BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49190.1
Length=2511
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494980 jgi|Araly1|494980|fgenesh2_kg.8__796__AT5G49190.1 4205 0.0
> Ahg494980 jgi|Araly1|494980|fgenesh2_kg.8__796__AT5G49190.1
Length=2511
Score = 4205 bits (2277), Expect = 0.0
Identities = 2436/2514 (97%), Gaps = 6/2514 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCGACTGGTAGGTTCGAGACTATGCGTGAATGGGTTTATGACGCTATCTCTGCTCAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCGACTGGTAGGTTCGAGACTATGCGTGAATGGGTTCATGACGCCATCTCTGCTCAA 60
Query 61 CGCAATGAGCTCCTCTCTCTTTTCTCCAGATATGTAGCCCAGGGAAAGGGGATATTGCAG 120
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCAATGAGCTCCTCTCTCTCTTCTCCAGATATGTAGCTCAGGGAAAGGGGATATTGCAG 120
Query 121 TCCCACCAGCTGATTGATGAGTTCCTTAAGACTGTGAAAGTTGATGGAAC-ATTAGAAGA 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 121 TCCCACCAGCTGATTGATGAGTTCCTTAAGACTGTGAAAGTTGATGGAACAACT-GAAGA 179
Query 180 TCTTAACAAAAGTCCATTCATGAAAGTTCTGCAGTCTGCAGAGGAAGCCATAGTTTTGCC 239
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCTTAACAAAAGTCCATTCATGAAAGTTTTGCAGTCTGCAGAGGAAGCCATAGTTTTGCC 239
Query 240 TCCATTTGTTGCTTTGGCTATACGTCCCAGACCTGGTGTTAGGGAATATGTCCGTGTGAA 299
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCCATTTGTTGCTTTGGCTATTCGTCCCAGGCCTGGTGTTAGGGAATATGTCCGTGTGAA 299
Query 300 TGTGTATGAGCTGAGCGTAGATCATTTAACTGTTTCTGAATATCTTCGGTTTAAGGAAGA 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGTGTACGAGCTGAGCGTAGATCATTTAACTGTTTCTGAATATCTTCGGTTTAAGGAAGA 359
Query 360 GCTCGTTAATGGCCATGCCAATGGAGATTATCTCCTTGAACTTGATTTTGAACCTTTCAA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 360 GCTCGTTAATGGCCATGCCAATGGAGATTATCTTCTTGAGCTTGATTTTGAACCCTTCAA 419
Query 420 TGCAACATTGCCTCGCCCAACTCGTTCATCATCCATTGGGAATGGGGTTCAGTTCCTCAA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGCAACATTGCCTCGCCCAACTCGTTCATCATCCATTGGGAATGGGGTTCAGTTCCTCAA 479
Query 480 TCGTCACCTCTCTTCAATTATGTTCCGTAACAAAGAAAGCATGGAGCCTTTGCTTGAGTT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCGTCACCTCTCTTCAATTATGTTCCGTAACAAAGAAAGCATGGAGCCTTTGCTTGAGTT 539
Query 540 TCTCCGCACTCACAAACATGATGGCCGTCCTATGATGCTGAATGATCGAATACAGAATAT 599
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCTCCGCACTCACAAACATGATGGCCGTTCTATGATGCTGAATGATCGAATACAGAATAT 599
Query 600 CCCCATACTTCAGGGAGCTTTGGCAAGAGCAGAGGAGTTCCTTTCTAAACTTCCTCTGGC 659
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CCCCATACTTCAGGGAGCTTTGGCAAGGGCAGAGGAGTTCCTTTCTAAACTTCCTCTGGC 659
Query 660 AACACCATACTCTGAATTCGAATTTGAACTACAAGGGATGGGATTTGAAAGGGGATGGGG 719
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TACACCATACTCTGAATTCGAGTTTGAACTGCAAGGAATGGGATTTGAAAGGGGATGGGG 719
Query 720 TGACACAGCACAGAAGGTTTCAGAAATGGTGCATCTTCTTCTGGACATACTCCAGGCACC 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGACACAGCACAGAAGGTTTCAGAAATGGTGCATCTCCTTCTGGACATACTCCAGGCACC 779
Query 780 TGATCCTTCTGTCTTGGAGACGTTTCTAGGAAGGATTCCTATGGTGTTCAATGTTGTGAT 839
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGATCCTTCTGTATTGGAGACGTTCCTAGGAAGGATTCCTATGGTGTTCAATGTTGTGAT 839
Query 840 TTTGTCTCCGCATGGTTACTTTGGCCAAGCCAATGTCTTGGGTCTGCCTGATACTGGTGG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 TTTGTCTCCGCATGGTTACTTTGGCCAAGCCAATGTCTTGGGTCTGCCTGACACTGGTGG 899
Query 900 ACAGGTTGTCTACATTCTTGATCAAGTACGTGCATTGGAAAATGAGATGCTCCTTAGGAT 959
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CCAGGTTGTGTACATTCTTGATCAAGTTCGTGCATTGGAAAATGAGATGCTCCTTAGGAT 959
Query 960 ACAGAAGCAAGGACTGGAAGTTATTCCAAAGATTCTCATTGTAACAAGACTGCTACCCGA 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 960 ACAGAAGCAAGGACTGGAAGTTATTCCAAAGATTCTCATTGTAACAAGACTGATACCCGA 1019
Query 1020 AGCAAAGGGAACAACGTGCAACCAGAGGTTAGAAAGAGTTAGTGGTACAGAACACGCACA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AGCAAAGGGAACAACGTGCAACCAGAGGTTAGAAAAAGTAAGTGGTACAGAACACGCACA 1079
Query 1080 CATTCTGCGAATACCATTTAGGACTGAAAAGGGAATTCTTCGCAAGTGGATCTCAAGGTT 1139
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1080 TATTCTGCGAATACCATTTAGGACTGAGAAGGGAATTCTTCGCAAGTGGATCTCGCGGTT 1139
Query 1140 TGATGTCTGGCCATACCTGGAGACTTTTGCAGAGGATGCATCAAATGAAATTTCTGCGGA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1140 TGATGTCTGGCCATACCTGGAGACTTTTGCAGAGGATGCATCAAATGAAATTTCTGCAGA 1199
Query 1200 GTTGCAGGGTGTACCAAATCTCATCATTGGCAACTACAGTGATGGAAATCTCGTTGCTTC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTTGCAGGGTGTACCAAATCTCATCATTGGCAACTACAGTGATGGAAATCTCGTTGCTTC 1259
Query 1260 TTTGTTAGCTAGTAAGCTAGGTGTGATACAGTGTAATATTGCTCATGCTTTAGAGAAAAC 1319
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTTGTTAGCTAGTAAGCTAGGCGTGATGCAGTGTAATATTGCTCATGCTTTAGAGAAAAC 1319
Query 1320 CAAGTACCCCGAGTCTGACATTTACTGGAGAAACCATGAAGATAAGTATCACTTTTCAAG 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 GAAGTACCCCGAGTCTGACATTTACTGGAGAAACCATGAAGATAAGTATCATTTTTCAAG 1379
Query 1380 TCAGTTCACTGCAGATCTAATTGCCATGAATAATGCCGATTTCATCATCACCAGCACATA 1439
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCAGTTCACTGCAGATTTAATTGCCATGAATAATGCTGATTTCATCATCACCAGCACATA 1439
Query 1440 CCAAGAGATTGCGGGAAGCAAGAACAATGTTGGGCAATACGAGAGCCACACAGCTTTCAC 1499
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CCAAGAGATCGCGGGAAGCAAGAACAATGTTGGGCAATACGAGAGCCACACAGCTTTCAC 1499
Query 1500 TATGCCTGGTCTTTACCGAGTTGTTCATGGAATTGATGTCTTTGATCCTAAGTTTAATAT 1559
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TATGCCTGGTCTTTACCGAGTTGTTCATGGGATCGATGTCTTTGATCCTAAGTTTAATAT 1559
Query 1560 AGTCTCTCCAGGAGCTGATATGACCATATACTTTCCATATTCTGACAAGGAAAGAAGACT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGTCTCTCCAGGAGCTGATATGACCATATACTTTCCATATTCTGACAAGGAAAGAAGACT 1619
Query 1620 CACTGCCCTTCATGAGTCAATTGAAGAACTCCTCTTTAGTGCCGAACAGAATGATGAGCA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CACTGCCCTTCATGAGTCAATTGAAGAACTCCTCTTTAGCGCCGAACAGAATGATGAGCA 1679
Query 1680 TGTTGGTTTACTGAGCGACCAATCGAAGCCAATCATCTTCTCTATGGCAAGACTTGACAG 1739
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGTTGGTTTACTGAGCGACCAATCAAAGCCGATCATCTTCTCCATGGCAAGACTTGACAG 1739
Query 1740 GGTGAAAAACTTGACTGGGCTAGTTGAATGCTATGCCAAGAATAGCAAGCTTAGAGAGCT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GGTGAAAAACTTGACTGGGCTAGTTGAATGCTATGCCAAGAATAGCAAGCTTAGAGAGCT 1799
Query 1800 TGCAAATCTTGTTATAGTCGGTGGCTACATCGATGAGAATCAGTCCAGGGATAGAGAGGA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CGCAAATCTTGTTATAGTCGGTGGCTACATCGATGTGAATCAGTCCAGGGATAGAGAGGA 1859
Query 1860 AATGGCTGAGATACAAAAGATGCACAGCCTGATTGAGCAGTATGATTTACACGGTGAGTT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1860 AATGGCTGAGATACAAAAGATGCACAGCCTGATTGAGCAGTATGATTTACATGGTCAGTT 1919
Query 1920 TAGGTGGATAGCTGCTCAAATGAACCGTGCTCGAAATGGTGAGCTTTACCGTTATATCGC 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TAGGTGGATAGCTGCTCAAATGAACCGTGCTCGAAATGGTGAGCTTTACCGTTATATCGC 1979
Query 1980 AGACACAAAAGGTGTTTTTGTTCAGCCTGCTTTCTATGAAGCATTTGGGCTTACGGTTGT 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1980 AGACACAAAAGGTGTTTTTGTTCAGCCTGCTTTCTATGAAGCATTTGGGCTTACAGTTGT 2039
Query 2040 GGAATCAATGACTTGTGCACTCCCAACGTTTGCTACCTGTCATGGTGGACCCGCAGAGAT 2099
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GGAATCAATGACTTGTGGGCTCCCAACGTTTGCTACCTGTCATGGTGGACCCGCAGAGAT 2099
Query 2100 TATCGAAAACGGAGTTTCTGGGTTCCACATTGACCCATATCATCCAGACCAGGTTGCAGC 2159
|||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TATCGAGAATGGAGTTTCGGGGTTCCACATTGACCCATATCATCCAGACCAGGTTGCAGC 2159
Query 2160 TACCTTGGTCAGCTTCTTTGAGACCTGTAACACCAATCCAAATCATTGGGTTAAAA-TCT 2218
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2160 TACCCTGGTCAGCTTCTTTGAGACCTGCAACACCAATCCAAATCATTGGGT-AAAAGTCT 2218
Query 2219 CTGAAGGAGGGCTCAAGCGAATCTATGAAAGGTACACATGGAAGAAGTACTCAGAGAGAC 2278
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 CTGAAGGAGGTCTCAAGCGAATCTATGAAAGGTACACATGGAAGAAGTACTCAGAGAGGT 2278
Query 2279 TGCTTACCCTGGCTGGAGTCTATGCATTCTGGAAACATGTGTCTAAGCTCGAAAGGAGAG 2338
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TGCTTACGCTGGCTGGAGTCTATGCATTCTGGAAACATGTGTCTAAGCTCGAAAGGAGAG 2338
Query 2339 AAACACGACGTTACCTAGAGATGTTTTACTCAT-TGAAATTTCGTGATTTGGCCAATTCA 2397
||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2339 AAACACGACGTTACCTAGAGATGTTCTACTC-TCTGAAGTTTCGTGACTTGGCCAATTCA 2397
Query 2398 ATCCCGCTGGCAACAGATGAGAACTGATCATGACAGGGTAGGATTTTATTTCCTGCACTT 2457
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2398 ATCCCGCTGGCAACAGATGAGAACTGAGCATGACAGGGTTGGATTCTATTTGCTGCACTT 2457
Query 2458 TCTTTAGATCTTTTGTTTGTGTTATCTTGAATAAAAATTGTTGGGTTTTGTTTC 2511
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2458 TCTTTAGAGCTTTTGTTTGTATTATCTTGAATAAAAGTTGTTGGGTTTTGTTTC 2511
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94654258825
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5