BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48150.1
Length=1896
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949213 jgi|Araly1|949213|scaffold_801100.1 2346 0.0
> Ahg949213 jgi|Araly1|949213|scaffold_801100.1
Length=1513
Score = 2346 bits (1270), Expect = 0.0
Identities = 1432/1513 (95%), Gaps = 0/1513 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 162 GATCATTGAAGTGACTAGAAATGTACAAGCAGCCTAGACAAGAGCTTGAGGCTTATTATT 221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 GATCATTGAAGTGACTAGAAATGTACAAGCAGCCTAGACAAGAGCTTGAGGCTTATTCTT 60
Query 222 TTGAGCCTAACTCTGTTGAGAAGCTTAGGTACTTACCGGTTAACAACTCTCGTAAACGGT 281
|||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||
Sbjct 61 TTGAGCATAACTCTGCTGGGAAGCTTATGTACTTACCGGTTCATAACTCGCGTAAACGGT 120
Query 282 TTTGTACGCTCGAGCCATTTCCTGACTCTCCTCCTTATAATGCTCTATCTACTGCTACAT 341
|||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 TTTGTACGCTGGAGCCATCTCCTGACTCTCCTGCTTATAATGCTCTGTCTACTGCTACAT 180
Query 342 ATGATGATACATGTGGCTCTTGTGTAACGGATGAGTTGAATGACTTCAAACACAAGATTA 401
|||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGAGGATACATGTGGCTCTTGTGTGACTGATGATTTGAATGACTTCAAACACAAGATTA 240
Query 402 GGGAAATCGAAACGGTGATGATGGGGCCGGACTCGTTGGACTTACTTGTCGATTGCACGG 461
||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 241 GGGAAATAGAGACTGTGATGATGGGGCCTGACTCGTTGGACTTAGTCGTCGATTGCACCG 300
Query 462 ACTCATTTGATTCCACGGCGAGTCAAGAGATTAATGGTTGGAGATCAACTCTAGAGGCTA 521
| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 301 ATTCCTTTGATTCCACGGCGTGTCAAGAGATTAATAGTTGGAGATCAACTCTTGAGGCTA 360
Query 522 TCTCGAGGCGGGATTTAAGAGCTGATCTTGTTTCATGTGCCAAAGCTATGTCGGAAAATG 581
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCTCGAGGCGGGATTTAAGAGCTGATCTTGTTTCATGTGCGAAAGCTATGTCGGAAAATG 420
Query 582 ATCTTATGATGGCTCATTCAATGATGGAGAAGTTGCGGCAGATGGTTTCGGTTTCTGGTG 641
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 421 ATCTTATGATGGCTCATTCGATGATGGAGAAGTTACGGCAGATGGTATCGGTTTCTGGTG 480
Query 642 AGCCTATTCAACGGTTGGGAGCTTACTTATTGGAAGGTCTAGTGGCGCAGCTAGCTTCGT 701
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 481 AGCCTATCCAACGGTTGGGAGCTTACTTATTGGAAGGTCTAGTGGCGCAGTTAGCTTCAT 540
Query 702 CGGGCAGTTCTATATACAAAGCACTTAATAGGTGTCCTGAACCGGCTAGCACAGAGCTTC 761
|||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 541 CGGGTAGTTCCATATACAAAGCACTTAATAAGTGCCCTGAACCGGCTAGCACCGAGCTTC 600
Query 762 TCTCTTACATGCACATTCTCTATGAGGTTTGTCCTTACTTCAAGTTTGGATACATGTCAG 821
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 601 TCTCTTACATGCACATTCTCTATGAGGTCTGTCCTTACTTCAAGTTCGGATACATGTCAG 660
Query 822 CAAATGGTGCTATTGCTGAGGCAATGAAGGAAGAAAACAGAGTTCACATTATTGATTTCC 881
||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 661 CAAATGGTGCTATTGCTGAAGCCATGAAAGAAGAAAACAGAGTTCACATTATCGATTTCC 720
Query 882 AAATCGGTCAAGGGAGTCAATGGGTCACTCTTATCCAGGCTTTTGCAGCTAGGCCTGGTG 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAATCGGTCAAGGGAGTCAATGGGTCACTCTTATCCAGGCTTTTGCAGCTAGGCCTGGTG 780
Query 942 GGCCTCCGCGGATTCGGATAACGGGTATCGATGATATGACTTCAGCGTATGCTCGTGGAG 1001
|||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGCCGCCTCGGATTCGAATAACGGGTATTGACGATATGACTTCAGCGTATGCTCGTGGAG 840
Query 1002 GTGGCCTAAGCATTGTTGGAAATAGACTCGCTAAGCTTGCTAAGCAGTTCAACGTTCCAT 1061
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 841 GTGGCCTAAGCATTGTTGGAAACAGACTCGCTAAGCTTGCTAAGCAGTTTAACGTTCCAT 900
Query 1062 TCGAGTTTAACTCGGTATCGGTGTCAGTTTCCGAGGTTAAACCTAAAAACCTCGGGGTTC 1121
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 901 TCGAGTTTAACTCGGTATCAGTGTCAGTGTCCGAGGTTAAACCTAAGAACCTCGGGGTTC 960
Query 1122 GACCTGGGGAAGCTCTAGCCGTAAACTTTGCCTTTGTGCTTCATCATATGCCAGACGAAA 1181
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GACCAGGGGAAGCTCTAGCCGTCAACTTTGCCTTTGTGCTTCATCATATGCCAGACGAAA 1020
Query 1182 GCGTGAGCACCGAGAATCACCGCGACCGGTTATTGAGAATGGTGAAGAGCTTATCTCCCA 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GCGTGAGCACCGAGAATCACCGCGACCGGTTACTGAGAATGGTGAAGAGCTTATCTCCCA 1080
Query 1242 AGGTGGTGACTCTTGTGGAACAAGAGTCAAACACAAACACAGCCGCTTTCTTCCCGAGGT 1301
||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1081 AGGTGGTGACTCTGGTTGAGCAAGAATCAAACACAAACACGGCGGCTTTCTTCCCGAGGT 1140
Query 1302 TCATGGAGACAATGAACTACTATGCCGCGATGTTTGAGTCAATTGATGTGACTCTACCAA 1361
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1141 TCATGGAAACAATGAACTACTATGCCGCGATGTTTGAGTCAATTGATGTGACTCTCCCAA 1200
Query 1362 GAGATCACAAACAGAGGATTAATGTGGAGCAACATTGTCTAGCAAGAGATGTCGTGAACA 1421
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1201 GAGATCACAAACAGAGGATTAATGTAGAGCAGCATTGTCTAGCCAGAGACGTCGTGAACA 1260
Query 1422 TCATCGCATGTGAAGGAGCTGATCGGGTGGAGCGACACGAGCTCCTAGGAAAATGGAGGT 1481
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1261 TCATCGCATGTGAAGGAGCTGATCGTGTGGAGCGACACGAGCTTCTAGGGAAATGGAGGT 1320
Query 1482 CACGGTTTGGGATGGCGGGTTTCACTCCTTACCCGTTGAGTCCCTTGGTGAATTCAACCA 1541
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CACGGTTTGGGATGGCTGGTTTCACTCCTTACCCGTTGAGCCCCTTGGTGAATTCAACCA 1380
Query 1542 TTAAAAGTCTGCTTAGGAACTACTCAGACAAGTACAGGCTAGAAGAAAGAGATGGAGCTT 1601
|||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTAAAAGTCTACTGAGGAACTACTCGGACAAGTACAGGCTAGAAGAAAGAGATGGAGCTT 1440
Query 1602 TGTATCTTGGTTGGATGCATCGAGATTTGGTTGCCTCGTGTGCTTGGAAATGAGACAGTG 1661
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1441 TGTATCTTGGTTGGATGCATCGAGATTTGGTCGCCTCGTGTGCGTGGAAATGAGACAGTG 1500
Query 1662 ACATTTCTCTAGT 1674
|||||||||||||
Sbjct 1501 ACATTTCTCTAGT 1513
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71228758150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5