BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G50530.1 Length=2085 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg331457 jgi|Araly1|331457|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000800 2649 0.0 > Ahg331457 jgi|Araly1|331457|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000800 Length=1647 Score = 2649 bits (1434), Expect = 0.0 Identities = 1577/1648 (96%), Gaps = 2/1648 (0%) Strand=Plus/Plus Query 244 ATGGCTAACCAAGGTGGTCCGTCGAGGAAAAGTCTCTCCTTCTCCGGTCATTCATTTCAA 303 ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGACTAATCAAGGTGGTCCGTCGAGAAAAAGTCTCTCGTTCTCCGGTCATTCATTTCAA 60 Query 304 GGAAGGAAAAAAGCTTCAGAAAACGAAggtggtggtggtggtggCTCTGATCTCCTCCCA 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 GGAAGGAAAAAAGCTTCAGAAAACGAAGGTGGTGGTGGTGGTGGCTCTGACCTCCTCCCA 120 Query 364 CGAAGATCTCTCACATCTTCTCGTTCTTCCATAAGCTTGAGTGGGGAAAGGAGTGGTGAG 423 || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| Sbjct 121 CGGCGATCTCTCACATCTTCTCGTTCTTCCATAAGTTTGAGTGGGGAAAGGAGCGGAGAG 180 Query 424 AGAACGGTAAAGAGACTAAGGTTGTGTAAGGCTCTTACTGTACCAGATAGCACAACTTTA 483 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 181 AGAACGGTAAAGAGACTAAGGTTGTGTAAGGCACTTACTGTACCCGATAGCACAACTTTA 240 Query 484 TTTGAAGCTTGTCGAAGAATGGCTGCTCGTCGTGTTGATGCGTTATTGCTGACTGATTCT 543 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 241 TTTGAAGCTTGTCGAAGAATGGCTGCACGTCGCGTTGATGCGCTATTGCTGACTGATTCC 300 Query 544 AATGCATTACTTTGTGGGATCCTAACAGATAGGGATATAGCAACAAAAGTGATTGCTAAA 603 ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 301 AATGCATTACTCTGTGGGATCCTTACAGACAGGGATATAGCAACGAAAGTGATTGCTAAA 360 Query 604 CAACTTAACCTTGAAGAAACACCTGTATCTAAAGTTATGACCAAGAACCCTGTTTTTGTT 663 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CAACTTAACCTTGAAGAAACACCTGTATCTAAAGTTATGACCAAGAACCCTGTTTTTGTT 420 Query 664 TTGTCTGATACTATTGCTGTTGAAGCTCTTCAAAAGATGGTTCAAGGCAAGTTTAGACAT 723 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 421 TTGTCTGATACTATTGCTGTGGAAGCTCTTCAAAAGATGGTGCAAGGCAAATTTAGACAT 480 Query 724 TTGCCGGTGGTGGAGAATGGAGAAGTTATCGCGCTTCTCGATATTGCAAAGTGTTTGTAT 783 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TTGCCGGTGGTGGAGAATGGAGAAGTTATTGCGCTTCTCGATATTGCAAAGTGTTTGTAT 540 Query 784 GATGCTATTGCCCGCATGGAAAGATCAGTTGAGAAGGGTAAGGCTATTGCTGCGGCTGTT 843 ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 541 GATGCAATTGCTCGCATGGAAAGATCAGTTGAGAAGGGTAAGGCTATTGCTGCAGCTGTT 600 Query 844 GAAGGCGTTGAAAAGAACTGGGGAACATCTATTGCTGGACCAAACACTTTTATGGAGACA 903 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GAAGGCGTTGAAAAGAACTGGGGAACATCTATTGCAGGACCAAACACTTTTATGGAGACA 660 Query 904 CTTAGAGAACGAATATTCAAGCCTTCACTTTCAACTATAATTCCGGAGAATACAAAGGTT 963 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 661 CTTAGAGAACGAGTATTCAAGCCTTCACTTTCAACTATAATTCCAGAGAATACAAAGGTT 720 Query 964 TTAAAGGTTGGATTGGATGAGACTGTGTTAGGAGTAACCATGAAGATGGTGGAATATCAG 1023 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 721 TTAAAGGTTGGATTGGATGATACTGTGTTAGGAGTAACCATGAAGATGGTCGAATATCAG 780 Query 1024 TCTAGCGCAGCCATGGTGATGGTGGAGAACAAATTAGTTGGGATTCTAACCTCAAAGGAC 1083 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | || ||||||||| Sbjct 781 TCTAGCGCAGCCATGGTGATGGTTGAGAACAAATTAGTAGGGATTTTGACATCAAAGGAC 840 Query 1084 ATCTTGATGCGGGTGATATCCCAAAACCTTCCTCAAGAGACAACTACTGTGGAGAAGGTT 1143 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 ATCTTGATGCGGGTGATATCCCAAAACCTTCCTCAAGAGACAACTACTGTGGAGAAGGTT 900 Query 1144 ATGACACCGAATCCAGAATCTGCAACAGTTGATATGGCAATTGTTGAAGCCTTACATATC 1203 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 901 ATGACACAGAATCCAGAATCTGCAACAGTTGATATGGCAATTGTTGATGCCTTGCATATC 960 Query 1204 ATGCATAATGGCAAATTTCTGCATCTTCCTGTATTGGATAAAGATGGAGATGTTGTCGCT 1263 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 ATGCATAATGGAAAATTTCTGCATCTTCCTGTATTAGATAAAGATGGAGATGTTGTCGCT 1020 Query 1264 GTTATTGATGTGATCCACATAACTCATGCTGCTGTTACTACGGCTGGAAGTACGGCTGGA 1323 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 1021 GTGATTGATGTGATCCACATAACTCATGCTGCTGTTACTACGGCGGGAAGTACCGCTGGA 1080 Query 1324 ATAAACAATGAGACAGCAAACTCAATGATGCAAAAGTTTTGGGACTCTGCTATGGCTTTG 1383 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | Sbjct 1081 ATAAATAATGAGACAGCAAACTCAATGATGCAAAAGTTTTGGGATTCTGCGATGGCGCTA 1140 Query 1384 TCTCCTAAC-GAAGATGGCGATGAAACGAGGAGTGAAGAAGAGTCGATGAAATTATCTTC 1442 || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1141 TCGCCT-ACTGAAGATATAGATGAAACGAGGAGTGAAGAAGAATCGATGAAATTATCTTC 1199 Query 1443 GGAGATAGAAGTAACAAAATCATTTTCATATCCCAACACATTTGCTTTTAAACTCCAAGA 1502 ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1200 GGAGATAGAAGGGACAAAATCATTCTCATATCCCAACACATTTGCTTTCAAACTCCAAGA 1259 Query 1503 TAAAAAGGGACGAATGCATAGATTTATGTGTGAAACACAGAGTTTGACAACTCTGATAAC 1562 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TAAAAAGGGACGAATGCATAGATTTATGTGTGAAACACAGAGTTTGACAACTCTGATAAC 1319 Query 1563 AGCAATCCTACAAAGAATGGGGGATGACATTGAGCCTGATAACTTGCCTCAGATAATGTA 1622 |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1320 AGCAATTCTACAAAGAATGGGGGATGATATTGAGCCTGATAACTTGCCTCAAATAATGTA 1379 Query 1623 CGAAGATGAAGACAATGACAAAGTTGTTTTAGCATCAGATAATGATCTTGGAGCTGCTGT 1682 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1380 CGAAGATGAAGACAATGACAAAGTCGTTTTAGCATCAGATAATGATCTTGGAGCTGCCGT 1439 Query 1683 AGAACATGCAAAATCAATAGGCTGGAAGGGTTTAAAATTGCATTTGGACTACACAGAAGA 1742 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 AGAACACGCAAAATCAATAGGCTGGAAGGGTTTAAAATTGCATTTGGACTACACAGAAGA 1499 Query 1743 AAGAGGGCACAGGAGAGGTCTAAGTTCAGAGGATATGGACTACGACCAGTCAAACTCATG 1802 |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 AAGAGGACACAGGAGAGGTCTAAGCTCAGAGGATATGGACTACGACCAGTCAAACTCATG 1559 Query 1803 GGCAGCCGCTTACAAAACGGTTGCAGCCGGGGCTGCTCTTGCTGCTGGACTTGGAGTTTT 1862 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 GGCAGCCGCTTACAAAACGGTTGCAGCCGGGGCTGCTCTTGCTGCTGGACTTGGAGTTTT 1619 Query 1863 GGTGTACCTTAAGCGCAACTCAAACTAA 1890 |||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1620 GGTGTACCTTAAGCGCCACTCAAACTAA 1647 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 78427814455 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5