BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49830.2
Length=3035
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495042 jgi|Araly1|495042|fgenesh2_kg.8__858__AT5G49830.1 3771 0.0
> Ahg495042 jgi|Araly1|495042|fgenesh2_kg.8__858__AT5G49830.1
Length=2755
Score = 3771 bits (2042), Expect = 0.0
Identities = 2232/2325 (96%), Gaps = 8/2325 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 601 GATATAAAGCAGTTATGCTCGTATCTATTGGATTTGAAGAGAGCATCTGCTGAAGAAATG 660
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 365 GATATAAAGCAGTTATGCTCCTATCTATTGGATTTGAAGAGAGCTTCTGCTGAAGAAATG 424
Query 661 CGGCGAAGTGTTTATGCTAATTATCCAGCCTTTATACGCACATCTAAAGAGATATCAGAT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 425 CGGCGAAGTGTTTATGCTAATTATCCAGCCTTTATACGCACATCAAAAGAGATATCAGAT 484
Query 721 CTTGAGGGGGAGCTATCATCTATCAGAAATCTTCTCTCCACTCAGGCGACTCTAATCCAT 780
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 485 CTGGAGGGGGAGCTATCATCTATCAGAAATCTTCTCTCCACTCAGGCCACTCTAATTCAT 544
Query 781 GGCTTAGCAGATGGAGTTAACATTGATGACGATAAAGTTTCTGATGAATCTCTTGCGAAT 840
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 545 GGTTTAGCAGATGGAGTTAACATTGATGACGATAAAGTTTCTGATGAATCTCTTGCAAAT 604
Query 841 GGTTTATTGAATTTTGAGGACAACGGCCTCTCTGATCTGGAGAAATGGGCTACGGAATTT 900
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 605 GGTTTATTGAAGTTTGAGGACAACGACCTCTCTGATCTGGAGAAATGGGCTACGGAGTTT 664
Query 901 CCTGACCACCTTGATGCTTTATTAGCTGAAAGAAGGGTGGATGAAGCTCTGGCAGCTTTT 960
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 665 CCTGACCACCTTGATACTTTATTAGCTGAAAGAAGGGTAGATGAAGCTCTGGCAGCTTTT 724
Query 961 GATGAGGGAGAAATTTTAGTATCTCAAGCAAACGAAAAGCATACTTTAAGCTCTTCTGTA 1020
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 725 GATGAGGGAGAAATTTTAATGTCTCAAGCAAACGAAAAGCACACTTTAGGCTCTTCTGTA 784
Query 1021 CTTTCATCTCTTCAGTTTGCTATTGCCGAACGCAAGCAAAAATTAGCTGACCAACTTGCC 1080
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 785 CTTTCATCCCTTCAGTTTGCTATTGCCGAACGCAAGCAAAAATTGGCTGACCAACTTGCC 844
Query 1081 AAGGCTGCTTGTCAACCTTCAACTCGAGGTGGGGAACTTCGGTCAGCCATAGCAGCTCTC 1140
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 845 AAAGCTGCTTGTCAACCTTCAACTCGAGGTGGGGAACTTCGGTCAGCAATAGCAGCTCTC 904
Query 1141 AAAAGGCTTGGCGATGGTCCTCGAGCCCATACTGTACTTCTTGATGCCCATTTCCAGAGA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 AAAAGGCTTGGCGATGGTCCTCGAGCCCATACTGTACTTCTTGATGCCCATTTCCAGAGA 964
Query 1201 TATCAATACAACATGCAAAGTCTTCGTCCTTCTAGCACCTCATATGGAGGGGCGTACACT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 TATCAATACAACATGCAAAGTCTTCGTCCTTCTAGCACCTCATATGGAGGGGCGTACACT 1024
Query 1261 GCTGCACTTTCTCAGCTTGTGTTCTCAGCTATCTCTCAAGCTTCTAGTGACTCATTGGGA 1320
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1025 GCTGCACTTTCTCAGCTTGTGTTTTCAGCTATCTCTCAAGCTTCTAGTGATTCATTGGGA 1084
Query 1321 ATCTTTGGGAAAGAGCCAGCATATAGTTCTGAACTTGTGACTTGGGCTACTAAGCAAACA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 ATCTTTGGGAAAGAGCCAGCATATAGTTCTGAGCTCGTGACTTGGGCTACTAAGCAAACA 1144
Query 1381 GAGGCGTTTTCCCTTCTTGTTAAAAGGCATGCATTAGCTTCTTCTGCAGCAGCGGGAGGA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 GAGGCGTTTTCCCTTCTTGTTAAAAGGCATGCATTAGCTTCTTCTGCAGCAGCGGGAGGA 1204
Query 1441 CTAAGAGCTGCCGCAGAGTGTGCACAGATAGCTCTTGGGCATTGTTCTTTGTTGGAAGCT 1500
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 CTAAGAGCTGCTGCAGAGTGTGCACAGATAGCTCTTGGGCATTGTTCTTTGTTGGAAGCT 1264
Query 1501 CGTGGTTTGTCCCTTTGCCCAGTGCTTTTAAAGCACTTTAAGCCTATTGTGGAACAGGCA 1560
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1265 CGTGGTTTGTCCCTCTGCCCAGTGCTTTTAAAGCACTTTAAGCCTATCGTGGAACAGGCA 1324
Query 1561 TTGGAGGCAAATCTTAAGCGAATTGAAGAAAACACTGCAGCTATGGCTGCTGCAGATGAT 1620
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TTGGAGGCAAATCTGAAGCGAATTGAAGAAAACACTGCAGCTATGGCTGCTGCAGATGAT 1384
Query 1621 TGGGTACTGACAAGTCCTCCTGCTGGTAGTCGTCATGCTAGTACAGCATTTCAGAATAAG 1680
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 TGGGTGCTGACATGTCCTCCTGCTGGTAGTCGTCATGCTAGTACAGCATTTCAGAATAAG 1444
Query 1681 CTTACATCCAGTGCCCACCGGTTTAATCTCATGGTCCAGGACTTCTTTGAGGACGTAGGA 1740
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 CTTACATCCAGTGCCCACTGCTTTAATCTCATGGTCCAGGACTTCTTTGAGGACGTAGGA 1504
Query 1741 CCTCTGCTAAGTATGCAATTGGGAAGTAAAGCTCTGGAAGGTCTGTTTCGGGTGTTTAAC 1800
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 CCTCTTCTAAGTATGCAATTGGGAAGTAAAGCTCTGGAAGGTCTGTTTCGGGTGTTTAAC 1564
Query 1801 TCATATGTAGATGTGCTGGTAAGAGCACTTCCTGGTTCGATAGAAGAAGAAGATCCAAAT 1860
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1565 TCATATGTAGATGTGCTGATAAGAGCACTTCCGGGTTC---AGAAGAAGAAGATGCAAAT 1621
Query 1861 TTTGAAAGTTCATGTAATAAGATTGTCCAAATGGCTGAGACGGAGGCAAACCAACTTGCA 1920
|||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1622 TTTGAAGGTTCGTGTAATAAGATTGTCCAATTAGCTGAGACTGAGGCAAATCAACTTGCA 1681
Query 1921 TTACTCGCAAATGCATCATTGCTAGCGGATGAATTACTTCCACGTGCTGCCATGAAACTC 1980
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 CTACTCGCAAATGCATCATTGCTAGCAGATGAATTACTTCCACGTGCTGCCATGAAACTC 1741
Query 1981 TCTCTTGATCAGACTGGTCAGAGGACAGACGACCTAAGGAGACCTTTGGACAGACAAAAT 2040
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 TCTCTTGATCAGAGTGGTCACAGGACAGACGACCTAAGGAGACCTTTGGACAGACAAAAT 1801
Query 2041 CGTAATCCTGAACAACGAGAATGGAAGAGGCGTTTACTTAGTACTGTTGACAAGTTAAAA 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 CGTAATCCTGAACAACGAGAATGGAAGAGGCGTTTACTTAGTACTGTTGACAAGTTAAAA 1861
Query 2101 GATGCGTTTTGTCGCCAGCATGCCTTGGATCTCATTTTTACTGAGGAAGGAGATAGCCAT 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1862 GATGCGTTTTGTCGCCAGCATGCCTTGGATCTCATTTTTACCGAGGAAGGAGATAGCCAT 1921
Query 2161 CTGTCTGCGGATATGTACGTAAACATAGATGAAAATGGCGAGGATGTGGACTTCTTTCCA 2220
||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1922 CTGACTGCGGATATGTACATAAACATAGATGGAAATGGCGAAGATGTGGACTGCTTTCCA 1981
Query 2221 TCTCTGATATTCCAGGAACTTTTTGCCAAACTTAACAGGATGGCAAGTCTAGCAGCAGAT 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TCTCTGATATTCCAGGAACTTTTTGCCAAACTTAACAGGATGGCAAGTCTAGCAGCAGAT 2041
Query 2281 ATGTTTGTAGGAAGAGAAAGATTCGCCATATCTTTGTTGATGCGATTAACAGAGACTGTG 2340
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2042 ATGTTTGTAGGAAGAGAAAGATTTGCCACATCTTTGCTGATGCGATTAACAGAGACGGTG 2101
Query 2341 ATCTTATGGCTTTCTGGAGACCAGAGCTTTTGGGATGACATTGAGGAAGGTCCTCGACCT 2400
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2102 ATCTTATGGCTTTCCGGAGACCAGAGCTTTTGGGATGACATTGAGGAAGGTCCTAGACCT 2161
Query 2401 TTGGGACCTCTTGGCCTACGGCAGCTGTATTTGGACATGAAGTTTGTCATATGCTTTGCA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 TTGGGACCTCTTGGCCTACGGCAGCTGTATTTGGACATGAAGTTTGTCATATGCTTTGCA 2221
Query 2461 TCCCAAGGTCGCTACCTATCGAGGAATTTGCACAGGGGAACTAATGAGATAATATCTAAA 2520
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 TCCCAAGGGCGCTACCTATCAAGGAATTTGCACAGGGGCACTAATGAGATAATATCTAAA 2281
Query 2521 GCCTTAGCAGCTTTCACCGCAACAGGGATAGATCCATATAGTGAGCTGCCAGAAGACGAT 2580
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282 GCCTTAGCAGCTTTCACTGCAACTGGGATGGATCCATATAGTGAGCTGCCAGAAGACGAT 2341
Query 2581 TGGTTCAATGACATATGTGTGGATGCGATGGAAAGATTGAGTGGCAAGACAAAGGGCAAC 2640
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2342 TGGTTCAACGACATATGTGTGGATGCGATGGAAAGATTGAGTGGTAAGACAAAGGGAAAC 2401
Query 2641 AACGGGGATGTCCACAGTCCGACTGCTTCAGTGTCAGCTCAGTCTGTTTCATCAGCGAGA 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 AACGGGGATGTCCACAGTCCGACTGCTTCAGTGTCAGCTCAGTCTGTTTCATCAGCGAGA 2461
Query 2701 TCTCATGGCAGCTATTGAAACCAAACCCATCTTACATTTGTTAAGAAGGTGAATGGTCAA 2760
|| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 2462 TCGCATGGCAGCTACTGAA-CCAAACCCATCTTACATTTGTAAAGAAGGTGAGTGGTTAA 2520
Query 2761 TAACTTTTGATCTTCTCTTTTCAGCTCTGCTTTTCCAAAAGCTTTCTATTTTGTAGAGTC 2820
|| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2521 TAGCTTT-GATCTTCTCTTCTCAGCTCTGCTTTTCAAAAAGCCTTGTATTTTGTAGAGTC 2579
Query 2821 TCCAGTTGTTGATGAGATGATTTTGGGGGC-GTGTAAATGTTGTTGAGTTGACATGTTTG 2879
|| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2580 TCGAATTGTTGATGAGATGATTTTGGGGGTTGTGTAAATGTGGTTGAGTTGATATGTTTG 2639
Query 2880 TTTTCTTGTATTGGTCctctctctctctcAATGGATGCATTCTTT 2924
||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2640 TTTTCTTTTATTGGTCCTCTCT-T-TCTCAATGGATACATTCTTT 2682
Score = 521 bits (282), Expect = 9e-147
Identities = 347/376 (92%), Gaps = 14/376 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 TTTGTTTAAGCAGACGAAAAAGCCAAGCTACCGTCGTTGGCTAAATCGCTCTGGTTGCCA 103
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2 TTTGTTTTAGCAGACGAAAAAGCCAAGCTTCCGTCGTTGGCTAAATCGCTCTGGTTACCA 61
Query 104 ACTCGATCATCATCTTCT-TCTA-C-CCACTTTCTCTATCTGCTCTCCGTATCTAGGAGC 160
|||||||||||||||||| | | | |||||||||| ||||||||||| | |||||||||
Sbjct 62 ACTCGATCATCATCTTCTACCCACCGCCACTTTCTCAATCTGCTCTCC-TCTCTAGGAGC 120
Query 161 TCCCTCAGATCTGTGCTTAATTCTCCGGTAACATTACCGGCATCACTGGGATTGCTGATC 220
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCCTCAGATCTGTGCTTAATTCTCCGGTAACATT-CCGGCATCACTGGGATTGCTGATC 179
Query 221 TGGAACCGCTGTGAAATTTTAGGTTTTCTCTGAGAAGACAGGCAAGTTTAACGATGGCGG 280
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 TCGAACCGCTGTGAAATTTTAGGTTTTCTCTGAGAAG---------TTTAACGATGGCGG 230
Query 281 CGAAGACGGCCAGATCAAAAGCTACGCCGACGAAGGAAAATGGTGTCAGAGTCGAGGAAG 340
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 231 CGAAGACGGCCAGATCAAAAGCAACACCGACGAAAGAAAATGGTGCCAGAGTCGAGGAAG 290
Query 341 GATTGAGTCTGTTCAAGTCTGATAAGTTCGATGCTGATGCTTATGTGCAATCCAAATGTT 400
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 GCTTGAGTCTATTCAAGTCTGATAAGTTCGATGCTGATGCTTATGTGCAATCCAAATGTT 350
Query 401 CTATCAACGAGAAGGA 416
||||||||||||||||
Sbjct 351 CTATCAACGAGAAGGA 366
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114613547205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5