BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49150.1
Length=3052
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949395 jgi|Araly1|949395|scaffold_801282.1 4163 0.0
> Ahg949395 jgi|Araly1|949395|scaffold_801282.1
Length=2806
Score = 4163 bits (2254), Expect = 0.0
Identities = 2570/2724 (94%), Gaps = 15/2724 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 288 AGATCTATTTTACTCCAATCATGGTTGGTATCTTCAATATTGTTATAGATGAGGAGAATT 347
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 1 AGATCTATTTTACTCCAATCATGGTTGGGATCTTCAATATCGTTATAGACGACGAGAATT 60
Query 348 TCAAAGTCCTCGATTCGTCGCTCCATTTTGAAGTCGAAGCAGGGTTAATGTACCCATCTG 407
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 TCAAAGTCCTCGATTCGTCGCTCCATTTCGAAGTCGAACCAGGGTTGATGTACCCATCTG 120
Query 408 TTAGTGTTGTTTCTTGGATGGGTCTTGCAAATGTGTTTGAAGCCGGGATGAATGCGTCGA 467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 121 TTAGTGTTGTTTCTTGGATGGGTCTTGCAAATGTGTTTGAAGCCGGGATGAATGCATCAA 180
Query 468 TTTTGATTCTTCCGAAGGATGCATTCGGGAACAACATATCGTTTTCCGGGAAGAAGATGG 527
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 181 TTTTGATTCTTCCGAAGGATGCATTCGGGAATAACATATCTTTTTCCGGGAAGGAGATGG 240
Query 528 AGTTTCAGGAGTTTTCTCTGTCTCTTATTAGTGAAAATGGTTC-ATT--TGCTGGTGTTC 584
||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 241 AGTTTCAGGGGTTTTCTTTGTCTCTTCTTAATGAAAATGGTTCAATTGCTGCTGGTGTTC 300
Query 585 TTAATAGTACACACAT-T-AGATGGATTGTATCTGGTTATATTTCCATTGATTTTGTTCT 642
|||||| | ||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 301 TTAATA-T-CACACATATCAGATGGATTGAATCTGGTTATATCTCCATTGAGTTTGTTCT 358
Query 643 TGTTACTTCTGGAAAATTCTTATTGCTTGTGGAGAAGGAAAGCCAAACATTGAATGGTGG 702
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 359 TGTTACTACTGGAAAATTCTTATTGCTTGTGGAGAAGGAGAGCCAAACATTGAATGGTGT 418
Query 703 TCCATTACCTCTTGAGGTGAATTCAGGACCATTGGATGTTTCCAATTGTGTGAGTATATG 762
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TCCGTTACCTCTTGAGGTGAATTCAGGACCTTTGGATGTTTCCAATTGTGTGAGTATATG 478
Query 763 GAAGTCAGAGTTAAGCACATGGCAGATATTTTCCAAAATGGAGATCTTGTTACACCAGAA 822
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GAAGTCAGAGTTAAACACATGGCAAATATTTTCCAAAATGGAGATCTTGTTACACCAGAA 538
Query 823 AGATCGCTTCGGGAACATTGTTTCTGGATTCTACGAATTTGATGCTGATGTGGTGGAAGT 882
|||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 539 AGATCGATTCGGAAACCTTGTTTCTGGATTCTACGAATTTGATGCTGATGTGGTGGAAAT 598
Query 883 AGAGACGGGTTTGTCCATACCGGTAGCAGATTTCCAGTTTGAGTATGTAGAGCCAGGGAT 942
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AGAGACGGGTTTATCCATACCGGTAGCAGATTTCCAGTTTGAGTATGTAGAGCCAGGGAT 658
Query 943 TCAGTTGATGTCTTTCA-CCTTATCTGAACCTGGAAATTTCTTGCTTACTCTCTCTGATA 1001
||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 659 TCAGTTGATGTCTTTCAGCC-TATCTGAACCAGGAAATTTCTTGCTTACTCTTTCTGATA 717
Query 1002 TGAAGCACAATAAGAGCATCTCTAGTATGCCATATGTGTATACAGTATATATAGGTTATT 1061
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TGAAACACAATAAGAGCATCGCTAGTATGCCATATTTGTATACAGTATATATAGGTTATT 777
Query 1062 GTGATGGATCAAGAAGTATAGTAAATGGTTCAGGGATCAATGCTTCTATTGCTGGGGAGT 1121
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GTGATGGATCAAGAAGTATAGTTAATGGTTCAGGGATTAATGCTTCTATTGCTGGGGAGT 837
Query 1122 CTCTTGGC-TTCTCTGTTTACTTGAAAGATGCTTATGGTTATCCCTCACCAGTCCAAGTC 1180
||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 838 CTCTT-GCGTTCTCTATTTACTTGAAAGATGCTTATGGTTATCCCTCATCAATCCAAGTG 896
Query 1181 GATAGACTTCAGGTCCGAATCGTACTAGAGATTGATTCCTCAATTATTTTGCCAACCATA 1240
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 897 GATAGACTTCAGGTCCGAATCGTACTAGAGACTGATTCCTCATTTATTTTGCCAACTATA 956
Query 1241 CAGCCAAGAGAGGCTCTCAATGGGACTGGATCAAGTCACCAAGCTGCTACTCCATTGTAC 1300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 957 CAGCCAAGAGAGGCTCTCAATGGGACTGGATCAAGTCACCAAACTGCTACTCCATTGTAC 1016
Query 1301 GAGAAACATGGCGGAAGAGCTTCAGGCAACCTAGTGACTCAAGCGAGTATTTTTGACGTA 1360
|||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GAGAAACATGGCGGAATAGCTTCAGGCAGCCTACCAACTCAAGCGAGTATTTTTGACGTA 1076
Query 1361 ACTTATACTCCTAAAAGGACTGGAATTTATAGAA-TCTTTATATCATCTGGAAACATAGT 1419
||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1077 ACTTATACTCCAAAAAGGAGTGGGATCTATAGAATTC-TTATATCATCAGGAAACATAGT 1135
Query 1420 CCTCAATGGAGGCCAGCCTTTCATCAAGGAAGTATATGCAGGTGAAGTGAATGTGGCAGC 1479
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TCTCAATGGAGGCCAGCCTTTCATTAAGGAAGTATATGCAGGTGAAGTGAATGTGGCAGC 1195
Query 1480 GTGTAGTGTGACTCAATTCAATGGAAAAGTACCAAAAGAAATCAAGAATGAAATTGTAGT 1539
|||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1196 GTGTAGTGTGACCCAATTCAATGCAAAAGTGCCAAAGGAAATCAAGAATGACGTTGTGGT 1255
Query 1540 GTTGCTCTTGGATGGTTTCTACAATCCTGTACCGTCACAGCCATCTCGGTTAAAGTTTGA 1599
||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1256 GTTGCTCTTGGATGGCTTCTACAATCCTGTACCATCTCAGTCATCTCGGTTAAAGTTGGA 1315
Query 1600 GATCACCTCAGCTAATACATCAAGTTTCACTACATGGGAATTTGTAGATAATAATGATGG 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GATCACCTCAGCTAATACATCAAGTTTCACTACATGGGAATTTGTAGATAATAATGATGG 1375
Query 1660 GACATATACTGGTAGCTATCTGGCCATGGAGGTTGGTACTTACCGAATGTGCATATCTTT 1719
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GACATATACTGGTAGCTATTTGGCCATGGAGGTCGGTACTTACCGAATGTGCATATCTTT 1435
Query 1720 TGACAATAAACATATCCAACCTTGCCCCTTCGACGTAAATGTGTATAGCAATGGATACTT 1779
|||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGACAATAAACATATCGAACCTTGCCCCTTTGATGTTAATGTGTATAGCAATGGATACTT 1495
Query 1780 TCCAAGAGCCTATGATGATCCAGTCAATGTGTGGGAAGATGAGTCAATATCTTTCAATCC 1839
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TCCAAGAGCGTATGATGATCCAGTCAATGTATGGGAAGATGAGTCAATATCTTTCAATCC 1555
Query 1840 ACTGGAAAACGACTATTTTGCTGGCGACAATGCAAGCATGCTCGGTTTCTCACAACCAGG 1899
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ACTGGAAAACGACTATTTTGCTGGCGACAATGCGAGCATGCTCGGTTTCTCACAACCAGG 1615
Query 1900 TCATGGTTCTCTTCTGAGAGATGGAAACCTCCTTAGATACACGCCAATGAAGAATTTTTC 1959
|||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1616 TCATGGTTCTCTCCTGAGAGATGGCAACGTCCTTAGATACACGCCAATCAAGGATTTTTC 1675
Query 1960 AGGAAATGACTCCTTTCTTTATACAATAGCTGATATCAATGGAAACTTAGCCGCAGCTAC 2019
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AGGAAATGACTCCTTTCTCTATACAATAGCTGATATCAATGGAAACTTAGCCGCAGCTAC 1735
Query 2020 AGTATACATCTTTGTTCTTACTGCTCCTCCTCAGTTTGTTTCATTTTCGGGCGGATTGCA 2079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||
Sbjct 1736 AGTATACATCTTTGTTCTTACTGCTCCTCCTCAGTTTGTCTCGTTTTCCGGCGGCTTGCA 1795
Query 2080 AGCAACTGAAGATCTAATCAGTCCTAGATATGGTGGCTTCTCTGGCCTGGAGATAAGCTA 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1796 AGCAACTGAAGATCTAATCAGTCCTAGATATGGTGGCTTCTCTGGGCTGGAGATAAGCTA 1855
Query 2140 CTCAGACCTGCTGGAGAACATTTCAGTAATGGTACAAGCACTTTCGGGATCAGTCATTCT 2199
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |
Sbjct 1856 CTCAGACCTGCTGGAGAACATTTCAGTAACAGTACAAGCCCTTTCGGGATCGGTCATTTT 1915
Query 2200 GTCTCCGATGTTGATGCAGTTTAGACCTCCTGGAAGTGGAAAACTCTCAGTTAGCAATGG 2259
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GTCTCCCATGTTGATGCAGTTTAGACCTCCTGCAAGTGGAAGACTCTCAGTTAGCAATGG 1975
Query 2260 AGGTGAAGATAGAAGGGTCTTAATCTTAGAAGGACAAGTAGGAGTTATCAATCCCGCACT 2319
|||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 AGGTGAAGATGGAAAAGTCTTAATCTTAGAGGGACAAATAGGAGTTATCAATCCCGCACT 2035
Query 2320 TCAGTCGATTCAATATCTCGGAAATGAGAATTTTGCTGGTGTTGATTCTCTTCGGCTGTC 2379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TCAGTCGATTCAATATCTCGGAAATGAGAATTTTGCTGGTGTTGATTCTCTTCGGCTGTC 2095
Query 2380 TACAAAGAACAAGAATGGGATCAACCATCTGGATGTTCCGGTTTTCGTTGAACCTGTAAA 2439
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 2096 CACAAAGAACAAGAATGGGATCAATCATCTGGATGTCCCAGTTTTCGTTGAACCCGTAAA 2155
Query 2440 TGACCCACCGTTTATTAATGTTCCTCAATATATAATGCTGGAGAGTAATGGGAGTGAGTC 2499
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGATCCACCGTTTATTAATGTTCCTCAATATATAATGCTGGAGAGTAATGGGAGTGAGTC 2215
Query 2500 ACTTATATTTCACCCCGAAAGAGACAAGTTCAACTTCTCAGTTGGAGATCCAGATCTTGT 2559
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ACTTATCTTTCACCCGGAAAGAGACAAGTTCAACTTCTCAGTTGGAGATCCAGATCTTGT 2275
Query 2560 TAATTTCCCCGGTGGTGAATCTCATTTCTTAGTAACATTTTCC-TTGGAAGTCACTGACG 2618
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2276 TAATTTCCCTGGTGGTGAATCTCATTTCTTAGTAACGTTTTCCGTTG-AAGTCACTGACG 2334
Query 2619 GATTTCTGCTGACAAACTTACCGTCAGAGCTTATAAACTCAACAGAGCTGAAGTTCAAAA 2678
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2335 GGCTTCTGCTGACAAACTTACCGTCAGAGCTTATAAACTCAACAGAGCTTAAGTTCAAAA 2394
Query 2679 ACTTGTTCCAATGGCAGCCAATTCAGACGTATGCTGCCATTTCTAAACACGTGAATGTCA 2738
|| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 ACATGTTCCAATGGCAGCCAATTCAGACTTACGCCGCCATTTCTAAACACGTGAATGTCA 2454
Query 2739 AAGCTAGTGGGATCAGGTTTCGTGGAACTATAAGGCAATGCAACGACCTCATGCAACAGC 2798
||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2455 AAGCTAGCGGGATTAGGTTTCGTGGAACCATAAAGCAATGCAACGACCTTATGCAACAGC 2514
Query 2799 TGCTCCATCGCGGAGGAGAGAATGGTGCGGTCTTGACTTTGAAACTGAGTGACATGGGGA 2858
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2515 TGCTCCATCGCGGAGGAGAGAACGGAGCGGTCTTGACCCTGAAACTTAGTGACATGGGGA 2574
Query 2859 ACTACGGGTGCTTCCTTGACTGTACCGAGAGAATTTCACTGCCTCTTCACGCAGAAGCTC 2918
|||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2575 ACTATGGGTGCTTCCTAGACTGCACCGAGAGAATTTCATTGCCTCTTCATGCAAAAGCTC 2634
Query 2919 GCGTAAACCTCATTAGGAAGAGACCCTTGAGTTCCCTTGGAGCCCACGGTACGTTTATGA 2978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2635 GCGTAAACCTCATTAGGAAGAGACCCTTGAGTTCCCTTGGAGCCCATGGTACGTTTATGA 2694
Query 2979 AATACTTGGTTGTGGTTCCATTCA 3002
|| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2695 AACACTTGGTAGTGGTTCCATTCA 2718
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115261081370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5