BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G47040.1
Length=2908
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494276 jgi|Araly1|494276|fgenesh2_kg.8__92__AT5G47040.1 4660 0.0
> Ahg494276 jgi|Araly1|494276|fgenesh2_kg.8__92__AT5G47040.1
Length=2829
Score = 4660 bits (2523), Expect = 0.0
Identities = 2655/2720 (98%), Gaps = 4/2720 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 GAAGAAGAAGACGTTAATGGCGGAAACAGTGGAGCTCCCGAGTAGGTTAGCGATTCTTCC 81
|||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAGAAGACGACGTTAATGGCGGAAACCGTGGAACTCCCGAGTAGGTTAGCGATTCTTCC 60
Query 82 TTTCAGGAATAAGGTTCTCTTACCTGGCGCCATTATTCGAATCCGTTGTACTTCTCATAG 141
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTCAGGAACAAGGTTCTCTTACCTGGCGCCATTATTCGAATCCGTTGTACTTCTCATAG 120
Query 142 CAGCGTCACACTAGTGGAGCAAGAGCTATGGCAGAAAGAAGAGAAAGGTTTAATTGGCAT 201
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 CAGCGTCACGCTAGTGGAGCAAGAGCTATGGCAGAAAGAAGAGAAGGGTTTAATTGGCAT 180
Query 202 TTTACCTGTTCGTGATGATGCCGAGGGTTCTTCAATTGGGACGATGATTAATCCA-GGTG 260
||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| || ||||
Sbjct 181 TTTGCCTGTTCGTGATGATGCTGAGGGATCTTCTATAGGGACGATGATTAAT-CACGGTG 239
Query 261 CTGGAAGTGATTCTGGAGAAAGAAGCTTGAAATTTCTAGTTGGTACAACAGATGCTCAGA 320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 240 CTGGAAGTGATTCTGGAGAAAGAAGCTTGAAATTTCTAGTTGGTACAACAGATGCACAGA 299
Query 321 AGTCTGATGCTAAAGATCAGCAGGATCTTCAATGGCACACCAGGGGAGTAGCAGCTCGTG 380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGTCTGATGCTAAAGATCAGCAGGATCTTCAATGGCACACCAGGGGAGTAGCAGCTCGTG 359
Query 381 CTCTGCATCTTTCAAGAGGGGTGGAAAAACCAAGTGGAAGAGTTACGTATGTGGTTGTCC 440
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTCTGCATCTTTCAAGAGGGGTGGAGAAACCAAGTGGAAGGGTTACGTATGTGGTTGTCC 419
Query 441 TTGAAGGTCTGAGCAGGTTTAATGTTCAGGAGCTTGGAAAGAGAGGACCATATTCGGTTG 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 420 TTGAAGGTCTGAGCAGGTTTAATGTTCAGGAGCTTGGAAAGAGAGGACCATATTCAGTTG 479
Query 501 CTCGGATTACATCGCTCGAGATGACAAAGGCAGAGTTGGAGCAAGTAAAACAAGATCCAG 560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 480 CTCGGATTACATCGCTCGAGATGACAAAGGCAGAGTTGGAGCAAGTGCAACAAGACCCAG 539
Query 561 ATTTTGTAGCACTGTCACGCCAGTTTAAAACCACAGCTATGGAGCTTGTCTCTGTGCTTG 620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATTTTGTAGCACTGTCACGCCAGTTTAAAACCACAGCTATGGAGCTTGTCTCTGTGCTTG 599
Query 621 AGCAGAAACAAAAAACTGGTGGAAGGACAAAAGTGCTTTTGGAGACAGTTCCTATCCATA 680
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGCAGAAACAAAAAACTGGTGGAAGGACAAAAGTTCTTTTGGAGACAGTTCCTATCCATA 659
Query 681 AACTAGCAGACATATTTGTTGCTAGCTTTGAGATGAGTTTTGAAGAGCAACTATCTATGC 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AACTAGCAGACATATTTGTTGCTAGCTTTGAGATGAGTTTTGAAGAGCAACTATCTATGC 719
Query 741 TGGATTCAGTTGACCTTAAAGTAAGACTTTCAAAGGCTACTGAACTAGTTGATCGGCATC 800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGGATTCAGTTGACCTTAAAGTAAGACTTTCAAAGGCTACTGAACTAGTTGATCGGCATT 779
Query 801 TGCAGTCAATTCGCGTGGCAGAGAAGATTACGCAGAAGGTGGAGGGCCAGTTGTCAAAGT 860
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGCAGTCAATTCGCGTGGCAGAGAAGATTACTCAGAAGGTGGAGGGCCAGTTGTCAAAGT 839
Query 861 CTCAGAAGGAGTATCTCTTGCGCCAGCAGATGAGAGCTATTAAAGAGGAGCTTGGTGACA 920
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CACAGAAGGAGTATCTCTTGCGCCAGCAGATGAGAGCTATTAAAGAGGAGCTTGGTGACA 899
Query 921 ACGATGATGATGAAGATGATGTAGCTGCACTTGAAAGAAAGATGCAAGCTGCGGGAATGC 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACGATGATGATGAAGATGATGTAGCTGCACTTGAAAGAAAGATGCAAGCTGCGGGAATGC 959
Query 981 CGTCAAACATATGGAAGCATGCTCAAAGGGAATTGAGGCGTCTAAAAAAGATGCAACCTC 1040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 960 CGTCAAACATATGGAAGCATGCTCAAAGGGAATTGAGGCGACTAAAAAAGATGCAACCTC 1019
Query 1041 AGCAACCTGGCTATAACAGTTCACGAGTTTACCTGGAGCTGTTGGCTGATCTTCCTTGGG 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AGCAACCTGGCTATAACAGTTCACGAGTTTACCTGGAGCTGTTGGCTGATCTTCCTTGGG 1079
Query 1101 ATAAGGCAAGCGAAGAACATGAGTTGGATCTAAAAGCAGCAAAAGAACGTCTTGACAGTG 1160
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGAAGGCAAGCGAAGAACATGAGTTGGATCTAAAAGCAGCAAAAGAACGTCTTGACAGTG 1139
Query 1161 ATCACTATGGTTTAGCCAAGGTCAAGCAACGGATCATTGAATATCTGGCTGTTCGAAAGC 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1140 ATCACTATGGTTTAGCCAAGGTCAAGCAACGGATCATTGAATATCTGGCTGTTAGAAAGC 1199
Query 1221 TTAAACCAGATGCGAGAGGCCCAGTATTGTGCTTTGTTGGTCCACCAGGTGTGGGCAAGA 1280
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1200 TTAAACCAGATGCGAGAGGCCCAGTATTGTGCTTCGTTGGTCCACCAGGTGTGGGAAAGA 1259
Query 1281 CGTCTTTGGCATCATCTATTGCAGCTGCATTAGGTAGAAAATTTGTTCGCTTATCTTTGG 1340
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CATCTTTGGCATCGTCTATTGCAGCTGCATTAGGTAGAAAATTTGTTCGCTTATCTTTGG 1319
Query 1341 GTGGTGTGAAAGATGAAGCTGACATTAGAGGACACAGAAGAACTTATATAGGAAGCATGC 1400
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTGGTGTGAAAGATGAAGCTGACATTAGAGGACACAGAAGGACTTATATAGGAAGCATGC 1379
Query 1401 CAGGGCGCCTCATTGATGGCCTAAAGAGGGTTGGTGTTTGCAATCCAGTTATGCTGTTGG 1460
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CAGGGCGCCTCATTGATGGGCTAAAGAGGGTCGGTGTTTGCAATCCAGTTATGCTGTTGG 1439
Query 1461 ATGAGATTGACAAAACAGGCTCAGACGTTCGGGGTGATCCAGCTTCTGCACTGCTCGAGG 1520
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1440 ATGAGATTGACAAAACAGGCTCGGATGTTCGGGGTGATCCAGCTTCTGCACTGCTGGAGG 1499
Query 1521 TTTTGGATCCAGAGCAGAACAAATCTTTTAATGATCACTATCTGAATGTTCCATATGACT 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TTTTGGATCCAGAGCAGAACAAATCTTTTAATGATCACTATCTGAATGTTCCATATGACT 1559
Query 1581 TATCAAAGGTGGTTTTTGTTGCCACTGCTAATAGGGTTCAACCTATTCCACCTCCTCTTC 1640
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TATCAAAGGTGGTTTTTGTTGCCACTGCAAATAGGGTTCAACCTATTCCACCTCCTCTTC 1619
Query 1641 TAGACAGGATGGAGCTAATTGAGTTGCCTGGTTATACGCAAGAGGAAAAACTTAAGATAG 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TAGACAGGATGGAGCTAATTGAGTTGCCTGGTTATACGCAAGAGGAAAAACTTAAGATAG 1679
Query 1701 CTATGCGCCATCTGATTCCTCGAGTTCTAGATCAGCATGGGCTTAGTTCCGAGTTCCTCA 1760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1680 CTATGCGCCATCTGATTCCTCGAGTTCTAGATCAGCATGGGCTTAGTTCTGAGTTCCTCA 1739
Query 1761 AGATTCCAGAGGCTATGGTAAAGAATATAATTCAGAGGTATACAAGGGAAGCCGGTGTTC 1820
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1740 AGATTCCAGAGGCTATGGTAAAGAATATAATTCAGAGGTACACAAGAGAAGCCGGTGTTC 1799
Query 1821 GTAGTCTAGAGAGGAACTTGGCTGCTTTAGCTCGTGCAGCTGCTGTGATGGTGGCAGAGC 1880
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1800 GTAGTCTAGAGAGAAACTTGGCTGCTTTAGCTCGTGCAGCTGCTGTGATGGTTGCAGAGC 1859
Query 1881 ATGAACAAAGTCTTCCGTTGAGCAAAGATGTGCAGAAACTTACATCTCCTCTGCTTAATG 1940
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ATGAACAAACTCTTCCGTTGAGCAAAGATGTGCAGAAACTTACATCTCCTCTGCTTAATG 1919
Query 1941 GTAGAATGGCCGAAGGAGGCGAAGTGGAAATGGAAGTTATTCCAATGGGTGTAAATGATC 2000
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GTAGAATGGCCGAGGGAGGCGAAGTGGAAATGGAAGTTATTCCAATGGGTGTAAATGATC 1979
Query 2001 ATGAGATTGGAGGCACCTTCCAGAGTCCCTCAGCTTTGGTGGTGGATGAGACCATGCTTG 2060
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1980 ATGAGATTGGAGGCACCTTCCAGAGCCCCTCAGCTTTGGTGGTTGATGAGACCATGCTTG 2039
Query 2061 AAAAAATCCTCGGGCCTCCAAGGTTTGATGACAGTGAAGCCGCTGATCGAGTGGCGTCAG 2120
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AAAAAATCCTTGGGCCTCCAAGGTTTGATGACAGTGAAGCCGCTGATCGAGTGGCGTCAG 2099
Query 2121 CTGGCGTTTCAGTGGGTCTCGTTTGGACTACTTTTGGTGGTGAAGTCCAGTTCGTGGAGG 2180
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTGGCGTTTCTGTAGGTCTCGTTTGGACTACTTTTGGTGGAGAAGTCCAGTTCGTGGAGG 2159
Query 2181 CTACATCTATGGTGGGCAAAGGCGAAATGCATTTGACGGGCCAACTCGGAGATGTTATCA 2240
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CTACATCTATGGTAGGCAAAGGCGAGATGCATTTGACGGGCCAACTCGGAGATGTTATCA 2219
Query 2241 AAGAATCTGCTCAATTAGCTCTTACATGGGTAAGAGCTCGTGCGTCGGATTTTAAGCTGG 2300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AAGAATCTGCTCAATTAGCTCTTACATGGGTAAGAGCTCGTGCGTCGGATTTTAAGCTGG 2279
Query 2301 CACTTGCAGGGGATATGAATGTTCTTGATGGACGAGACATCCACATTCACTTTCCTGCTG 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CACTTGCAGGGGATATGAATGTTCTTGATGGACGAGACATCCACATTCACTTTCCTGCTG 2339
Query 2361 GTGCAGTGCCGAAAGACGGGCCTTCTGCGGGAGTGACTTTGGTGACAGCTTTGGTTTCGT 2420
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2340 GTGCAGTGCCGAAAGACGGACCTTCTGCGGGAGTGACTTTGGTGACAGCTCTGGTTTCGT 2399
Query 2421 TGTTCAGTCAGAAACGAGTTAGAGCAGACACAGCCATGACCGGAGAGATGACACTCAGAG 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TGTTCAGTCAGAAACGAGTTAGAGCAGACACAGCCATGACCGGAGAGATGACACTCAGAG 2459
Query 2481 GTCTCGTTCTGCCTGTTGGTGGCATCAAAGATAAGATATTGGCTGCACACCGGTATGGTA 2540
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GTCTCGTTCTACCTGTTGGTGGCATCAAAGATAAGATATTGGCTGCACACCGGTATGGTA 2519
Query 2541 TCAAAAGAGTGATTCTACCGCAAAGGAACTCGAAAGACTTAGTTGAAGTACCCGCCGCTG 2600
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2520 TCAAAAGAGTGATTCTACCGCAGAGGAACTCGAAAGACTTAGTTGAAGTACCCGCTGCTG 2579
Query 2601 TACTTTCCAGTCTGGAGGTGATATTGGCAAAGAGAATGGAAGACGTCCTGGAAAATGCAT 2660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2580 TACTTTCCAGTCTGGAGGTGATATTGGCAAAGAGAATGGAAGACGTTCTGGAAAATGCAT 2639
Query 2661 TCGAAGGAGGTTGTCCATGGCGGAACAACTACTCTAAATTATGACAAATCCTTACTTCTT 2720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2640 TCGAAGGAGGTTGTCCATGGCGGAACAACTACTCTAAATTATGACATATCCATACTTCTT 2699
Query 2721 C-CGTCTTTAAGACCATATT 2739
| | |||||||||||| |||
Sbjct 2700 CTC-TCTTTAAGACCACATT 2718
Score = 117 bits (63), Expect = 5e-25
Identities = 100/116 (86%), Gaps = 9/116 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 2763 CATATGGTAAGGAATCAGAATCTTTGCATACCCttttttttC----TC-T--TCTC-CCC 2814
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | || |||
Sbjct 2715 CATTTGGTAAGGAATCAGAATCTTTGCATA-TCTTTTTTTTCTTTTTCTTAATTTCTCCC 2773
Query 2815 ACTCACCTTTCCTATATTGTATGTTTGTGTATGTAATGGGCTTAAATTTATCATCT 2870
|| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 ACCCTCCTCTCCCATATTGTATGTTTGTGTATGTAATGGGCTTAAATTTATCATCT 2829
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109776086090
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5