BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49930.1
Length=3542
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg331395 jgi|Araly1|331395|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000738 5424 0.0
> Ahg331395 jgi|Araly1|331395|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000738
Length=3243
Score = 5424 bits (2937), Expect = 0.0
Identities = 3142/3244 (97%), Gaps = 2/3244 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 73 ATGGTGAAGGTACGAATGAACACGGCGGACGTCGCCGCCGAAGTCAAGTGCTTGAAGCGA 132
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGTGAAGGTCCGTATGAACACGGCGGACGTCGCCGCAGAGGTCAAGTGCTTAAAGCGA 60
Query 133 TTAATCGGTATGAGATGCTCCAACGTCTATGATATATCTCCCAAGACGTATATGTTCAAG 192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTAATCGGTATGAGATGCTCCAACGTCTATGATATATCTCCCAAGACGTATATGTTCAAG 120
Query 193 CTCTTGAATAGTAGCGGTATCACAGAATCTGGTGAAAGTGAGAAAGTTTTGCTTTTAATG 252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCTTGAATAGTAGCGGTATCACAGAATCTGGTGAAAGTGAGAAAGTTTTGCTTTTAATG 180
Query 253 GAAAGTGGTGTTCGTTTACATACCACAGCTTATGTCAGGGATAAGAGTAATACTCCATCT 312
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAAAGTGGTGTTCGTTTGCATACCACTGCTTATGTCAGGGATAAGAGTAATACTCCATCT 240
Query 313 GGGTTTACTTTGAAGTTGAGGAAACATATCAGGACTAGGAGGCTTGAGGATGTTCGACAG 372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGGTTTACTTTGAAGTTGAGGAAACATATCAGGACTAGGAGGCTTGAGGATGTTCGACAG 300
Query 373 CTTGGTTATGATAGGATTATTGTCTTCCAGTTTGGGCTAGGTGCTAATGCTCACTATGTT 432
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTGGTTATGATAGGATCATTGTCTTCCAGTTTGGGCTAGGTGCTAATGCTCACTATGTT 360
Query 433 ATATTGGAGCTGTATGCTCAAGGAAACATAATTCTTACTGATTCTGAGTATATGATCATG 492
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATATTGGAGTTGTATGCTCAAGGAAACATAATTCTTACTGATTCTGAGTATATGATCATG 420
Query 493 ACACTCCTCCGCTCTCATAGAGATGACAATAAGGGTTTTGCTATTATGTCTCGTCACCGT 552
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 421 ACACTCCTCCGGTCTCATAGAGATGACAATAAGGGTTTTGCTATCATGTCTCGTCACCGT 480
Query 553 TACCCGATAGAGATATGTCGAGTCTTTGAGAGAACAACTGTTTCAAAGCTTCAGGAATCA 612
||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TACCCCATAGAGATATGTAGAGTTTTTGAGAGAACCACTGTTTCAAAGCTTCAGGAATCA 540
Query 613 CTTACTGCTTTCGT-GCTTAAGGATCATGACGCAAAACAGATTGAACCGAAGGAGCAGAA 671
|||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 CTTACTGCTTTC-TCGCTTAAGGATCATGAAGCAAAACAGATTGAACGGAAGGAGCAGAA 599
Query 672 TGGTGGCAAAAAGGGTGGGAAGTCAAATGATTCTACGGGTGCCAAACAATATACATTGAA 731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 600 TGGTGGCAAAAAGGGTGGGAAGTCAAATGATTCTACGGGTGCCAAACAATATACCTTGAA 659
Query 732 GAATATTCTTGGTGACGCTTTAGGCTATGGGCCACAGCTCTCAGAGCACATTATTCTGGA 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GAATATTCTTGGTGACGCTTTAGGCTATGGGCCACAGCTCTCAGAGCACATTATTCTGGA 719
Query 792 TGCTGGTCTAGTTCCAACTACCAAACTTTCAGAAGACAAGAAATTAGATGATAATGAGAT 851
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 720 TGCTGGTCTAATTCCAACTACCAAACTTTCAGAAGATAAGAAGTTAGATGATAATGAAAT 779
Query 852 TCAGTTATTGGTTCAAGCGGTGATCGTTTTTGAAGATTGGCTTGAAGATATTATAAATGG 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCAGTTATTGGTTCAAGCGGTGATCGTTTTTGAAGATTGGCTTGAAGATATTATAAATGG 839
Query 912 TCAAAAAGTTCCTGAAGGTTATATTCTAATGCAAAAACAAATTTTGGCAAATGACACGAC 971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 840 TCAAAAAGTTCCTGAAGGTTATATTCTAATGCAAAAACAAATTTTGGCAAATGACACGCC 899
Query 972 TTCTGAATCAGGAGGTGTTAAAAAGATGTATGATGAGTTCTGTTCAATCTTACTAAATCA 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 900 TTCTGAATCAGGAGGTGTTAAAAAGATGTATGATGAGTTCTGTTCAATCTTATTAAATCA 959
Query 1032 ATTCAAATCAAGAGTGTATGAAAAGTTTGAAACTTTCGATGCGGCTTTAGATGAGTTCTA 1091
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATTCAAATCACGAGTGTATGAAAAGTTTGAAACTTTCGATGCGGCTTTAGATGAGTTCTA 1019
Query 1092 CAGCAAAATTGAGAGCCAAAGGTCTGAACAACAACAAAAGGCAAAAGAAGATTCTGCCAG 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CAGCAAAATTGAGAGCCAAAGGTCTGAACAACAACAAAAGGCAAAAGAAGATTCTGCCAG 1079
Query 1152 TCTGAAACTCAATAAGATTCGCCAAGATCAGGAGAACCGTGTTCAAATTCTGAAGAAAGA 1211
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TCAGAAACTCAATAAGATTCGCCAGGATCAGGAGAACCGTGTTCAAATTCTGAAGAAAGA 1139
Query 1212 AGTCAACCATTGTGTTAATATGGCGGAATTAATCGAGTACAACTTAGAAGATGTAGATGC 1271
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGTCAACCATTGTGTTAATATGGCTGAATTAATCGAGTACAACTTAGAAGATGTAGATGC 1199
Query 1272 TGCCATATTAGCTGTTCGTGTAGCACTTGCAAAGGGTATGGGCTGGGATGATCTAGCTCG 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGCCATATTAGCTGTTCGTGTAGCACTTGCAAAGGGTATGGGCTGGGATGATCTAGCTCG 1259
Query 1332 CATGGTCAAGGAAGaaaaaaaaTTAGGAAATCCTGTTGCTGGAGTCATTGACAGACTTTA 1391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||
Sbjct 1260 CATGGTCAAGGAAGAAAAAAAATTAGGAAATCCTGTTGCTGGACTCATTGATAAACTTTA 1319
Query 1392 TCTGGAGAAGAATTGCATGACCTTGTTGTTGTGCAACAATCTCGATGAAATGGATGATGA 1451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCTGGAGAAGAATTGCATGACCTTGTTGTTGTGCAACAATCTCGATGAAATGGATGATGA 1379
Query 1452 TGAGAAGACGGTTCCAGTGGAAAAGGTGGAGGTTGACTTATCACTTTCTGCGCATGGTAA 1511
|||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGAGAAGACGCTCCCAGTGGAAAAGGTGGAGGTGGATTTATCACTTTCTGCGCATGGTAA 1439
Query 1512 TGCTAGGCGCTGGTATGAAATGAAGAAGAAGCAAGAAACCAAACAGGAGAAGACTGTTTC 1571
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 TGCTAGGCGCTGGTATGAAATGAAGAAGAAGCAAGAAACCAAACAGGAAAAGACTGTTTC 1499
Query 1572 TGCCCATGAAAAGGCTTTTAGAGCAGCTGAGAAAAAGACCCGCCACCAACTTTCTCAGGA 1631
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1500 TGCTCATGAAAAGGCTTTTAGAGCAGCTGAGAAAAAGACACGCCACCAGCTTTCTCAGGA 1559
Query 1632 AAAAGTGGTTGCAACGATTTCACACATGAGAAAAGTCCACTGGTTTGAGAAATTTAATTG 1691
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AAAAGTGGTTGCAACTATTTCACACATGAGAAAAGTCCACTGGTTTGAGAAATTTAATTG 1619
Query 1692 GTTCATTAGCAGTGAAAACTACTTGGTCATCAGTGGTCGTGATGCTCAGCAAAATGAGAT 1751
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GTTCATTAGCAGTGAGAACTACTTGGTCATCAGTGGTCGTGATGCTCAGCAAAATGAGAT 1679
Query 1752 GATAGTTAAACGTTACATGTCAAAAGGAGATCTGTATGTACACGCAGAGCTTCATGGAGC 1811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GATAGTTAAACGTTACATGTCAAAAGGAGATCTGTATGTACACGCAGAGCTTCATGGAGC 1739
Query 1812 ATCTAGTACTGTGATAAAGAATCATAAACCTGAACAAAATGTACCGCCTCTCACTTTAAA 1871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GTCTAGTACTGTGATAAAGAATCATAAACCTGAACAAAATGTACCGCCTCTCACTTTAAA 1799
Query 1872 CCAAGCTGGATGTTTTACGGTTTGTCATAGTCAGGCCTGGGATTCCAAGATTGTTACTAG 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CCAAGCTGGATGTTTTACGGTTTGTCATAGTCAGGCCTGGGATTCCAAGATTGTTACTAG 1859
Query 1932 TGCATGGTGGGTTTATCCTCATCAGGTCACTAAAACAGCTCCTACTGGGGAATACCTTAC 1991
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1860 TGCATGGTGGGTTTATCCTCATCAAGTCACTAAAACAGCTCCGACTGGAGAATACCTTAC 1919
Query 1992 AGTTGGAAGTTTCATGATACGAGGTAAGAAAAACTTTCTTCCACCACACCCACTCATCAT 2051
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1920 AGTTGGAAGTTTTATGATACGTGGTAAGAAAAACTTCCTTCCGCCACACCCACTCATCAT 1979
Query 2052 GGGTTTTGGATTATTGTTTCGTTTGGACGAGAGCTCCTTGGGAGCTCATTTGAATGAGAG 2111
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GGGTTTTGGATTGTTGTTTCGTTTGGACGAGAGCTCCTTGGGAGCTCATTTGAATGAGAG 2039
Query 2112 AAGGGTAAGAGGGGAAGAGGAAGGAATGAATGATGTAGTCATGGAAACACATGCTCCTGA 2171
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2040 AAGGGTAAGAGGGGAAGAGGAAGGAATGAATGATGTAGTCATGGAAACGCATGCTCCTGA 2099
Query 2172 TGAGCATTCAGATACTGAGTCAGAGAACGAAGCAGTGAATGAAGTGGTTTCTGCCTCAGG 2231
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2100 TGAGCATTCAGATGCTGAGTCAGAGAACGAAGCAGTGAATGAAGCGGTTTCTGCCTCAGG 2159
Query 2232 AGAAGTTGATTTGCAGGAATCAAGTACGGCATTGAGCCAAGATACTTCTTCTTTAGACAT 2291
||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2160 AGAAGTTGATTTGGAGGATTCAAGTACCATATTGAGCCAAGATACTTCTTCTTTTGACAT 2219
Query 2292 GAGTTCATCTGGTATTACTGAAGAAAATGTTGCATCAGCCACCTCACAGCTTGAAGATCT 2351
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2220 GAATTCATCTGGTATTGCTGAAGAAAATGTTGCATCAGCCACCTCACAGCTTGAATATCT 2279
Query 2352 TCTTGATAGAACCCTTGGTCTTGGTGCTGCAACGGTGGCAGGCAAGAAAGATACAATAGA 2411
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2280 TCTTGATAGAACCCTAGGTCTTGGTGCTGCAACGGTGGCAGGCAAGAAAGGTACAATAGA 2339
Query 2412 GACATCAAAAGATGATATGGAAGAGAAGATGAAACAGGAAGAGAAGAATGCAGTAGTGAG 2471
||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2340 GACATCAAAAGATGAAATGGAAGAGAAGCTGACACAGGAAGAGAAAAAAGCAGTAGTGAG 2399
Query 2472 AGATAAGCCTTATATGTCAAAAGCTGAAAGAAGAAAGCTTAAGATGGGCCAAAGCGGCAA 2531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2400 AGATAAGCCTTATATGTCAAAAGCTGAAAGAAGAAAGCTTAAGATGGGCCAAAGTGGTAA 2459
Query 2532 CACAGCTGCTGATGGTAACACTGGGCAAGAAAAGCAGCAACGAAAGGAAAAAGACGTTTC 2591
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2460 CACAGCTGTTGATGGTAAGACTGGGCAAGAAAAGCAGCAACGAAAGGAAAAAGATGTTTC 2519
Query 2592 TTCTTTAAGCCAAGCTACCAAGAGCATACCTGATAACAAGCCAGCTGGGGAAAAAGTTAG 2651
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 TTCTTTAAGCCAAGCTAACAAGAGTATACCTGATAACAAGCCAGCTGGGGAAAAAGTTAG 2579
Query 2652 CCGTGGGCAAAGGGGTAAACTTAAGAAAATGAAGGAGAAGTATGCTGATCAAGATGAAGA 2711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 CCGTGGGCAAAGGGGTAAACTTAAGAAAATGAAGGAGAAGTATGCTGATCAAGATGAAGA 2639
Query 2712 CGAAAGAAAAATACGGATGGCATTGTTGGCATCGTCTGGAAAGCCACAGAAGACTGATGT 2771
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 CGAAAGAAAAATACGGATGGCATTGTTGGCGTCGTCTGGAAAGCCACAGAAGACTGATGT 2699
Query 2772 TGAATCACAGAATGCAAAAACCGCGGTCACTGAAGTGAAGAAACCTTCTGAAGAGACAGA 2831
|||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 TGAATCACAGAATGCAAAAACCGCAGTCACCGTAGAGAAGAAACCTTCTGAAGAGACAGA 2759
Query 2832 CGATGCTGTGAAAATATGTTACAGGTGTAAGAAGGTTGGACATCTTGCTAGGGATTGTCA 2891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 AGATGCTGTGAAAATATGTTACAGGTGTAAGAAGGTTGGACATCTTGCTAGGGATTGTCA 2819
Query 2892 TGGGAAAGAAACTTCAGACATGGACAAAGTGGTGATGGAAGAAGACGATATTCATGAAGT 2951
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2820 TGGGAAAGAAACTTCAGAGATGGACAAAGTGGTGATGGAAGAAGACGATATTCACGAGGT 2879
Query 2952 TGGGGACGAAGAGAAAGAAAAACTGATTGATGTCGATTACCTTACTGGTAACCCGTTACC 3011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2880 TGGGGACGAAGAGAAAGAAAAACTGATTGATGTCGATTACCTAACTGGTAACCCGTTACC 2939
Query 3012 AACCGACATCCTTTTATATGCGGTCCCCGTGTGCGGCCCCTACAATGCTCTCCAGTCATA 3071
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2940 AACCGACATCCTTTTATATGCGGTCCCTGTGTGCGGCCCCTACAACGCTCTGCAGTCATA 2999
Query 3072 TAAATACAGAGTCAAAGCGATTCCAGGCAGCATGAAGAAAGGAAAAGCTGCAAAAACTGC 3131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 TAAATACAGAGTCAAAGCGATTCCAGGCAGCATGAAGAAAGGAAAAGCTGCAAAAACTGC 3059
Query 3132 AATGAATCTGTTCACACATATGTCGGAGGCGTCAGTAAGGGAGAAAGAGTTGATGAAAGC 3191
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct 3060 AATGAATCTGTTCACACATATGACGGAGGCGACAGTAAGGGAGAAAGAGCTAATGAAGGC 3119
Query 3192 TTGTACGGATCCGGAGCTGATGGCTGCTCTTGTCGGGAATGTGAAGATCACAGCAGCAGG 3251
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 ATGTACAGATCCGGAGCTGATGGCTGCTCTTGTCGGGAATGTGAAGATCACAGCAGCAGG 3179
Query 3252 TTTGACGCAGTTGAAGCAGAAACAGAAGAAGGGCAAGAAAAGCGGGAAACAACAACATAG 3311
|||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 TTTGACACAGTTGAAGCAGAAACAAAAAAAGGGCAAAAAAAGCGGGAAACAACAACATAG 3239
Query 3312 CTAG 3315
||||
Sbjct 3240 CTAG 3243
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133772369095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5