BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48310.1
Length=3573
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949236 jgi|Araly1|949236|scaffold_801123.1 3240 0.0
> Ahg949236 jgi|Araly1|949236|scaffold_801123.1
Length=3327
Score = 3240 bits (1754), Expect = 0.0
Identities = 1931/2019 (96%), Gaps = 2/2019 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1464 GAATGATAATGTCAGATGGTGGCCTATATACCATGGTGAACAAGAATGTGTTGGCAAGAT 1523
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 GAATGATAATGTTAGATGGTGGCCAATATACCATGGTGAACAAGAATGTGTTGGCAAGAT 1357
Query 1524 CCAGCTCTTTATTGGTAGCACAACCACGTCCGATGAAGACTGTCACATAAAGAACGCACC 1583
|||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| |||| |||||
Sbjct 1358 CCAGCTCTTTCTTGGTAGCACGACCACATCAGATGAAGACTATCACATTAAGAGTGCACC 1417
Query 1584 TGTTGTGGAGACACTAGCATATGATTTGCTACTAGAAGCGGCTACACGTGCCCAAAAATT 1643
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 TGTTGTGGAGACACTTGCATATGATTTGCTACTAGAAGCGGCTACACGTGCCCAAAAATT 1477
Query 1644 CCATCCTCAAAACTTAAGGCTGGATGGATCTTGGAAATGGCTGTTAAGCGAATTCGCAGA 1703
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 TCATCCTCAAAACTTAAGGCTGAATGGATCTTGGAAATGGCTGTTAAGCGAATTCGCAGA 1537
Query 1704 TTATTATGGAGTTTCTGATTCATATACCAAGTTGAGATATCTCTCACATGTAATGAATGT 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 TTATTATGGAGTTTCTGATTCATATACCAAGTTGAGATATCTCTCACATGTAATGAATGT 1597
Query 1764 GGCAACTCCAACAAAAACCTGCTTACAACTTGTTCATGAGTTACTTGTGCCCATCCTAAT 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1598 AGCAACTCCAACAAAAACCTGCTTACAACTTGTGCATGAGTTACTAGTCCCCATCCTAA- 1656
Query 1824 G-GCTCGAAGTGAGAAGAGTTTAACCAGACAAGAGAAAAGTATCTTAATGGATTGTGAAA 1882
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 GCGCTCGAAGTGAAAAGAGTTTAACCAGACAAGAGAAAAGTATCTTAATGGATTGTGAAA 1716
Query 1883 TAGAGATAGAAAAACTCATGGCAACTGTTTTTGAGAACTACAAGTCCTTAGATGAAAACT 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 TAGAGATAGAAAAACTCATGGCAACTGTTTTTGAGAACTACAAGTCCTTAGATGAAAACT 1776
Query 1943 TCCCTTCAGGATTGGCAGACATATCTTGTCCGGTGCAAGTATCGGCAACAACAGCACTTT 2002
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1777 GCCCTTCAGGATTGGCAGACATATCTTGTCCCGTGCAAGAATCGGCTTCAACAGCACTTT 1836
Query 2003 CTTCAGCTGTTCAGGTTTTTACCCTCCTTCATGATATATTGTCTCCAGAAGCACAAGAAA 2062
|| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 CTCCAGCTGTTCAGGTTTTTAGCCTTCTTCATGATATATTGTCTCCAGAAGCACAAGAAA 1896
Query 2063 CTTTGAAGAATTACCTCCAGACAGCAGCAAAGAAGAGGTGTCGGAAGCACATGGTTGATA 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1897 TTTTGAAGAATTACCTCCAGACAGCAGCAAAGAAGAGGTGTCGGAAGCACATGGTTGAAA 1956
Query 2123 CCGATGAGTATGTTTCCTGCAACTCTGAAGGTTTTCTTTTGGACTCCGTCACAATTTCTA 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 CCGATGAGTATGTTTCCTGCAACTCTGAAGGTTTTCTTTTGGACTCCGTCACAATTTCTA 2016
Query 2183 CAGCCTACCTGAAAATGAAGAATCTTTTTCTAATCATAAGCAATGAGATAGAGGCTGATA 2242
||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 CAGCCCACCTGAAAATGAAGAATCTTTGTCTAATTATAAGCAATGAGATAGAGGCTGATA 2076
Query 2243 TAAAGATCACCAATGAGCATGTACTCCCAAGCTCAATCGACCTAGCGAATCTAGCTGCTG 2302
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2077 TAAAGATCACCAATGAGCATGTACTGCCAAGCTCAATCGACCTAGCCAATATAGCTGCTG 2136
Query 2303 TCGTATACAGCACTCAGCTGTGTCACCGGCTCAGAGCATTTCTGTCAGCAGTTCCACCAT 2362
|||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2137 CCGTATACAGCACTCAGCTATGTAACCGGCTCAGGGCATTTCTGTCAGCAGTTCCACCCT 2196
Query 2363 CCTGCCCACTGCCTCATGTCAATGAGCTTCTCATAGCAGTTTCAGATTTTGAAAGAAACC 2422
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2197 CCTGCCCAATGCCTCATGTCAATGAGCTTCTGATAGCAGTTTCTGATTTTGAAAGAAACC 2256
Query 2423 TCGATTCATGGGGAATCAGCCCAGTACATGGTGGTGTAGACTCTAGGGGGTTGTTCCACA 2482
|||||||||||||||| || | ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2257 TCGATTCATGGGGAATAAGTTCGGTACAGGGTGGTGTAAACTCTAGGGGGTTATTCCACA 2316
Query 2483 ACTACATAATGGTTTGGATACATGATATGGAACTTAGACTACTTGACCGATGCAGAGCAG 2542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2317 ACTACATAATGGTTTGGATACATGATATGGAACTTAGACTACTTGACCGATGCAGAGCAG 2376
Query 2543 AAAAGGTTCCATGGTCTGGTGTAATAACAAATCACTCAACATCCCCATTTGCTGAAGACA 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 AAAAGGTTCCATGGTCTGGTGTAATAACAAATCACTCAACATCCCCATTTGCTGAAGACA 2436
Query 2603 TATATGAGAGAATAAAAGATTCTCTTATAGAGTATGAAGTGGTGATTAGTCGATGGCCAC 2662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2437 TATATGAGAGAATAAAAGATTCTCTTATAGAGTATGAAGTGGTGATTAGCCGATGGCCAC 2496
Query 2663 AATACACATTGATCTTGGAAAATACTGCTTCAATTGTAGAGAGAGCCATTGTTAAATCAC 2722
||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2497 AATACACATTGATCTTGGAGAATACTGCTGCAATCGTAGAGAGAGCCATTGTTAAATCAT 2556
Query 2723 TGGAGAAGCAATACAATGACATTCTAATTCCTTTAAAAGATAGCATTCCAAAGAGGCTAA 2782
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2557 TGGAGAAGCAATGTAATGACATTCTAATTCCTTTGAAAGATAGCTTTCCAAAGAGGCTAA 2616
Query 2783 ATATGCATGTCCAGAAGCTGACAAGAAGGCAATCATCGGTTCTCTACTCTCTTCCAACTC 2842
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||
Sbjct 2617 ATATGCATGTCCAGAAGCTGACAAGACGGCAATCATCGGTTCTCTATTCTGTTCCAAGTC 2676
Query 2843 AACTGGGAACTTTCATCAACACAATAAAGAGAGTTCTTGATGTTCTACATCCCAGAGTTG 2902
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2677 AACTGGGAACTTTCATCAACACAATAAAGAGAATTCTTGATGTTCTACATCCCAGAGTTG 2736
Query 2903 AGGATATCTTGAGACAATGGGCGTCGTGTCTTCCTGTTGTAGAAGACAAGAAGTTAATCT 2962
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||
Sbjct 2737 AGGATATCTTGAGACAATGGGCTTCGTGTCTTCCTGTTGTGGAAGACAGGAAGTTACTCT 2796
Query 2963 TTGGGGAGCAGATGAATGTTATCACAGTCTTGCTCAGGACAAAATACAGAAACTACATGC 3022
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 TTGGGGAGCAGATGAATGTAATCACGGTCTTGCTCAGGACAAAATACAGAAACTACATGC 2856
Query 3023 AGGCCGCGGTTGATAAACTCGTTAGCAATACGCAATCAAACAAAAACACAAGGCTGAAGA 3082
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2857 AGGCCGCAGTTGATAAACTCGTTAGCAATACGCAATCAAACAAAAACACAAGGCTGAAGA 2916
Query 3083 GAATCTTAGAAGAGATAAAAGACAATGAGAGAGAAGTGGAAGTCCGTGAACGTATGAAGA 3142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2917 GAATCTTAGAAGAGATAAAAGACAATGAGAGAGAAGTCGAAGTCCGTGAACGTATGAAGA 2976
Query 3143 CGTTATGCTTACAAATCACAGACTCAGTCTCAAATCTGCATGATGTCTTCACAAGTCAGA 3202
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 TGTTATGCTTACAAATCACAGACTCAATCTCAAATCTGCATGATGTCTTCACAAGTCAGA 3036
Query 3203 TATTTGTGGCTTCGTGCCGCCTTTTCTGGGATAGAATGGCACAAGTGGTATTGAAGTTTC 3262
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3037 TATTTGTGGCTTCGTGCCGCCTATTCTGGGATAGAATGGCACAAGTGGTCTTGAAGTTTC 3096
Query 3263 TTGAAGGAAGAAAGGAAAACGAAGTAGGGTACAAAGGCTCTTACTATGCTCTTGGGATAA 3322
||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 TTGAAGGAAGAAAAGAGAATGAAGTAGGCTACAAAGGCTCTTACTATGCTCTTGGGATAG 3156
Query 3323 TTGAGGACACGTTCGCATCAGAAATGCAGAGGCTACAAGGGAACTCACTACAAGAGAAGG 3382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3157 TTGAGGACACGTTCGCATCAGAAATGCAGAGGCTACAAGGGAACTCACTACAAGAGAAGG 3216
Query 3383 ATATGGAAGCTCCTCGTTCGGTCATTGAGGCACGTTCCATTCTCTCCAGAGACAACAACG 3442
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 3217 ATATGGAAGCTCCTCGTTCGGTGATTGAGGCACGTTCTATTCTCTCTAGAGACAACAATG 3276
Query 3443 CCAATCACTCTTCTTACTTCTATGTCTAATTCAATATTT 3481
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3277 CCAATCACTCTTCTTACTTCTATGTCTAGCTCAATATTT 3315
Score = 647 bits (350), Expect = 0.0
Identities = 461/511 (90%), Gaps = 21/511 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 742 AGTGTGAAGGACAGTAAAACTGTGGAAGATTCGAAAATCTCGGAAATTTGCTCAGATGAA 801
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||| | ||| || |||
Sbjct 348 AGTGTGAAGGACAGTAAAACTGTGGAAGATGCAAAAATTTGGGAAGTGAACTCGGAGGAA 407
Query 802 TTAGAAGAGTGCCATAGTATCAGTGGTCAATATGCTTGGCAAAGTCTTTTGGCATATGAT 861
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 TT---AGATTGCCATAGTATCAGTGGTCAATATGCTTGGCAAAGTCTTTTGGCATATGAT 464
Query 862 GCTTGTATAAGACTATGTTTGTATGAATGGTCAAAGGGTTCTACTGAGGCGTCTGAGTTT 921
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 465 GCTTGTATAAGACTATGTTTGTATGAATGGTCAAAGGGTTCTACTGAGGCATCTGAGTTT 524
Query 922 CTGCGTGATGAGTGTCGTATTCTTCGAGGTGCATTTGGTTTGCACAAGTTTCTCTTACAA 981
|| ||||||||||||||| |||||| | | || | ||||||||||||
Sbjct 525 CTACGTGATGAGTGTCGTCTTCTTC-----G-A---GG--T-------TTTCTCTTACAA 566
Query 982 CCTCGGGGTGTACGATCGTCTGAGAAAAACAACAATGTGAAAGCGGAGCCAAAGCCATCC 1041
||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 567 CCTCGGGGTGTACAATCGACTGAGGAAAACAAAAATGTGAAAGCGGAGCAAAAGCCATCC 626
Query 1042 TTAAAGTCTAAAAACGTTGTCAGAAAGTTAAGGGTGGAAGTAAAGAGACTTCGATTGATA 1101
||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 TTAAAGTCTAATAATGTTGTCAGAAAGTTACGGGTGGAAGTAAAGAGACTTCGATTGATA 686
Query 1102 CCACAGCGAAAACTTAGAGGCACAGATTCGCTGCGGAGTTTAATGAATATGCAAATAGGA 1161
||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 687 CCACAACGTAAACTTAGAGGTACAGATTCGCTGCGGAGTTTAATGAATATGCAAATTGGA 746
Query 1162 ATGGGGGCAGAGTATTGCAGACAAGTTTCATCACTTGTAAAAACTGGGATGACTTCTATT 1221
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 747 ATGGGGGCAGAGTATTGCCGACAAGTTTCATCACTTGTAAAGACTGGGATGAGTTCTATT 806
Query 1222 AAACAGGCTACCCTTTCAGCAGTTTCAGAAG 1252
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 AAACAGGCTACCCTTTCAGCAGTTTCAGAAG 837
Score = 405 bits (219), Expect = 1e-111
Identities = 325/372 (87%), Gaps = 24/372 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 291 TTCGAAATTGAATAGAGGAATGTTGAAAGATAAGAATCTGAGAATTGAAGTTCCGTTTAT 350
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TTCGAAATTGAACAGAGGAATGTTGAAAGATAAGAATCTGAGAATTGAAGTTCCGTTTAT 61
Query 351 GAATCGAAGAGTCACAGATTGTGAATTAGAGCTTCGGAGATTCGCATTGAAGAATTCAAC 410
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 62 GAATAGAAGAGTCACTGATTGTGAATTAGAGCTTCGCAAATTCGCATTGAAGAATTCAAC 121
Query 411 TCCAGCTAGTGAACGACGACCACATACTCTGAGTTCTAAGGGTTCGGTGTATTGGGATTT 470
||| | ||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 TCCGGTTAGCGAACGGCGGCCGCATACTCTGAGTTCTAAGGGTTCGGTGTATTGGGATTT 181
Query 471 AGAGGATATACGAACTCCAAGTGCTCCACCTATAATGGAAAGTGGACAAGAAGATAGCAT 530
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||
Sbjct 182 AGAGGATATAAGAACACCAAGTGCTCCACCTATAATGGAAATTGGACAAGAAGAGAACAT 241
Query 531 CAGCTTAGAGATTGAAAAGGACATTCAGAAGATTGAGGATGAGATTTGTGGAGAAGCAGG 590
|||| | | || || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 242 CAGCGT-G-GA---AA-------TTGAGAAGATTGAGGATGAGATTTGCAGAGAAGCAGG 289
Query 591 AGTAGAGAGTAGTAAGCAAGAAAGCATGAGAAGCAGTTCACATTTGTATAGAGTTGAAGA 650
||||||||||||||| ||| | ||| | | || || ||||||||||||||||||
Sbjct 290 AGTAGAGAGTAGTAATCAA-A--GCA-GT-A--CA---CA--TTTGTATAGAGTTGAAGA 337
Query 651 ATTTGGTGAAAG 662
|||||| |||||
Sbjct 338 ATTTGGGGAAAG 349
Score = 340 bits (184), Expect = 3e-92
Identities = 204/214 (95%), Gaps = 0/214 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1251 AGAACAATTCTCTTGCTACCTTCAAATGAAGAGCACAGCAGAAGGTGGTCAAATTGAACA 1310
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 983 AGAACAATTCTCCTGCTACCTTCAAATGAAGAGCACAGCAGAAGGAGGTCAAATTGAACA 1042
Query 1311 AGGATCTTCTGTTTGTTTGCAGTCAGGAACTGGAAGTTACCATGTCTTCTTTCCTGAGTC 1370
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1043 AGGATCTTCTGTTTGTTTGCAATCAGGAACTGGAAGTTACCATGTCTTCTTTCCCGAATC 1102
Query 1371 CGAAGGCGACGCTCTTATGATAGAAGTTCAAGATAAGAAGAAATCAGTTCAAGGAAAAGC 1430
|||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103 CGAAGGTGATGCTCTTTTGATAGAAGTTCAAGATAAGAAGAAATCAGTTCAAGGAAAAGC 1162
Query 1431 AATGATTTCTATCACATCATTAACTGAAAATCCG 1464
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1163 AATGATATCTATGACATCATTAACTGAAAATCCG 1196
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134952153858
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5