BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48940.1
Length=3546
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949342 jgi|Araly1|949342|scaffold_801229.1 5483 0.0
> Ahg949342 jgi|Araly1|949342|scaffold_801229.1
Length=3449
Score = 5483 bits (2969), Expect = 0.0
Identities = 3305/3465 (95%), Gaps = 32/3465 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 AAAGaaaaaaaCTCTTATGTCTTTGCAAATGCCGATTCCAAGaaaaaaaGCCTTAACTGT 119
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 AAA-AAAAAAACTCTT-TGTCTTTGCAAATGCCGATTCCAAG---AAAAGCCTTAACTGT 55
Query 120 TTCTCATTTTTCCATTACATTGTCTCTGTTTTTAGCTTTCTTCATCTCCTCGACCTCTGC 179
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 56 TTCTCATTTTTCCATTACCTTGTCTCTGTTTTTAGCTTTCTTCATCTCCTCGACCTCTGC 115
Query 180 ATCAACCAATGAAGTCTCAGCTTTGATTTCTTGGCTTCACAGCTCGAACTCGCCGCCACC 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 116 ATCAACCAATGAAGTCTCAGCTTTGATTTCTTGGCTTCAAAGCTCGAACTCGCCGCCGCC 175
Query 240 GTCAGTCTTCTCCGGCTGGAATCCTTCTGATTCTGACCCATGTCAATGGCCTTACATTAC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 176 GTCAGTCTTCTCCGGCTGGAATCCTTCTGATTCCGACCCGTGTCAATGGCCTTACATTAC 235
Query 300 TTGTTCCTCCTCAGACAACAAACTCGTTACAGAGATCAATGTCGTCTCTGTTCAGTTAGC 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TTGTTCCTCCTCAGACAACAAACTCGTTACAGAGATCAATGTCGTCTCTGTTCAGTTAGC 295
Query 360 TTTACCTTTCCCTCCTAACATTTCTTCGTTTACTTCACTTCAGAAACTCGTTATCTCCAA 419
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 296 TTTACCTTTCCCTCCTAACATTTCTTCTTTTACTTCACTTGAGAAACTCGTTATCTCCAA 355
Query 420 CACTAATCTCACCGG-AGCTATATCTTCTGAGATCGGAGATTGTTCGGAGCTTATAGTTA 478
||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||
Sbjct 356 CACTAATCTCACCGGAAG-TATATCTTCTGAGATTGGAGATTGTTCTGAACTTAGAGTTA 414
Query 479 TCGATTTAAGCTCAAATAGTCTTGTTGGTGAAATACCTTCGAGTCTAGGGAAGCTCAAGA 538
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 TTGATTTGAGCTCAAATAGTCTTGTTGGTGAAATACCTTCGAGTCTAGGGAAGCTCAAGA 474
Query 539 ATCTTCAAGAACTTTGTTTAAACTCCAATGGCCTCACAGGAAAGATCCCACCGGAACTCG 598
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 ATCTTCAAGAACTCAGTTTAAACTCCAATGGCCTCACAGGAAAGATCCCACCGGAACTCG 534
Query 599 GCGACTGCGTTAGC-CTCAAGAATCTTGAGATTTTCGATAACTACTTATCCGAGAATCTC 657
||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 535 GCGACTGCGTT-GCTCTCAAGAACCTTGAGATTTTCGACAACTACTTATCCGGGAATCTA 593
Query 658 CCGTTGGAGCTCGGAAAGATCTCGACTCTTGAGAGCATAAGAGCCGGAGGAAACTCAGAG 717
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 CCGTTGGAGCTCGGAAAGATCCCGACTCTTGAGAGCATAAGAGCCGGAGGAAACTCAGAG 653
Query 718 CTTTCAGGGAAGATCCCGGAGGAGATCGGAAACTGTAGGAATCTCAAGGTCTTAGGGTTA 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |
Sbjct 654 CTTTCAGGGAAGATCCCGGAGGAGATCGGAAACTGTGGGAATCTCAAGGTTTTAGGGCTC 713
Query 778 GCAGCAACGAAAATATCCGGTTCTTTACCTGTTTCGTTGGGTCAACTAAGCAAGCTCCAG 837
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 714 GCCGCCACGAAAATATCCGGTTCTTTACCTGTTTCGTTGGGTAAACTAAGCAAGCTCCAG 773
Query 838 TCTTTATCTGTCTATTCTACAATGCTCTCAGGTGAGATCCCTAAAGAGCTTGGAAACTGC 897
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 TCTTTATCTGTCTATTCTACAATGCTCTCTGGTGAGATCCCTAAAGAGCTTGGAAACTGC 833
Query 898 TCTGAACTTATCAATCTGTTTCTATACGACAATGACTTGTCCGGCACGCTTCCAAAAGAA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 TCTGAACTTATCAATCTGTTTCTATACGACAATGACTTGTCCGGCACGCTTCCAAAAGAA 893
Query 958 CTAGGAAAGCTTCAAAACCTAGAGAAGATGCTTCTATGGCAGAATAATCTCCACGGACCT 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 894 CTAGGAAAGCTTCAAAACCTAGAGAAGATGCTTCTATGGCAGAATAATCTCCACGGACTT 953
Query 1018 ATCCCTGAGGAGATTGGATTCATGAAAAGCTTAAACGCCATTGATCTCTCTATGAACTAT 1077
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 ATCCCTGAGGAGATTGGATTTATGAAGAGCTTAAACGCCATTGATCTCTCTATGAACTAT 1013
Query 1078 TTCTCAGGAACCATCCCTAAATCGTTCGGTAACTTGTCGAATCTCCAAGAGCTTATGCTT 1137
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1014 TTCTCAGGAACCATCCCTAAATCGTTTGGTAACTTGTCGAATCTACAAGAGCTTATGCTT 1073
Query 1138 AGCAGCAACAACATCACCGGGTCAATACCTTC-GATTCTAAGTAACTGCACAAAGCTTGT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1074 AGCAGCAACAACATCACCGGGTCAATACCTTCAG-TTCTAAGTAACTGTACACGGCTTGT 1132
Query 1197 TCAGTTCCAGATTGACGCCAATCAGATTTCAGGTTTGATTCCACCAGAGATTGGATTGCT 1256
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1133 TCAGTTCCAGATTGATGCCAATCAGATTTCAGGTTTGATTCCGCCAGAGATTGGATTGCT 1192
Query 1257 TAAGGAGCTCAACATCTTCTTGGGATGGCAGAATAAGCTAGAAGGGAATATTCCGG-ACG 1315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1193 TAAGGAGCTCAACATCTTCTTGGGATGGCAGAATAAGCTAGAAGGGAATATTCCGGTA-G 1251
Query 1316 AGTTAGCTGGTTGTCAGAATCTTCAAGCTCTTGACTTGTCACAGAATTATCTCACCGGAT 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1252 AGTTAGCTGGTTGTCAGAATCTTCAAGCTCTTGACTTGTCTCAGAATTATCTCACCGGAG 1311
Query 1376 CATTACCTGCAGGTTTGTTTCAGCTTCGTAATCTGACTAAGCTCTTGCTTATATCTAATG 1435
| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CTTTACCTGCTGGTTTGTTTCATCTTCGTAATCTGACTAAGCTCTTGCTTATATCTAATG 1371
Query 1436 CCATCTCCGGTGTTATCCCACTGGAGATCGGGAACTGCACTTCGCTTGTCAGATTAAGGC 1495
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1372 CCATCTCCGGTGTTATCCCACCGGAGATCGGAAACTGCACTTCACTTGTCAGATTAAGGC 1431
Query 1496 TTGTCAATAACAGAATCACCGGAGAAATCCCTAAAGGTATTGGATTTCTTCAGAACCTTA 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TTGTCAATAACAGAATCACCGGAGAAATCCCTAAAGGAATAGGATTTCTTCAGAACCTTA 1491
Query 1556 GCTTCCTCGACTTGTCTGAGAACAATCTCTCCGGTCCAGTTCCTTTGGAGATAAGTAATT 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1492 GCTTCCTCGACTTGTCTGAGAACAATCTCTCCGGTCCAGTTCCTTTGGAGATAAGCAACT 1551
Query 1616 GTAGACAACTCCAGATGCTTAACTTGAGCAACAACACTCTTCAAGGTTATCTTCCTCTGT 1675
| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GCAGACAACTCCAAATGCTAAACTTGAGCAACAACACTCTTCAAGGTTATCTTCCTCTGC 1611
Query 1676 CTTTATCATCGTTAACAAAGCTTCAAGTACTTGATGTCTCTTCCAATGACTTGACTGGCA 1735
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1612 CTTTATCATCTTTAACAAAGCTTCAAGTACTTGATGTCTCTTCAAATGACTTGACTGGCA 1671
Query 1736 AGATACCTGATAGTCTAGGTCATCTCATTTCACTCAACCGGCTCATTCTAAGTAAGAATT 1795
|||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1672 AGATTCCTGATAGTCTTGGTCATCTCATTTTGCTCAATCGGCTCGTTCTTAGTAAGAATT 1731
Query 1796 C-TTTCAATGGAGAAATCCCTTCGTCTCTCGGTCACTGCACGAATCTTCAGCTTCTTGAT 1854
| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CCTTT-AATGGTGAAATCCCTTCGTCTCTCGGTCACTGCACGAATCTTCAGCTTCTTGAT 1790
Query 1855 CTCAGCAGTAATAACATCTCTGGAACTATACCGGAGGAGCTTTTTGACATCCAAGATCTA 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 1791 CTCAGCAGTAATAACATCTCTGGAACTATACCAGAGGAACTCTTTGACATTCAAGATCTT 1850
Query 1915 GACATTGCGTTAAACTTGAGCTGGAATTCATTAGATGGCTTTATCCCGGAAAGGATTTCC 1974
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||
Sbjct 1851 GACATTGCCTTAAACTTGAGCTGGAATTCATTAGATGGCTCTATCCCAGCAAGGATTTCA 1910
Query 1975 GCGCTTAACCGATTATCCGTGCTCGATATTTCGCATAACATGCTTTCAGGCGACCT-TTC 2033
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1911 GCGCTTAACCGATTATCCGTGCTGGATATTTCGCATAACATGCTTTCAGGCGACCTCTT- 1969
Query 2034 TGCGCTGTCCGGTCTAGAAAACTTGGTTTCTCTGAACATCTCTCATAACAGATTCTCAGG 2093
|| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1970 TGTGCTGTCCGGTCTTGAAAACTTGGTTTCTCTTAACATCTCTCACAACAGATTCTCAGG 2029
Query 2094 TTATCTTCCAGATAGTAAAGTGTTTAGACAGCTGATAGGAGCAGAGATGGAAGGAAACAA 2153
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 TTATCTTCCAGATAGTAAGGTGTTTAGACAGCTGATAAGAGCAGAGATGGAAGGAAACAA 2089
Query 2154 TGGACTCTGTTCCAAAGGTTTCAGGTCTTGCTTTGTAAGTAACAGTTCACAGTTAACTAC 2213
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2090 TGGACTCTGTTCCAAAGGTTTCAGGTCTTGTTTTGTAAGTAACAGTACACAGTTAAGTAC 2149
Query 2214 ACAGCGTGGTGTGCACTCACATAGACTCAGGATAGCCATTGGATTGCTAATCAGCGTGAC 2273
|||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2150 ACAGCGCGGTGTGCATTCACAGAGACTCAAGATAGCCATTGGATTGCTTATAAGCGTGAC 2209
Query 2274 AGCGGTTCTAGCGGTATTAGGCGTGTTGGCGGTTATACGAGCTAAACAAATGATTCGAGA 2333
||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2210 AGCGGTTCTTGCGGTATTAGGCGTGTTGGCCGTTTTAAGAGCTAAACAAATGATTCGGGA 2269
Query 2334 TGATAACGATTCAGAGACTGGAGAAAATCTATGGACATGGCAATTCACACCTTTTCAGAA 2393
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 TGGTAACGATTCAGAGACCGGAGAAAATCTATGGACATGGCAATTCACACCTTTTCAGAA 2329
Query 2394 ACTCAACTTCACAGTCGAACATGTACTCAAGTGTTTGGTAGAAGGTAATGTTATAGGGAA 2453
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 ACTCAACTTCACAGTGGAACATGTACTCAAGTGTTTGGTAGAAGGTAATGTTATAGGGAA 2389
Query 2454 AGGTTGCTCCGGGATAGTGTACAAAGCTGAAATGCCTAAC-AGAGAAGTCATCGCGGTGA 2512
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||
Sbjct 2390 AGGTTGCTCCGGAATAGTGTACAAAGCTGAAATGCCAAACCA-AGAAGTCATCGCAGTGA 2448
Query 2513 AAAAGCTCTGGCCAGTGACAGT-AC----C-TAATCTGAATGAGAAAACTAAGTCATCAG 2566
|||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AAAAACTCTGGCCAGTGACAGTGACATTGCCTAATCTGAATGAGAAAACTAAGTCATCAG 2508
Query 2567 GAGTTCGAGACTCATTCTCAGCTGAAGTAAAAACACTTGGATCGATCAGACACAAGAACA 2626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 GAGTTCGAGACTCATTCTCAGCTGAAGTAAAAACACTTGGATCGATCAGACACAAGAACA 2568
Query 2627 TTGTACGCTTCTTGGGATGTTGTTGGAACAAGAACACTAGACTTCTTATGTATGATTATA 2686
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2569 TTGTACGGTTCTTGGGATGTTGTTGGAACAAGAACACTAGACTTCTTATGTACGATTATA 2628
Query 2687 TGTCAAATGGGAGTTTGGGAAGTTTGCTTCACGAAAGGAGCGGTGTATGTAGCTTAGGAT 2746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TGTCAAATGGGAGTTTGGGAAGTTTGCTTCACGAAAGGAGCGGTGTATGTAGCTTAGGAT 2688
Query 2747 GGGAAGTGAGGTACAAGATTATACTTGGTGCAGCTCAGGGTTTGGCTTACTTGCACCATG 2806
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 GGGAAGTGAGGTACAAGATTATACTCGGTGCAGCTCAGGGTTTGGCTTACTTGCACCATG 2748
Query 2807 ACTGTGTTCCTCCCATTGTTCATAGAGACATCAAGGCAAATAATATTCTGATTGGCCCTG 2866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 ACTGTGTTCCTCCCATTGTTCATAGAGACATCAAGGCTAATAATATTCTGATTGGCCCTG 2808
Query 2867 ATTTTGAACCTTACATTGGAGATTTCGGACTCGCTAAGCTTGTTGATGATGGCGACTTTG 2926
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2809 ATTTTGAACCTTACATTGGAGATTTCGGGCTCGCTAAGCTTGTCGACGATGGCGACTTTG 2868
Query 2927 CTCGTTCTTCCAACACCATTGCTGGTTCCTATGGTTACATAGCTCCAGAATACGGATACT 2986
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 CTCGGTCTTCCAACACCATTGCTGGTTCCTATGGTTATATAGCTCCAGAATACGGATACT 2928
Query 2987 CAATGAAGATAACAGAGAAAAGCGACGTGTACAGCTATGGAGTCGTAGTGCTCGAGGTAC 3046
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 CAATGAAGATAACAGAGAAAAGCGACGTGTATAGCTATGGAGTCGTAGTGCTCGAGGTAC 2988
Query 3047 TAACGGGTAAGCAACCAATCGATCCAACGATACCAGATGGACTCCACATAGTGGACTGGG 3106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2989 TAACGGGTAAGCAACCAATCGATCCAACGATACCAGACGGACTCCACATAGTGGACTGGG 3048
Query 3107 TCAAGAAAATCAGAGACATACAAGTAATCGACCAAGGACTACAAGCAAGACCAGAGTCAG 3166
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3049 TCAAGAAAGTCAGAGACATACAAGTAATCGACCAAACATTACAAGCGAGACCAGAGTCAG 3108
Query 3167 AGGTTGAAGAGATGATGCAAACGCTAGGAGTCGCGCTTTTATGCATTAATCCAATACCCG 3226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3109 AGGTTGAAGAGATGATGCAAACGCTAGGAGTCGCGCTTCTATGCATTAATCCATTACCCG 3168
Query 3227 AAGACAGGCCTACAATGAAAGATGTGGCTGCTATGCTTAGTGAGATATGTCAAGAGAGAG 3286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 3169 AAGACAGGCCTACAATGAAAGATGTGGCTGCTATGCTTAGTGAGATACGTCAAGAAAGAG 3228
Query 3287 AGGAATCGATGAAAGTTGATGGTTGCTCGGGAAGTTGTAACAATGGAAGAGAACGTGGCA 3346
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3229 AGGAATCGATGAAAGTTGATGGTTGCTCGGGAAGTTGTAACAATGGAAGAGAACGTCGCA 3288
Query 3347 AAGATGATTCGAC---TTCATCGGTTATGCAACAAACGGCTAAGTATTTGAGAAGTAGTA 3403
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3289 AAGATGATTCGACGACTTCATCGGTTATGCAACAAACGGCTAAGTATTTGAGAAGTAGTA 3348
Query 3404 GCACGAGTttctctgcgtcttctttgctttactcttcttcttcttctgctacttctAATG 3463
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3349 GCACGAGTTTCTCGGCATCTTCTTTGCTTTACTCTTCTTCTTCTTCTGCTACTTCTAATG 3408
Query 3464 TTAGACCAAATCTTAAATAAATGCATGGGTAATTATGTTTTTAAG 3508
|||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3409 CTAGACCAAATCTTAAATA---G-ATGGTTAATTATGTTTCTAAG 3449
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133924599387
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5