BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G47720.2
Length=1511
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494196 jgi|Araly1|494196|fgenesh2_kg.8__12__AT5G47720.2 2525 0.0
> Ahg494196 jgi|Araly1|494196|fgenesh2_kg.8__12__AT5G47720.2
Length=1509
Score = 2525 bits (1367), Expect = 0.0
Identities = 1463/1510 (97%), Gaps = 4/1510 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTATATCCACCTTTTTC-TTTTTGGCTCAATTATGATCTCTCTCTTTCTCGTTTCCT 59
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTATATCCACCTTTTTCTTTTTTGGCTCAATTATGATCTTTCTCTTTCTCGTTTCCT 60
Query 60 CGTAATCTTAACACAAGCTTGATCGTCCTCATCTGCCACCAAACCAAAGACATAATTTCT 119
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTAATCTTAACACAAGCCTGATCGTCCTCATCAGCCACCAAACCAAAGACATAATTTCT 120
Query 120 TCGGTGACTTCCATGGCTCCGCCTGTCTCTGATGATTCCCTACAGCCTCGAGATGTTTGT 179
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCGGTGACTTCCATGGCTCCGCATGTCTCTGATGATTCCCTACAGCCTCGAGATGTTTGT 180
Query 180 GTTGTGGGAGTGGCGCGAACGCCTATAGGGGACTTCCTTGGCTCCCTCTCGTCTTTGACT 239
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTGTGGGAGTGGCGCGAACGCCTATGGGGGGCTTCCTTGGCTCCCTCTCGTCTTTGACT 240
Query 240 GCTACAAGACTTGGGTCCATAGCCATCCAAGCCGCACTTAAGAGAGCACATGTTGATCCG 299
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 GCCACAAGACTTGGGTCCATAGCCATTCAAGCCGCACTTAAGAGAGCACATGTTGAGCCG 300
Query 300 GCCCTTGTGGAAGAGGTCTTCTTTGGCAATGTCTTAACTGCCAATCTTGGGCAAGCACCA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCCCTTGTGGAAGAGGTCTTCTTTGGCAATGTCTTAACTGCCAATCTTGGGCAAGCACCA 360
Query 360 GCAAGACAGGCTGCACTTGGTGCTGGGATTCCCTATTCTGTGATCTGCACCACTATCAAC 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCAAGACAGGCTGCACTTGGTGCTGGGATTCCCTATTCTGTGATCTGCACCACTATCAAC 420
Query 420 AAAGTTTGTGCTGCAGGAATGAAATCTGTAATGCTAGCGTCTCAAAGTATCCAGCTCGGC 479
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAAGTCTGTGCTGCAGGAATGAAATCTGTAATGCTAGCGTCTCAAAGTATCCAGCTCGGC 480
Query 480 TTGAATGATATTGTTGTTGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCAAACGTACCTAAGTACCTC 539
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGAATGATGTTGTTGTTGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCAAACGTACCTAAGTACCTC 540
Query 540 CCGGACGCAAGAAGGGGTTCTCGATTAGGTCATGATACTGTTGTTGATGGTATGATGAAA 599
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCGGACGCAAGAAGGGGTTCTCGATTAGGCCATGATACTGTTGTTGATGGTATGATGAAA 600
Query 600 GATGGACTTTGGGATGTCTATAATGACTTTGGAATGGGAGTTTGTGGAGAAATATGCGCT 659
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTTTGGAATGGGAGTTTGTGGAGAAATATGCGCT 660
Query 660 GACCAGTACCGTATTACAAGAGAAGAACAGGATGCTTATGCTATCCAGAGCTTTGAGCGT 719
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GACCAGCACCATATTACAAGAGAAGAACAGGATGCTTATGCTATCCAGAGCTTTGAGCGT 720
Query 720 GGTATTGCTGCGCAAAACACTCAGTTGTTCGCTTGGGAAATTGTTCCGGTCGAAGTTTCC 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGTATTGCTGCGCAAAACACTCAGTTGTTCGCTTGGGAAATTGTTCCGGTCGAAGTTTCC 780
Query 780 ACTGGAAGAGGGAGGCCTTCAGTTGTTATTGACAAGGATGAAGGATTGGGGAAGTTTGAT 839
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 781 ACTGGAAGAGGAAGGCCTTCGGTAGTTATTGACAAGGATGAAGGACTGGGGAAGTTTGAT 840
Query 840 GCAGCCAAGTTAAAAAAGCTTAGACCAAGTTTCAAGGAGGATGGGGGATCAGTCACTGCT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAGCCAAGTTAAAAAAGCTTAGACCAAGTTTCAAGGAGGATGGGGGATCAGTCACTGCT 900
Query 900 GGAAATGCATCAAGCATAAGTGATGGTGCGGCAGCGTTAGTGCTAGTGAGTGGAGAGAAG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 901 GGAAATGCATCAAGCATAAGTGATGGTGCGGCAGCATTAGTGCTGGTGAGTGGAGAGAAG 960
Query 960 GCTCTTGAGCTTGGACTGCATGTTATCGCTAAGATTAGAGGATACGCTGATGCTGCTCAG 1019
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GCTCTTGAGCTTGGACTGCACGTCATCGCTAAGATTAGAGGATACGCTGATGCTGCTCAG 1020
Query 1020 GCACCAGAGTTATTCACAACCACGCCAGCTCTTGCTATTCCTAAAGCTATAAAGCGGGCT 1079
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GCACCAGAGTTGTTCACAACCACGCCAGCTCTTGCTATTCCTAAAGCTATAAAGCGGGCT 1080
Query 1080 GGTTTGGATGCATCTCAAGTGGATTATTATGAAATAAACGAAGCATTTTCTGTGGTAGCT 1139
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1081 GGTTTGGATGCATCACAAGTGGATTACTATGAAATAAACGAAGCCTTTTCTGTTGTAGCT 1140
Query 1140 CTAGCCAATCAGAAACTACTGGGATTAGATCCTGAACGGCTCAATGCGCATGGAGGGGCT 1199
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTGGCCAATCAGAAACTGCTGGGATTAGATCCTGAACGGCTGAATGCGCATGGAGGGGCA 1200
Query 1200 GTTTCACTGGGACATCCATTGGGCTGTAGCGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTATTGGGG 1259
||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GTTTCACTGGGACATCCATTGGGATGCAGCGGCGCTCGTATCTTGGTCACATTATTGGGG 1260
Query 1260 GTGTTGAGAGCAAAGAAGGGAAAGTATGGAGTGGCATCAATATGCAACGGAGGAGGAGGA 1319
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTGTTGAGAGCAAAAAAGGGAAAGTATGGAGTGGCATCAATATGCAACGGAGGAGGAGGA 1320
Query 1320 GCATCAGCACTTGTCCTTGAGTTCATGTCGGAGAAGACAATCGGATATTCGGCACTCTGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GCATCAGCACTTGTCCTTGAGTTCATGTCGGAGAAGACAATCGGATATTCGGCACTCTGA 1380
Query 1380 AGCTAAGAGCTGTTGTTTTATAACGCAAAGCTTATGTATATGGTTCATGTGTGTGTCACA 1439
||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||
Sbjct 1381 AGCCAAGAGATGTTGTTTTATAACGCAAAGCGTATGTATATGGTTAA-GTATGTGTCACA 1439
Query 1440 AGACTGT--AACTTTGTACTTGAGAGAGATGCAATAAAAGTGTGTTAGAAAATGAGCGGT 1497
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1440 AGACTGTTTAACTTTGTACTTGAGAGAGATGCAATAAAAGTGTGTTAGAAAATGAGAGGT 1499
Query 1498 AGATTTCCCA 1507
||||||||||
Sbjct 1500 AGATTTCCCA 1509
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 56564013825
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5