BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G50380.1
Length=2462
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495103 jgi|Araly1|495103|fgenesh2_kg.8__919__AT5G50380.1 3899 0.0
> Ahg495103 jgi|Araly1|495103|fgenesh2_kg.8__919__AT5G50380.1
Length=2411
Score = 3899 bits (2111), Expect = 0.0
Identities = 2324/2425 (96%), Gaps = 21/2425 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 TCTTCTTCTTCAATTCAATCTCTCTCAAGTTTTGATCTCTAAATCTCACAACACGATCCA 74
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCTTCTTCAATTCAATCTCTCACAAG-TTTGATCTCTAAATCTCACAACACGATCCA 59
Query 75 TGTCTTCATCTTTCTGATTCACCTACCTCTCTATTTTG-ATTTTT-CCCTTTTCGAATTT 132
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 60 TGTCTTCATCTTTCTGATTCACCTTCCTCTCAATTTTGTTTTTTTCCCCTTTTC-AATTT 118
Query 133 CTCCATAGATGGCCGCAACAACAACCACGGCGGCGAGTATCAACGCCGAAGCCGGAGGTG 192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 119 CTCCATAGATGGCCGCAACAACAACCACGGCGGCGAGTATCAA---C---GCCGGAGGTG 172
Query 193 GTGGTGGGGGAGCTGAAGACCGTGTTCTCGCTACGGCGCAACAGATCATGAAAAGCCTCA 252
||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 173 GTGGT---GGAGGTGAAGACCGTGTTCTCGCGACGGCGCAACAGATCGTGAAAAGCCTCA 229
Query 253 ACACACCAAAAGAGGTTCGTGAAGATATGTTACTTATCTTCTCAAGCTTCGATAACCGTT 312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 230 ACACACCAAAAGAGGTTCGTGAAGATATGTTACTTATCTTCTCCAGTTTCGACAACCGTT 289
Query 313 TATCAAATATCAAAACCGCGATGACGAACCAGGAAGAGAATCAAAACGACGCTCTTGTGG 372
|||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 290 TATCGAATATCAAAACTGCGATGACGAATCAGGAAGAGGATCAAAACGACGCTCTTGTGG 349
Query 373 CGCGTTTAGAGGCTGCAGAATCGGTTATTCATCGGTGGGATGGTGGTAATGATTCTTCTC 432
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 350 CGCGTTTAGAGGCTGCAGAATCGGTTATTCATCGTTGGGATGGTGGTAACGATTCTTCTC 409
Query 433 GTCACTCGTCTTCGTCTTCTGGTAACTATCGTTCCTCTTCGTTTTCTCTTTCGTTTGATG 492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 410 GTCACTCGTCTTCGTCTTCTGGTAACTATCGTTCCTCTTCGTTTTCTCTTTCCTTCGATG 469
Query 493 AATCTCCGGAGGAAGCTACCGAGTTTCTTTCAGCTGTTGATGAGATTATCTCTTTGCTTG 552
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 AATCTCCGGAGGAAGCTACGGAGTTTCTTTCAGCTGTTGATGAGATTATCTCTTTGCTTG 529
Query 553 AGGATCTTTCGTCTGAGAATAAGCCTGATATGGTGGATAGAGCTGATAGTGCTTTGCAGA 612
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 AGGATCTTTCGTCGGAGAATAAGCCTGATATGGTGGATAGAGCTGATAGTGCTTTGCAGA 589
Query 613 TGGCTATGTCTCAGCTTGAAGATGAATTTAGACGGATTTTGATTCGTAACACTGTTCCTT 672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TGGCTATGTCTCAGCTTGAAGATGAATTTAGACGGATTTTGATTCGTAACACTGTTCCTT 649
Query 673 TAGACGCTGAGCGACTCTATGGCTCGATGCGGCGTGTTTCGTTGTCCTTTGCTGATGGTG 732
|||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 650 TAGATGCGGAACGACTCTATGGCTCGATGCGGCGTGTTTCATTGTCCTTTGCTGATGGCG 709
Query 733 ATGTTGTTGAGGATTTTGAGAATTTTGGTTTGGTTGCTGATGGAGATGGTAGTGGGAGTA 792
| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 ACGTGGTTGAGGATTTTGAGAATTTTGGATTGGTTGCTGATGGAGATGGTAGTGGGAGTA 769
Query 793 GGAGGAGGTTGTTTCATGAGAGAGGAGGGAGTATAGGGTGTGATCTTTGGGTTGATTTGA 852
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 GGAGGAGGTTGTTTCATGAGAGGGGAGGGAGTATAGGGTGTGATCTTTGGGTTGATTTGA 829
Query 853 TTAATCCAACTGCTGTTGAAGATTTGAAGGAGATTGCAGAGCGGATGATTCGCGCTGGTT 912
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 TTAATCCGACTGCTGTTGAAGATTTGAAGGAGATTGCGGAGCGGATGATTCGCGCTGGTT 889
Query 913 ATGAGAAGGAGTGTGTTCAGGTTTATAGTTCGGTTAGGCGTGATGCTTTGGATGATTGTT 972
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 890 ATGAGAAGGAGTGTGTTCAGGTTTATAGTACGGTGAGGCGTGATGCTTTGGATGAATGTT 949
Query 973 TGATGATTCTTGGTGTTGAGAAGCTGAGTATAGAAGAAGTTCAGAAGATTGATTGGAAGT 1032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 950 TGATGATTCTTGGTGTTGAGAAGCTGAGTATAGAAGAAGTGCAGAAGATTGATTGGAAGT 1009
Query 1033 CTATGGATGAGAAGATGAAGAAGTGGATTCAAGCTGTGAAGATTACTGTTAGGGTTCTTC 1092
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 CTATGGATGAGAAGATGAAGAAGTGGATTCAAGCGGTGAAGATTACTGTTAGGGTTCTTC 1069
Query 1093 TTGTTGGTGAGAAAAAGATATGTGATGAGATCTTTAGCAGTTCGGAGTCGAGTAAAGAGG 1152
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1070 TGGTTGGTGAGAAAAAGATATGTGATGAGATCTTTAGCAGTTCGGAGTCTAGTAAAGAAG 1129
Query 1153 TTTGCTTTAACGAGACAACTAAAAGCTGTGTGATGCAGTTGTTGAATTTCGGAGAGGCTG 1212
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1130 TCTGCTTTAACGAGACAACTAAAAGCTGTGTGATGCAGATGTTGAATTTTGGAGAGGCTG 1189
Query 1213 TGGCGATTGGTAGAAGATCATCAGAGAAGTTGTTTAGGATTCTGGACATGTATGATGCGT 1272
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1190 TGGCGATTGGTAGAAGATCATCAGAGAAGTTGTTCAGGATTCTGGATATGTATGACGCGT 1249
Query 1273 TGGCTAATGTGTTGCAGACTTTAGAGGTGATGGTCACTGACTGTTTTGTGTGTAATGAGA 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1250 TGGCTAATGTGTTGCAGACTTTAGAGGTGATGGTCACTGACTGCTTTGTGTGTAATGAGA 1309
Query 1333 CCAAGGGGGTGTTGGAAGCACTGGGTGATGCTGCGAGGGGGACTTTTGTTGAGTTTGAGA 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 CCAAGGGGGTGTTGGAAGCACTGGGTGATGCTGCGAGGGGGACTTTTGTTGAGTTTGAGA 1369
Query 1393 ATAATGTTCGGAATGAGACATCAAAGAGACCGACGACAAATGGTGAGGTTCATCCAATGA 1452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 ATAATGTTCGGAATGAGACATCAAAGAGACCGACGACAAATGGTGAGGTTCATCCAATGA 1429
Query 1453 TACGTTATGTGATGAATTACATGAAATTGATTGTGGATTATGCGG-TGACCTTAAATTCG 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||
Sbjct 1430 TACGTTATGTGATGAATTACATGAAATTGATTGTGGATTATGCAGCT-ACCTTAGATTCT 1488
Query 1512 CTTCTGGAGAGTAATGAGTCAAGTGGCGTATCTGGTGATGATAGTACAGAAGAGATGTCT 1571
|||||||||| | |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1489 CTTCTGGAGAATGATGAGTTAAATGGCTTATCTGGGGATGATAGTACAGAGGAGATGTCT 1548
Query 1572 CCTCTTGCGAAAA-GAATATTGGGGTTGATTACGTCGTTGGAATCAAATCTTGAAGATAA 1630
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1549 CCTCTTGC-AAAACGAATATTGGGGTTGATTACGTCCTTGGAATCAAATCTTGAAGAGAA 1607
Query 1631 ATCAAAGTTGTATGAAGATGGTGGGCTGCAACATGTGTTCATGATGAACAACATTTACTA 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 ATCAAAGTTGTATGAAGATGGTGGGCTGCAACATGTGTTCATGATGAACAACATTTACTA 1667
Query 1691 CATAGTTCAGAAGGTGAAGGATTCTGAGCTTGGTAAACTCTTGGGTGATGATTGGGTTAG 1750
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 CATAGTTCAGAAGGTGAAGGATTCTGAGCTGGGTAAACTCTTGGGTGATGATTGGGTTAG 1727
Query 1751 AAAACGAAGAGGGCAGATACGTCAATATGCTACCGGTTACCTCAGGGCTTCCTGGAGCAG 1810
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 AAAACGAAGAGGGCAGATTCGTCAATATGCTACCGGTTACCTCAGGGCTTCCTGGAGCAG 1787
Query 1811 GGTGCTATCTGCTTTGAGGGACGAAAGTATGGGTGGAAGTTCAAGTGGTAGTCCGAGTTA 1870
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1788 GGTGTTATCTGCTTTGAGGGACGAAAGTATGGGTGGAAGTTCAAGTGGTAGCCCGAGTTA 1847
Query 1871 TGGACAAAGAAGCAACAATTCTTCCAAGATGGCGTTAAAAGAGAGATTCAGAGGTTTTAA 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TGGACAAAGAAGCAACAATTCTTCCAAGATGGCCTTAAAAGAGAGATTCAGAGGTTTTAA 1907
Query 1931 TGCCAGCTTTGAAGAGTTATACAGGCTGCAAACGGCTTGGAAGGTCCCGGATCCTCAACT 1990
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1908 TGCCAGCTTTGAAGAGTTATACAGGCTTCAAACGGCTTGGAAAGTCCCGGATCCTCAACT 1967
Query 1991 TCGTGAAGAACTGAGAATATCTATATCAGAGAAAGTAATCCCGGCTTACCGGGCTTTCTT 2050
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TCGTGAAGAATTGAGAATATCTATATCAGAGAAAGTAATCCCGGCTTACCGGGCTTTCTT 2027
Query 2051 CGGAAGGAATAGGAGTCAACTAGAAGGTGGTAGGCATGCTGGAAAGTACATAAAGTACAC 2110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2028 TGGAAGGAATAGGAGTCAACTAGAAGGTGGTAGGCATGCTGGAAAATACATAAAGTACAC 2087
Query 2111 ACCAGATGACCTGGAGAGTTACTTACCAGACCTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATTCA 2170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2088 ACCAGATGACCTGGAGAGTTACTTACCAGACCTATTTGAAGGAACTCAATTGGTTATTCA 2147
Query 2171 CCACCCGAGAAGGAAAAGTTAAGGCTCTTGCTAGAAGATGATGACGATTGACGAGGACTC 2230
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2148 CCACCCGAGAAGGAAAAGTTAAGTCTCTTGCTAGAAGATGATGACGATTGACGACGACTC 2207
Query 2231 TCTTGCTTGAAGGACAATCTTGTCTGTTTGAAAGATGATAGTGGCCAGGTAAC--ATATA 2288
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||
Sbjct 2208 TCTTGCTGGAAGGACAATCTTGTCTGTTTGAAAGATGC-AGAGGCCAGGTAATTTATATA 2266
Query 2289 AGTCAGGGGTTTAAGTTATATATGTGAAAGTCGGGCTTACACCCTTTT-TATACACTGTC 2347
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2267 AGTCAGGGGTTTAAGTTATATATGTGAAAGTCGGACTTACACCCTTTTATATACTGTGTC 2326
Query 2348 AAAATTCTTATGTACATGTCTTAATACTTATCATGTTATGACCATGGGTTTTATATAATG 2407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 AAAATTCTTATGTACATGTCTTAATACTTATCATGTTATGACCATGGGTTTTATATAATG 2386
Query 2408 ATTATGCTCTTGAATCAAATGGTCT 2432
| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2387 ACTATGCTCTTGCATCAAATGGTCT 2411
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92787836820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5