BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G50210.1 Length=2598 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg949543 jgi|Araly1|949543|scaffold_801430.1 3437 0.0 > Ahg949543 jgi|Araly1|949543|scaffold_801430.1 Length=2191 Score = 3437 bits (1861), Expect = 0.0 Identities = 2098/2211 (95%), Gaps = 22/2211 (1%) Strand=Plus/Plus Query 133 TTCAACCTTTTGTAACTGCTTCCAATGGCGTTAGCTCTCTCCGTCGCACCTACATCTTCT 192 |||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || Sbjct 1 TTCAACCTTTAGT---TACTTCCAATGGCGTTAGCTTTCTCCGTCGCACCTTCATCATCG 57 Query 193 TCTT-TGTCTTCCCTCCTCTCTCGGACCCCTAACCCTTCTCCTAATTTCAGAACAACTCA 251 |||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 58 TCTTCT-TCTTCCCTCCTCTCTCGAAACCCTAACCCTTCTCCCAATTTCAGAACAACCCA 116 Query 252 TCTGAATTTCGGTTCTCAAAGGAGGATTTACACAATCAATCCTCTCCTTAGATCCTTTAA 311 |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 117 TCTGAATTTCGGGTCTCAAAGGAGGATTTTCACCATCAATCCTCTTCTTAGATCCTTTAA 176 Query 312 ATGCCTTCAATCATCTTCAAGAGACGTAAATGCGTCACCTTTCTCAATCTCAGCTATTGC 371 ||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 177 ATGTCTTCAATCATCATCAAAAGACCTAAATGCGTCACCTTTCTCAATCTCAGCTATTG- 235 Query 372 TTCTTCTTCTTCTTCATCACAGACCACAGAGCTTGTACC-CTATAAGCTTCAGAGATTAG 430 |||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 236 --------CTTCATCATCACAAACCACAGAGCTTGTACCAC-ATAAGCTTCAGAGATTAG 286 Query 431 TCAAGGAATTCAAATCCTTGACAGAGCCAATTGATCGACTCAAATGGGTTCTCCATTACG 490 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 287 TCAAGGAATTCAAATCCTTGACAGAGCCAATTGATAGACTCAAATGGGTTCTTCATTACG 346 Query 491 CTAGTCTCCTTCCTCAAATGCCCGAGTCGTCCAAGACTGAATCAAACAGAGTTATGGGCT 550 | |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 347 CGAGTCTCATTCCTCCGATGCCCGAGTTGTCCAAGACTGAATCAAACCGAGTTATGGGCT 406 Query 551 GCACAGCTCGTGTTTGGCTAGATGCTGAGTTAGGTCAAGATGGGAAGATGAGGTTTTGTG 610 |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 407 GCACGGCTCGTGTTTGGCTAGAGGCTGAGTTAGGTCAAGATGGGAAGATGAGGTTTTGGG 466 Query 611 CAGATAGTGATTCAGATGTGTCGAAAGGGATGTGTTCTTGTTTGATTCAAGTTCTTGATG 670 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 467 CAGATAGTGATTCAGATGTGTCGAAAGGGATGTGTTCTTGTTTGATTCAAGTTCTTGATG 526 Query 671 AGGCTTCTCCTGTAGAAGTTATGGAGTTGAAGACTGAGGATTTAGCTGAGCTTAATGTTG 730 |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 527 AGGCTTCTCCTGAAGAAGTTATGGAATTGAAGACTGAGGATTTAGCTGAGCTTAATGTTG 586 Query 731 GTTTGTTGGGTGGAGAGAGATCGAGAGTTAACACTTGGTATAATGTTCTTGTGAGTATGC 790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 587 GATTGTTGGGTGGAGAGAGATCGAGAGTTAACACTTGGTATAATGTTCTGGTGAGTATGC 646 Query 791 AGAAGAAGACTCGACGATTAGTAGCGGAGAGGGAAGGTAAAGTTCCTTCCTTTGAGCCAT 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 647 AGAAGAAGACTCGACGATTAGTAGCGGAGAGGGAAGGTAAAGTTCCGTCCTTTGAGCCAT 706 Query 851 TTCCTTCACTTGTGTTAACGGCTCATGGCATTGAAGCTAAAGGAAGCTTTGCTCAAGCTC 910 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 707 TTCCTTCACTTGTGTTAACGGCTCATGGCATTGAAGCTAAAGGAAGCTTCGCTGAAGCTC 766 Query 911 AGGCGAAATATTTGTTTCCGGAGGAGTCACGGGTTGAAGAACTTGTCAATGTGTTGAAGG 970 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 767 AGGCGAAATATTTGTTTCCGGAGGAGACACGGGTTGAAGAACTTGTCAATGTGTTGAAAG 826 Query 971 AAAAGAAGATAGGAGTGGTTGCTCATTTCTATATGGATCCAGAAGTGCAAGGGGTCTTGA 1030 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 827 AAAAGAAGATAGGAGTGGTTGCTCATTTCTATATGGATCCAGAAGTGCAAGGGGTCTTGA 886 Query 1031 CTGCTGCTCAAAAGCATTGGCCACATATCTCTATATCTGATTCTCTTGTCATGGCAGACT 1090 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | Sbjct 887 CTGCTGCTCAAAAGCATTGGCCACATATCTCTATATCTGATTCTCTTATCATGGCGGATT 946 Query 1091 CAGCTGTCACGATGGCTAAAGCTGGATGTCAGTTTATAACAGTTCTTGGTGTTGATTTCA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 947 CAGCTGTCACGATGGCTAAAGCTGGATGTCAGTTTATAACAGTTCTTGGTGTTGATTTCA 1006 Query 1151 TGTCCGAAAATGTTCGTGCCATCCTAGATCAAGCTGGGTTTGAAAAGGTTGGTGTGTACA 1210 |||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| Sbjct 1007 TGTCTGAAAATGTCCGAGCCATCCTAGATCAAGCTGGATTTGAAGAGGTTGGTGTATACA 1066 Query 1211 GGATGTCAGATGAGACCATTGGTTGTTCACTTGCTGACGCTGCTTCTGCTCCTGCTTACT 1270 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1067 GGATGTCAGATGAGACCATTGGTTGTTCACTGGCTGATGCTGCTTCTGCTCCTGCTTACT 1126 Query 1271 TGAATTATCTTGAAGCTGCTTCTCGTTCTCCTCCTTCACTGCATGTTGTTTATATAAATA 1330 |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1127 TGAATTATCTTGAAGCTGCTTCTCTTTCACCTCCTTCATTGCATGTTGTTTATATAAATA 1186 Query 1331 CATCTTTGGAGACAAAAGCTTTTGCTCATGAGCTTGTACCTACCATTACTTGCACTTCAT 1390 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1187 CATCTTTGGAGACAAAAGCTTTTGCTCACGAGCTTGTACCCACCATTACTTGCACCTCAT 1246 Query 1391 CTAATGTTGTACAGACGATTCTGCAGGCGTTTGCTCAAATGCCAGAGTTAACTGTTTGGT 1450 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1247 CTAATGTTGTACAGACGATTTTGCAGGCGTTTGCTCAAATGCCGGAGTTAACTGTTTGGT 1306 Query 1451 ATGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCGAATATTGTAAAGTTATTCCAGCAGATGACATTGA 1510 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1307 ATGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCGAATATTGTAAAGTTATTCCAGCAGATGACATTGA 1366 Query 1511 TGACTAATGAAGAAATCGCCAATATTCACCCTAAACACAGCTTAGATTCCATTAAATCAT 1570 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1367 TGACTGATGAAGAAATCGCCAATATTCACCCTAAACACAGCTTAGATTCCATTAAATCAT 1426 Query 1571 TGCTTCCCCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACCTGCATTGTACATCATCTATTCGGTC 1630 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1427 TGCTTCCCCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACTTGCATTGTACATCATCTTTTCGGTC 1486 Query 1631 ACGAGGTAGTGGAGAGAATAAAGTACATGTACTGTGACGCCTTTCTTACAGCACATCTTG 1690 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| Sbjct 1487 ACGAGGTTGTGGAGAGAATAAAGTACATGTACTGTGATGCCTTTCTTACCGCGCATCTTG 1546 Query 1691 AGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCACTAGCAATGGAAGCAAAGAAAAGAGAGATGGGTGTTG 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1547 AGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCACTAGCAATGGAAGCAAAGAAACGAGAGATGGGTGTTG 1606 Query 1751 TTGGATCAACACAAAACATACTAGACTTCATCAAGCAGAAGGTTCAGGAAGCAGTGGACC 1810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1607 TTGGATCAACACAAAACATACTAGACTTCATCAAGCAGAAGGTTCAGGAAGCAGTGGATC 1666 Query 1811 GGAATGTTGATGACCACCTCCAGTTTGTTCTTGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCGA 1870 ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1667 GGAATGTCGATGACCACCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCGA 1726 Query 1871 TTGTCGCGGTGATCAGAAGTCTGCTAGGTTCTTCTGCTAACTCGAAATTGAAGGTGGAAG 1930 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| Sbjct 1727 TTGTCGCGGTGATCAGAAGTTTGCTAGGTTCTTCTGTTAACTCGAAATTGAAGGTTGAAG 1786 Query 1931 TAGTGTTTCCTGTCTCATCAGACTCGATGACAAAAACTTCTTCAGATAGTTCAAACTCCA 1990 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1787 TAGTGTTTCCTGTATCGTCAGACTCGATGACAAAAACTTCTTCAGATAGTTCAAACTCCA 1846 Query 1991 TTAAAGTTGGTGATGTGGCACTACCGGTTGTACCGGGAGTAGCAGGTGGTGAAGGTTGCT 2050 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1847 TTAAAGTTGGTGATGTGGCACTACCTGTTGTACCGGGAGTAGCAGGTGGTGAAGGCTGCT 1906 Query 2051 CTATTCATGGCGGATGTGCATCATGCCCATATATGAAGATGAACTCGCTTAGCTCGCTCT 2110 |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1907 CTATTCATGGTGGATGTGCATCATGTCCATATATGAAGATGAACTCGCTTAGCTCGCTCT 1966 Query 2111 TGAAAGTTTGCCACAAACTACCTGACTTGGAAAATGTATATGGAGGATTCATAGCGGAGC 2170 |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| ||||||||| Sbjct 1967 TGAAAGTTTGCCACAAACTACCTGACCTGGAAAACGTATACGGGGGATTCGTAGCGGAGC 2026 Query 2171 GATTTAAAAGACAAACTCCTCAAGGAAAACTCATCGCGGATGTCGGGTGTGAGCCGATAC 2230 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 2027 GATTTAAAAGACAAACTCCTCAAGGAAAACTCATCGCGGATGTAGGGTGCGAGCCAATAC 2086 Query 2231 TTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAATAAGGAGCTGCCAGACAAGCTTGTTCATCAGGTAT 2290 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| Sbjct 2087 TTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAATAAGGAGCTACCAGAGAAGCTTGTTCGTCAGGTAT 2146 Query 2291 TAAGTTGTGAGAGCAAGAGATGACCATGACCAAGTTGCCCTTAAAAGCTAT 2341 |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| Sbjct 2147 TAAGTTGTGAGAGCAAGAGATGACCA--A----GTTGCCCTGAAAAGCTAT 2191 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97968110140 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5