BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G50330.1
Length=1744
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497506 jgi|Araly1|497506|fgenesh2_kg.664__1__AT5G50330.1 2588 0.0
Ahg495093 jgi|Araly1|495093|fgenesh2_kg.8__909__AT5G50330.1 2560 0.0
Ahg492357 jgi|Araly1|492357|fgenesh2_kg.7__1790__AT4G24810.2 1277 0.0
> Ahg497506 jgi|Araly1|497506|fgenesh2_kg.664__1__AT5G50330.1
Length=1652
Score = 2588 bits (1401), Expect = 0.0
Identities = 1542/1609 (96%), Gaps = 13/1609 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 CGATCTCGATCAACTTCATCGCTTCTTCCG--AAAGCTTTCACATTTGATA---TCAAAA 72
||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1 CGATCTCTATCAACTTCATCGTTTCTTCCGTTAAAGCTTTCACATTTGTTACGTTCGAAA 60
Query 73 TCGAGAAACAAAAATTGAAAACAATCTGTTTCACC--aa-aaaaaGAACAAAATGCATGG 129
|||||| ||| ||||||| ||||||||| ||| || || |||||||| |||||||||||
Sbjct 61 TCGAGATACACAAATTGATAACAATCTG-TTCTCCAAAAGAAAAAGAAAAAAATGCATGG 119
Query 130 GTTCGATTTCAAAGAGATCCAGGAGAAGATCTCCGATAGCTTTCGTCCATGGCAACGCTC 189
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTTCGATTTCAAAGAGATTCAGGAGAAGATCTCCGAGAGCTTTCGTCCATGGCAACGCTC 179
Query 190 TTTTCAATTCTGGGTTCGAGCTACTAATATCTACACAGGCTACAAGGTGTTTCAACTTCG 249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTTTCAATTCTGGGTTCGAGCTACTAATATCTACACAGGCTACAAGGTGTTTCAACTTCG 239
Query 250 AGTAAGTTTAGTAAAAGATGCAAAGAAGCAAGAGGAAATGTGGGAAAGACAACATGAACA 309
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 240 AGTGAGTTTAGTGAAAGATGCAAAGAAGCAAGAGGAAATGTGGGAAAGACAACATGAGCA 299
Query 310 AGCTGCTGATAAGATTTACTTCATGTGCTCTGATCTTGGTGGTTTCTTCCTTAAGATTGC 369
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGCTGCTGATAACATTTACTTCATGTGCTCTGATCTTGGGGGTTTCTTCCTTAAGATTGC 359
Query 370 TCAACTTTTAGCAAAACCTGACATGGCACCAGCTGCG-TGGGTGAAAAAGCTTGTCACTT 428
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 360 TCAACTTTTAGCAAAACCTGACATGGCACCAGCTG-GTTGGGTGAAAAAGCTTGTAACTT 418
Query 429 TGTGTGATCAAGCTCCTGCGACGCCGTTTGATGCGATTCAACTTGTTCTAGAGAAGGAGT 488
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TGTGTGATCAAGCTCCTGCGACGCCGTTTGATGCAATTCAACTTGTTCTAGAGAAGGAGT 478
Query 489 TAGGTAAAAGCATTGGTGAAATCTTTGAAACGTTTGATGAAAAGCCTCTTGGTTCTGCTT 548
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TAGGTAAAAGCATTGGTGAAATCTTTGAAACATTTGATGAAAAGCCTCTTGGTTCTGCTT 538
Query 549 CTATTGCTCAGGTTCATAGAGCAATAGTAAAGGGTAACAAGATGAATGTTGTTGTAAAGG 608
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTATTGCTCAGGTTCACAGAGCAAGAGTAAAGGGTAACAAGATGAATGTTGTTGTAAAGG 598
Query 609 TTCAACATCCTGGCATTGAAAGATTGATGATGACAGACATAAGAAACTTGCAACTATTCG 668
||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 599 TTCAACACCCTGGCATCGAAAGGTTGATGATGACAGACATTAGAAACTTGCAACTATTCG 658
Query 669 CCTTATACATGCAGAGAACAGATATCAAATTTGACCTGCATTCCATAACAAAGGAAATGG 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 CCTTATACATGCAGAGAACAGATATCAAATTTGACCTGCATTCCATAACCAAGGAAATGG 718
Query 729 AGAAACAGATTGGTTATGAATTTGACTTCAAAAGGGAGGCCAATGCAATGGAAAGAATTC 788
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 719 AGAAACAGATTGGTTATGAATTTGACTTCAAAAGGGAGGCCAGTGCAATGGAAAGAATTC 778
Query 789 GATGTTTTCTTTATGAGAACAACAAAAAGTCTCCTGTTTTGGTACCAAGAGTTCTGCGAG 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GATGTTTTCTTTATGAGAACAACAAAAAGTCTCCTGTTTTGGTACCAAGAGTTCTGCGAG 838
Query 849 ATATGGTGACTAAGAGGGTTTTGGTGATGGAATACATTAATGGAATTCCAATCCTGAGCA 908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 839 ATATGGTGACTAAGAGGGTTTTGGTGATGGAATACATTAATGGAATTCCAATTCTGAGCA 898
Query 909 TTGGTGATGAGATGGCTAAAAGAGGGATAAATCCTCATGGTAAGATTGCAGAGGCAGCAA 968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTGGTGATGAGATGGCTAAAAGAGGGATAAATCCTCATGGTAAGATTGCAGAGGCAGCAA 958
Query 969 AGCACAATATACTTAACAGTTTATCCCGTGCGTATGGCCAAATGATACTGAAAAGTGGTT 1028
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGCACAATATACTTAGCAGTTTATCCCGTGCGTATGGCCAAATGATACTGAAAAGTGGTT 1018
Query 1029 TCTTTCATGCGGATCCACATCCTGGAAATATCTTGATTTGCAAAGGTCAAGAGGTTGCAT 1088
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TCTTTCATGCGGATCCACATCCTGGAAATATCTTGATTTGCAAAGGTCAAGAGGTTGCAC 1078
Query 1089 TGCTGGACTATGGTCAAGTGAAGGAACTACCCAACAAGTTGAGACTTGGTTATGCAAATT 1148
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 TGCTGGACTATGGTCAAGTGAAGGAACTACCCGACAAGTTGAGACTTGGTTATGCGAATT 1138
Query 1149 TGGTCATTGCCATGGCTGATAACAATGCTTCACGAGTATCACAGAGCTTTTGGGAAATGG 1208
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGGTCATTGCCATGGCTGATGACAATGCTTCAGGAGTATCACAGAGCTTTTGGGAAATGG 1198
Query 1209 GTTTACATACAGTGGCCAAGTGTGAGAATGAGCAGCAAGAACTTCTGCGGTTAGCACAAA 1268
|||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTTTGCATACAGTGGCCAAGTGTGTGAACGAGCAGCAAGAACTTCTGCGGTTAGCACAAA 1258
Query 1269 CACTTTTTGATACAAAGATGCCTA-CTGGTCAGACAGTTTTACAACCTTTCTCAGATGAC 1327
||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1259 CACTTTTCGATACAAAGATGCC-AGCTGGTCAGACAGTTTTGCAACCATTCTCAGATGAC 1317
Query 1328 TCTTCGATTAAAAAGATAGCCGTTGAGACATTTCCAGAGGAACTGTTCTCTGTACTTCGC 1387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TCTTCGATTAAAAAGATAGCCGTTGAGACATTTCCAGAGGAACTGTTCTCTGTACTTCGT 1377
Query 1388 ACTGTGGTTCTGTTAAGAGGACTCAGTGTTGGGATGGGAGTTAATTATTCGTGTGCAGAA 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||
Sbjct 1378 ACTGTGGTTCTGTTAAGAGGACTCAGTGTTGGGATGGGAGTTAATTACTCATGTGCACAA 1437
Query 1448 CAATGGAGAGCAATGGCCGAAGAGGCTTTACTTGCATCTGGAAGAGTGACAAGAGATGGC 1507
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1438 CAGTGGAGATCAATGGCCGAAGAGGCTTTACTTGCATCTGGAAGAGTAACACGAGATGGC 1497
Query 1508 AAAGAAAGATCTCGTAGACGGGCTTCTCTACGAAGGCTACGCACAGGAAGTTAGGAAAAA 1567
|||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1498 AAAGGAAGATCTCGTAGACAGGCTTCTCTCCGAAGGCTACGCCCAGGAAGTTAGGAAAAG 1557
Query 1568 GATAGGAGTATTTCTCATCACTTAGACTCTCCCATGAGCAGGATCTGAG 1616
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATAGGAGTATTTATCATCACTTAGACTCTCCCATGAGCAGGATCTGAG 1606
Score = 76.8 bits (41), Expect = 5e-13
Identities = 45/47 (96%), Gaps = 0/47 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1644 GTGAGAATTTGAATGATAGGAGAAGTTGGATAACACTTGAATGTAAT 1690
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1606 GTGAGAATTTGAATGATAGGAGAAGTTGGATAGGACTTGAATGTAAT 1652
> Ahg495093 jgi|Araly1|495093|fgenesh2_kg.8__909__AT5G50330.1
Length=1652
Score = 2560 bits (1386), Expect = 0.0
Identities = 1537/1609 (96%), Gaps = 13/1609 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 CGATCTCGATCAACTTCATCGCTTCTTCCG--AAAGCTTTCACATTTGATA---TCAAAA 72
||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 1 CGATCTCTATCAACTTCATCGTTTCTTCCGTTAAAGCTTTCAAATTTGATACGTTCGAAA 60
Query 73 TCGAGAAACAAAAATTGAAAACAATCTGTTTCACC--aa-aaaaaGAACAAAATGCATGG 129
|||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || || |||||||| |||||||||||
Sbjct 61 TCGAGATACACAAATTGAAAACAATCTG-TTCTCCAAAAGAAAAAGAAAAAAATGCATGG 119
Query 130 GTTCGATTTCAAAGAGATCCAGGAGAAGATCTCCGATAGCTTTCGTCCATGGCAACGCTC 189
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTTCGATTTCAAAGAGATTCAGGAGAAGATCTCCGAGAGCTTTCGTCCATGGCAACGCTC 179
Query 190 TTTTCAATTCTGGGTTCGAGCTACTAATATCTACACAGGCTACAAGGTGTTTCAACTTCG 249
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTTTCATTTCTGGGTTCGAGCTACTAATATCTACACAGGCTACAAGGTGTTTCAACTTCG 239
Query 250 AGTAAGTTTAGTAAAAGATGCAAAGAAGCAAGAGGAAATGTGGGAAAGACAACATGAACA 309
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 240 AGTGAGTTTAGTGAAAGATGCAAAGAAGCAAGAGGAAATGTGGGAAAGACAACATGAGCA 299
Query 310 AGCTGCTGATAAGATTTACTTCATGTGCTCTGATCTTGGTGGTTTCTTCCTTAAGATTGC 369
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGCTGCTGATAAAATCTACTTCATGTGCTCTGACCTTGGGGGTTTCTTCCTTAAGATTGC 359
Query 370 TCAACTTTTAGCAAAACCTGACATGGCACCAGCTGCGTGGGTGAAAAAGCTTGTCACTTT 429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 TCAACTTTTAGCAAAACCTGACATGGCACCAGCTGCTTGGGTGAAAAAGCTTGTAACTTT 419
Query 430 GTGTGATCAAGCTCCTGCGACGCCGTTTGATGCGATTCAACTTGTTCTAGAGAAGGAGTT 489
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GTGTGATCAAGCTCCTGCGACGCCGTTTGATGCAATTCAACTTGTTCTAGAGAAGGAGTT 479
Query 490 AGGTAAAAGCATTGGTGAAATCTTTGAAACGTTTGATGAAAAGCCTCTTGGTTCTGCTTC 549
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 AGGTAAAAGCATTGGTGAAATCTTTGAAACATTTGATGAAAAGCCGCTTGGTTCTGCTTC 539
Query 550 TATTGCTCAGGTTCATAGAGCAATAGTAAAGGGTAACAAGATGAATGTTGTTGTAAAGGT 609
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TATTGCTCAGGTTCACAGAGCAAGAGTAAAGGGTAACAAGATGAATGTTGTTGTAAAGGT 599
Query 610 TCAACATCCTGGCATTGAAAGATTGATGATGACAGACATAAGAAACTTGCAACTATTCGC 669
|||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCAACACCCTGGCATCGAAAGGTTGATGATGACAGACATTAGAAACTTGCAACTATTCGC 659
Query 670 CTTATACATGCAGAGAACAGATATCAAATTTGACCTGCATTCCATAACAAAGGAAATGGA 729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 CTTATACATGCAGAGAACAGATATCAAATTTGACCTGCATTCCATAACCAAGGAAATGGA 719
Query 730 GAAACAGATTGGTTATGAATTTGACTTCAAAAGGGAGGCCAATGCAATGGAAAGAATTCG 789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAAACAGATTGGTTATGAATTTGACTTCAAAAGGGAGGCCAGTGCAATGGAAAGAATTCG 779
Query 790 ATGTTTTCTTTATGAGAACAACAAAAAGTCTCCTGTTTTGGTACCAAGAGTTCTGCGAGA 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ATGTTTTCTTTATGAGAACAACAAAAAGTCTCCTGTTTTGGTACCAAGAGTTCTGCGAGA 839
Query 850 TATGGTGACTAAGAGGGTTTTGGTGATGGAATACATTAATGGAATTCCAATCCTGAGCAT 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 TATGGTGACTAAGAGGGTTTTGGTGATGGAATACATTAATGGAATTCCAATTCTGAGCAT 899
Query 910 TGGTGATGAGATGGCTAAAAGAGGGATAAATCCTCATGGTAAGATTGCAGAGGCAGCAAA 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGGTGATGAGATGGCTAAAAGAGGGATAAATCCTCATGGTAAGATTGCAGAGGCAGCAAA 959
Query 970 GCACAATATACTTAACAGTTTATCCCGTGCGTATGGCCAAATGATACTGAAAAGTGGTTT 1029
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCACAATATACTTAGCAGTTTATCCCGTGCGTATGGCCAAATGATACTGAAAAGTGGTTT 1019
Query 1030 CTTTCATGCGGATCCACATCCTGGAAATATCTTGATTTGCAAAGGTCAAGAGGTTGCATT 1089
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1020 CTTTCATGCGGATCCACATCCTGGAAATATCTTGATTTGCAAAGGTCAAGAGGTTGCACT 1079
Query 1090 GCTGGACTATGGTCAAGTGAAGGAACTACCCAACAAGTTGAGACTTGGTTATGCAAATTT 1149
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1080 GCTGGACTATGGTCAAGTGAAGGAACTACCCGACAAGTTGAGACTTGGTTATGCGAATTT 1139
Query 1150 GGTCATTGCCATGGCTGATAACAATGCTTCACGAGTATCACAGAGCTTTTGGGAAATGGG 1209
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGTCATTGCCATGGCTGATGACAATGCTTCAGGAGTATCACAGAGCTTTTGGGAAATGGG 1199
Query 1210 TTTACATACAGTGGCCAAGTGTGAGAATGAGCAGCAAGAACTTCTGCGGTTAGCACAAAC 1269
||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTTGCGTACAGTGGCCAAGTGTGTGAACGAGCAGCAAGAACTTCTGCGGTTAGCACAAAC 1259
Query 1270 ACTTTTTGATACAAAGATGCCTA-CTGGTCAGACAGTTTTACAACCTTTCTCAGATGACT 1328
|||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1260 ACTTTTCGATACAAAGATGCC-AGCTGGTCAGACAGTTTTGCAACCATTCTCAGATGACT 1318
Query 1329 CTTCGATTAAAAAGATAGCCGTTGAGACATTTCCAGAGGAACTGTTCTCTGTACTTCGCA 1388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1319 CTTCGATTAAAAAGATAGCCGTTGAGACATTTCCAGAGGAACTGTTCTCTGTACTTCGTA 1378
Query 1389 CTGTGGTTCTGTTAAGAGGACTCAGTGTTGGGATGGGAGTTAATTATTCGTGTGCAGAAC 1448
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||
Sbjct 1379 CTGTGGTTCTGTTAAGAGGACTCAGTGTTGGGATGAGAGTTAATTACTCATGTGCACAAC 1438
Query 1449 AATGGAGAGCAATGGCCGAAGAGGCTTTACTTGCATCTGGAAGAGTGACAAGAGATGGCA 1508
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1439 AGTGGAGATCAATGGCCGAAGAGGCTTTACTTGCATCTGGAAGAATAACAAGAGATGGCA 1498
Query 1509 AAGAAAGATCTCGTAGACGGGCTTCTCTACG-AAGGCTACGCACAGGAAGTTAGGAAAAA 1567
||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAGGAAGATCTCGTAGACAGGCTTCTCT-CGGAAGGCTACGCCCAGGAAGTTAGGAAAAG 1557
Query 1568 GATAGGAGTATTTCTCATCACTTAGACTCTCCCATGAGCAGGATCTGAG 1616
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATAGGAGTATTTATCATCACTTAGACTCTCCCATGAGCAGGATCTGAG 1606
Score = 82.4 bits (44), Expect = 1e-14
Identities = 46/47 (98%), Gaps = 0/47 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1644 GTGAGAATTTGAATGATAGGAGAAGTTGGATAACACTTGAATGTAAT 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1606 GTGAGAATTTGAATGATAGGAGAAGTTGGATAAGACTTGAATGTAAT 1652
> Ahg492357 jgi|Araly1|492357|fgenesh2_kg.7__1790__AT4G24810.2
Length=1630
Score = 1277 bits (691), Expect = 0.0
Identities = 1163/1390 (84%), Gaps = 36/1390 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 AATGCATGGGTTCGATTTCAAAGAGATCCAGGAGAAGATCTCCGATAGCTTTCGTCCATG 180
|||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| | || || || ||
Sbjct 29 AATGCATGCGATCGATTTCAAAGAGATTCAGGAGAAGCTCTCTGATGGATTCCGGCCTTG 88
Query 181 GCAACGCTCTTTTCAATTCTGGGTTCGAGCTACTAATATCTACACAGGCTACAAGGTGTT 240
|||||| || ||||| ||||||| ||| || ||| | |||||||| || |||||||| ||
Sbjct 89 GCAACGATCGTTTCAGTTCTGGGCTCGTGCCACTGACATCTACACTGGATACAAGGTATT 148
Query 241 TCAACTTCG-AGT-AAGTTTAGTAAAAGATG-CAAAGAAGCAAGAGGAAATGTGGGAAAG 297
||||||||| | | || || || || |||| | || ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 149 TCAACTTCGTA-TGAA-CTTCGTTAAGGATGTC-AATAAGCACGAGGAAATGTGGGAGAG 205
Query 298 ACAACATGAACAAGCTGCTGAT-AAGATTTACTTC-ATGTGCTCTGATCTTGGTGGTTTC 355
||||||||||| |||||| | || ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 206 ACAACATGAACTTGCTGCT-CTCAAAATTTA-TTCTATGTGCTCTGACCTTGGTGGTTTC 263
Query 356 TTCCTTAAGATTGCTCAACTTTTAGCAAAACCTGACATGGCACCAGCTGCGTGGGTGA-A 414
|||||||||||||| ||| || ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| | |
Sbjct 264 TTCCTTAAGATTGCACAAATTCTAGGTAAACCTGACTTGGCTCCAGCTGCGTGGGTTAGA 323
Query 415 AAAGCTTGTCACTTTGTGTGATCAAGCTCCTGCGACGCCGTTTGATGCGATTCAACTTGT 474
||| || ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||| |||| | ||||
Sbjct 324 AAA-CTCGTCACTTTGTGTGATCATGCTCCTGCCACATCATTTGATGCCATTCGAGTTGT 382
Query 475 TCTAGAGAAGGAGTTAGGTAAAAGCATTGGTGAAATCTTTGAAACGTTTGATGAAAAGCC 534
|| ||||| ||||||||||||||| | | || | |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 383 CCTTGAGAAAGAGTTAGGTAAAAGCCTCGAAGATGTGTTTGAAACATTTGATGAGAAGCC 442
Query 535 TCTTGGTTCTGCTTCTATTGCTCAGGTTCATAGAGCAATAGTAAAGGGTAACAAGATGAA 594
|||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| |||||| | |
Sbjct 443 TCTTGGCTCTGCTTCTATTGCTCAGGTACACCGAGCAAGAGTAAAAGGTGACAAGAGGGA 502
Query 595 TGTTGTTGTAAAGGTTCAACATCCTGGCATTGA-AAGATTGATGATGACAGACATAAGAA 653
||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||| ||| || ||||
Sbjct 503 TGTTGTTGTAAAGGTCCAACATCCTGGCGTTGAGAA-ATTGATGATGGTAGATATCAGAA 561
Query 654 ACTTGCAACTATTCGCCTTATACATGCAGAGAACAGATATCAAATTTGACCTGCAT-TCC 712
|||||||| |||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| || | |||
Sbjct 562 ACTTGCAAGTATTTGCATTATACATGCAGAAAACTGATATTAAATTTGACTTG-TTCTCC 620
Query 713 ATAACAAAGGAAATGGAGAAACAGATTGGTTATGAATTTGACTTCAAAAGGGAGGCCAAT 772
|| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 621 ATGACAAAAGAAATCGAGAAGCAGATTGGGTATGAATTCGACTTTAAAAGGGAGGCCAAT 680
Query 773 GCAATGG-AAAGAATTCGATGTTTTCTTTATGAGAACAACAAAAAGTCTCCTGTTTTGGT 831
|| |||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||| | |||| |||||| ||||
Sbjct 681 GCTATGGAAAAG-ATCCGACGTTTTCTTTATGATAACAATAGAAAGAGTCCTGTCCTGGT 739
Query 832 ACCAAGAGTTCTGCGAGATATGGTGACTAAG-AGGGTTTTGGTGATGGAATACATTAATG 890
|| || || || | | || |||||||| || | ||| |||||||||| ||||| || |
Sbjct 740 TCCCAGGGTGCTTCCAAATTTGGTGACT-AGAAAGGTACTGGTGATGGATTACATGAACG 798
Query 891 GAATTCCAATCCTGAGCATTGGTGATGAGATGGCTAAAAGAGGGATAAATCCTCATGGTA 950
|||| |||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 799 GAATCCCAATCTTGAGCCTCGGTGATGAGATGGCCAAAAGAGGGATAAATCCTCATGGTA 858
Query 951 AGATTGCAGAGGCAGCAAAGCACAATATACTTAACAGTTTATCCCGTGCGTATGGCCAAA 1010
| || |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||
Sbjct 859 AAATGGCAGAGGCGGCAAAATTCAATATACTAAACAGTTTGTCCCAAGCATATGGCCAAA 918
Query 1011 TGATACTGAAAAGTGGTTTCTTTCATGCGGATCCACATCCTGGAAATATCTTGATTTGC- 1069
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 919 TGATACTGAAGAGTGGTTTCTTTCATGCGGATCCACATCCTGGGAATATCTTGATTT-CT 977
Query 1070 AAAGGT-CAAGAGGTTGCATTGCTGGACTATGGTCAAGTGAAGGAACTACCCA-ACAAGT 1127
|||||| || ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||| || |
Sbjct 978 AAAGGTTCA-GAGGTTGCACTGTTGGACTATGGACAAGTGAAGGAACT-CCCTGACCACC 1035
Query 1128 TGAGACTTGGTTATGCAAATTTGGTCATTGCCATGGCTGATAACAATGCTTCAC-GAGTA 1186
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| | | |
Sbjct 1036 TGAGACTTGGTTATGCAAATTTGGTAATTGCCATCGCTGATAACAATGCCTCATTG-GCA 1094
Query 1187 TCACAGAGCTTTTGGGAAATGGGTTTA-CATACAGTGGCCAAGTGTGAGAATGAGCAGCA 1245
| |||||||||| ||||| | || || | |||||| ||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1095 TTACAGAGCTTTAGGGAACTTGGCATAGC-TACAGTCGCCAAGTGTAAGAATGAGCAACA 1153
Query 1246 AGAACTTCTGCGGTTAGCACAAACACTTTTTGATACAAAGATGCCTACTGGT-CAGACAG 1304
||| ||||| | ||||||| ||||| | || || ||| |||||||| ||||| | ||||
Sbjct 1154 AGAGCTTCTCCAGTTAGCAAAAACAATGTTCGACACAGAGATGCCTCCTGGTAC-GACAA 1212
Query 1305 TTTTACAACCTTTCTCAGATGACTCTTCGATTAAAAAGATAGCCGTTGAGACATTTCCAG 1364
| | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||
Sbjct 1213 CTCTGCAACCTTTCTCAGTTGACTCTTCGATCAAAAAGATTTCGGTTGAGGCATTTCCAG 1272
Query 1365 AGGAACTGTTCTCTGTACTTCGCACTGTGGTTCTGTTAAGAGGACTCAGTGTTGGGAT-G 1423
|||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 1273 AGGAGCTTTTCTCTGTTCTTCGCACGGTAGTTCTGTTAAGAGGACTCAGCGTAGGGATAG 1332
Query 1424 GGAGTTAATTATTCGTGTGCAGAACAATGGAGAG-CAATGGCCGAAGAGGCTTTACTTGC 1482
||| ||||||| || || || |||| ||||| | | ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1333 GGA-TTAATTACTCCTGCGCTCAACACTGGAG-GTCTATGGCAGAAGAGGCTTTGCTTGC 1390
Query 1483 ATCTGGAAGA 1492
||||||||||
Sbjct 1391 ATCTGGAAGA 1400
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65439040910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5