BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G49960.1
Length=2825
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949509 jgi|Araly1|949509|scaffold_801396.1 3613 0.0
> Ahg949509 jgi|Araly1|949509|scaffold_801396.1
Length=2356
Score = 3613 bits (1956), Expect = 0.0
Identities = 2211/2335 (95%), Gaps = 14/2335 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 318 GGAAAAACCAGTGCCGGTGCCGAGTCAATCCCCGAGTCAGAGGATAACTCGGTTATGGAC 377
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 23 GGAAAAACCAGTGGCGGTGCCGAGTCAATCCCCGAGTCAGAGGATAACTCGGTTGTGGAC 82
Query 378 TCAGTTCTCTCTCACTCATTGTCTCAAATTCATTTGTTCATGTTCTTTTACTTATGTGAT 437
||| || || ||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 83 TCATTTTTCCCTCACTCATTGCCTCAAATTCAGTTGTTCCTTTTCTTTTACTTATGTGAT 142
Query 438 GTTTCTTCGGTCTAAAGTTTCAAGACTAGAGGCAGAGAATATAATCCTTCTAACAAGATG 497
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 143 GTTTCTTCGGTCTAAAGTTTCAAGATTAGAGGCAGAGAATTTAATCCTTGTAACAAGATG 202
Query 498 T---A--A-C--AG-T--A-GCAGTGACAACAATGAGATGGAAGAAACTAATTCTAGAGC 545
| | | | || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 TAACAGTAGCAGAGTTCCAGGCAGTGACAACAATGAGATGGAAGAAACTAATTCTAGAGC 262
Query 546 TGTTGTTTTCTTC-AGTGTCATTATCACCTTTGTGTTACCATTTTTGTTGTACATGTATC 604
||||||||| ||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 263 TGTTGTTTTATTCTA-TGTGATTATTACCTTTGTGTTGCCATTGTTGTTGTATATGTATC 321
Query 605 TTGACGATCTCTCACATGTCAAGAATCTACTAAGACGAACAAATCAGAAGAAAGAAGACG 664
||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 322 TTGACGATCTCTCTCATATCAAGAATCTACTGAGACGAACAAATCAGAAGAAAGAAGAAG 381
Query 665 TTCCTTTGAAGAAGAGACTAGCTTATTCGTTGGATGTGTGTTTTTCAGTGTATCCATATG 724
||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 382 TTCCTTTGAAGAAAAGAATAGCTTATTCATTGGATGTGTGTTTTTCAGTATATCCATATG 441
Query 725 CTAAGCTTCTTGCTCTTCTGTTGGCAACTGTTGTTCTTATAGTTTATGGTGGATTAGCAT 784
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 442 CTAAGCTGCTTGCTCTTCTGTTGGCAACTGTAGTTCTTATAGTATATGGTGGCTTAGCGT 501
Query 785 TGTATGCTGTTAGTGACTGTGGGGTTGATGAAGCCCTTTGGTTATCGTGGACTTTTGTAG 844
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 TGTATGCAGTTAGTGACTGTGGGGTTGATGAAGCACTTTGGTTATCGTGGACTTTTGTAG 561
Query 845 CGGATTCGGGAAGTCATGCTGATAGAGTTGGTGTTGGAGCAAGAATAGTTTCTGTTGCTA 904
||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 562 CGGATTCTGGAAGCCACGCTGATAGAGTTGGTGTTGGAGCAAGAATTGTTTCTGTGGCTA 621
Query 905 TAAGTGCAGGTGGTATGTTGATATTTGCTACAATGCTTGGACTCATTTCAGATGCTATCT 964
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 622 TAAGTGCTGGAGGTATGTTGATATTTGCTACAATGCTTGGACTCATTTCTGATGCTATAT 681
Query 965 CGAAGATGGTAGATTCGCTACGGAAAGGGAAAAGTGAAGTTCTTGAAAGTAATCATATAC 1024
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 682 CAAAGATGGTGGATTCTCTACGGAAAGGGAAAAGTGAAGTTCTTGAAAGCAATCATATAC 741
Query 1025 TAATTCTTGGATGGAGTGATAAATTGGGGTCACTTTTGAAGCAGCTGGCAATAGCAAATA 1084
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 742 TAATTCTTGGATGGAGTGATAAATTGGGTTCACTCTTGAAGCAGCTGGCGATAGCAAATA 801
Query 1085 AAAGTATTGGTGGCGGTGTTGTGGTTGTGTTAGCAGAACGAGACAAGGAAGAGATGGAGA 1144
|||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 802 AAAGCATTGGTGGAGGTGTTGTGGTGGTGCTAGCAGAACGAGATAAGGAAGAGATGGAGA 861
Query 1145 CTGATATTGCTAAATTTGAATTTGATTTAATGGGAACATCAGTTATATGTAGAAGTGGCA 1204
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 CTGATATTGCCAAATTTGAATTTGATTTAATGGGAACATCAGTTATATGTAGAAGTGGCA 921
Query 1205 GTCCACTTATACTAGCTGATCTGAAGAAGGTTTCAGTCTCGAATGCACGTGCTATCATTG 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 922 GTCCACTTATACTAGCTGATCTGAAGAAGGTTTCAGTCTCAAATGCGCGTGCTATCATTG 981
Query 1265 TACTAGGATCTGATGAAAACGCGGATCAGAGCGATGCACGTGCCTTAAGGGTTGTGCTTA 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 982 TACTAGGATCTGATGAAAACGCGGATCAGAGCGATGCACGTGCCTTAAGGGTTGTACTCA 1041
Query 1325 GTCTTACAGGAGTAAAGGAGGGTTGGAAGGGACATGTTGTGGTTGAAATGTGTGATCTAG 1384
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1042 GTCTTACAGGAGTAAAGGAGGGTTGGAAGGGGCATGTTGTGGTTGAAATGTGTGATCTGG 1101
Query 1385 ACAATGAGCCATTGGTAAAGCTTGTTGGTGGAGAACGCATTGAAACAGTTGTAGCTCATG 1444
|||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 ACAACGAGCCATTAGTGAAGCTTGTTGGTGGAGAACGCATTGAAACAGTTGTAGCTCATG 1161
Query 1445 ATGTGATTGGACGCCTTATGATACAATGCGCTCTTCAACCTGGTCTTGCGCAGATATGGG 1504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1162 ATGTGATTGGACGCCTTATGATACAATGCGCTCTTCAACCTGGCCTGGCGCAGATATGGG 1221
Query 1505 AGGATATTTTAGGATTTGAGAACGCTGAATTTTACATAAAGAAGTGGCCTCAGCTTGATG 1564
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 AGGATATTTTAGGCTTTGAGAACGCCGAATTTTACATAAAGAAGTGGCCTCAGCTTGATG 1281
Query 1565 GTTACTGTTTTGAAGATGTCCTCATTTCATTTCCTAATGCGATTCCTTGCGGAGTTAAGG 1624
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1282 GTTACCGTTTTGAAGATGTCCTCATTTCATTTCCCAATGCGATTCCCTGCGGAGTTAAGG 1341
Query 1625 TTGCAGCTGATGGGAAGATAGTTTTGAATCCTAGTGATGACTATGTTCTGAAAGAAGGTG 1684
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 TTGCAGCAGATGGGAAGATAGTTTTGAATCCTAGTGACGACTATGTTCTGAAAGAAGGTG 1401
Query 1685 ATGAAATACTTGTTATAGCAGAGGATGATGACACTTACGCTCCTGGTTCTCTTCCGGAGG 1744
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1402 ATGAAATACTTGTTATAGCCGAGGATGATGACACTTACACTCCTGGTTCACTTCCGGAGG 1461
Query 1745 TACGGATGTGTCATTTTCCCAAAATGCAGGATCCTCCAAAATATCCAGAGAAAATACTTT 1804
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1462 TACGGATGTGTCATTTTCCAAAAATGCAGGATCCTCCGAAATATCCAGAGAAAATACTAT 1521
Query 1805 TTTGTGGATGGCGTCGTGATATTGATGATATGATCAAGGTGCTAGAAGCTCTGCTTGCGC 1864
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 TTTGTGGATGGCGCCGTGACATTGATGATATGATCAAGGTGCTAGAAGCTCTGCTTGCGC 1581
Query 1865 CTGGATCTGAGTTATGGATGTTTAACGAGGTTCCAGATCAAGAAAGAGAGAAAAAGTTGA 1924
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1582 CTGGATCTGAGTTATGGATGTTTAATGAGGTTCCAGATCAAGAAAGAGAGAGAAAGTTGA 1641
Query 1925 CAGATGCAGGACTAAATATATCCAAATTGGTGAATATAAAACTTGTGCATAGGCAGGGAA 1984
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642 CAGATGCAGGACTAAATATATCCAAATTGGTCAATATAAAACTTGTGCATAGGCAGGGAA 1701
Query 1985 ATGCAGTGATCAGGCGTCATTTAGAGAGTCTCCCTCTAGAAACTTTTGATTCAATCTTAA 2044
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 ATGCAGTTATCAGACGTCATTTAGAGAGTCTCCCTTTAGAAACTTTTGATTCAATCTTAA 1761
Query 2045 TTCTTGCAGAACAGTCACTAGAGAACTCTATTGTTCATTCAGACTCTCGATCTCTTGCCA 2104
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 TTCTTGCAGAACAGTCACTGGAGAACTCTATTGTTCATTCAGACTCTCGATCTCTTGCCA 1821
Query 2105 CGCTTCTCCTTATTCGGGATATACAGTCGAAACGGCTTCCATACAAAGATGCAAAGTCAA 2164
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1822 CGCTTCTCCTTATTCGAGATATACAGTCGAAACGGCTTCCCTACAAAGATGCAAAGTCAA 1881
Query 2165 GCGCGTTACGGATATCTGGATTCCCAAATTGCTGTTGGATTCGTAAGATGCAGCAAGCTT 2224
|||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1882 GCGCTTTACGGATATCCGGGTTCCCCAATTGCTGTTGGATCCGTAAAATGCAGCAAGCTT 1941
Query 2225 CAGATAAATCAATTGTGATAAGTGAAATTCTTGATTCAAGAACAAAGAACCTTGTATCTG 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 CAGATAAATCAATTGTGATAAGTGAAATTCTTGATTCAAGAACAAAGAACCTTGTATCTG 2001
Query 2285 TGTCAAGAATCAGTGATTACGTACTCTCGAATGAGTTAGTTAGTATGGCTCTTGCGATGG 2344
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 TGTCCAGAATCAGTGATTACGTACTATCGAATGAGTTAGTTAGTATGGCTCTTGCGATGG 2061
Query 2345 TCGCAGAGGATAAACAAATAAACCGTGTTTTAAAAGAGCTTTTCGCGGAAAAGGGTAATG 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2062 TCGCAGAGGATAAACAAATAAACCGTGTTTTAAAAGAGCTTTTTGCGGAAAAGGGTAATG 2121
Query 2405 AATTGTGCATAAGACCTGCAGAGTTTTACATATATGACCAAGAAGAGGTTTGCTTTTATG 2464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 AATTGTGCATAAGACCTGCAGAGTTTTACATATATGACCAAGAAGAGGTTTGCTTTTATG 2181
Query 2465 ATATAATGAGAAGGGCTCGTCAAAGGCAAGAAATCATAATCGGTTATCGCCTTGCGGGAA 2524
||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 ATATAATGAGAAGGGCTCGACAAAGACAGGAAGTCATAATCGGTTATCGCCTTGCGGGAA 2241
Query 2525 TGGAGCAAGCTGTGATTAACCCTACTGATAAATCCAAGCTTACTAAATGGTCCCTTGATG 2584
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2242 TGGAGCAAGCTGTGATTAATCCTACAGATAAATCCAAGCTTACAAAATGGTCCCTTGATG 2301
Query 2585 ATGTTTTTGTTGTCATCGCCTCAAGTCAGTAACTTACAAAACCCGTAGATGATCT 2639
|||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2302 ATGTTTTTGTAGTCATCGCCTCTAGTCAGTAAGTTACAAAAACCGTAGATGATCT 2356
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106614595755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5