BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49900.1
Length=3301
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg331392 jgi|Araly1|331392|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000735 4440 0.0
> Ahg331392 jgi|Araly1|331392|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000735
Length=2871
Score = 4440 bits (2404), Expect = 0.0
Identities = 2726/2882 (95%), Gaps = 19/2882 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 68 ATGTTTGAGGAAAAGATCATGGA-TATTGGTGAAGATGTAAAACCTTTAAACTCTTCTGA 126
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGTTTGAGGAAAAGATCAT-AACTATTGGTGAAGATGTAAAATCTTTCAACTCTTCTGA 59
Query 127 TAC-TAAAGTTGATCCGGCAGTACCTGCATCTTTGACATGGCAAAGAAAGATAGATAGTG 185
| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 60 T-CATAAAGTTGATCCAGCAGTACCTGCATCTTTGACATGGCAAAGAAAGATAGACAGTG 118
Query 186 ACGTAAAAG-CTCCACGGGAATTCAATCTGAGTGTTAAAGAGATTTTCCAGCTGGCTCCT 244
||| |||| |||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 119 ACG-GAAAGCCTCCCCGGGAATTCAATCTGACTGCTAAAGAGATTTTTCAGCTGGCTCCT 177
Query 245 GTTGGCATTCGGTTATGGTTTCTTTGCAGAGAAGAAGCTGCTAAAGGAAGGTTGGCCTTC 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GTTGGCATTCGGTTATGGTTTCTTTGCAGAGAAGAAGCTGCTAAAGGAAGGTTGGCCTTC 237
Query 305 ATAGATCCATTCTCCAAGCACTCTGTAACGTCTTCCCATGGTGTTCCACTTGGAGGTATT 364
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 238 ATAGATCCATTCTCTAGGCACTCTGTAACGTCTTCCCATGGTGTTCCACTTGGGGGTATT 297
Query 365 GGAGCTGGAAGCATAGGAAGGAGTTTTAAAGGTGAATTCCAGAGATGGCAGCTATTCCCT 424
|| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 298 GGTGCTGGTAGCATAGGAAGGAGTTTTCAAGGTGAATTCCAGCGATGGCAGCTATTCCCT 357
Query 425 CCAAAATGTGAAGATGAACCAGTGT-TAGCAAATCAATTCTCAGCATTTGTTTCACGTGC 483
|||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 358 CCAAAATGTGAATATGAACCTGT-TCTAGCAAATCAATTCTCAGCGTTTGTTTCACGCGC 416
Query 484 TAATGGTAAAAAGTACTCGA-GTGTGTTATGTCCTAGGAACCCAAAGCTTG-ACAAACAA 541
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||
Sbjct 417 CAATGGTAAAAAGTACTCGACG-GTGTTATGTCCTAGGAATCCAAAGATGGGA-AAACAA 474
Query 542 GATTCGGAATCAGGTATTGGTTCTTGGGACTGGAATCTGAAAGGAGACAAGTCTACATAC 601
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 GATTCGGAATCAGGAATTGGTTCTTGGGACTGGAATCTGAAAGGAGACAAGTCTACATAT 534
Query 602 CATGCTTTATATCCGAGGTCTTGGACAATGTATGAGGGTGAACCTGATCCAGAGCTTAGG 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CATGCTTTATATCCGAGGTCTTGGACAATGTATGAGGGTGAACCTGATCCAGAGCTTAGG 594
Query 662 ATTGTTTGTCGTCAAGTTTCACCCTTTATACCTCACAACTACAAAGAAAGCAGCTTTCCA 721
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 595 ATCATTTGTCGTCAAGTTTCACCCTTTATACCTCACAACTACAAAGAGAGCAGCTTTCCT 654
Query 722 GTGTCTGTTTTCACTTTCACACTTCATAATCTCGGAAACACTACCGCGGATGTGACATTG 781
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 655 GTGTCTGTTTTCACTTTCACACTTCATAATCTCGGAAACACTACTGCGAATGTGACATTG 714
Query 782 CTCTTCACTTGGGCGAATTCTGTTGGAGGAGACTCTGAGTTCTCAGGTGGCCACTACAAC 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CTCTTCACTTGGGCGAATTCTGTTGGAGGAGACTCAGAGTTCTCAGGTGGCCACTACAAC 774
Query 842 TCCAAGATAACGATGAATGATGGAGTTCAGGGTGTGCTCTTACATCATAAAACAGCAAAC 901
||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 775 TCCAAAATAATGATGAATGATGGAGTCCAGGGTGTGCTCTTACATCATAAAACCGCAAAT 834
Query 902 GGATTACCATCATTGTCATATGCAATTTCAGCTCAGGCCACCGATGGTGTTAGTGTCTCA 961
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GGGTTACCATCATTGTCATATGCGATTTCAGCTCAGGCGACCGATGGTGTTAGTGTCTCA 894
Query 962 GCTTGCCCATTTTTCATAGTGTCTGGAAAGCAGGATGGAATCACAGCAAAAGATATGTGG 1021
|| ||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GCCTGCCCATTTTTCATAATATCTGGAAAGCAGAACGGAATCACAGCAAAAGATATGTGG 954
Query 1022 CAGGCTGTCAAAGAGAATGGTTCTTTCGATCACTT-AAAGGCTTCTGAGGCGTCAATGCA 1080
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 955 CAAGCTGTCAAAGAGAATGGTTCTTTTGATCACTTCAAAG-CTTCTGAGGCGTCAATGCA 1013
Query 1081 GTCAGATCACGGTTCATCCATTGGGGCAGCAGTAGCAGCCTCTGTAACAGTCCTACCGGG 1140
|||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1014 GTCAGAGAACGGGTCATCGATTGGGGCAGCAGTAGCAGCTTCTTTAACAGTCCTACCAGG 1073
Query 1141 AGAGTCACGCATTGTCACATTTTCTCTGGCTTGGGACTGCCCTGAAGTGCAGTTTCCTAG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 AGAGTCACGCATTGTCACATTTTCTCTGGCTTGGGACTGTCCTGAAGTGCAGTTTCCTAG 1133
Query 1201 TGGTAAAATATATTCTAGGCGTTACACAAAGTTTTATGGCAATAATGGTGATGCTGCAGC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1134 TGGTAAAATATATTCTAGGCGTTACACAAAGTTTTATGGCAATCATGGTGATGCTGCAGC 1193
Query 1261 ACAAATTGCACATGATGCTATTCTTGGACATAGTCAATGGGAGTCCTGGATAGAAGATTG 1320
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 ACAAATTGCATATGATGCTATTCTTGGACATAGTCAGTGGGAGTCCTGGATAGAAGATTG 1253
Query 1321 GCAAAGACCAATACTTGAAGACAAAAGACTGCCTGCATGGTACCCTGTCACTCTCTTCAA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 GCAAAGACCAATACTTGAAGACAAAAGACTTCCTGCATGGTACCCTGTCACTCTCTTCAA 1313
Query 1381 CGAGCTTTATTACCTTAATTCAGGAGGAACTCTTTGGACAGATGGATCATCCCCAGTACA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1314 CGAGCTTTATTACCTTAATTCAGGAGGAACTCTTTGGACAGATGGATCATCACCAGTACA 1373
Query 1441 TAGCTTGGCAGGAGTCAGAGAAAAGAAGTTCTCACTTGATAAATCCCAACTCGGTCTAAA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1374 TAGCTTGGCAGGAGTCAGAGAAAAGAAGTTCTCACTTGATAAATCCCAACTCGGTCTGAA 1433
Query 1501 GAACGATATCGATGTACCGCATCAGAATGATACAGCTGTCTCTGTCCTTGAAAAGATGGC 1560
|| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1434 TAATGATATCGAGGTACCACATCAGAATGATACAGCTATCTCTGTCCTTGGAAAGATGGC 1493
Query 1561 TTCTACGCTTGAGGAACTTCATGCATCAACAACGTCAAACTCTGCATTTGGCACAAAATT 1620
|||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1494 TTCTACACTTGAGCAACTTCATGCATCAACAGCATCAAACTCTGCATTTGGTACAAAGTT 1553
Query 1621 ACTTGAAGAAGGAGAAGAGAACATTGGGCACTTCCTTTACTTAGAAGGGATTGAATATCG 1680
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1554 ACTTGAAGAAGGAGAAGAGAACATTGGACACTTCCTTTACTTAGAAGGCATTGAATATCG 1613
Query 1681 TATGTGGAACACTTACGATGTTCATTTCTATGCATCTTTTGCACTGGTGATGCTGTTTCC 1740
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 TATGTGGAACACTTATGATGTTCATTTCTATGCATCTTTTGCACTGGTGATGCTGTTTCC 1673
Query 1741 AAAACTGGAACTTAGTATCCAAAGAGACTTTGCTGCTGCAGTGATGCTACACGATCCTAC 1800
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1674 AAAACTGGAACTTAGTATCCAGAGAGACTTTGCTGCTGCGGTGATGCTACACGATCCCAC 1733
Query 1801 TAAAGTGAAAACTCTTAGTGAGGGACAATGGGTTCAGAGGAAGGTTCTTGGTGCAGTTCC 1860
||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TAAAGTGAAGACGCTTAGCGAGGGACAATGGGTTCAAAGGAAGGTTCTTGGTGCAGTTCC 1793
Query 1861 TCATGACTTAGGCATTAATGACCCTTGGTTTGAAGTTAATGGATATACTCTTCACAATAC 1920
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1794 TCATGACTTAGGCATCAATGACCCTTGGTTTGAAGTCAATGGATATACACTTCACAATAC 1853
Query 1921 GGATCGTTGGAAAGATTTGAACCCCAAATTTGTCCTCCAGGTGTACCGGGATGTAGTTGC 1980
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 AGATCGTTGGAAAGATTTGAACCCCAAATTCGTCCTCCAAGTGTACCGGGATGTAGTTGC 1913
Query 1981 CACAGGCGATAAGAAGTTTGCATCAGCGGTCTGGCCCTCAGTGTATGTTGCAATGGCATA 2040
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 CACAGGCGACAAAAAGTTTGCATCAGCGGTCTGGCCCTCAGTGTATGTTGCAATGGCATA 1973
Query 2041 TATGGCTCAGTTTGACAAAGATGGCGACGGAATGATTGAGAACGAAGGATTTCCAGATCA 2100
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 TATGGCTCAGTTTGACAAAGATGGCGATGGAATGATTGAGAACGAAGGATTTCCAGATCA 2033
Query 2101 GACTTACGATACATGGTCGGCGTCTGGTGTAAGCGCTTACTGTGGTGGACTTTGGGTGGC 2160
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GACTTACGATACATGGTCCGCGTCTGGTGTAAGCGCATACTGTGGTGGACTTTGGGTGGC 2093
Query 2161 TGCACTGCAAGCTGCATCTGCATTGGCACGCGTAGTGGGTGACAAGAACTCTCAGGATTA 2220
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2094 TGCACTGCAAGCTGCATCCGCATTGGCACGCGTAGTTGGTGACAAGAACTCACAGGACTA 2153
Query 2221 TTTCTGGTCTAAGTTTCAGAAAGCAAAAGTTGTATATGAGAAGAAGTTATGGAATGGATC 2280
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2154 TTTCTGGTCAAAGTTTCAGAAAGCAAAAGTTGTATATGAGAAGAAGTTGTGGAATGGATC 2213
Query 2281 TTACTTTAACTATGATAATAGTGGAAGTCAGTATAGCTCAACTATCCAAGCTGATCAACT 2340
||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2214 TTATTTTAACTATGACAACAGTGGAAGTCAGTATAGCTCGTCTATCCAAGCTGATCAACT 2273
Query 2341 AGCTGGTCAATGGTACGCGAGAGCATCAGGGCTTTTGCCTATAGTAGATGAAGACAAAGC 2400
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2274 AGCTGGTCAATGGTACGCGAGAGCATCAGGCCTTTTGCCTATTGTAGATGAAGACAAGGC 2333
Query 2401 AAGAACTGCTTTGGAGAAAGTTTATAACTATAATGTGATGAAGATTAAAGATGGGAAACG 2460
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 AAGAACTGCTTTGGAGAAAGTTTATAACTTTAATGTGATGAAGATTAAAGATGGGAAACG 2393
Query 2461 TGGAGCTGTAAATGGGATGCATCCCAATGGGAAAGTTGATACAGCGTCAATGCAATCACG 2520
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2394 TGGGGCTGTAAATGGGATGCATCCCAATGGAAAAGTTGATACAGCATCGATGCAATCACG 2453
Query 2521 AGAGATATGGTCCGGTGTTACATATGCACTGTCTGCAACAATGATCCAAGAAGGTCTAGT 2580
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2454 AGAGATATGGTCCGGTGTTACATATGCGTTGTCTGCAACAATGATTCAAGAAGGTCTAGT 2513
Query 2581 TGAAATGGCGTTTCAGACTGCAAGTGGTATCTATGAAGCTGCCTGGTCTGAAACCGGACT 2640
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2514 CGAAATGGCGTTTCAGACTGCAAGTGGTGTCTATGAAGCTGCCTGGTCTGAAGCCGGACT 2573
Query 2641 CGGGTATTCCTTTCAGACGCCTGAATCTTGGAACACGGTTGATGAGTATAGATCATTGAC 2700
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2574 CGGGTACTCCTTTCAGACGCCTGAAGCTTGGAACACAAATGATGAGTATAGATCACTGAC 2633
Query 2701 TTACATGCGTCCCCTTGCAATATGGGCTATGCAATGGGCACTGACAAAAACCAGTCAAAA 2760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 TTACATGCGTCCCCTTGCAATATGGGCTATGCAATGGGCACTGACAAAAACCAGTCAAAA 2693
Query 2761 ACAGGAACAACTTGGTCTTGAACCAGAGCAACAAGAACCAGAACTAGAGCCTAGTTCTTC 2820
|||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2694 ACAGCAACAACTTGGTCTTGAACCAGA--A-CAAGAACCAGAACTAGAGACTAACTCTTT 2750
Query 2821 AATGAAACATGATATTGGGTTTTCTCGGGTTTCTAGGCTTCTGAG-CTTACCTAATGAAG 2879
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2751 AATGAAACATGATATCGGGTTTTCTCGGGTTTCTAGGCTTCTGAATCT-ACCTAATGAAG 2809
Query 2880 CATCAGCCAAAAGCACACTCCAGACTTTGTTCGACTATACTTGCAGGAGAATGATGTCAT 2939
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2810 CATCAGCTAAAAGCACACTGCAGACTTTGTTCGACTATACTTGCAGGAGACTGATGTCAT 2869
Query 2940 AG 2941
||
Sbjct 2870 AG 2871
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124600494002
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5