BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48460.1
Length=2212
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949259 jgi|Araly1|949259|scaffold_801146.1 3339 0.0
> Ahg949259 jgi|Araly1|949259|scaffold_801146.1
Length=2005
Score = 3339 bits (1808), Expect = 0.0
Identities = 1941/2006 (97%), Gaps = 5/2006 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 105 AGATTCGGAGTAGAGAAAAATGTCAGGATTCGTCGGGATTTTGGTATCGGATCCATGGTT 164
||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 AGA-TCGAAGTAGAGAAAAATGTCAGGTTTCGTCGGGATTTTGGTATCGGATCCATGGTT 61
Query 165 ACAGAACCAATTCACGCAAGTGGAGCTTCGGAGTTTGAAATCTCACTTCACGAGCATGAA 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 ACAGAACCAATTCACGCAAGTGGAGCTTCGGAGTTTGAAATCTCACTTCACGAGCATGAA 121
Query 225 GAGAGAGAGCGGGAAGCTAACAGTATCAGACCTCGCGTCAAGGATGGGGAAATCAAAAGT 284
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 GAGAGAGAGCGGGAAGCTTACGGTATCAGACCTCGCGTCAAGGATGGGGAAATCAAAAGT 181
Query 285 AGTTGGAGATCAGAATCTAAGCAACGAAGAACGAGCGACTTTGATCCAAAATTTTCATCC 344
||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 AGTCGGAGATCAGAATCTAAGCAACGAAGAAAGATCGACTTTGATCCAAAATTTTCATCC 241
Query 345 GAATTTGAATGATGAAGTCGATTTCGAGTTTTACTTAAGGATTTATCTGAATCTTCAAGC 404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 242 GAATTTGAATGATGAAGTCGATTTCGAGTTTTACTTAAGGATTTATTTGAATCTTCAAGC 301
Query 405 GCATGTAAACGCAATAATCGGAAGCGGTGTTAAAAACTCATCTGCGTTTCTTAAAGCAGC 464
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 302 TCATGTAAACGCAATAATCGGAAGCGGTGTTAAAAACTCGTCTGCGTTTCTTAAAGCAGC 361
Query 465 TACAACAACTTTGTTGCATACTATTAGTGATTCTGAGAAATCTTCTTATGTTGCTCATAT 524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 TACAACAACTTTGTTGCATACTATTAGTGATTCTGAGAAATCTTCTTATGTTGCTCATAT 421
Query 525 CAATAATTATCTCTCTGGAGATGAGTTTCTAAACAAGTGCCTTCCGATTAATCCGTCTTC 584
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 422 CAATAATTATCTCTCTGGAGATGAGTTTCTAAACAAGTACCTTCCGATTAATCCGTCTTC 481
Query 585 GAATGATCTATTCGAAGTTGCAAAAGATGGTGTTTTGCTTTGTAAGCTTATAAATGTGGC 644
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 482 GAATGATTTATTCGAAGTTGCAAAAGACGGTGTTTTGCTTTGTAAACTTATAAATGTGGC 541
Query 645 GGTTCCTGGAACAATCGATGAACGAGCGATTAATACTAAGAGTATGCTTAATCCATGGGA 704
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 CGTTCCTGGAACGATCGATGAACGAGCGATTAATACTAAGAGTATGCTTAATCCATGGGA 601
Query 705 GAGAAATGAAAATCATACGCTTTGTCTTAACTCTGCCAAGGCTATTGGGTGTACTGTGGT 764
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 602 GAGAAATGAAAATCATACGCTTTGTCTTAATTCTGCCAAGGCTATTGGTTGTACTGTGGT 661
Query 765 TAATATAGGAACACAAGATATCATTGAAGGAAGGCGTCATCTTGTGCTCGGTGTGATCTC 824
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 662 TAATATAGGAACTCAAGATATCATTGAAGGAAGGCGTCATCTTGTGCTCGGTGTGATTTC 721
Query 825 TCAAATCATTAAGATACAATTGCTAGCAGACCTAAACTTGAAGAAAACTCCCCAGCTGGT 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TCAAATCATTAAGATACAATTGCTAGCAGACCTAAACTTGAAGAAAACTCCCCAGCTGGT 781
Query 885 GGAGTTGGTCGGTGATAGCAAGGATGTGGAAGAGCTAATGAGTTTACCACCTGAGAAGAT 944
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 782 GGAGTTGGTTGGTGATAGCAAGGATGTGGAAGAGCTGATGAGTTTACCACCAGAGAAGAT 841
Query 945 CTTATTGAGATGGATGAATTTTCAGTTGAGAAAAACTGAATACAAGAAAACCGTCACAAA 1004
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CTTATTGAGATGGATGAATTTTCAGTTAAGAAAAACTGAATACAAGAAAACCGTCACAAA 901
Query 1005 CTTCTCTTCTGATGTTAAGGATGCGGAAGCTTACACTAATCTATTAAATGTCCTGGCACC 1064
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 CTTCTCCTCTGATGTAAAGGATGCGGAAGCTTACACTAATCTATTAAATGTCCTGGCACC 961
Query 1065 AGAGCACAAGAATCCATCACATTTAGCAGTTAAAAGCTCATTTGAGAGAGCAAAACTTGT 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 962 AGAGCACAAGAATCCATCACATTTAGCAGTTAAAAGCTCATTTGAGAGAGCAACACTTGT 1021
Query 1125 TCTCGAACATGCAGACAAAATGGGATGTAGGAGATACTTGACGGCGAAAGATATTGTTGA 1184
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1022 TCTCGAACATGCAGACAGAATGGGATGCAGGAGATACTTGACGGCGAAGGATATTGTTGA 1081
Query 1185 GGGTTCTCCAAATCTTAATCTTGCTTTTGTAGCACATATATTCCAGCACAGGAACGGACT 1244
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1082 GGGTTCCCCGAATCTTAATCTTGCTTTTGTAGCACATATTTTCCAGCACAGGAACGGCCT 1141
Query 1245 TTCAACACAAACGAAACAGATATCTTTTCTTGAAAATCTAGCTGATGACATTCAAATTTC 1304
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TTCAACACAAACGAAACAGATATCGTTTCTTGAAAATCTAGCTGATGACATTCAAATTTC 1201
Query 1305 AAGAGAAGAAAAAGCATTCCGGTTTTGGATTAACAGCTTTGATGGTTCAGTATACATAAA 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1202 AAGAGAAGAAAAAGCATTCCGGTTTTGGATTAACAGCTTTGATGGTTCACTATACATAAA 1261
Query 1365 CAACGTGTTTGAAGATCTCAGAGATGGGTGGATACTATTGCAGACACTAGACAAAGTGTC 1424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 CAACGTGTTTGAAGATCTCAGAGATGGGTGGATACTATTGCAGACACTAGACAAAGTGTC 1321
Query 1425 TCCAGGCATTGTTAATTGGAAAGTATCAAGCAAGCCTCCAATCAAATTGCCATTCAAGAA 1484
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 TCCAGGCATTGTTAATTGGAAAGTAGCAAGCAAGCCTCCAATCAAATTGCCATTCAAGAA 1381
Query 1485 AGTAGAAAACTGTAATCAAGTTGTGAAATTAGGGAAGCAGCTCAAGTTCTCTTTGGTTAA 1544
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 AGTAGAAAACTGCAATCAGGTTGTGAAATTAGGGAAGCAGCTCAAGTTCTCTTTGGTTAA 1441
Query 1545 CATTGCTGGAAATGACATTGTTCAAGGAAACAAGAAACTCATACTAGCATACTTATGGCA 1604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1442 CATTGCTGGAAATGACATTGTTCAAGGAAACAAGAAACTCATACTAGCATACTTGTGGCA 1501
Query 1605 ATTGATGAGATACAACATCCTGCAACTTCTTAAGAACTTGAGACTACATTCAAACGGCAA 1664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1502 ATTGATGAGATACAACATCCTGCAACTTCTTAAGAACTTGAGATTACATTCCAACGGCAA 1561
Query 1665 AGAGATAACAGACGCTGATATATTGGAATGGGCAAATGCTAAAGTGAGAAACAACGGATG 1724
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1562 AGAAATAACAGACGTTGATATATTGGAATGGGCAAATGCTAAAGTGAGAAACAATGGATG 1621
Query 1725 CAAAACACGCATGTACAGTTTCAGGGACAAGAGCTTATCCGATGGGGTATTTTTCTTGGA 1784
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1622 CAAAACCCACATGTACAGTTTCAGGGACAAGAGCTTATCCGATGGGATATTTTTCTTGGA 1681
Query 1785 GCTGCTGAGTTCAGTGCAGCCAAGATCCGTAAACTGGAGTCTTGTTACAAACGGAGTTAC 1844
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1682 GCTGCTAAGTTCAGTGCAGCCAAGATCCGTAAACTGGAGCCTTGTTACAAACGGAGTGAC 1741
Query 1845 AGATGAAGAGAAAAAGATGAATGCAACTTATGTGATTAGCATAGCCAGGAAACTTGGTTG 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 AGATGAAGAGAAAAAGATGAATGCAACTTATGTGATTAGCATAGCCAGGAAACTTGGTTG 1801
Query 1905 CTCCATTTTCTTACTCCCTGAAGATATAATCGAGGTGAATCAGAAGATGATGCTGACATT 1964
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1802 CTCCATTTTCTTACTCCCTGAAGATATAATTGAGGTGAATCAAAAGATGATGCTGACATT 1861
Query 1965 GACGGCGAGTATAATGTATTGGACTCT-AAAGCAACCTCTTCATCTGAATAAGCCTATCG 2023
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1862 GACGGCGAGTATAATGTATTGGACTCTTAAA-CAACCTCTTCATCTTAATAAGCCTATCG 1920
Query 2024 GATCTCCTGATAGCCACAATGGAAGTTTACTCGATGATTCTACGTCAGATTCCTCTATAG 2083
||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1921 GATCTCCCGATAGCCACAATGGAAGTCTACTCGACGATTCTACTTCAGATTCCTCCATAG 1980
Query 2084 AATAAAATTGTTTTACTG-TGAAATT 2108
||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 1981 AATAAAAATGTTTTAC-GATGAAATT 2005
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83265275570
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5