BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48120.1
Length=3793
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg331225 jgi|Araly1|331225|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000568 5221 0.0
> Ahg331225 jgi|Araly1|331225|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000568
Length=3384
Score = 5221 bits (2827), Expect = 0.0
Identities = 3197/3378 (95%), Gaps = 15/3378 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 ATGGTAGAACCGAATCAGCTCGTTCAACATCTCGAAACTTTTGTTGACACTAATCGTTCC 143
||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1 ATGGTAGAACCAAATCAGCTCACTCAATATCTCGAAACTTTTGTTGACATTACTCGTTCC 60
Query 144 TCTTCTCAACAGGATGATAGTCTTAAAGCAATTGCTTCTTCTTTGGAGAATGATTCTTTA 203
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCAACTCAACAGGATGATAGTCTTAAAGCGATTGCTTCTTCTTTGGAGAATGATTCTTTG 120
Query 204 TCTATTACCCAATTGGTTAGAGAGATGGAGATGTATTTGACAACAACCGATAACCTCGTT 263
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||
Sbjct 121 TCTATTAACCAATTGGTTAGAGAGATGGAGATGTATTTGACGACAACTGATAACGTTGTT 180
Query 264 CGAGCACGAGGTATTCTCCTGCTTGCGGAGATTCTCGATTGTTTGAAAGCAAAGCCGTTG 323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGAGCACGAGGTATTCTCCTGCTTGCGGAGATTCTCGATTGTTTGAAAGCAAAGCCGTTG 240
Query 324 AACGATACAATAGTTCATACGCTCGTTGGATTCTTTTCCGAAAAGCTGGCAGATTGGAGA 383
||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACGATACAATTGTGCATACTCTCGTTGGATTCTTTACCGAAAAGCTGGCAGATTGGAGA 300
Query 384 GCGATGTGCGGGGCGCTTGTTGGTTGTTTGGCTCTACTGAAGAGGAAAGATGTAGCTGGT 443
||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCGGTGCGTGGGGCACTTGTTGGTTGTTTGGCTCTAATGAAGAGGAAAGATGTAGCTGGT 360
Query 444 GTGGTTACTGATATCGATGTACAAGCTATGGCGAAGTCAATGATACAGAATGTGCAAGTG 503
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTGTTACTGATATCGATGCACAAGCTATGGCGAAGTCAATGATACAGAATGTGCAAGTG 420
Query 504 CAAGCTTTAGCACTGCATGAGCGCAAACTCGCTTTTGAACTTCTGGAGTGCCTTTTACAA 563
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 CAAGCTTTAGCACTGCATGAGCGCAAGCTCGGTTTTGAACTTCTGGAATGCCTTTTACAA 480
Query 564 CAACATTCTGAAGCTATTTTGACTATGGGTGATCTACTTGTTTATGCTATGTGTGAAGCC 623
||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 CAACACTCTGAAGCTATTGTGACTATGGGCAATCTACTTGTTTATGCTACATGTGAAGCC 540
Query 624 ATCGACGGAGAAAAAGATCCTCAATGCTTAATGATAGTTTTTCATCTAGTAGAGCTTTTG 683
||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 541 ATCGATGGAGAAAAAGACCCTCAATGTTTAATGATAGTTTTTCATCTAATAGAGCTTTTG 600
Query 684 GCTCCTTTGTTCCCCAGTCCTTCTGGTCCACTCGCTTCTGATGCATCTGATCTTTTTGAA 743
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTCAATTGTTCCCCAGTCCTTCTGGTCCACTCGCTTCTGATGCATCTGATCTTTTTGAA 660
Query 744 GTTATTGGTTGCTACTTCCCACTTCATTTTACGCATACAAAAGATGACGAAGCTAATATT 803
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 661 GTTATTGGTTGCTACTTCCCTCTTCATTTTACGCATACAAAAGATGATGAAGCTAATATT 720
Query 804 AGAAGAGAGGATCTCTCAAGGGGACTACTGCTGGCGATCTCTTCGACACCTTTCTTTGAA 863
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 721 AGAAGAGAGGACCTCTCAAGGGGACTATTGCTGGCGATCTCTTCAACACCTTTTTTTGAA 780
Query 864 CCGTATGCTATTCCGTTGCTTCTTGAAAAGCTTTCTTCTTCTCTACCAGTCGCAAAGGTT 923
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CCGTATGCTATTCCTTTGCTTCTTGAAAAGCTTTCTTCTTCTCTACCAGTCGCAAAGGTT 840
Query 924 GATTCTTTGAAATGTCTGAAAGATTGCGCTTTGAAATATGGAGTAGACAGAATGAAGAAG 983
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GATTCTTTGAAATGTTTGAAAGATTGCGCTATGAAATATGGAGTAGACAGAATGAAGAAG 900
Query 984 CACTATGGAGCTCTTTGGTCTGCTTTGAAAGATACATTTTATTCCTCTACTGGGACACAT 1043
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 901 CACTATGGAGGTCTTTGGTCTGCTTTGAAAGATACATTTTATTCTTCCACTGGGACACAT 960
Query 1044 TTGTCATTTGCTATAGAATCCCTCACTAGTCCAGGGTTTGAAATGAATGAGATCCACAGA 1103
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTGTCATTTGCTCCAGAATCCCTCAGTAGTCCAGGGTTTGAAATGAATGAGATCCACAGA 1020
Query 1104 GATGCTGTTAGTCTTCTTCAGAGGCTTGTTAAGCAAGATATCTCGTTTTTAGGTTTTGTA 1163
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1021 GAAGCTGTTAGTCTTCTTCAGATGCTTGTTAAGCAAGATATATCGTTTTTAGGTTTTGTT 1080
Query 1164 GTTGATGATACACGCATAAACACAGTCTTTGATACCATCTATAGATACCCTCAGTATAAA 1223
|||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1081 GTTGATGATATAGGCATAAACATGGTCTTTGATACCATCTCTAGATACTCTCAGTATAAA 1140
Query 1224 GAAATGCCTGACCCAAGCAAACTGGAGGTTCTTGTTATCAGTCAGATACTGTCTGTTTCT 1283
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GAAATGCCTGACACAAGCAAACTGGAGGTTCTTGTTATCAGTCAGATACTGTCTGTTTCT 1200
Query 1284 GCCAAAGCTTCGGTTCAGTCATGCAATATAATCTTTGAAGCCATATTT-TTCCGCCTTAT 1342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1201 GCCAAAGCTTCGGTTCAGTCATGCAATATAATCTTTCAAGCCAT-TTTCTTCCGCCTTAT 1259
Query 1343 GAATACTCTAGGGATTGTAGAGAAAACTTCTACTGGCGATGTTGTTCAAAACGGAAACTC 1402
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GAATACTCTAGGGATTGTAGAGAAAACTTCTATTGGCGATGTTGTTCAAAACGGAAACTC 1319
Query 1403 TACAGTCTCTACCAGACTCTACCATGGAGGTCTTCATCTATGCATTGAACTTCTTGCAGC 1462
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TACGGTCTCTACCAGACTCTACCATGGAGGTCTTCATCTTTGCATTGAACTTCTTGCAGC 1379
Query 1463 ATCAAAAGATCTTATTCTGGGTTTCGAGGAATGTTCTCCAACATCTGGATGTGCA-A--A 1519
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| | |
Sbjct 1380 ATCAAAAGATCTTATCCTGGGTTTCGAGGAATCTTCTCCAACACCTGGATATGCACAGGA 1439
Query 1520 CTCAGGGTGCTCTATGGTGAAAAGCTTCTCAGTTCCATTGATCCAGGTGTTCACTTCTGC 1579
||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1440 ATCATGGTGGTCTATGGTGAAAAGCATCTCAGTTCCATTGATCCAGGTGTTCACATCTGC 1499
Query 1580 AGTA-TGCCGCTCGAATGATGATTCTGTTGTGGATGTATATCTTGGAGTTAAGGGTTTGC 1638
|||| | | |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1500 AGTACT-CAGCTCTAATGATGATTCTGTTACGGATGTATATTTTGGAGTAAAGGGTTTGC 1558
Query 1639 TGACTATGGGTATGTTTCGGGGCGGCTCTTCTCCTGTATCGAGAACCGAATTCGAGAATA 1698
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1559 TGACTATGGGTATGTTTTGGGGCGGCTCTTCTCCTATATCGAGATCCGAATTCGAGAAGA 1618
Query 1699 TTTTGGTGACATTAACATCAATCATTACAGCCAAGAGTGGCAAAACAGTGGTGTGGGAAT 1758
||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTTTGATGACCTTAACATCAATCATCACAGCCAAGAGTGGCAAAACAGTGGTGTGGGAAT 1678
Query 1759 TGGCATTGAAGGCACTGGTCTGTATCGGCTCATTTATTGATCGGTATCATGAGAGTGACA 1818
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TGGCATTGAAAGCACTGGTCTGCATCGGCTCATTTATTGATCGGTATCATGAGAGTGACA 1738
Query 1819 AGGCTATGAGCTACATGAGTATAGTTGTCGACAATTTGGTCTCATTGGCCTGTTCTAGTC 1878
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGGCTATGAGCTACATGAGTATAGTTATCGACAATTTGGTCTCATTGGCCTGTTCTAGTC 1798
Query 1879 ATTGTGGTCTTCCATATCAGATGATATTAGAAGCAACTTCAGAAGTTTGCTCCACTGGAC 1938
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1799 ATTGTGGTCTTTCATATCAGATGATATTAGAAGCAACTTCAGAAGTTTGCTCCACAGGGC 1858
Query 1939 CAAAGTATGTGGAGAAAATGGTTCAAGGATTGGAAGAAGCTTTTTGTTCCAGTTTGTCTG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CAAAGTATGTGGAGAAAATGGTTCAAGGATTGGAAGAAGCTTTTTGTTCCAGTTTGTCTG 1918
Query 1999 ATTTCTATGTCAATGGAAACTTCGAGTCAATTGACAATTGCTCTCAGCTCCTGA-AGTGT 2057
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1919 ATTTCTGTGTCAATGGAAACTTCAAGTCAATTGACAATTGCTCTCAGCTCCT-AGGGTGT 1977
Query 2058 TTGACCAACAAATTGCTTCCACGTGTGGCTGAGATAGATGGTCTCGAGCAACTCTTGGTG 2117
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1978 TTGACCAACAAATTGCTTCCAAGTGTGGCTGAGATAGATGGTCTCGAGAAACTCTTGGTG 2037
Query 2118 CATTTCGCTATCAGTATGTGGAAACAAATTGAATTTTGTGGAGTTTTCAGTTGTGATTTT 2177
||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 CATTTCGCTATCAGTATGTGGAATCAAATTGAAACCTCTGGAGTTTTCAGTTGTGATTTT 2097
Query 2178 AATGGTAGGGAGTTTGTTGAGGCAGCGATGACAACGATGAGGCAAGTTGTAGGAATTGCT 2237
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AATGGAAGAGAGTTTGTTGAGGCAGCGATGACAACGATGAGGCAAGTTGTAGGAATTGCT 2157
Query 2238 TTGGTAGATTCACAGAACAGTATAATCCAAAAAGCTTATAGTGTGGTATCATCTTGTACG 2297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2158 TTGGTAGATTCACAGAACAGTATAATCCAAAAAGCTTATAGTGTGGTATCATCAAGCACG 2217
Query 2298 CTTCCAGCTATGGAGTCTATTCCTTTGACCTTTGTTGCATTAGAGGGTCTACAGCGTGA- 2356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 CTTCCAGCTATGGAGTCTATTCCTTTGACCTTTGTTGCATTAGAGGGTCTACAGCGTGAC 2277
Query 2357 CTTGTCCTCTAGGGATGAATTGATACTTTCACTATTTGCATCAGTTATCATAGCTGCGTC 2416
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2278 CTT-TCCTCTAGGGATGAATTGATACTTTCACTATTTGCATCAGTTATCGTAGCTGCGT- 2335
Query 2417 CCCCT-CAGCATCCATTCCAGATGCGAAATCACTTATACATCTGCTTTTGGTAACACTTC 2475
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2336 CCCCTGCAGCATCCATTCCAGATGCGAAATCACTTGTACATCTGCTTTTGGTATCACTTC 2395
Query 2476 TTAAGGGTTATATCCCAGCAGCTCAAGCTTTGGGTTCAATGGTTAACAAATTGGGCTCGG 2535
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2396 TTAAGGGTTATATCCCAGCTGCTCAAGCTTTGGGTTCAATGGTTAACAAATTGGGATCGG 2455
Query 2536 GTTCTGGTGGAACAAATACCTCAAGGGATTGTTCCTTGGAAGAAGCATGTGCTATAATAT 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GTTCTGGTGGAACAAATACCTCAAGGGATTGTTCCTTGGAAGAAGCATGTGCTATAATAT 2515
Query 2596 TTCACGCAGATTTTGCATCGGGAAAAAAGATTTCTTCTAATGGATCTGCTAAAATTATAG 2655
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |
Sbjct 2516 TTCACGCAGATTTTGCATCGGGAAAAAAGATTTCTTCTAATGAATCTACTAAAATTAT-G 2574
Query 2656 TT-GGAAGTGAGACAACCATGTCAAAGATATGTTTAGGTTACTGTGGTTCTCTGGACCTT 2714
|| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2575 TTTGGAAGTGAGACAACCTTGTCAAATATATGTTTAGGCTACTGTGGTTCCCTGGACCTT 2634
Query 2715 CAAACCCGTGCAATCACAGGACTAGCATGGATTGGGAAAGGTTTACTCATGCGGGGCAAT 2774
||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2635 CAAACCCGTACAATAACAGGACTAGCATGGATTGGGAAAGGTTTACTCATGCGGGGTTAT 2694
Query 2775 GAAAGAGTTAATGAAATAGCTCTGGTGCTAGTAGAGTGTTTAAAATCCAATAACTGTTCT 2834
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2695 GAAAGAGTTAATGAAATAGCACTGGTACTAGTGGAGTGCTTAAAATCCACTAACTGTTCT 2754
Query 2835 GGGCATGCGCTGCATCCTTCTGCCATGAAACATGCAGCAGATGCATTCTCTATAATAATG 2894
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2755 GGGCATGCTCTGCATCCTTCTGCCATGAAACATGCAGCAGATGCATTCTCCACGCTAATG 2814
Query 2895 TCTGATTCGGAAGTGTGTCTGAACAGAAAATTCCATGCAGTTATACGACCACTCTATAAA 2954
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 TCTGATTCGGAAGTGTGTCTGAACAGAAAATTTCATGCAGTTATACGACCACTCTATAAG 2874
Query 2955 CAGCGGTGTTTCTCTACGATAGTTCCCATTTTGGAGTCTTTGATTATGAATTCCCAGACT 3014
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 CAGCGGTTTTTCTCGGCGATAGTTCCCATTTTGGAGTCTTTGATTATGAATTCCCAGACT 2934
Query 3015 TCACTATCGAGAACAATGTTGCATGTAGCTCTCGCTCATGTTATATCCAATGTTCCGGTA 3074
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2935 CCACTATCGAGAACAATGTTATATGTAGCTCTCGCTCATGTTATATCCAATGTTCCAGTA 2994
Query 3075 ACAGTCATATTGGACAATACCAAAAAGCTACAACCGTTGATACTGGAAGGCTTGTCTGTC 3134
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 ACGGTCATATTGGACAATACCAAAAAGCTACAACCGTTGATACTGGAAGGCTTGTCTGTC 3054
Query 3135 TTAAGCTTGGACTCTGTGGAGAAAGAAACTCTTTTCAGTCTATTACTGGTTTTATCTGGA 3194
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3055 TTAAGCTTAGACTCTGTGGAGAAAGAAACTGTTTTTAGTCTATTACTGGTTTTATCTGGA 3114
Query 3195 ACGCTTACTGATACTAAGGGACAACAATCTGCCAGTGATAATGCACATATAATCATCGAA 3254
||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 ACGCTTACTGATACTAAAGGACAACAATCTACCGGTGATAATGCACATATAATCATCGAA 3174
Query 3255 TGCCTGATCAAGCTTACATCATATCCGCATCTAATGGTTGTTAGAGAAACATCAATTCAG 3314
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 3175 TGCCTGATCAGGCTTACTTCATATCCGCATCTAATGGTTGTTAGAGAAACAGCGATTCAG 3234
Query 3315 TGTCTTGTTGCGTTGTTGGAATTGCCGCATAGAAGGATTTATCCTTTCAGAAGAGAGGTT 3374
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3235 TGTCTTGTTGCGCTGTTGGAATTGCCGCATAGAAGGATTTATCCTTTCAGAAGAGAGGTT 3294
Query 3375 TTACAAGCAATAGAAAAGTCACTCGATGATCCGAAACGGAAAGTTCGAGAAGAAGCTATT 3434
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||
Sbjct 3295 TTACAAGCGATAGAAAAGTCACTCGATGATCCGAAACGGAGAGTTCGGGAAGAAGCGATT 3354
Query 3435 AGGTGCAGACAGGCTTGG 3452
|| |||||||||||||||
Sbjct 3355 AGATGCAGACAGGCTTGG 3372
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143324819918
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5