BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G50210.1
Length=2598
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949543 jgi|Araly1|949543|scaffold_801430.1 3437 0.0
> Ahg949543 jgi|Araly1|949543|scaffold_801430.1
Length=2191
Score = 3437 bits (1861), Expect = 0.0
Identities = 2098/2211 (95%), Gaps = 22/2211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 133 TTCAACCTTTTGTAACTGCTTCCAATGGCGTTAGCTCTCTCCGTCGCACCTACATCTTCT 192
|||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1 TTCAACCTTTAGT---TACTTCCAATGGCGTTAGCTTTCTCCGTCGCACCTTCATCATCG 57
Query 193 TCTT-TGTCTTCCCTCCTCTCTCGGACCCCTAACCCTTCTCCTAATTTCAGAACAACTCA 251
|||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 58 TCTTCT-TCTTCCCTCCTCTCTCGAAACCCTAACCCTTCTCCCAATTTCAGAACAACCCA 116
Query 252 TCTGAATTTCGGTTCTCAAAGGAGGATTTACACAATCAATCCTCTCCTTAGATCCTTTAA 311
|||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 117 TCTGAATTTCGGGTCTCAAAGGAGGATTTTCACCATCAATCCTCTTCTTAGATCCTTTAA 176
Query 312 ATGCCTTCAATCATCTTCAAGAGACGTAAATGCGTCACCTTTCTCAATCTCAGCTATTGC 371
||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 ATGTCTTCAATCATCATCAAAAGACCTAAATGCGTCACCTTTCTCAATCTCAGCTATTG- 235
Query 372 TTCTTCTTCTTCTTCATCACAGACCACAGAGCTTGTACC-CTATAAGCTTCAGAGATTAG 430
|||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 236 --------CTTCATCATCACAAACCACAGAGCTTGTACCAC-ATAAGCTTCAGAGATTAG 286
Query 431 TCAAGGAATTCAAATCCTTGACAGAGCCAATTGATCGACTCAAATGGGTTCTCCATTACG 490
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 287 TCAAGGAATTCAAATCCTTGACAGAGCCAATTGATAGACTCAAATGGGTTCTTCATTACG 346
Query 491 CTAGTCTCCTTCCTCAAATGCCCGAGTCGTCCAAGACTGAATCAAACAGAGTTATGGGCT 550
| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 347 CGAGTCTCATTCCTCCGATGCCCGAGTTGTCCAAGACTGAATCAAACCGAGTTATGGGCT 406
Query 551 GCACAGCTCGTGTTTGGCTAGATGCTGAGTTAGGTCAAGATGGGAAGATGAGGTTTTGTG 610
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 407 GCACGGCTCGTGTTTGGCTAGAGGCTGAGTTAGGTCAAGATGGGAAGATGAGGTTTTGGG 466
Query 611 CAGATAGTGATTCAGATGTGTCGAAAGGGATGTGTTCTTGTTTGATTCAAGTTCTTGATG 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 CAGATAGTGATTCAGATGTGTCGAAAGGGATGTGTTCTTGTTTGATTCAAGTTCTTGATG 526
Query 671 AGGCTTCTCCTGTAGAAGTTATGGAGTTGAAGACTGAGGATTTAGCTGAGCTTAATGTTG 730
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 AGGCTTCTCCTGAAGAAGTTATGGAATTGAAGACTGAGGATTTAGCTGAGCTTAATGTTG 586
Query 731 GTTTGTTGGGTGGAGAGAGATCGAGAGTTAACACTTGGTATAATGTTCTTGTGAGTATGC 790
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 587 GATTGTTGGGTGGAGAGAGATCGAGAGTTAACACTTGGTATAATGTTCTGGTGAGTATGC 646
Query 791 AGAAGAAGACTCGACGATTAGTAGCGGAGAGGGAAGGTAAAGTTCCTTCCTTTGAGCCAT 850
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 647 AGAAGAAGACTCGACGATTAGTAGCGGAGAGGGAAGGTAAAGTTCCGTCCTTTGAGCCAT 706
Query 851 TTCCTTCACTTGTGTTAACGGCTCATGGCATTGAAGCTAAAGGAAGCTTTGCTCAAGCTC 910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 707 TTCCTTCACTTGTGTTAACGGCTCATGGCATTGAAGCTAAAGGAAGCTTCGCTGAAGCTC 766
Query 911 AGGCGAAATATTTGTTTCCGGAGGAGTCACGGGTTGAAGAACTTGTCAATGTGTTGAAGG 970
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 767 AGGCGAAATATTTGTTTCCGGAGGAGACACGGGTTGAAGAACTTGTCAATGTGTTGAAAG 826
Query 971 AAAAGAAGATAGGAGTGGTTGCTCATTTCTATATGGATCCAGAAGTGCAAGGGGTCTTGA 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 AAAAGAAGATAGGAGTGGTTGCTCATTTCTATATGGATCCAGAAGTGCAAGGGGTCTTGA 886
Query 1031 CTGCTGCTCAAAAGCATTGGCCACATATCTCTATATCTGATTCTCTTGTCATGGCAGACT 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 887 CTGCTGCTCAAAAGCATTGGCCACATATCTCTATATCTGATTCTCTTATCATGGCGGATT 946
Query 1091 CAGCTGTCACGATGGCTAAAGCTGGATGTCAGTTTATAACAGTTCTTGGTGTTGATTTCA 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 CAGCTGTCACGATGGCTAAAGCTGGATGTCAGTTTATAACAGTTCTTGGTGTTGATTTCA 1006
Query 1151 TGTCCGAAAATGTTCGTGCCATCCTAGATCAAGCTGGGTTTGAAAAGGTTGGTGTGTACA 1210
|||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1007 TGTCTGAAAATGTCCGAGCCATCCTAGATCAAGCTGGATTTGAAGAGGTTGGTGTATACA 1066
Query 1211 GGATGTCAGATGAGACCATTGGTTGTTCACTTGCTGACGCTGCTTCTGCTCCTGCTTACT 1270
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 GGATGTCAGATGAGACCATTGGTTGTTCACTGGCTGATGCTGCTTCTGCTCCTGCTTACT 1126
Query 1271 TGAATTATCTTGAAGCTGCTTCTCGTTCTCCTCCTTCACTGCATGTTGTTTATATAAATA 1330
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 TGAATTATCTTGAAGCTGCTTCTCTTTCACCTCCTTCATTGCATGTTGTTTATATAAATA 1186
Query 1331 CATCTTTGGAGACAAAAGCTTTTGCTCATGAGCTTGTACCTACCATTACTTGCACTTCAT 1390
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1187 CATCTTTGGAGACAAAAGCTTTTGCTCACGAGCTTGTACCCACCATTACTTGCACCTCAT 1246
Query 1391 CTAATGTTGTACAGACGATTCTGCAGGCGTTTGCTCAAATGCCAGAGTTAACTGTTTGGT 1450
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1247 CTAATGTTGTACAGACGATTTTGCAGGCGTTTGCTCAAATGCCGGAGTTAACTGTTTGGT 1306
Query 1451 ATGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCGAATATTGTAAAGTTATTCCAGCAGATGACATTGA 1510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 ATGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCGAATATTGTAAAGTTATTCCAGCAGATGACATTGA 1366
Query 1511 TGACTAATGAAGAAATCGCCAATATTCACCCTAAACACAGCTTAGATTCCATTAAATCAT 1570
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 TGACTGATGAAGAAATCGCCAATATTCACCCTAAACACAGCTTAGATTCCATTAAATCAT 1426
Query 1571 TGCTTCCCCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACCTGCATTGTACATCATCTATTCGGTC 1630
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1427 TGCTTCCCCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACTTGCATTGTACATCATCTTTTCGGTC 1486
Query 1631 ACGAGGTAGTGGAGAGAATAAAGTACATGTACTGTGACGCCTTTCTTACAGCACATCTTG 1690
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1487 ACGAGGTTGTGGAGAGAATAAAGTACATGTACTGTGATGCCTTTCTTACCGCGCATCTTG 1546
Query 1691 AGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCACTAGCAATGGAAGCAAAGAAAAGAGAGATGGGTGTTG 1750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1547 AGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCACTAGCAATGGAAGCAAAGAAACGAGAGATGGGTGTTG 1606
Query 1751 TTGGATCAACACAAAACATACTAGACTTCATCAAGCAGAAGGTTCAGGAAGCAGTGGACC 1810
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1607 TTGGATCAACACAAAACATACTAGACTTCATCAAGCAGAAGGTTCAGGAAGCAGTGGATC 1666
Query 1811 GGAATGTTGATGACCACCTCCAGTTTGTTCTTGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCGA 1870
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 GGAATGTCGATGACCACCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCGA 1726
Query 1871 TTGTCGCGGTGATCAGAAGTCTGCTAGGTTCTTCTGCTAACTCGAAATTGAAGGTGGAAG 1930
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1727 TTGTCGCGGTGATCAGAAGTTTGCTAGGTTCTTCTGTTAACTCGAAATTGAAGGTTGAAG 1786
Query 1931 TAGTGTTTCCTGTCTCATCAGACTCGATGACAAAAACTTCTTCAGATAGTTCAAACTCCA 1990
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TAGTGTTTCCTGTATCGTCAGACTCGATGACAAAAACTTCTTCAGATAGTTCAAACTCCA 1846
Query 1991 TTAAAGTTGGTGATGTGGCACTACCGGTTGTACCGGGAGTAGCAGGTGGTGAAGGTTGCT 2050
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1847 TTAAAGTTGGTGATGTGGCACTACCTGTTGTACCGGGAGTAGCAGGTGGTGAAGGCTGCT 1906
Query 2051 CTATTCATGGCGGATGTGCATCATGCCCATATATGAAGATGAACTCGCTTAGCTCGCTCT 2110
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 CTATTCATGGTGGATGTGCATCATGTCCATATATGAAGATGAACTCGCTTAGCTCGCTCT 1966
Query 2111 TGAAAGTTTGCCACAAACTACCTGACTTGGAAAATGTATATGGAGGATTCATAGCGGAGC 2170
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 1967 TGAAAGTTTGCCACAAACTACCTGACCTGGAAAACGTATACGGGGGATTCGTAGCGGAGC 2026
Query 2171 GATTTAAAAGACAAACTCCTCAAGGAAAACTCATCGCGGATGTCGGGTGTGAGCCGATAC 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 2027 GATTTAAAAGACAAACTCCTCAAGGAAAACTCATCGCGGATGTAGGGTGCGAGCCAATAC 2086
Query 2231 TTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAATAAGGAGCTGCCAGACAAGCTTGTTCATCAGGTAT 2290
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2087 TTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAATAAGGAGCTACCAGAGAAGCTTGTTCGTCAGGTAT 2146
Query 2291 TAAGTTGTGAGAGCAAGAGATGACCATGACCAAGTTGCCCTTAAAAGCTAT 2341
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 2147 TAAGTTGTGAGAGCAAGAGATGACCA--A----GTTGCCCTGAAAAGCTAT 2191
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97968110140
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5