGACATGGATTATCTC 4063
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3587 CCAGCAAATCTCTTATCGAGTTGCAGCAAAACTTGATCCAACCAGGACATGGATTATCTC 3646
Query 4064 GGAAGAGGATCAATGGTGGAATCAATGGAGGCCTCATCAATGAGATTTCACTAGAATCTT 4123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3647 GGAAGAGGATCAATGGTGGAATCAATGGAGGCCTCATCAATGAGATTTCACTAGAATCTT 3706
Query 4124 TGGAGTATCGAAGGGATTTACTTTTTCCATTTTCTCTCTTATTGAACAACACTCGACCTG 4183
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3707 TGGAGTACCGAAGGGATTTACTTTTTCCATTTTCTCTCTTATTGAACAACACTCGACCTG 3766
Query 4184 TTGGGCGTCAGGATACTCTTCTCCGTTTTATTTCCATCCTTCTCCTTGCTGATCTTTCAG 4243
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3767 TTGGGCGTCAGGATACTCTTCTCCGTTTGATCTCCATCCTTCTCCTTGCTGATCTTTCAG 3826
Query 4244 TTACGCTACTTGCATTACTTCAGTTCTATTGGCTTGCCCTTGCAGCCTTTCTTGCTATCC 4303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 3827 TTACGCTACTTGCATTACTTCAGTTCTATTGGCTTGCCATTGCAGCCTTTCTCGCTATCC 3886
Query 4304 TCCTGATTCTCCCTCTCTCCCTTCTTTGCCCATTCCCTGCCGGCCTTAACGCTTTATTAA 4363
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3887 TCCTGATTCTCCCTCTCTCCCTGCTTTGCCCATTCCCTGCCGGCCTTAACGCTTTATTAA 3946
Query 4364 GTAAAGAAATGAGAAGAGCCTCACTTACTCGTATCTACGGCCTGTGGAATGCTACATCTC 4423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3947 GTAAAGAAATGAGAAGAGCCTCACTTACTCGTATCTATGGCCTTTGGAATGCTACATCTC 4006
Query 4424 TAACAAACGTCATTGTGGCTTTCATTTGCGGTGTCATTCATTCCGGGTTTTTCACTGACG 4483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4007 TAACAAACGTCATTGTGGCTTTCATTTGCGGTGTCATTCATTCCGGGTTTTTCACTGACG 4066
Query 4484 AGCTACCAAACATCTGGAACGCCATAAGGGATGATGATAAATGGTGGGTATTACCAACA- 4542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 4067 AGCTACCAAACATCTGGAACGCCATAAGGGATGATGATAGATGGTGGGTGTTACCAACAG 4126
Query 4543 TTCCTCTTGTTACTCAAGTCAATACAAGCTCGGTTCCTTGATTGGCACGTCGCAAATCTA 4602
||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4127 TTC-TCCTGTTACTCAAGTCAATACAAGCCCGGTTCCTTGATTGGCACGTCGCAAATCTA 4185
Query 4603 GAAGTACCAGACTTTTCTCTTCTTTGTCCAGATCCAGATACCTTCTGGGCATATGAATCT 4662
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4186 GAAGTACCGGACTTTTCTCTTCTTTGTCCAGATCCAGATACCTTCTGGGCTTATGAATCT 4245
Query 4663 GGAGCTTGACCATCAACATGATTATAAAGAAAGACCAGCAAAAGATATATCTTATTTTTC 4722
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 4246 GGAGCTTGACCATCAACATGATTATAAAGAAAGACAAGCAAAAGGTATATCATATTTTTC 4305
Query 4723 ATGTAAATCTTTTAAAA-GTACAAAGTTCTTCTCGGTGATAGTTGTTAAAAACAGTTCTC 4781
||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4306 ATGTAAATCTTTTAAAAAGTACAAAGCTCTTCTCAGTGATAGTTGTTAAAAACAGTTCTC 4365
Query 4782 TAGAACATCTGGTTATATATCTGGTGCTGAATTAGGAGTTC-GCCAGATCAATGGTAGTT 4840
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4366 TAGAACATCTGGTTATATTTCTGGTGCCGAATTAGG-GTTTTGCCAGATCAATGGTAGTT 4424
Query 4841 GTAGAAA 4847
|||||||
Sbjct 4425 GTAGAAA 4431
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 185226207791
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5