BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49890.1
Length=2836
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495045 jgi|Araly1|495045|fgenesh2_kg.8__861__AT5G49890.1 4191 0.0
> Ahg495045 jgi|Araly1|495045|fgenesh2_kg.8__861__AT5G49890.1
Length=2764
Score = 4191 bits (2269), Expect = 0.0
Identities = 2512/2627 (96%), Gaps = 26/2627 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 197 GTGGAGGAGAGATGGATGATCGGCA-CGAAGGAGACCATCATGATATAGAGGTTGAAGGA 255
||||| || |||||||||||| | | ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 159 GTGGA-GA-AGATGGATGATC-GTAGCGAAGAAGA-C--CATGATATTGAGGTTGAAGGA 212
Query 256 GGAGCTTTACATGGTTTCGAGAGGAAGATATCTGGGATTCTAGACGATGGATCTGTCGGA 315
|||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 213 GGAGCTTTTCAAGGTTACGAGAGGAAGATATCTGGGATTCTAGATGATGGATCTGTCGGA 272
Query 316 TTTCGACAGCCTCTTCTCGCTAGGAATCGAAAGAACACAACTTCTCAGATCGCTATTGTC 375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 273 TTTCGACAGCCTCTTCTCGCTAGGAATCGAAAGAACACAACTTCGCAGATCGCTATTGTC 332
Query 376 GGAGCTAATACTTGTCCCATCGAAAGCCTTGATTACGAGATCTTCGAAAATGATTTTTTC 435
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 333 GGAGCTAATTCTTGTCCCATCGAAAGCCTTGATTACGAGATCTTTGAGAATGATTTTTTC 392
Query 436 AAGCAAGACTGGAGGTCTAGGAAGAAGATTGAGATACTTCAGTATACGTTTCTCAAATGG 495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 393 AAGCAAGACTGGAGGTCTAGGAAGAAGATTGAGATACTTCAGTATACGTTTCTTAAATGG 452
Query 496 GCGCTTGCTTTTCTTATTGGTTTAGCTACTGGACTTGTTGGCTTTTTGAATAACCTTGGT 555
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 453 GCGCTTGCTTTTCTTATTGGTTTAGCCACTGGGCTTGTTGGCTTTTTGAATAATCTTGGT 512
Query 556 GTTGAGAATATAGCTGGATTTAAACTCTTGCTCATCGGTAATCTCAT-GCTCAAGGAAAA 614
||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||
Sbjct 513 GTTGAGAATATTGCTGGATTCAAACTCTTGCTCATTGGTTATCTCATGGC-CAAGGAAAA 571
Query 615 ATATTTCCAGGCATTTTTTGCATTTGCTGGTTGTAACTTAATTTTGGCAACTGCTGCTGC 674
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 ATATTTTCAGGCATTTTTTGCATTTGCTGGTTGTAACTTAATTTTGGCAACTGCTGCTGC 631
Query 675 TTCACTCTGTGCTTTTATTGCTCCTGCGGCGGCAGGATCTGGCATACCTGAGGTTAAAGC 734
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 TTCACTCTGTGCTTTTATTGCTCCGGCGGCGGCAGGATCTGGCATACCTGAGGTTAAAGC 691
Query 735 ATATCTCAATGGTATAGATGCTTATTCAATATTAGCTCCAAGCACCCTCTTTGTTAAGAT 794
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 692 ATATCTCAATGGGATAGATGCTTATTCAATATTAGCTCCGAGCACCCTCTTTGTTAAGAT 751
Query 795 CTTTGGCTCTATATTTGGAGTTGCTGCCGGATTTGTAGTTGGAAAAGAAGGGCCTATGGT 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 752 CTTTGGCTCTATATTTGGAGTTGCTGCCGGATTTGTAGTCGGGAAAGAAGGGCCTATGGT 811
Query 855 TCATACTGGTGCTTGCATTGCTAATTTACTTGGACAAGGTGGTTCCAAAAAGTACCGGTT 914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 812 TCATACTGGTGCTTGCATTGCTAATTTACTTGGACAAGGTGGATCCAAAAAGTATCGGTT 871
Query 915 GACTTGGAAGTGGCTCAGATTCTTCAAAAACGATAGAGACAGAAGAGACCTGATCACTTG 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 872 GACTTGGAAGTGGCTCAGATTCTTCAAAAACGATAGAGACAGAAGAGACCTGATCACTTG 931
Query 975 CGGGGCTGCTGCTGGTGTAGCAGCTGCCTTCCGTGCTCCAGTTGGAGGAGTGCTTTTCGC 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 932 CGGGGCTGCTGCTGGTGTAGCAGCTGCCTTCCGTGCTCCAGTTGGGGGAGTGCTTTTCGC 991
Query 1035 CCTTGAAGAAGCTGCTTCATGGTGGAGGAATGCCCTTCTCTGGAGGACATTCTTCACTAC 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 992 CCTTGAAGAAGCTGCTTCATGGTGGAGGAATGCCCTTCTTTGGAGGACGTTCTTCACTAC 1051
Query 1095 CGCAGTTGTAGCAGTGGTCTTACGAAGTTTGATTGAGTTCTGTCGCTCTGGGAGATGTGG 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1052 CGCAGTTGTAGCAGTGGTCTTACGAAGTTTGATTGAGTTCTGTCGATCTGGGAGATGTGG 1111
Query 1155 ACTGTTTGGGAAAGGAGGTCTCATCATGTTTGATGTAAACTCGGGACCAGTGCTATATAG 1214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1112 ACTGTTTGGGAAAGGAGGTCTCATCATGTTTGATGTAAACTCGGGACCAGTGCTTTATAG 1171
Query 1215 CACTCCAGATTTGCTAGCAATAGTATTCCTTGGAGTTATTGGTGGTGTGCTTGGAAGCCT 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 CACTCCAGATTTGCTAGCAATAGTATTCCTTGGAGTTGTTGGTGGTGTGCTTGGAAGCCT 1231
Query 1275 TTACAACTACCTTGTGGACAAAGTCCTCCGCACATATAGCATTATAAACGAGAAAGGTCC 1334
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1232 TTACAACTACCTTGTGGACAAAGTCCTCAGGACATATAGCATGATAAACGAGAAAGGTCC 1291
Query 1335 GAGATTTAAAATTATGCTTGTAATGGCAGTTTCCATTTTGAGCTCGTGTTGCGCATTTGG 1394
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 AAGATTTAAAATTATGCTTGTTATGGCAGTTTCCATTTTGAGCTCGTGTTGCGCATTTGG 1351
Query 1395 TCTCCCATGGCTTTCACAGTGTACTCCATGTCCTATTGGCATAGAGGAGGGAAAGTGCCC 1454
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1352 TCTCCCATGGCTTTCACAGTGTACTCCATGTCCGACTGGCATAGAGGAGGGCAAGTGCCC 1411
Query 1455 TAGTGTAGGTCGATCCAGCATCTATAAGAGTTTCCAGTGTCCTCCAAACCATTACAATGA 1514
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 AAATGTAGGTAGATCCAGCATCTATAAGAGTTTCCAGTGTCCTCCAAACCATTACAATGA 1471
Query 1515 CCTTTCCTCCCTACTTCTCAACACCAATGATGATGCAATCCGTAATCTTTTCACATCCAG 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1472 CCTTTCCTCCCTACTTCTCAACACCAATGATGATGCAATCCGAAATCTTTTCACATCCAG 1531
Query 1575 ATCTGAAAATGAATTCCATATCTCTACCCTTGCCATCTTCTTTGTCGCAGTGTACTGCCT 1634
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 1532 ATCTGAAAATGAGTTCCATATCTCCACCCTTGCCATCTTCTTTGTGGCAGTATACTTCCT 1591
Query 1635 TGGCATCATAACATACGGCATAGCCATACCCTCTGGGCTTTTCATTCCTGTCATTCTTGC 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1592 TGGCATCATAACATACGGCATAGCCATACCCTCTGGGCTTTTCATACCCGTCATTCTTGC 1651
Query 1695 TGGAGCCTCTTATGGACGACTAGTGGGTAGACTGCTGGGTCCAGTATCTCAGCTTGATGT 1754
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1652 TGGAGCCTCTTATGGACGTCTAGTGGGTAGACTGCTGGGTCCAGTATCTCAGCTTGATGT 1711
Query 1755 AGGTCTGTTTTCTCTGCTCGGAGCTGCTTCCTTCCTTGGAGGCACAATGAGAATGACGGT 1814
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712 AGGTCTGTTTTCTCTGCTTGGAGCTGCTTCATTCCTTGGAGGCACAATGAGAATGACGGT 1771
Query 1815 CTCTCTATGTGTTATACTGCTCGAACTTACAAATAATCTCCTAATGCTGCCACTGGTGAT 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1772 CTCTCTATGTGTTATACTGCTCGAACTTACAAATAATCTCCTAATGCTGCCACTGGTGAT 1831
Query 1875 GCTTGTACTCCTTATATCAAAAACGGTTGCAGATTGTTTCAACAGGGGGGTCTATGACCA 1934
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 GCTTGTACTCCTAATCTCAAAAACGGTTGCAGATTGTTTCAACAGGGGGGTCTATGACCA 1891
Query 1935 GATTGTAACAATGAAAGGACTGCCTTACATGGAAGACCATGCAGAGCCGTACATGCGCAA 1994
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892 GATTGTAACAATGAAAGGATTGCCTTACATGGAAGACCATGCAGAGCCGTACATGCGCAA 1951
Query 1995 TTTGGTTGCAAAGGACGTAGTTTCTGGAGCTTTGATATCCTTTTCGAGAGTTGAAAAGGT 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1952 TTTGGTTGCAAAGGACGTAGTTTCTGGAGCTTTGATATCCTTTTCGAGAGTTGAAAAGGT 2011
Query 2055 TGGGGTAATATGGCAGGCTTTAAAAATGACAAGACATAATGGTTTCCCTGTAATTGATGA 2114
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 TGGGGTAATATGGCAGGCTTTGAAGATGACAAGACATAATGGTTTCCCTGTAATTGATGA 2071
Query 2115 GCCACCTTTCACAGAAGCTTCTGAGCTATGTGGGATTGCCTTGAGATCTCATCTCCTTGT 2174
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2072 GCCACCTTTCACAGAAGCTTCTGAGTTATGTGGGATTGCCTTGAGATCCCATCTCCTTGT 2131
Query 2175 GCTTCTCCAAGGGAAGAAATTCTCGAAGCAGAGAACAACTTTTGGTTCACAAATTCTGAG 2234
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2132 GCTTCTCCAAGGGAAGAGATTTTCGAAGCAGAGAACAACTTTTGGTTCCCAAATTTTGAG 2191
Query 2235 AAGTTGCAAAGCCCGTGACTTTGGTAAAGCAGGGTTAGGTAAGGGGCTCAAGATTGAAGA 2294
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2192 AAGTTGCAAAGCCCGTGACTTTGGCAAAGCAGGATTAGGCAAGGGACTCAAGATTGAAGA 2251
Query 2295 TTTGGATCTAAGTGAGGAGGAGATGGAGATGTATGTTGATCTCCATCCCATCACTAACAC 2354
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2252 TTTGGATCTAAGTGATGAGGAGATGGAGATGTATGTTGATCTCCATCCCATCACCAACAC 2311
Query 2355 ATCTCCTTACACTGTGCTTGAGACTCTGTCTCTAGCTAAGGCGGCTATTCTTTTCCGGCA 2414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2312 ATCTCCTTACACTGTGCTTGAGACTCTGTCTCTAGCTAAAGCGGCTATTCTTTTCCGGCA 2371
Query 2415 ACTTGGTCTTCGCCACTTGTGTGTGGTGCCTAAAACACCAGGGAGACCGCCTATTGTTGG 2474
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2372 ACTTGGCCTTCGCCACTTGTGTGTGGTGCCTAAAACACCAGGGAGACCGCCTATTGTTGG 2431
Query 2475 AATACTGACAAGGCATGATTTCATGCCGGAACATGTCCTGGGACTCTACCCTCACATTGA 2534
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2432 AATATTGACAAGGCATGATTTCATGCCGGAACATGTACTGGGACTCTACCCTCACATTGA 2491
Query 2535 TCCCCTCAAGTGAATAAGGTAATAAAGAATGGAGAAACAAGTACGT-GAGAGTTCTCTA- 2592
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||
Sbjct 2492 TCCCCTCAAGTGAATACGGTGATAAAGAATGGAGATACAAGTCCCTTGAGAGTTCTCTAT 2551
Query 2593 AA-GATCTACAATGTAATAATATGTGAATATCAAAAAATTAAAAGCCCAGATGACCAATG 2651
|| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2552 AAAGATCTACGATGTAATAATATGTGAATATAAAAAAATTAAAAGCCCAGATGACCAATG 2611
Query 2652 TCACTTAGGCATTTATTTCAATTATTCGTTGAGATTGATTATGGAAAAGCAGGGGAAGGA 2711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2612 TCACTTAGGCATTTATTTCAATTATTCGTTGAGATTGATTATGGAAAAGCAGGGGAAGGA 2671
Query 2712 TGATTGTGTAATGAGGTGATACAAGttttttttttttGGGTTTTGGTTTTCACAACATTT 2771
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 2672 TGATTGTGTAATGTGGTGATACAAGTTTTTTTTTTTT---T---GGTTTT-------TT- 2717
Query 2772 ATTCAAAACAATAAATAAAAACTAAACATGTAATTATATTATAAGTC 2818
||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| |||||
Sbjct 2718 ATTCAAAACAAAAAATAAAAACTAAACATGTATTTTTGTTACAAGTC 2764
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107033588450
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5