BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G50150.1
Length=1806
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949533 jgi|Araly1|949533|scaffold_801420.1 2137 0.0
> Ahg949533 jgi|Araly1|949533|scaffold_801420.1
Length=1309
Score = 2137 bits (1157), Expect = 0.0
Identities = 1257/1305 (96%), Gaps = 8/1305 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 337 AAGCCGTACATTCTCTAGTTATGG---cttcttcttcttc---ttcttcttcAACTACTT 390
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGCCGTACATTCTCTAGTTATGGCTTCTTCTTCTTCTTCATTTTCTTCTTCAACTACTT 60
Query 391 CAACCATCACATCCAAATTTATTGGGCTTATGCTTCTTCTCTCTCTTCAACTAGACTTAT 450
|||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 61 CAACCATCACATCCAAATTTATTGGGATTCTTCTTCTTCTCTCTCTTCAAATAGACTTGT 120
Query 451 TACTCGGATCAGCTATTCATCTTAAAAACCAAACTTCATTCAGACCCAACAGGGAGATTC 510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 121 TACTCGGATCAGCTATTCATCTTAAAAACCAAACTTCATTCAGACCCAACAGAGATATTC 180
Query 511 AGAAGCTTAGAAGAGTGGAAGCATATCTCAGCAAAATCAACAAACCTTCCATCAAAACAA 570
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGAAGCTTAGAAGAGTGGAAGCATATCTCAACAGAATCAATAAACCTTCCATCAAAACAA 240
Query 571 TCCACAGCCCAGACGGAGATGTAATAGAATGTGTACCGTCTCATTTACAACCCGCATTTG 630
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 TCCACAGCCCAGATGGAGATGTCATAGAATGTGTACCGTCTCATTTACAACCAGCATTTG 300
Query 631 ATCATCCTCAGCTACAAGGCCAGAAACCACTTGACTCACCTTACAGGCCAAGTA-AAGGA 689
|||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| || |
Sbjct 301 ATCATCCTCATCTACAAGGCCAGAAGCCACTGGATTCACCAGACAGGTCAAGTAGAA-GT 359
Query 690 AATGAAACAACATATGAGGAAAGTTTTAATCAGTTATGGAGTATGTCCGGTGAAAGTTGT 749
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AATGAAACAACAAATGAGGAAAGTTTTAATCAGTTATGGAGTATGTCCGGTGAAAGTTGT 419
Query 750 CCAATTGGGTCAATACCAATTAGAAAAACAACAAAGAATGATGTTTTAAGGGCAAATTCA 809
||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 420 CCAGTTGGGTCAATACCAATGAGAAAAACAACGAAGAATGATGTTTTGAGAGCAAATTCA 479
Query 810 GTTCGACGGTTTGGTCGGAAATTAAGAAGACCCATTAGACGAGATTCATCCGGAGGTGGT 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 480 GTTCGACGGTTTGGTCGGAAATTAAGAAGACCCATTAGACGAGATTCCTCCGGAGGTGGT 539
Query 870 CACGAGCATGCGGTGGTGTTTGTAAATGGAGAACAATACTATGGAGCTAAAGCAAGCATT 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 540 CACGAGCATGCGGTGGTGTTTGTAAATGGAGAACAATACTATGGAGCAAAAGCAAGCATT 599
Query 930 AACGTGTGGGCGCCACGTGTCACTGATGCTTATGAGTTTAGTTTATCTCAGATTTGGCTC 989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AACGTGTGGGCGCCACGTGTCACTGATGCTTATGAGTTTAGTTTATCTCAGATTTGGCTC 659
Query 990 ATCTCTGGATCCTTTGGTCATGACCTAAACACCATTGAAGCTGGTTGGCAGGTTAGTCCT 1049
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATCTCTGGATCCTTTGGTCACGACCTAAACACCATTGAAGCTGGTTGGCAGGTTAGTCCT 719
Query 1050 GAACTATACGGAGATAATTATCCAAGATTCTTCACATATTGGACGACTGATGCATACCAA 1109
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAGCTATATGGAGATAATTATCCAAGATTCTTCACATATTGGACGACTGATGCATACCAA 779
Query 1110 GCAACTGGGTGCTACAATTTACTCTGCTCTGGATTCGTACAAACCAACAATAAAATTGCA 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCAACTGGGTGCTACAATTTACTCTGCTCTGGATTCGTACAAACCAACAATAAAATTGCA 839
Query 1170 ATTGGTGCAGCGATTTCCCCGAGGTCCTCTTATAATGGAAGACAGTTTGATATCGGTTTA 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTGGTGCAGCGATTTCCCCGAGGTCCTCTTATAATGGAAGACAGTTTGATATCGGTTTA 899
Query 1230 ATGATTTGGAAGGATCCAAAACATGGGCACTGGTGGCTTGAACTAGGGAATGGACTTCTT 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATGATTTGGAAGGATCCAAAACATGGGCACTGGTGGCTTGAACTAGGGAATGGACTTCTT 959
Query 1290 GTGGGATACTGGCCAGCTTTCTTGTTCAGTCACTTGAGGAGTCATGCAAGTATGGTACAA 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GTGGGATACTGGCCAGCTTTCTTGTTCAGTCACTTGAGGAGTCATGCAAGTATGGTACAA 1019
Query 1350 TTTGGCGGCGAAGTTGTGAACAGCCGATCAAGCGGTGCTCACACCGGAACACAGATGGGA 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTTGGCGGCGAAGTTGTGAACAGCCGATCAAGCGGTGCTCACACCGGAACACAGATGGGA 1079
Query 1410 AGCGGCCATTTCGCAGATGAAGGGTTTGAGAAAGCTGCCTACTTTAGGAATTTACAAGTT 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGCGGCCATTTCGCAGATGAAGGGTTTGAGAAAGCTGCCTACTTTAGGAATTTACAAGTT 1139
Query 1470 GTTGACTGGGACAACAATCTCTTGCCTCTGAAGAATCTCCATGTCTTGGCCGATCACCCC 1529
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 GTTGATTGGGACAACAATCTCTTGCCTCTGAAGAATCTCCATGTCTTGGCTGATCACCCG 1199
Query 1530 GCTTGTTATGACATCAGACAAGGCAAAAACAATGTATGGGGGACTTATTTTTACTATGGA 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GCTTGTTATGACATCAGACAAGGCAAAAACAATGTATGGGGGACTTATTTTTACTATGGA 1259
Query 1590 GGGCCTGGTCGGAACCCAAGGTGTCCTTGACTCACCCAAACAGAA 1634
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1260 GGCCCTGGTCGAAACCCTAGGTGTCCTTGACTCACCCGAACCGAA 1304
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67800636100
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5