BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G47690.3
Length=5327
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494201 jgi|Araly1|494201|fgenesh2_kg.8__17__AT5G47690.1 8551 0.0
> Ahg494201 jgi|Araly1|494201|fgenesh2_kg.8__17__AT5G47690.1
Length=5265
Score = 8551 bits (4630), Expect = 0.0
Identities = 5085/5300 (96%), Gaps = 50/5300 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 AGAGAGAGCTCAGATCAGATGTGGctttcttcttcttctccttcttcttcCGCATAGTGA 77
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | ||||||| | |||||
Sbjct 1 AGAGAGAGCTCAGATCAGATGTGGCTTTCTTCTTC-T-T-C--C-TCTTCCGTAGAGTGA 54
Query 78 CTCTGAGAACCAGATTATTCAAGAAAATACCCTTTTTGTTTCCTTGTTCGTTTATT-GTG 136
||||||||| | | |||| | ||| |||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 55 CTCTGAGAA-C-----A-TCAA-ATTCCACCTTTTTTGTTTCCTTGTTCGTTTATTAG-G 105
Query 137 GCTCGTCTCTAACAGCTTCGGTTTAAGAGTTCTCTGTTTCACTCCCCATGGCTCAGAAGC 196
|||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 106 GCTCGTCTCTAACACCGTCGGTTTAAGAGTTGTCTGTTTCACTCGCCATGGCTCAGAAGC 165
Query 197 CGGAGGAACAGTTGAAAGAGCTGGGATCGAAGCTTGACCTAGCTCCTGTTTCTAAAGATT 256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 166 CGGAGGAACAGTTGAAAGAGCTGGGATCGAAGCTTGACCTAACTCCTGTTTCCAAAGATT 225
Query 257 CATTGCTCAAACTCTTAAAGGAAGCTGCTGTTTGTCTTTCTGAGTTGGAGCAGTCTCCAC 316
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 CGTTGCTCAAACTCTTAAAGGAAGCTGCTGTTTGTCTTTCTGAGTTGGAGCAGTCTCCAC 285
Query 317 CACCTGCAGTGCTCAAGTCCATTCAGCCTTTTCTTGATGCAGTTATTAAACCTGAAATTC 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 286 CACCTGCAGTGCTCAAGTCCATTCAGCCTTTTCTTGATGCAGTTATTAAACCTGAAATTC 345
Query 377 TCAACCATCAAGACAAGGATGTCAAGCTTCTTGTTGCAAGCTGCGTTTCTGAGATAACTC 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 346 TCAACCATCAAGACAAGGATGTCAAGCTTCTTGTTGCAAGCTGCGTTTCTGAGATAACTC 405
Query 437 GTATTACAGCACCTGAAGCGCCTTACAGTGATAATATTATGAAGGATATTTTTCAACTAA 496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 406 GTATTACAGCACCTGAAGCGCCTTACAGTGATAATATTATGAAGGATATTTTTCAACTGA 465
Query 497 TTGTGAGCGCTTTTGCTGGGTTGAATGATGTCAGTGGTCCATCATTTGGAAGGAGGGTTC 556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 TTGTGAGCGCTTTTGCTGGGTTGAATGATGTCAGTGGTCCATCATTTGGAAGGAGGGTTG 525
Query 557 TCATTTTAGAAACGGTTGCAAAGTACAGGTCATGTGTAGTGATGTTGGATCTTGAATGTG 616
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 TCATTTTAGAAACGGTTGCCAAGTACAGGTCATGTGTAGTGATGTTGGATCTTGAATGTG 585
Query 617 ATGATCTGGTGAAAGAAGTGTTTACTACATTTCTTGATGTTGCTAGAGATGACCATCCGG 676
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 ATGATCTGGTGAAAGAAGTATTTACTACATTTCTGGATGTTGCTAGAGATGACCATCCGG 645
Query 677 AGATTGTTTTCTCATCAATGCAAAATATAATGATTGTTCTTTTAGAAGAAAGCGAAGATG 736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 646 AGATTGTTTTCTCATCAATGCAAAATATAATGATTGTTCTTTTAGAAGAAAGTGAAGATG 705
Query 737 TGCAAGAGCACCTTTTACTAATTTTACTCTCTAAATTGGGCCGCAATAGAAGTGACGTTA 796
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 TGCAGGAGCATCTTTTACTAATTTTACTCTCTAAATTGGGCCGCAATAGAAGTGACGTTA 765
Query 797 GAGATGCTGCAAGAAGACTTGCTATGAAAGTCATAGAGCATTGTGCGCCCAAAGTTGAAT 856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 766 GAGATGCTGCAAGAAGACTTGCTATGAAAGTCATAGAGCAGTGTGCGCCCAAAGTTGAAT 825
Query 857 CTGACATAAAGCAGTTCCTTATCTCTTCAATGTCTGGAGATAGCCGATTTTCCAGCAGTC 916
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 CTGAAATAAAGCAGTTCCTTATCTCTTCAATGTCTGGAGATAGCCGATTTTCCAGCAGTC 885
Query 917 AAATTGACTACCATGAGGTTATCTATGATTTGTACCGCTGTGCTCCTCAGGCCCTATCTG 976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 AAATTGACTACCATGAGGTTATCTATGATTTGTACCGCTGTGCTCCTCAGGCCCTATCTG 945
Query 977 GAGTTGCACCATATCTCACTGGAGAGCTTTTGGCGGATAAACTGGAAACTCGTTTGAAAG 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GAGTTGCACCATATCTCACTGGAGAGCTTTTGGCGGATAAACTGGAAACTCGTTTGAAAG 1005
Query 1037 TGGTTGGATTGGTTGGAGAGTTGTTTTCCTTGCCTGGACGTGTCATCTCTGAAGAGTTCG 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TGGTTGGATTGGTTGGAGAGTTGTTTTCCTTGCCTGGACGTGTCATCTCTGAAGAGTTCG 1065
Query 1097 ATTCAAtttttttGGAGTTTCTGAAAAGGCTGACCGATAGGGTAGTTGAAGTTAGGATGG 1156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066 GTTCAATTTTTTTGGAGTTTCTGAAAAGGCTGACCGATAGGGTAGTTGAAGTTAGGATGG 1125
Query 1157 CCATCCTTGACCATATTAAGGACTGTTTGCTCTCAGATCCTTTGAGAGCTGAGGCTTCTC 1216
|||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1126 CCATCCTTGACCATATTAAGAACTGTTTGCTTTCGGATCCTTTGAGAGCTGAGGCTCCTC 1185
Query 1217 AAATTATATCTGCTCTCTGTGACCGGCTCTTGGATTATGATGAGAATATCCGCAAACAAG 1276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 AAATTATATCTGCTCTCTGTGACCGGCTCTTGGATTATGATGAGAATATCCGCAAACAAG 1245
Query 1277 TTGTTGCTGTTATTTGTGATGTGTCTGTGAGTGCATTGACGTCGATTCCAGTTGACACTA 1336
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 TTGTTGCTGTTATTTGTGATGTGGCTGTGAGTGCATTGACGTCGATTCCAGTTGACACTA 1305
Query 1337 TGAAGTTAGTTGCTGAACGGCTTCGTGACAAAGCTATACTCGTAAAAACATACACAATGG 1396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 TGAAGTTAGTTGCTGAACGGCTTCGTGACAAAGCTATACTCGTAAAAACATACACAATGG 1365
Query 1397 AAAGGTTGACTGAGTTGTTCCGGGTATATTGCTTACGGTGTGCTGATGGGAAGGTAGACA 1456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 AAAGGTTGACTGAGTTGTTCCGGGTATATTGCTTACGGTGTGCTGATGGGAAGGTAGACA 1425
Query 1457 CTGGCGATTTTAATTGGATTCCTGGAAAAATCTTGAGATGTCTTTATGACAAAGATTTCA 1516
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 CTGGCGATTTTGATTGGATTCCTGGAAAAATCTTGAGATGTCTTTATGACAAAGATTTCA 1485
Query 1517 GGTCAGATACAATTGAGTATATTCTATGCAGTTCACTGTTTCCTAGTGATTTCTCAGTAA 1576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1486 GGTCAGATACAATTGAGTATATTCTATGCAGTTCACTGTTTCCTAGTGATTTCTCTGTAA 1545
Query 1577 GAGATAAAGTTAAGCATTGGATACAAATCTTTTCCGGGTTTGACAAAGTGGAGACCAAAG 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GAGATAAAGTTAAGCATTGGATACAAATCTTTTCCGGGTTTGACAAAGTGGAGACCAAAG 1605
Query 1637 CTTTTGAGAAGATACTGGAGCAAAGACAAAGGATACAACAAGAAATGCAAAGATATTTGT 1696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 CTTTTGAGAAGATACTGGAGCAAAGACAAAGGATACAACAAGAAATGCAAAGATATTTGT 1665
Query 1697 CAATCAAGCAGACACAACAGACTGCTGATGCTCCTGAGATTCAGAAAAAGATCCTATTTG 1756
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 CAATCAAGCAGACGCAACAGAGTGCTGATGCTCCTGAGATTCAGAAAAAGATCCTATTTG 1725
Query 1757 GATTCAGAGTTATGTCACGTGCATTTTCTGACCCCCCAAAGACTGAGCAAAACTTTTTAA 1816
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 GATTCAGAGTTATGTCACGTGCATTTTCCGACCCCCCAAAGACTGAGCAAAACTTTTTAA 1785
Query 1817 TTCTTGATCAACTGAAAGATGCTAATATCTGGAAGATTTTGACTAATCTGCTTGATCCCA 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TTCTTGATCAACTGAAAGATGCTAATATCTGGAAGATTTTGACTAATCTGCTTGATCCCA 1845
Query 1877 ACACTAGCATAACGCAAGCATCCAGGATTCGGGATGATATGCTTAAAATACTCTCTGAGA 1936
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1846 ACACTAGCATAATGCAAGCGTCCAGGATTCGGGATGATATGCTCAAAATACTCTCTGAGA 1905
Query 1937 AGCATTCTCTCTATGATTTTCTCAGCACTCTCTCCATAAAGTGTTCTTATCTGCTATTCA 1996
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 AGCATTCTCTCTATGAATTTCTCAGCACTCTCTCCATAAAGTGTTCTTATCTGCTATTCA 1965
Query 1997 GTAAGGAGTATGTGAAAGAGATATTAGCGGAAGTATCTGTTAGAAAGTCTTCTAAAAATA 2056
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1966 GCAAGGAATATGTGAAAGAGATATTAGCGGAAGTATCTGCTAGAAAGTCGTCTAACAATA 2025
Query 2057 CATTGGGGATCCAACCTTGCATGGACTTCTTAGGGCTCCTGGCATGTTTCTGTCCATCAT 2116
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 TATTGGGGATCCAACCTTGCATGGACTTCTTAGCGCTCCTGGCATGTTTCTGTCCATCAT 2085
Query 2117 TGTTTGATGGCGCTGAAGAAGAACTGATAAGTTTCCTTAAAGATGACGATGAAATGATGA 2176
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |
Sbjct 2086 TGTTTGATGGTGCTGAAGAAGAACTGATAAGTTTCCTTAAAGAAGATGATGAAATGATAA 2145
Query 2177 AGGAGGGTACTCTAAAAATTCTGGCAAAAGCAGGTGGAACTATTCGGGAGAATCTCATTG 2236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2146 AGGAGGGTACTCTAAAAATTCTGGCAAAAGCAGGTGGTACCATTCGGGAGAATCTCATTG 2205
Query 2237 TTTTAGCAAGTTCTGTGGACCTTTTACTGGAGAGGATTTGTGTAGAAGGAAACCGCAAGC 2296
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2206 CTTTAGCGAGTTCTGTGGACCTTTTACTGGAGAGGATTTGTGTTGAAGGAAACCGCAAGC 2265
Query 2297 AGGCTAAGTATGCTGTGCATGCGCTAGCATCAATAACAAAGGATGATGGCCTGAAGTCGC 2356
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2266 AGGCTAAGTATGCTGTGCACGCACTAGCATCAATAACAAAGGATGATGGCCTGAAGTCCC 2325
Query 2357 TCTCTGTTCTATACAAGAGACTTGTGGACATGCTGGAGGACAAGAGATATCAGCCGGCTG 2416
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2326 TCTCTGTTCTATACAAGAGACTCGTGGACATGCTGGAGGACAAGAGACATCAGCCAGCTG 2385
Query 2417 TTCTTCAGTGTCTTGGATGCATAGCACAGATTGCGATGCCAGTCTATGAGACTAGAGAAA 2476
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 TTCTTCAGTGTCTTGGATGCATAGCGCAGATTGCGATGCCAGTCTATGAGACTAGAGAAA 2445
Query 2477 GCGAAGTAGTTGAGTTTATTAGAAGCAAAATCCT-AAAGCTCAAAAGTGAAACTGTGGAT 2535
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2446 GCGAAGTAGTTGAGTTTATTAGAAGCCAAATCCTCAAA-CTCAAAAGTGAAACTGTAGAT 2504
Query 2536 GACAAAAAATTGTCATGGGATGACAAAAGTGAAATTTGTCAACTGAAGATATATGGGATC 2595
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 GACAAAAAATTATCATGGGATGACAAAAGTGAAATTTGTCAACTGAAGATATATGGGATC 2564
Query 2596 AAGACGTTGGTTAAGAGCTATTTACCTTTTAAGGATGCTCAACTTCGTGCGGGTGTTGAT 2655
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2565 AAGACGTTGGTTAAGAGCTATTTGCCTTTTAAGGATGCTCAGCTTCGTGCGGGTGTTGAT 2624
Query 2656 GATCTTCTTGGAATACTAAAAAACATTCTTTCCTTTGGCGAAGTATCCGAAGATCTAGAA 2715
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2625 GATCTTCTTGGAATACTAAAAACCATTCTTTCCTTTGGCGAAGTATCTGAAGATCTAGAA 2684
Query 2716 TCAAGTTCTGTTGACAAGGCCCATTTGAGACTTGCTGCTGCAAAGGCTGTCCTCCGCCTT 2775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2685 TCAAGTTCTGTTGACAAGGCCCATTTGAGACTTGCTGCTGCAAAGGCAGTCCTCCGCCTT 2744
Query 2776 TCTAGACATTGGGATGATAAGATACCTATTGAGATCTTCCATTTAACTTTAAAAACCCCT 2835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 TCTAGACATTGGGATGATAAGATACCTATTGAGATCTTTCATTTAACTTTAAAAACCCCT 2804
Query 2836 GAGATACCATTTCCTACAGCTAAGAAAATATTCCTTGGGAAAGTTCACCAGTATGTAAAG 2895
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 GAGATACCATTTCCTACAGCTAAGAAAATATTCCTCGGGAAAGTTCACCAGTATGTAAAG 2864
Query 2896 GATCGGGTTTTGGAGATGAAGTATGCCTGTTCATTCCTATTTGATATCACTGGATCAAAT 2955
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 GATCGGGTTTTGGAGACAAAGTATGCCTGTTCATTCCTATTTGATATCACTGGATCAAAT 2924
Query 2956 GTTCTCGAATCAGAGGAGGATAAACACAACCTAGCTGATATCATACAGCATTCTTATCAA 3015
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2925 GTTCTCGCATCAGAGGAGGAGAAACACAACCTAGCTGATATCATACAGCATTCTTATCAA 2984
Query 3016 ACAAAAGTGCGGAAAATTTCGGCTCAGACTGATGCAAATTCAGTTACTCTCTACCCTCAT 3075
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 2985 ACGAAAGTGCGGAAAATTTCTGCTCAGACTGATGCAAATTCAGCGACTCTCTACGCTCAT 3044
Query 3076 CATATCCTCCCTTATCTGGTTCATGCACTTGCGCATCATTCTTGTCCTGATGTCGAGAAA 3135
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3045 CATATCCTTCCTTATCTGGTTCACGCACTTGCGCATCATTCTTGTCCTGACGTTGAGAAA 3104
Query 3136 TGCAAAGACGTGAAGGAATATGAAATGATATATCGCCAATTATACTTGATCATTTCTATG 3195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3105 TGCAAAGACGTGAAGGAATATGAAATGATATATCGCCAATTATACTTGATCATTTCTATG 3164
Query 3196 TTGCTCCATAAAGAGGAAGACGGGAAGACTGAAGATATTGATAAGGAAC-GTGAGTACGT 3254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 3165 TTGCTCCATAAAGAGGAAGACGGGAAGACTGAAGATATTGATAAGGAACAG-GAGTACGT 3223
Query 3255 TCCCACCATTATTCTTATCTTCCATAGTATAAAACAGTCAGAAGATGTCACTGATGCAAC 3314
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 TCCCACCATTGTTCTTATCTTCCATAGTATAAAACAGTCAGAAGATGTCACTGATGCAAC 3283
Query 3315 AAAGTCAAAGAACTCACATGCGATCTGTGAGCTTGGGCTGTCAATAATCAATCACTTAAC 3374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3284 AAAGTCAAAGAACTCACATGCGATCTGTGAGCTTGGGCTGTCAATAATCAATCGCTTAAC 3343
Query 3375 TCAGAAAGAGCCTGATCTACAAGGGGAAATCACACCTGTATCGCTGCCTCCGACGCTGTA 3434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 3344 TCAGAAAGAGCCTGATCTACAAGGGGAAATCACACCTGTATCGTTGCCTCCGACGCTTTA 3403
Query 3435 CAAACCTTCTGAAAAAGTTGAAGGAGACAAGTCTCAGGTAGGTGAAGAAAAATTGTGGCT 3494
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3404 CAAACCTTCTGAAAAAGTTGAAGGTGACAAGTCTCAGGTAGGTGAAGAGAAATTGTGGCT 3463
Query 3495 AGCTGATGAGACTGTCCTGTTACACTTCAGGGCTCTCAAGTTGGAGAGTCATGCTGATGC 3554
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 AGCTGATGAGACTGTCCTGGCACACTTCAGGGCTCTCAAGTTGGAGAGTCATGCTGATGC 3523
Query 3555 ATCTGTGATCCCCCAAACTTCAGAAAATGAGGTTATGATTGATGGGGAAAGTGATGGAAA 3614
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3524 ATCTGTGATCCCCCAAACTTCAGAATATGAGGTTATGATTGATGGGGAAAGTGATGGAAA 3583
Query 3615 TGAAATTCCTCTGGGTAAAATAGTAGAGCGTTTGAGAGCTCAGGGAACCAAGACTAGAAA 3674
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 TGAAATTCCTCTGGGTAAAATTGTAGAGCGTTTGAGAGCTCAGGGAACCAAGACTAGAAA 3643
Query 3675 GGGCAAAAAGAATAAATCTGTACCAGCTGAAGATGAGAATGGTAAAAATGATGTCGATGT 3734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 GGGCAAAAAGAATAAATCTGTACCAGCTGAAGATGAGAATGGTAAAAATGATGTCGATGT 3703
Query 3735 TTTGAAGATGGTGAGGGAGATAAATCTAGATCACTTACAAATGCTGGATAAATTCGAATC 3794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3704 TTTGAAGATGGTGAGGGAGATAAATCTAGATCACTTGCAAATGCTGGATAAATTCGAATC 3763
Query 3795 CAGTAATGGACACAAACATTCCCCTAGTGAGAGAGCAGAGATATGTCAAAGAGATCAGAA 3854
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3764 CAGTAATGGACACAAACATTCCCCTGGTGAGGGAGCAGAGATATGTCAAAAAGATCAGAA 3823
Query 3855 GGGTAACAAAAGGAATGTTGGTGATGCAACATCAGTAGTTTCAGTCCCTAAGCGCCGGAG 3914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3824 GGGTAACAAAAGGAATGTTGGTGATGCAACATCAGTAGTTTCAGTCCCTAAGCGCCGGAG 3883
Query 3915 ATCATCTTCTGGCCATAGTCCTTACAAGTTCTCAAACAGTGGTCCTAAAGTTCAACTGAA 3974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3884 ATCATCTTCTGGCCATAGTCCTTACAAGTTCTCAAACAGTGGTCCTAAAGTTCCTCTGAA 3943
Query 3975 AGCTTCTGAAGATGAGTTGCATCTAGAGAGTGACATGGACAAAAATGTCTCTTTGGACTC 4034
|| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3944 AGGTTCTGAAGATGAGTTGCATCAAGAGAGAGACATGGACAAAAATGTCTCTTCGGACTC 4003
Query 4035 GCACGATGAAAATTCTGACCAAGAGAAAATG-TTAGAAAGCATCTCTCCCCGGAAGAGAA 4093
|||||||||||||| ||||||| ||||| | |||| |||||| |||||||| |||||||
Sbjct 4004 ACACGATGAAAATTCAGACCAAGGGAAAA-GATTAGCAAGCATTTCTCCCCGAAAGAGAA 4062
Query 4094 AGAAAAGCTTATCATCAAAATTAAAGATTACAGAATCTGATTGGGCTCTCACCGATGTGG 4153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 4063 AGAAAAGCTTATCATCAAAATTAAAGATTACAGAATCTGATTGGGCTCTCACTGATCTGG 4122
Query 4154 AGAGGCAGAGTAGGTCAGCAGGAGGTGGTGATAGCAAATTAAAGTCTGCCTCTGGATCAA 4213
| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4123 ATAGG-AG--TAGGTCAGCAGGAAGTGGTGATAGCAAATTAAAGTCTGCCTCTGGATCAA 4179
Query 4214 TGAAAAAGCGAAAAAACGTGTCAGGACTGGCGAAGTGCTCTACAAAGGAAAATAAATTGG 4273
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4180 TGAAAAAGCGAAAAAACATGTCAGGACTGGCGAAGTGCTCTACAAACGAAAATAAATTGG 4239
Query 4274 TAAATGATGAACTGATCGGTTGCCGAATAGAAGTTTGGTGGCCTATGGATAAACGGTTTT 4333
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4240 TAAATGATGAACTGATCGGTTGCAGAATAGAAGTTTGGTGGCCTATGGATAAACGGTTTT 4299
Query 4334 ATGAAGGGACAGTGAAATCTTATGATTCCACAAAACAGAGACATGTGATACTTTATGAGG 4393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4300 ATGAAGGGACAGTGAAATCTTATGATTCCACAAAACAGAGACATGTGATACTTTACGAGG 4359
Query 4394 ATGGAGATGTTGAAGTACTTAACCTAAAGAAAGAACAGTGGGAGCTCATAGACACTGGTG 4453
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4360 ATGGAGATGTTGAAGTACTTAACCTAGAGAAAGAACGGTGGGAGCTCATAGACACCGGTG 4419
Query 4454 GAAAGACCGCAAAGAAGTCCAGAACATCAAAGGGAAATTCGAAGAAGAAAAGATCTTCTG 4513
||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||
Sbjct 4420 GAAAGCCCACAAAGAAGTCCCGAACATCAAAGGGAAGTTCTAATAAGAAAAGATCTTCTG 4479
Query 4514 GAAGTAAGCCTAAGAATCCGGATGGCGTACAGAGGGATGAAGACCCAGTTACTACTACGc 4573
|||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4480 AAAGTAAGCCTAAGAATTCGGTTGGCCCACAGAGGGGTGAAGACCCAGTTACTACTACGC 4539
Query 4574 caaaaggaaaaagaactccaaagaaaaacttaaaacagtt-acacccaaaagatacacca 4632
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 4540 CAAAAGGGAAAAGAACTCCAAAGAAAAACTTAAAACA-TACACACCCAAAAGGCACACCA 4598
Query 4633 aaa-agTCTTTCTTTAGAACATGAGAAAGTAGAGAGCAGAAACAAGAAAAGACGATCTTC 4691
||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4599 AAATA-TCTTTCTTTAGAACATGAGAAACTAGAGAGCAGAAACAAGAAAAGACGATCTTC 4657
Query 4692 TGCTTTGCCAATAGAGACAGAATATAGTGGGGAGGCTGGCGAAGAAAAATCAGAGTCTGA 4751
||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4658 TGCCATACCAA--G-GACAGAATATAGTGGGGAGGCTGGCGAAGAGAAATCAGAGTCTGA 4714
Query 4752 AGGAAAGTCGTTGAAAGAAGGTGAGGATGATGAGGAAGTTGTAAACAAGGAAGAAGATTT 4811
|||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4715 AGGAAAGTTGTGGAAAGAAGGCGAGGATGATGAGGAAGTTGTAAACAAGGAAGAAGATTT 4774
Query 4812 ACAGGAGGCAAAAACAGAGTCGAGTGGGGACGCTGAGGGGAAAGAAGCTGAACATGACGA 4871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4775 ACAGGAGGCAAAAACAGAGTCGAGTGGGGACGCTGAGGGGAAAGAAGCTGAACATGACAA 4834
Query 4872 CTCAGATACTGAAGGGAAACAAGAAAACAATGAAATGGAGAGAGAAGCTGAAGA-GA--- 4927
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 4835 CTCAGATACTGAAGGGAAACAAGAAAACAATGAGATGGAGACAGAAGCTGAAGACGATGC 4894
Query 4928 --A---TGCTGAGACTTCTGACAATGAGACTCTTGGAGCTTGGAAGAGTAAAGTGGGTAA 4982
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 4895 CGAGGATGCTGAGACTTCTGACAATGAGACTCTTGGAGCGTGGAAAAGTAAAGTGGGTAA 4954
Query 4983 GTCAATCTCGAGGACAGCAATATAGGTTTGCCGTATGCCGTAATGTAGAAGAAATTGCGG 5042
|||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4955 GTCAATCTCGAGGAAAACAATATAGGTTTGTCGTATGCCATAATGTAGAAGAAATTGCGG 5014
Query 5043 TGATTGTCCTCAAAAATTGGTGGTCTCTGGATTGCTGTGGTGTATATGTGGTAAAAATGT 5102
||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5015 TGATTGTCCCCAATTATTGGTGGTCTCTGGATTGATGTGGTGTATATGTGGTACAAATGT 5074
Query 5103 GAGACTTGTAGGGTTAGTGATACATACTTGTTCTAACCACCATGTTGGAAAGAATAATAG 5162
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5075 GAGATTTGTAGGGTTAGTGATACATACTTGTTCTAACCACCATGTTGGAAAGAATAATAG 5134
Query 5163 GCAGAAAGAAGCTCCTCCAGAAGCTTTTGTGGTCATGTATTGTAGCCTCtgtgtgtgttt 5222
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5135 GCAGAA-GAAGCTCCTCCAGAAGCTTATGTGGTCATGTATTGTAGCCTCTGTGTGTGTTT 5193
Query 5223 atttgtaggtttgttttacgttttttctttttCTGTAATATTTACAACTTATATTCCTTT 5282
|||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5194 ATTTGTAGGTTTGTTTTATGTTTT--CT------GTAATATTTACAACTTATATTCCTTA 5245
Query 5283 ACCCAAAGTACTATTCTCTT 5302
||||||||| ||||||||||
Sbjct 5246 ACCCAAAGTGCTATTCTCTT 5265
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 201705136900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5