BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G50530.1
Length=2085
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg331457 jgi|Araly1|331457|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000800 2649 0.0
> Ahg331457 jgi|Araly1|331457|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000800
Length=1647
Score = 2649 bits (1434), Expect = 0.0
Identities = 1577/1648 (96%), Gaps = 2/1648 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 244 ATGGCTAACCAAGGTGGTCCGTCGAGGAAAAGTCTCTCCTTCTCCGGTCATTCATTTCAA 303
||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACTAATCAAGGTGGTCCGTCGAGAAAAAGTCTCTCGTTCTCCGGTCATTCATTTCAA 60
Query 304 GGAAGGAAAAAAGCTTCAGAAAACGAAggtggtggtggtggtggCTCTGATCTCCTCCCA 363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 GGAAGGAAAAAAGCTTCAGAAAACGAAGGTGGTGGTGGTGGTGGCTCTGACCTCCTCCCA 120
Query 364 CGAAGATCTCTCACATCTTCTCGTTCTTCCATAAGCTTGAGTGGGGAAAGGAGTGGTGAG 423
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 121 CGGCGATCTCTCACATCTTCTCGTTCTTCCATAAGTTTGAGTGGGGAAAGGAGCGGAGAG 180
Query 424 AGAACGGTAAAGAGACTAAGGTTGTGTAAGGCTCTTACTGTACCAGATAGCACAACTTTA 483
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 AGAACGGTAAAGAGACTAAGGTTGTGTAAGGCACTTACTGTACCCGATAGCACAACTTTA 240
Query 484 TTTGAAGCTTGTCGAAGAATGGCTGCTCGTCGTGTTGATGCGTTATTGCTGACTGATTCT 543
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTGAAGCTTGTCGAAGAATGGCTGCACGTCGCGTTGATGCGCTATTGCTGACTGATTCC 300
Query 544 AATGCATTACTTTGTGGGATCCTAACAGATAGGGATATAGCAACAAAAGTGATTGCTAAA 603
||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 AATGCATTACTCTGTGGGATCCTTACAGACAGGGATATAGCAACGAAAGTGATTGCTAAA 360
Query 604 CAACTTAACCTTGAAGAAACACCTGTATCTAAAGTTATGACCAAGAACCCTGTTTTTGTT 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAACTTAACCTTGAAGAAACACCTGTATCTAAAGTTATGACCAAGAACCCTGTTTTTGTT 420
Query 664 TTGTCTGATACTATTGCTGTTGAAGCTCTTCAAAAGATGGTTCAAGGCAAGTTTAGACAT 723
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 421 TTGTCTGATACTATTGCTGTGGAAGCTCTTCAAAAGATGGTGCAAGGCAAATTTAGACAT 480
Query 724 TTGCCGGTGGTGGAGAATGGAGAAGTTATCGCGCTTCTCGATATTGCAAAGTGTTTGTAT 783
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGCCGGTGGTGGAGAATGGAGAAGTTATTGCGCTTCTCGATATTGCAAAGTGTTTGTAT 540
Query 784 GATGCTATTGCCCGCATGGAAAGATCAGTTGAGAAGGGTAAGGCTATTGCTGCGGCTGTT 843
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GATGCAATTGCTCGCATGGAAAGATCAGTTGAGAAGGGTAAGGCTATTGCTGCAGCTGTT 600
Query 844 GAAGGCGTTGAAAAGAACTGGGGAACATCTATTGCTGGACCAAACACTTTTATGGAGACA 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAAGGCGTTGAAAAGAACTGGGGAACATCTATTGCAGGACCAAACACTTTTATGGAGACA 660
Query 904 CTTAGAGAACGAATATTCAAGCCTTCACTTTCAACTATAATTCCGGAGAATACAAAGGTT 963
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 CTTAGAGAACGAGTATTCAAGCCTTCACTTTCAACTATAATTCCAGAGAATACAAAGGTT 720
Query 964 TTAAAGGTTGGATTGGATGAGACTGTGTTAGGAGTAACCATGAAGATGGTGGAATATCAG 1023
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 TTAAAGGTTGGATTGGATGATACTGTGTTAGGAGTAACCATGAAGATGGTCGAATATCAG 780
Query 1024 TCTAGCGCAGCCATGGTGATGGTGGAGAACAAATTAGTTGGGATTCTAACCTCAAAGGAC 1083
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | || |||||||||
Sbjct 781 TCTAGCGCAGCCATGGTGATGGTTGAGAACAAATTAGTAGGGATTTTGACATCAAAGGAC 840
Query 1084 ATCTTGATGCGGGTGATATCCCAAAACCTTCCTCAAGAGACAACTACTGTGGAGAAGGTT 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATCTTGATGCGGGTGATATCCCAAAACCTTCCTCAAGAGACAACTACTGTGGAGAAGGTT 900
Query 1144 ATGACACCGAATCCAGAATCTGCAACAGTTGATATGGCAATTGTTGAAGCCTTACATATC 1203
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 901 ATGACACAGAATCCAGAATCTGCAACAGTTGATATGGCAATTGTTGATGCCTTGCATATC 960
Query 1204 ATGCATAATGGCAAATTTCTGCATCTTCCTGTATTGGATAAAGATGGAGATGTTGTCGCT 1263
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATGCATAATGGAAAATTTCTGCATCTTCCTGTATTAGATAAAGATGGAGATGTTGTCGCT 1020
Query 1264 GTTATTGATGTGATCCACATAACTCATGCTGCTGTTACTACGGCTGGAAGTACGGCTGGA 1323
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1021 GTGATTGATGTGATCCACATAACTCATGCTGCTGTTACTACGGCGGGAAGTACCGCTGGA 1080
Query 1324 ATAAACAATGAGACAGCAAACTCAATGATGCAAAAGTTTTGGGACTCTGCTATGGCTTTG 1383
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1081 ATAAATAATGAGACAGCAAACTCAATGATGCAAAAGTTTTGGGATTCTGCGATGGCGCTA 1140
Query 1384 TCTCCTAAC-GAAGATGGCGATGAAACGAGGAGTGAAGAAGAGTCGATGAAATTATCTTC 1442
|| ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1141 TCGCCT-ACTGAAGATATAGATGAAACGAGGAGTGAAGAAGAATCGATGAAATTATCTTC 1199
Query 1443 GGAGATAGAAGTAACAAAATCATTTTCATATCCCAACACATTTGCTTTTAAACTCCAAGA 1502
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 GGAGATAGAAGGGACAAAATCATTCTCATATCCCAACACATTTGCTTTCAAACTCCAAGA 1259
Query 1503 TAAAAAGGGACGAATGCATAGATTTATGTGTGAAACACAGAGTTTGACAACTCTGATAAC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TAAAAAGGGACGAATGCATAGATTTATGTGTGAAACACAGAGTTTGACAACTCTGATAAC 1319
Query 1563 AGCAATCCTACAAAGAATGGGGGATGACATTGAGCCTGATAACTTGCCTCAGATAATGTA 1622
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 AGCAATTCTACAAAGAATGGGGGATGATATTGAGCCTGATAACTTGCCTCAAATAATGTA 1379
Query 1623 CGAAGATGAAGACAATGACAAAGTTGTTTTAGCATCAGATAATGATCTTGGAGCTGCTGT 1682
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1380 CGAAGATGAAGACAATGACAAAGTCGTTTTAGCATCAGATAATGATCTTGGAGCTGCCGT 1439
Query 1683 AGAACATGCAAAATCAATAGGCTGGAAGGGTTTAAAATTGCATTTGGACTACACAGAAGA 1742
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AGAACACGCAAAATCAATAGGCTGGAAGGGTTTAAAATTGCATTTGGACTACACAGAAGA 1499
Query 1743 AAGAGGGCACAGGAGAGGTCTAAGTTCAGAGGATATGGACTACGACCAGTCAAACTCATG 1802
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AAGAGGACACAGGAGAGGTCTAAGCTCAGAGGATATGGACTACGACCAGTCAAACTCATG 1559
Query 1803 GGCAGCCGCTTACAAAACGGTTGCAGCCGGGGCTGCTCTTGCTGCTGGACTTGGAGTTTT 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGCAGCCGCTTACAAAACGGTTGCAGCCGGGGCTGCTCTTGCTGCTGGACTTGGAGTTTT 1619
Query 1863 GGTGTACCTTAAGCGCAACTCAAACTAA 1890
|||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1620 GGTGTACCTTAAGCGCCACTCAAACTAA 1647
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78427814455
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5