BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G50950.1
Length=1648
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495160 jgi|Araly1|495160|fgenesh2_kg.8__976__AT5G50950.2 2338 0.0
Ahg483931 jgi|Araly1|483931|fgenesh2_kg.4__2991__AT2G47510.1 1853 0.0
> Ahg495160 jgi|Araly1|495160|fgenesh2_kg.8__976__AT5G50950.2
Length=1798
Score = 2338 bits (1266), Expect = 0.0
Identities = 1419/1493 (95%), Gaps = 10/1493 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATAAAATGGATGATGATTATGAGAAAAACTTACACGTTTAATAGGCCCGAAGTTGCTAT 60
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 AATATAATGGATGATGATTATGAGAAAAACTTACACGTTTAAGAGGCCCGAAGTTGCTAT 60
Query 61 CTAGCAGTTGTAGCCATGGCCGCTTTGACAATGCAGTTTGAAGGAGAGAAGAAAAACGTA 120
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 CTAACAGTTGTAGCCATGGCCGCTTTGATAATGCAGTTTGAAGGAGAGAAGAAAAACTTA 120
Query 121 TCCGAAGTTGCAGACGTAACCCTCAAGCAAG---AAGATGAACAACAAGAACGTAGATCT 177
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TCCGAAGTTGCAGACGTAACCCTCAAGCAAGATCAAGATGAACAAC---AACGTAGATCT 177
Query 178 TATTCGACGCCGTTTAGGGAAGAGAGAGACACCTTT-GGCCCGATCCAAGTTCCTTCCGA 236
||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TATTCGACGTCGTTTAGGGAAGAGAGGGACA-CTTTCGGGCCGATCCAAGTTCCTTCCGA 236
Query 237 TAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGTGACCG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGTGACCG 296
Query 297 CGAGCGAATGCCCGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCTGCCAA 356
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TGAGCGAATGCCGGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCTGCCAA 356
Query 357 GGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCCATAATGGAAGCTGCACA 416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 357 GGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCTATAATGGAAGCTGCACA 416
Query 417 AGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCTCTTGTTGTATGGCAAACTGGTAG 476
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTTCCTCTTGTTGTATGGCAAACTGGTAG 476
Query 477 TGGGACGCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCCAATAGAGCAGCTGAGATTCT 536
||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TGGCACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTTATTGCTAATAGAGCAGCTGAGATTCT 536
Query 537 TGGTCACAAACGTGGTGAAAAAATTGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATCACAATC 596
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 537 TGGTCACAAACGTGGGGAAAAAATTGTGCACCCAAATGACCATGTGAATAGATCACAATC 596
Query 597 TTCTAATGACACTTTTCCAACTGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTACTTCGAG 656
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 597 TTCTAATGACACTTTTCCGACTGTCATGCACATTGCAGTTGCAACCGAGATTACTTCAAG 656
Query 657 GCTAATCCCTAGTTTGAAAAATTTGCATAGCTCTTTGGAATCTAAGTCCTTCGAGTTTAA 716
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 657 GCTGATCCCTAGTTTGAAAAATTTGCATAGCTCTTTGGAGTCTAAGTCCTTCGAGTTCAA 716
Query 717 AGATATAGTGAAAATCGGAAGAACTCATACTCAAGATGCTACACCTTTGACATTAGGACA 776
||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 717 AGACATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACGCTAGGACA 776
Query 777 AGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCT 836
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 777 AGAATTTGGCGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTTAGTAGAGTCGCATGTACTCT 836
Query 837 ACCCCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCTGTTGGGACCGGATTAAACACTAA 896
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ACCTCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACCGCTGTTGGGACCGGATTAAACACTAA 896
Query 897 GAAAGGGTTTGATGTAAAGATCGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGCCATTCGT 956
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 GAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCCGAAGAAACAAACTTGCCATTCGT 956
Query 957 CACCGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACAAGTGG 1016
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CACTGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTTTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACAAGTGG 1016
Query 1017 ATCTCTTAACACAATCGCCACATCATTGATGAAGATTGCCAATGATATACGTTTTCTTGG 1076
||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ATCTCTTAATACAATCGCCACATCGTTGATGAAAATCGCTAATGATATACGTTTTCTTGG 1076
Query 1077 AAGTGGTCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAG 1136
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1077 AAGTGGTCCAAGATGCGGTCTTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAAAATGAACCAGGAAGCAG 1136
Query 1137 TATTATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCA 1196
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TATCATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCATTGACTATGGTTTGTGCTCA 1196
Query 1197 AGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTTGAATTGAA 1256
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AGCTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAATTGGTGGGTCAAATGGTCATTTTGAATTGAA 1256
Query 1257 TGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACATTCCATTAGACTAATAGCAGATGC 1316
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1257 TGTATTCAAACCGGTGATCGCAAGCGCTCTGTTACATTCCATTAGATTAATAGCAGATGC 1316
Query 1317 TTCAGCTTCATTTGAGAAAAACTGTGTTAGAGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGGATCTC 1376
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1317 TTCAGCTTCATTTGACAAAAACTGTGTGAGAGGCAGTGAGGCTAACAGAGAGAGGATCTC 1376
Query 1377 AAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATTGGCTATGA 1436
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1377 AAAGCTATTGCATGAGTCCCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATCGGCTATGA 1436
Query 1437 CAATGCTGCAGCAGTAGCCAA-AAGAGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAAG 1488
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAA-AGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAAG 1488
> Ahg483931 jgi|Araly1|483931|fgenesh2_kg.4__2991__AT2G47510.1
Length=1734
Score = 1853 bits (1003), Expect = 0.0
Identities = 1217/1322 (92%), Gaps = 8/1322 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 172 AGATCTTATTCGACGCCGTTTAGGGAAGAGAGAGACACCTTTGGCCCGATCCAAGTTCCT 231
|||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 166 AGATCTTATTCGACATCGTTTAGGGAGGAGAGGGATACCTTCGGGCCGATCCAAGTTCCT 225
Query 232 TCCGATAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGT 291
||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 226 TCCGATAAATTGTGGGGAGCCCAGACGCAGAGGTCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGT 285
Query 292 GACCGCGAGCGAATGCCCGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCT 351
|| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 286 GAGCGCGAGCGAATGCCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGAGTCTTGAAGAAATGCGCT 345
Query 352 GCCAAGGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCCATAATGGAAGCT 411
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||| |||||
Sbjct 346 GCCAAGGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAACGATTGGGAAAGCTATTATGCAAGCT 405
Query 412 GCACAAGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCTCTTGTTGTATGGCAAACT 471
|| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 406 GCTCAGGAAGTAGCTGAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAGACT 465
Query 472 GGTAGTGGGACGCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCCAATAGAGCAGCTGAG 531
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 466 GGTAGTGGGACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAACAGAGCAGCTGAG 525
Query 532 ATTCTTGGTCACAAACGTGGTGAAAAAAT-TGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATC 590
|||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 526 ATTCTTGGTCGCAAACGTGGTG-AGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTCAATAGATC 584
Query 591 ACAATCTTCTAATGACACTTTTCCAACTGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAC 650
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 ACAATCTTCTAACGACACTTTTCCAACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAA 644
Query 651 TTCGAGGCTAATCCCTAGTTTGAAAAA-TTTGCATAGCTCTTTGGAATCTAAGTCCTTCG 709
||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TTCGAGGCTCATCCCTAGTTT-AAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCG 703
Query 710 AGTTTAAAGATATAGTGAAAATCGGAAGAACTCATACTCAAGATGCTACACCTTTGACAT 769
|||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 704 AGTTCAAAGATATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACCCAAGATGCTACACCTTTGACAC 763
Query 770 TAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCAT 829
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| | |
Sbjct 764 TAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAGGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCT 823
Query 830 GTACTCTACCCCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCTGTTGGGACCGGATTAA 889
| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 824 GCACTCTTCCTCGCCTCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAA 883
Query 890 ACACTAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATCGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGC 949
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 ACACTAAGAAAGGATTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGC 943
Query 950 CATTCGTCACCGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAA 1009
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 944 CATTTGTCACCGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACATGATGCTTGTGTTGAAA 1003
Query 1010 CAAGTGGATCTCTTAACACAATCGCCACATCATTGATGAAGATTGCCAATGATATACGTT 1069
| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1004 CCAGTGGGTCACTTAACACAATCGCCACATCGCTGATGAAAATCGCCAATGATATACGTT 1063
Query 1070 TTCTTGGAAGTGGTCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTT-TCTCTGCCTGAGAATGAACCA 1128
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||
Sbjct 1064 TTCTTGGAAGTGGCCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTGT-TCTACCTGAAAATGAGCCA 1122
Query 1129 GGAAGCAGTATTATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTT 1188
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 GGAAGCAGTATCATGCCTGGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTT 1182
Query 1189 TGTGCTCAAGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTT 1248
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1183 TGTGCTCAGGTTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTT 1242
Query 1249 GAATTGAATGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACATTCCATTAGACTAATA 1308
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | ||| |||||
Sbjct 1243 GAATTGAATGTATTCAAGCCGGTGATCGCAAGCGCTCTTTTGCATTCCGTCAGATTAATA 1302
Query 1309 GCAGATGCTTCAGCTTCATTTGAGAAAAACTGTGTTAGAGGCATTGAGGCCAACAGAGAA 1368
||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 GCAGATGCTTCAGCTTCGTTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAA 1362
Query 1369 AGGATCTCAAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATT 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1363 AGGATCTCAAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTCGTGACATCATTGAATCCGAAAATC 1422
Query 1429 GGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAA-AAGAGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAA 1487
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1423 GGCTATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAA-AGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAA 1481
Query 1488 GG 1489
||
Sbjct 1482 GG 1483
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61782377390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5