BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48030.1
Length=1807
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494855 jgi|Araly1|494855|fgenesh2_kg.8__671__AT5G48030.1 2780 0.0
> Ahg494855 jgi|Araly1|494855|fgenesh2_kg.8__671__AT5G48030.1
Length=1760
Score = 2780 bits (1505), Expect = 0.0
Identities = 1686/1769 (95%), Gaps = 29/1769 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TCTTCTACACAGTTCTGAAGCAACAAAACAGGGTTTTGGCTAGGGTTTTAACTTTGGCTG 61
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCTACACAGTTCTGCAGCAACAAAACAGGGTTTTTGCTAGGGTTTTAACTTTGGCTG 60
Query 62 CTCTGTCTCAATCCCTCGAGACTTAAACCCACTTAGTACAATCTCCATAT-AATTTGAGT 120
||||||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||
Sbjct 61 CTCTGTCTCAATCTCTGGAGACTTAAACCCACTTACTA-AATCTCCAT-TGAATTTGGGT 118
Query 121 AGAACCTAAAAGATCGAAGCTTG----A-----G-G--AAAATGGTCCCTTCCAATGGCG 168
|||| || ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 AGAAGCTTAAAGATCGAAGCTTGAAAAAGCCTCGAGTAAAAATGGTCCCTTCCAATGGCG 178
Query 169 CAAAGGTTCTTCGCTTGTTGAGTCGTCGATGTCTCTCTTCATCGCTTATTCAAGATTTAG 228
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 179 CAAAGGTTCTTCGCTTGTTGACTCGTCGATGTCTCTCTTCATCGCTTCTTCAAGATTTAG 238
Query 229 CCAATCAGAAACTGAGAGGAGTATGTATTGGGAGTTATAGGAGATTGAATACGA-GTGTT 287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 239 GCAATCAGAAACTGAGAGGAGTATGTATTGGGAGTTATAGGAGATTGAATAC-AGGTGTT 297
Query 288 GGCAATCATGCTAACGTGATTGGAGATTACGCTTCAAAATCTGGACATGATCGGAAATGG 347
||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGCAATCATGCCAAGGTTCTTGGAGATTACGCTTCAAAATCTGGACATGATCGGAAATGG 357
Query 348 ATCAACTTTGGAGGTTTTAATACTAATTTTGGTTCTACAAGGTCTTTTCATGGAACAGGT 407
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 358 ATCAACTTTGGAGCTTTTAATACTAATTTTGGTTCAACAAGGTCATTTCATGGAACAGGT 417
Query 408 TCTTCGTTTATGTCTGCTAAGGACTACTATAGTGTTCTTGGAGTGAGTAAGAATGCTCAA 467
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 418 TCGTCGTTTATGTCTGCTAAGGACTACTATAGTATTCTTGGAGTGAGTAAGAATGCACCA 477
Query 468 GAAGGTGAAATCAAGAAGGCTTATTATGGGCTTGCTAAGAAACTCCATCCTGATATGAAT 527
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GAAGGTGAAATCAAGAAGGCTTATTATGGGCTAGCTAAGAAACTCCATCCTGATATGAAT 537
Query 528 AAAGATGATCCAGAAGCTGAGACGAAGTTCCAGGAAGTCTCAAAAGCATATGAAATTTTG 587
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AAAGATGACCCAGAAGCTGAGAAGAAGTTCCAGGAGGTCTCAAAAGCATATGAAATTTTG 597
Query 588 AAAGATAAGGAGAAGCGTGACCTTTATGACCAGGTTGGTCATGAAGCATTTGAGCAAAAT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AAAGATAAGGAGAAGCGTGACCTTTATGACCAGGTTGGTCATGAAGCATTTGAGCAAAAT 657
Query 648 GCTAGTGGTGGATTTCCAAATGATCAAGGCTTCggtggtggtggtggtggtgggtTTAAC 707
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GCTAGTGGTGGGTTTCCAAATGATCAAGGCTTC---GGTGGTGGTGGTGGTGGGTTTAAC 714
Query 708 CCATTTGATATCTTTGGGAGCTTCAATGGCGATATTTTTAACATGTACCGGCAAGATATT 767
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CCATTTGATATCTTTGGGAGCTTCAATGGCGATATTTTCAACATGTACCGGCAAGATATT 774
Query 768 GGAGGTCAAGATGTCAAGGTTTTGCTTGATCTTTCTTTCATGGAAGCTGTTCAAGGATGC 827
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GGAGGTCAAGATGTCAAGGTTATGCTTGATCTTTCTTTCATGGAAGCTGTTCAAGGATGC 834
Query 828 TCCAAAACTGTGACTTTTCAAACCGAGATGGCTTGTAATACTTGTGGTGGACAAGGTGTT 887
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 835 TCCAAAACTGTGACTTTTCAAACCGAGGTGGCTTGTAATACTTGTGGTGGACATGGTGTT 894
Query 888 CCTCCTGGTACCAAACGAGAGAAATGCAAAGCCTGTAATGGCTCTGGGATGACCTCACTG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 895 CCTCCTGGTACCAAACGAGAGAAATGCAAAGCCTGTAATGGCTCTGGGATGACATCAATG 954
Query 948 AGGAGGGGTATGTTAAGCATCCAAACAACTTGCCAGAAGTGTGGTGGAGCTGGTCAAACG 1007
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 AGAAGGGGTATGTTAAGCATCCAAACGACTTGCCAGAAGTGTGGTGGAGCTGGTCAAACG 1014
Query 1008 TTCTCAAGTATTTGCAAATCCTGTAGAGGGGCTAGAGTGGTTCGAGGACAGAAGTCAGTG 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TTCTCAAGTATTTGCAAATCCTGTAGAGGGGCTAGAGTTGTTCGAGGACAGAAGTCAGTG 1074
Query 1068 AAAGTCACTATTGATCCAGGGGTTGACAATAGTGATACATTAAAGGTGGCAAGGGTGGGT 1127
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 AAAGTCAATATCGATCCAGGGGTTGACAATAGTGATATATTAAAGGTGGCAAGGGTGGGT 1134
Query 1128 GGGGCTGATCCTGAAGGTGACCAGCCTGGAGATCTTTATGTTACTCTCAAGGTTCGTGAA 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GGGGCTGATCCTGAAGGTGACCAGCCTGGAGATCTTTATGTTACTCTCAAGGTTCGTGAA 1194
Query 1188 GATCCTGTGTTCCGCAGAGAAGGATCGGATATTCATGTGGACGCGGTTCTCAGTGTTACC 1247
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GATCCTGTGTTCCGCAGAGAAGGATCAGATATTCATGTGGATGCGGTTCTCAGTGTTACC 1254
Query 1248 CAGGCCATTCTTGGAGGAACCATTCAAGTTCCAACCCTCACTGGTGATGTTGTCGTGAAG 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1255 CAGGCCATTCTTGGAGGAACCATTCAAGTTCCAACCCTCACCGGTGATGTTGTCGTGAAG 1314
Query 1308 GTCCGTCCTGGAACCCAACCTGGTCACAAAGTAGTGCTAAGAAATAAAGGAATTAGAGCA 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1315 GTCCGTCCTGGAACCCAACCTGGTCACAAAGTAGTGCTAAGAAATAAAGGTATTAGAGCA 1374
Query 1368 AGAAAGTCGACTAAATTTGGGGATCAGTATGTGCATTTCAACGTCAGCATCCCTGCAAAT 1427
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AGAAAGTCGACTAGATTTGGGGATCAATATGTGCATTTCAACGTCAGCATCCCTGCAAAT 1434
Query 1428 ATAACGCAGAGACAGCGTGAACTGCTTGAGGAATTTAGTAAAGCAGAACAAGGTGAATAC 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 ATAACGCAGAGACAGCGTGAACTGCTTGAGGAATTTAGTAAAGCAGAACAAGGTGAATAC 1494
Query 1488 GAGCAGCGCACAGCAACTGGATCTTCCCAGTGAAAAATGCAAATGCTGCTATAAGCCTAA 1547
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1495 GAGCAGCGCACAGCATCTGGATCTTCCCAGTGAAAACTGCAAATGCTTCTATAAGCTTAA 1554
Query 1548 AAAGCTATTGTTGTGGCTGTATCAATGGATATATAATCAATCAGACAATGATTGAGATTA 1607
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AATGCTATTGTTGTGGCTGTATCAATGGATATATA-TCAATCAGACAATGATTGAGATTA 1613
Query 1608 TATTGCGTAGGATTAGTGGAGAGTATTGTCTGGGTTTTACTTTTAACTAATTCTACAATG 1667
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 TATTGCGTAGGATTAGTG-AGAGTATTGTCTGGGTTTTACTTTTAACTAATTCTACAATG 1672
Query 1668 CTACAA-GATAAAAAGAAGGAAAAGC-----CTGTGCTGTTATTGCCTTCTCAAAGTTAT 1721
||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1673 CTAGAAAGATAAAAAGAAGGCAAAGCATGTGCTGTGCTGTTATTGCCTTCTGAAAGTTAT 1732
Query 1722 AGAACTTTTGATACGGTTCATTCtttttt 1750
||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1733 AGAACTTATGATACGGTTCATT-TTTTTT 1760
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67838726345
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5