BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G48960.1
Length=2213
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494959 jgi|Araly1|494959|fgenesh2_kg.8__775__AT5G48960.1 3472 0.0
> Ahg494959 jgi|Araly1|494959|fgenesh2_kg.8__775__AT5G48960.1
Length=2161
Score = 3472 bits (1880), Expect = 0.0
Identities = 2081/2177 (96%), Gaps = 17/2177 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 ACTCTCATCTTCTAGAAGTTAAAACATCACGCCATCTTCCGAATTCAAACGCCGATGTTC 64
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ACTCTCATCTTCTAGAAGTTAAAACCTCACGCCATTTTCCGAATTCAAACGTCGATGTTC 60
Query 65 TGTCGTTTTCTGTCTCACATATTGGAACGAGCGTAAAGATGCCTAATTTCTCAGTTAACG 124
|||||||||||||| |||| | |||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGTCGTTTTCTGTCCCACACACTGGAGCGAGTATAGAGATGTCTAATTTCTCAGTTAACG 120
Query 125 TTCCCCAACTCTCATCTCTTTACAGTACAAAAACGCCCAAAGTGAGAATGAATCTATGTG 184
||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCCCCAACTCTCGTCTCTCTACAGTACACAAACGCCCAAAGTGAGAATGAATCTATGTG 180
Query 185 CCGATCAGGTGTTCGATAAAAAGCTTCTGTGGAGAGATATGTCAACGAAGATGAAATTTC 244
|||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 181 CCGATCAGGTGTTCGACAAAATGCTTCTTTGGAGAGATATGGCAACGAAGATGAGGTTTC 240
Query 245 CTTCTTTTTCTGCTGCGGAATTACCTGATTTGAGGAAAAGTAA-CAAGAGGAGGGGATCT 303
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |||||
Sbjct 241 CTTCTTGTTCTAATGCGGAATTACCTGATTTGAGGAAAAG-AAGCAA-A--AGGAGATCT 296
Query 304 CTTAGGATGATCAAGTGCAGAGCCGCCGGAGCTGACGGTGGACGCGTGGCTGTTGGGGAT 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 297 CTTAGGATGATCAAGTGCAGAGCCGCCGGAGCTGATGGTGGTCGTGTGGCTGTTGGAGAT 356
Query 364 GATGTGTTTTCGGTTACTACTTCTTCTAAGTATGAAGTTGACTATCTGGGTCAAAGTACT 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 357 GATGTGTTTTCGGTTACTACTTCTTCTAAGTATGAAGTTGACTATTTGGGTCAAAGTACT 416
Query 424 AAGGGAGATTTGAATCTCAAGCTTGACCCTCTTCAGTCATTTGGAGATGGGCAGGCTACA 483
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AAGGGAGATTTGAATCTCAAGCTTGACCCACTTCAGTCATTTGGAGATGGGCAGGCTACA 476
Query 484 TTGGAGGGTCCCATTGAGGAGGTAGCGAGAACAGAGGCTCAAGCGGCTGAAAATTTGATT 543
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 477 TTGGAAGGTCCAATTGAGGAGGTAGCGAGAACAGAGGCTCAAGCCGCGGAAAATTTGATT 536
Query 544 AGAGAGTTGGGTATCCAAGGCCCTTTCTCTGCACAGCACTCTCCTCGGGGTATATTTTGT 603
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 AGGGAGTTGGGTATCCAAGGTCCTTTCTCTGCGCAACACTCTCCTCGGGGTATATTTTGT 596
Query 604 AGTCGTACATTGAATCTTCGGTCCATTAGTGCAATTGGATATGATATGGATTACACTTTG 663
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AGTCGTACATTGAATCTACGGTCCATTAGTGCAATTGGGTATGATATGGATTACACTTTG 656
Query 664 ATGCACTACAATGTCATGGCTTGGGAAGGAAAGGCTTATGACTATTGCATGGAAAATCTA 723
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 ATGCACTACAATGTCATGGCTTGGGAAGGAAAGGCTTATGACTATTGCATGGAAAATCTG 716
Query 724 AAGAGCATGGGTTTCCCTGTTGATGGACTTGCTTTTGATCCGGAACTGGTTATCAGGGGT 783
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 717 AAGAGCATGGGTTTCCCGGTTGATGGACTTGCTTTTGATCCAGAACTGGTTATCAGAGGT 776
Query 784 CTCATGATTGACAAAGAGAAAGGTAATTTAGTTAAGGCCGATAGATTTGGGTATGTGAAG 843
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CTCATGATTGACAAAGAGAAAGGTAATTTAGTCAAGGCCGATAGATTTGGGTATGTGAAG 836
Query 844 AGAGCCATGCACGGTACAAAGATGTTATCAAATAAAGCTGTCAGTGAGATCTATGGAAGG 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AGAGCCATGCACGGTACAAAGATGTTATCAAATAAAGCTGTCAGTGAGATCTATGGAAGG 896
Query 904 GAGTTAGTTGACCTGCGGAACCAGAGTCGATGGGAGTTTCTCAATACAtttttttCAGTT 963
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 897 GAGTTAGTTGACCTGCGGAACCAGAGTCGATGGGAGTTTCTCAATACATTTTTTTCTGTT 956
Query 964 TCAGAGGCTCTGGCTTATGCACAGATGGTTGATAGATTGGATGATGGATTTATTTCGGCA 1023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TCAGAGGCTCTGGCTTATGCACAGATGGTTGATAGATTGGATGATGGATTTATTTCGGCA 1016
Query 1024 GATCTTGGCACTCTTGATTATAAAGGACTGTATAAGGCTGTTGCAAAAGCTCTCTTCAGA 1083
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GATCTTGGCACTCTTGATTATAAAGGACTGTACAAGGCTGTTGCAAAAGCTCTCTTCAGA 1076
Query 1084 GCACATGTTGAAGGACAACTTAAGAGTGAGATAATGTCCAAGCCGGAACTATTTGTCGAG 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GCACATGTTGAAGGACAACTTAAGAGTGAGATAATGTCCAAGCCGGAACTATTTGTCGAG 1136
Query 1144 CCAGACCCAGAACTACCTTTAGCTCTTTTAGATCAAAAGGAGGCTGGTAAGAAGCTCTTG 1203
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CCAGACCCAGAATTACCTTTAGCTCTTTTAGATCAAAAGGAGGCTGGTAAGAAGCTCTTG 1196
Query 1204 CTTATCACAAACTCGGATTATCACTACACAGACAAAATGATGAAGCATTCATTTAACAAA 1263
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1197 CTTATCACAAACTCGGATTATCACTACACAGACAAAATGATGAAGCATTCATTTAATAAA 1256
Query 1264 TTCCTTCCCAATGACATGGACTGGCGAGATCTTTTTGACATGGTGATAGTTTCTGCGAGG 1323
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TTCCTTCCCAATGACATGGACTGGCGGGATCTTTTTGAAATGGTGATAGTTTCTGCGAGG 1316
Query 1324 AAACCAGAGTTCTTCCAGATGTCGCACCCTCTATATGAGGTTGTGACTGGAGAGGGTTTG 1383
||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAACCAGAGTTCTTCCAGATGTCACACCCTTTGTACGAGGTTGTGACTGGAGAGGGTTTG 1376
Query 1384 ATGCGTCCATGCTTCAAGGCTGAAACAGGAGGTTTGTACTCAGGAGGAAGTGCTCAAATG 1443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ATGCGTCCATGCTTCAAGGCTGAAACAGGAGGTTTGTACTCGGGAGGAAGTGCTCAAATG 1436
Query 1444 ATAGAGAGTTCACTCAACGTTCATGGAGATGAGATTTTGTATGTTGGTGACCACATCTAC 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ATAGAGAGTTCACTCAACGTTCATGGAGATGAGATTTTGTATGTTGGTGACCACATCTAC 1496
Query 1504 ACTGATGTCAGCGTATCCAAAGTCCATCTCAGGTGGCGAACTGCGCTGATTTGCCGTGAA 1563
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1497 ACTGATGTCAGCGTATCCAAAGTCCATCTCAGGTGGCGAACTGCACTGATTTGCCGTGAA 1556
Query 1564 CTGGAAGAAGAGTATATGGCTCTAATTGGCAGTCGTGGTCACCGAGAAGAGCTAATAGAG 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CTGGAAGAAGAGTATATGGCTCTAATTGGCAGTCGTGGTCACCGAGAAGAGCTAATAGAG 1616
Query 1624 CTTATAAATCAAAAAGAGGTTGTTGGGGATCTCTTTAACCAACTTCGGCTTGCTCTTCAA 1683
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1617 CTTATAAATCAAAAAGAAGTTGTTGGGGATCTCTTTAACCAGCTCCGGCTTGCTCTTCAA 1676
Query 1684 AGACGAAGCAAAGGCCGTCCTGCTCAGACTCTCGCTGCTACCAACTTGGATGATCAAGAA 1743
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1677 AGACGAAGCAAAGGCCGTCCTGCTCAGACCCTCGCTGCTACCAACTTAGATGATCAAGAA 1736
Query 1744 CTGACAGAGACCATGCAAAAGCTTCTTATTGTAATGCAAAGACTAGATGACAAGATTGGT 1803
||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CTGACAGAGACTATGCAGAAGCTTCTCATTGTAATGCAAAGACTAGATGACAAGATTGGT 1796
Query 1804 CTAATGCTGGAAACAGATGGCGAGCTCTTTAACAAAAGGTGGGGCTTCCTCTCACGCGCG 1863
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CTAATGCTGGAAACAGACGGCGAGCTCTTCAACAAAAGGTGGGGCTTCCTCTCACGCGCG 1856
Query 1864 GGTTTGTGGGATAAAAGCCACTTGATGAGACAAATCGAAAAGTATGCGGATATATACACA 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GGTTTGTGGGATAAAAGCCACTTGATGAGACAAATCGAAAAGTATGCGGATATATACACA 1916
Query 1924 TCAAGAGTCTCCAACTTCCTCAACTACACACCCTTCATGTATTTCCGCTCACAAGAGCAG 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TCAAGAGTCTCCAACTTCCTCAACTACACACCCTTCATGTATTTCCGCTCACAAGAGCAG 1976
Query 1984 TCACTGGCTCACGATTCTCCGCTTCCAGATGCGGGTATAGAAAACTAGCGGTTGTGACCA 2043
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||
Sbjct 1977 TCACTGGCTCACGATTCTCCGCTTCAAGATGCGGGTATGGAAAACTAGCAGTTGTGCCCA 2036
Query 2044 AAGTTGAGGCAACTTGTGTGTTGTAATATTTTTAGATGAAAAAACTGTGGATAGAAGAAA 2103
|| | | |||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2037 AACTCG-------TTGTGT-T-GTAATATATTTAGATGAAAA--CTGTGGATAGAAGAAA 2085
Query 2104 TGTAACAATAGAAATTCTTAAGCTCAAAAGTCTACTTTATGTATAAAATGTGTATTCTTA 2163
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2086 TGTAACAATAGAAATTCTTAAGCTCAAAC-TCTATTTTATGTATAAAATGTGTAATCCTA 2144
Query 2164 TTCTCTGAATTGAAGTT 2180
||||||||||||| |||
Sbjct 2145 TTCTCTGAATTGAGGTT 2161
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83303365815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5