BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49660.1
Length=3291
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495025 jgi|Araly1|495025|fgenesh2_kg.8__841__AT5G49660.1 5145 0.0
> Ahg495025 jgi|Araly1|495025|fgenesh2_kg.8__841__AT5G49660.1
Length=3282
Score = 5145 bits (2786), Expect = 0.0
Identities = 3129/3295 (95%), Gaps = 22/3295 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTATCTGATTCTGATCGTGTACAAAAAACATGAACCCTTCTTTTGTTTTTATAAGCCT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCTATCTGATTCTGATCGTGTACAAAAAACATGAACCCTTCTTTTGTTTTTATAAGCCT 60
Query 61 ATCAACAATTTGCAGTCTTTCAACTTGTAAACTTTAG---cttcttcttcctctc-tttt 116
||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 ATCAATAATTTGCAGTCTTTCAACTTGT-AACCTTAGCTTCTTCTTCTTCCTCTCTTTTT 119
Query 117 tctcccaaacacaaaatttctctctcttttcttGCAACCTAAGTTAGCTCCTCTAGGTTA 176
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 120 TCTCCCAAACACAAAATTTATCTCTCTTTTCTTGCAACCTAAGTTAGGTTCTCTAGGTTA 179
Query 177 Cttttgatctttctctgaaatgcgtctcaaaaatttccccttttttgttctcttcttctt 236
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 180 CTTTTGATCTTTCTCTGAAATGCGTCTCAAAATTTTCCCCTTTCTTGTTCTCTTCTTCTT 239
Query 237 cttttGCTTCAACAGCAATCAATCATGGGGCTTGATGAGTTCGAACCAACAACCTCAATT 296
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CTTTTGCTTCAACAACAACCAATCATGGGGCTTGATGAGTTCGAACCAACAACCTCAATT 299
Query 297 CTTCAAACTTATGAAGAACTCTCTCTTCGGCGACGCTTTGTCCACTTGGAATGTCTATGA 356
|||||||||||||||||||||||| || || || |||||| |||||||||||| |||
Sbjct 300 TTTCAAACTTATGAAGAACTCTCTC-TC--CG--GC-TTGTCCTCTTGGAATGTCTCTGA 353
Query 357 CGTTGGTACCAACTACTGTAACTTCACCGGCGTAAGATGTGACGGTCAAGGGCTAGTCAC 416
||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 354 CGTTGGTACTTACTACTGTAGCTTCAACGGCGTAAGATGCGACGGTCAAGGGCTAGTCAC 413
Query 417 CGATCTTGATCTTTCCGGTTTGTCACTCTCCGGGATTTTCCCTGATGGGGTTTGCTCTTA 476
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 414 CGATCTTGATCTTTCCGGTTTGTCTCTCTCCGGGATTTTCCCAGAAGGGATTTGCTCTTA 473
Query 477 CTTCCCAAACCTCCGTGTACTTCGTCTCTCTCACAACCATCTCAACAAAAGTAGCAGCTT 536
||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 474 CTTACCAAACCTTCGTGTTCTTCGTCTCTCTCACAACCATCTCAACAGAAGCAGCAGCTT 533
Query 537 CCTCAACACCATCCCTAATTGTTCTCTGCTTCGAGACCTAAACATGAGCTCTGTATATCT 596
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 CCTCAACACCATCCCTAATTGTTCTCTGCTTCAAGAGCTAAACATGAGCTCTGTATATCT 593
Query 597 CAAAGGAACTCTCCCTGATTTCTCACAGATGAAATCTTTAAGAGTCATCGACATGTCTTG 656
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 CAAAGGAACTCTCCCTGATTTCCCACCGATGAAATCTTTAAGAGTCATCGACATGTCTTG 653
Query 657 GAACCACTTCACCGGTAGCTTCCCTCTCTCTATCTTCAATCTCA-CTGACTTAGAGTATC 715
||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 654 GAACCACTTCACCGGTAGCTTCCCTATCTCGATTTTCAATCTTAGC-GACTTAGAGTATC 712
Query 716 TCAATTTCAATGAGAATCCAGAGCTTGATCTATGGACTCTACCGGATTCTGTCTCTAAGC 775
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 713 TCAATTTCAATGAGAATCCAGAGCTTGATCTCTGGACTCTACCAGATTATGTCTCTAAGC 772
Query 776 TGACAAAGCTCACACACATGCTCTTGATGACGTGTATGCTCCATGGTAATATCCCAAGAT 835
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 773 TGACAAAGCTCACACACATGCTCTTGATGACTTGTATGCTCCATGGTAATATCCCGAGAT 832
Query 836 CCATTGGGAACTTGACTTCTCTTGTTGATCTTGAACTTAGCGGAAACTTCCTCTCCGGTG 895
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 833 CCATTGGGAATTTGACTTCTCTTGTTGATCTTGAACTTAGCGGTAACTTCCTCTCCGGTG 892
Query 896 AGATTCCAAAAGAAATAGGGAACCTTTCCAACCTAAGGCAGCTTGAGCTTTACTATAACT 955
||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 AGATTCCAAAAGAAATAGGAAATCTTTCCAACCTGAGGCAGCTTGAGCTTTACTATAACT 952
Query 956 ATCACTTAACCGGGAGTATACCGGAGGAAATCGGTAATCTCAAGAATCTTACGGATATCG 1015
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 ATCACTTAACCGGGAGTATACCGGAGGAAATTGGTAATCTCAAGAATCTTACGGATATCG 1012
Query 1016 ATATCTCGGTAAGTAGGTTAACCGGAAGCATACCGGATTCAATCTGCAGTCTACCAAACC 1075
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1013 ATATCTCGGTTAGTAGGTTAACAGGAAGCATACCGGATTCAATCTGTAGTCTTCCAAAAC 1072
Query 1076 TCCGAGTGCTTCAGCTCTACAACAACAGCTTAACAGGTGAGATTCCTAAGTCACTTGGCA 1135
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TCCGAGTCCTTCAGCTCTACAACAACAGCTTAACAGGTGAGATTCCTAAGTCACTTGGCA 1132
Query 1136 ATTCAAAAACCTTGAAGATCTTGTCTCTCTACGACAACTACTTAACCGGTGAACTCCCGC 1195
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 ACTCAAAAACCTTGAAGATCTTGTCTCTCTACGACAACTACTTAACCGGTGAACTCCCGC 1192
Query 1196 CAAATCTCGGTTCTTCCTCGCCTATGATCGCTCTTGATGTCTCCGAAAACCGCCTTTCTG 1255
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1193 CAAATCTTGGATCTTCCTCGCCTATGATCGCTCTTGATGTCTCGGAAAACCGCCTTTCGG 1252
Query 1256 GTCCTCTTCCGGCTCACGTTTGCAAATCCGGTAAGCTTTTGTACTTTCTTGTACTACAAA 1315
|||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1253 GTCCTCTTCCTGCCCATGTTTGCAAATCTGGTAAGCTTTTGTACTTTCTTGTGCTACAAA 1312
Query 1316 ACCGGTTCACTGGTTCGATCCCTGAGACTTATGGGAGCTGCAAGACCCTCATACGGTTCC 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 ACCGGTTCACTGGTTCGATCCCTGAGACTTATGGGAGCTGCAAGACCCTCATACGGTTCC 1372
Query 1376 GTGTTGCGAGCAACCGCCTTGTTGGAACCATACCTCAAGGAGTTATGTCTCTGCCTCATG 1435
| ||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GCGTTGCGAGCAACCGCCTCGTGGGATTCATACCACAAGGAGTTATGTCTCTGCCTCATG 1432
Query 1436 TCTCCATCATCGACTTGGCTTACAACTCCTTG-TCTGGTCCAATACCTAATGCGATCGGA 1494
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1433 TCTCCATCATCGACTTGGCTTACAACTCCTTGTTC-GGTCCAATACCTAATGCTATCGGT 1491
Query 1495 AACGCTTGGAATTTGTCAGAGCTGTTTATGCAGAGTAACAGAATCTCCGGTGTTATACCT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1492 AACGCTTGGAATTTGTCAGAGCTGTTTATGCAGGGTAACAGAATCTCCGGTGTTCTACCT 1551
Query 1555 CATGAGCTCTCTCACT-CCACCAATCTTGTGAAGCTTGACCTCAGCAACAATCAACTGTC 1613
|| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1552 CACGAGATCTCTCA-TGCCACCAATCTTGTGAAGCTTGATCTCAGTAACAACCAACTGTC 1610
Query 1614 TGGTCCAATACCTTCAGAAG-TCGGAAGACTTAGGAAACTGAACTTACTTGTACTGCAAG 1672
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TGGTCCAATACCTTCAG-AGATCGGAAGACTTAGGAAACTGAACTTACTTGTACTGCAAG 1669
Query 1673 GCAACCACCTCGATTCTTCTATACCTGATTCACTTTCTAATCTCAAATCTCTCAACGTTC 1732
||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1670 GCAACCACCTCGATTCTTCGATACCTGAATCATTTTCTAATCTCAAATCTCTGAACGTTC 1729
Query 1733 TTGATCTGTCCAGTAATCTCCTCACTGGAAGAATACCTGAAAACCTCTCCGAGTTGCTCC 1792
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1730 TTGATCTGTCCAGTAATCTCCTCACCGGAAGAATCCCTGAAGACCTCTCCGAGTTGCTAC 1789
Query 1793 CAACCTCGATTAATTTCTCCAGCAACCGGCTCTCTGGTCCTATCCCCGTCTCATTGATAA 1852
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1790 CAACCTCGATTAATTTCTCGAGCAACCGGCTCTCTGGTCCCATCCCCGTCTCATTGATTA 1849
Query 1853 GAGGAGGTCTTGTAGAAAGCTTTTCGGATAACCCTAATCTCTGTATTCCACCAACTGCTG 1912
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1850 GAGGAGGTCTCGTAGAAAGCTTTTCGGATAACCCTAATCTCTGTGTTCCGCCAACTGCTG 1909
Query 1913 GTTCATCAGATTTGAAGTTTCCGATGTGTCAAGAGCCTCACGGCAAGAAGAAGTTGAGCT 1972
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1910 GTTCATCGGATTTGAAGTTTCCGATGTGTCAAGAGCCTCGCGGCAAGAAGAAGCTGAGCT 1969
Query 1973 CCATCTGGGCAATACTTGTCTCAGTTTTCATCCTAGTCCTAGGGGTCATCATGTTTTACT 2032
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1970 CCATCTGGGCAATCCTTGTCTCAGTCTTCATCCTAGTCCTAGGGGGCATCATGTTTTACT 2029
Query 2033 TGAGACAACGGATGAGTAAAAACAGAGCAGTGATAGAGCAAGACGAGACCTTAGCGTCTT 2092
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 TGAGACAACGGATGAGTCAAAACAGAGCAGTGATAGAGCAAGACGAGACCTTAGCGTCTT 2089
Query 2093 CTTTCTTCTCCTACGACGTCAAGAGTTTCCACCGCATAAGTTTCGACCAAAGGGAGATTC 2152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2090 CTTTCTTCTCCTACGACGTCAAGAGTTTCCACCGCATAAGTTTCGATCAAAGGGAGATTC 2149
Query 2153 TTGAATCTCTTGTGGACAAGAACATCGTAGGTCATGGTGGTTCGGGTACTGTCTATAGAG 2212
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2150 TTGAAGCTCTTGTGGACAAGAACATCGTAGGCCATGGTGGTTCGGGTACGGTCTACAGAG 2209
Query 2213 TAGAGCTTAAATCCGGTGAAGTAGTTGCGGTGAAGAAACTATGGAGCCAAAGCAACAAAG 2272
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2210 TAGAACTTAAATCCGGAGAAGTAGTTGCGGTGAAGAAACTATGGAGCCAAAGCAGCAAAG 2269
Query 2273 ACTCAGCTTCTGAAGACAAAATGCATTTGAACAAGGAGTTGAAAACCGAAGTTGAGACCC 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 ACTCAGCTTCTGAAGACAAAATGCATTTGAACAAGGAGTTGAAAACCGAAGTTGAGACCC 2329
Query 2333 TCGGGAGCATTCGCCATAAGAACATTGTGAAACTCTTCAGCTATTTCTCAAGTTTGGATT 2392
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 TCGGGAGCATTCGCCATAAGAACATCGTGAAACTCTTCAGCTATTTCTCAAGTTTGGATT 2389
Query 2393 GTAGTCTTTTGGTATATGAGTACATGCCTAATGGTAACTTATGGGACGCTCTTCACAAAG 2452
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 GTAGTCTTTTGGTGTATGAGTACATGCCTAATGGTAACTTATGGGACGCTCTTCACAAAG 2449
Query 2453 GCTTTGTTCATCTTGAGTGGCGTACTCGTCATCAAATCGCGGTTGGAGTAGCTCAAGGAT 2512
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2450 GCTTTGTTCATCTCGAGTGGCGTACACGTCATCAAATCGCGGTTGGAGTCGCTCAAGGAT 2509
Query 2513 TGGCTTACCTTCACCATGATCTCTCCCCACCAATCATTCATCGCGATATCAAATCGACAA 2572
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 TGGCTTACCTTCACCATGATCTCTCCCCGCCAATTATTCATCGCGATATCAAATCGACAA 2569
Query 2573 ACATCTTGTTGGATGTTAACTATCAGCCTAAAGTTGCGGACTTTGGCATTGCAAAGGTGT 2632
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2570 ACATCTTGTTGGATGTAAACTATCAGCCTAAAGTTGCTGATTTTGGCATTGCAAAGGTGT 2629
Query 2633 TACAAGCTAGAGGCAAAGATTCAACCACAACCGTTATGGCTGGCACCTATGGTTACTTGG 2692
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 TACAAGCTAGAGGGAAAGATTCAACCACAACCGTTATGGCTGGCACCTATGGTTACTTGG 2689
Query 2693 CCCCAGAATATGCGTACTCGTCCAAAGCAACGATCAAATGCGACGTGTACAGTTTCGGGG 2752
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 CCCCAGAATATGCGTACTCATCCAAAGCAACGATCAAATGCGACGTGTACAGTTTCGGGG 2749
Query 2753 TTGTGTTGATGGAGCTGATCACGGGGAAGAAACCGGTGGATTCGTGTTTCGGGGAGAACA 2812
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2750 TTGTGTTAATGGAGCTGATCACGGGGAAGAAACCGGTGGATTCGTGTTTCGGGGAGAACA 2809
Query 2813 AAAACATAGTGAACTGGGTGTCAACAAAGATTGACACAAAAGAAGGATTGATTGAGACAC 2872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810 AAAACATAGTGAACTGGGTGTCAACAAAGATTGACACAAAAGAAGGATTGATTGAGACAC 2869
Query 2873 TAGACAAGAGATTATCAGAATCATCGAAAGCAGACATGATCAACGCCTTGCGTGTGGCTA 2932
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 TAGACAAGAGATTATCGGAATCATCGAAAGCGGACATGATCAACGCCTTGCGTGTGGCTA 2929
Query 2933 TCCGCTGTACAAGTAGAACTCCAACAATCCGTCCTACCATGAACGAAGTTGTTCAGCTTC 2992
|||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2930 TCCGTTGTACTAGCAGAACTCCAACAATTCGTCCTACTATGAATGAAGTTGTCCAGCTTC 2989
Query 2993 TGATCGACGCAACGCCTCAAGGAGGACCCGACATGACCTCCAAA-CCTACGACCAAGATT 3051
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || || || ||||||
Sbjct 2990 TGATTGACGCAACGCCTCAAGGAGGACCCGACATGACGTCTAAATCC-ACAACAAAGATT 3048
Query 3052 AAGGATTCAATAGTGTCAGATCATCTCACGCAAACAAGACTCTAGTCATGCTTTCTTGGT 3111
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3049 AAGGATTCAATAGTGTCAGATCATCTCACACAAACAAGACTCTAGTCATGCTTTCTTGAT 3108
Query 3112 GAAGAGGTGTAGCAAACAGTTCGTATAACTTCTAAAGATATCATGTATTTAAATATATAT 3171
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 GAAGAGGTGTAGCAA-CAGTTCGTATAACTTCTAAAGATATCATGTATTTAAATATATAT 3167
Query 3172 CATAGAAGAAACTGCTTATATATATAGTCTTTTAATACTTCAATGTATTTTAACATCTAT 3231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 3168 CATAGAAGAAACTGCTTATATATATAGTCTTTTAATACTTCTATGTATCTTAACATCTAT 3227
Query 3232 CCTTTAAAGACTTTGGTTATTTCCGGTTTTAATTCTCCCAATTCAGATCATCATA 3286
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||| |||||||||
Sbjct 3228 ATTTTAAAGACTTTGGTTATTTCCGGATTTGCTTCTCCTATTTCAAATCATCATA 3282
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124219918272
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5