BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G51430.1
Length=2829
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495214 jgi|Araly1|495214|fgenesh2_kg.8__1030__AT5G51430.1 4444 0.0
> Ahg495214 jgi|Araly1|495214|fgenesh2_kg.8__1030__AT5G51430.1
Length=2727
Score = 4444 bits (2406), Expect = 0.0
Identities = 2619/2722 (96%), Gaps = 13/2722 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 GTGTATCTGCGAAATCAGAGGATCTTCTTCTCTTCAACATCATCATCGTCGAAGCTGAAG 78
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||
Sbjct 1 GTGTCTCTACGAAATCAGAGGATCTTCTTCTCTTCAA-A--ATCATCATCGAAGTTGAAG 57
Query 79 AGAATCTAAGGTAAATCGGGTGA--TCGGATCAAGGATGATGCTGGATCTAGGTCCATTC 136
||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 AGAATCTGAGGTAAATCGGGTGATCTCCGATCAAGGATGATGCTGGATCTAGGTCCATTC 117
Query 137 TCAGATGAGAAGTTCGATGCGAAGCGATGGGTTAACTCGTCGTGCCAGGCGCGTCACCCA 196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 118 TCAGATGAGAAGTTCGATGCGAAGCGATGGGTTAACTCGTCGTGCCAAGCGCGTCATCCG 177
Query 197 CAGGATTCACTCGAGAAACATCTTGTGGATCTGGAAATGAAGCTTCAGATTGCCTCCGAG 256
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CAGGATTCGCTCGAGAAACACCTTGTGGATCTGGAAATGAAGCTTCAGATTGCCTCCGAG 237
Query 257 GAGATCGGAGCTTCTCTTGAAGAGCAGAGCGGTGGTGCTCTCCTCCGTGTTCCTCGTGCC 316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 238 GAGATCGGAGCTTCTCTTGAAGAGCAGAGCGGTGGTGCTCTTCTCCGTGTTCCTCGTGCC 297
Query 317 ACACGAGACGTGTTGCGTCTCCGTGATGATGCTGTGTCTCTGCGTGGTTCTGTTGCTGGA 376
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 298 ACACGTGACGTGTTGCGTCTCCGTGATGATGCGGTGTCTCTACGTGGTTCTGTTGCTGGA 357
Query 377 ATCCTCCAGAAGCTCAAGAAGGCAGAGGGTTCTTCAGCAGATTGTATAGCTGCGCTTGCT 436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 358 ATCCTCCAGAAGCTCAAGAAGGCAGAGGGTTCTTCAGCTGATTGTATAGCTGCGCTTGCT 417
Query 437 AGAGTGGACAATGTCAAACAGAGAATGGAGGCTGCCTACAAAACACTACAGGATGCTGCA 496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AGAGTGGACAATGTCAAACAGAGAATGGAGGCTGCCTACAAAACACTACAGGATGCTGCT 477
Query 497 GGGTTAACTCAGTTAAGCTCGACGGTTGAGGATGTATTTGCTAGTGGCGATCTTCCTCGT 556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 478 GGGTTAACTCAGTTAAGCTCGACGGTTGAGGATGTATTTGCTAGTGGTGATCTTCCTCGT 537
Query 557 GCTGCAGAAACTCTTGCTAGCATGCGAAATTGCCTGTCTGCTGTTGGAGAGGTTGCAGAA 616
|| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GCGGCAGAAACTCTTGCCAGCATGAGAAATTGCTTGTCTGCTGTTGGAGAGGTTGCAGAA 597
Query 617 TTTGCTAATGTGAGAAAGCAACTAGAGGTATTGGAAGATAGGCTGGAGGCGATGGTGCAG 676
|||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 598 TTTGCTAACGTTAGAAAGCAACTAGAGGTCTTGGAAGATAGGCTGGAGGCCATGGTGCAG 657
Query 677 CCACGTCTTACTGATGCATTAACATATCACAAGGTTGATGTCGCCCAAGATTTGCGAGTA 736
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 658 CCACGTCTTACTGATGCATTAACATACCACAAGGTTGATGTCGCCCAAGATTTGCGAGGA 717
Query 737 ATTCTCATCCGGATTGGGAGATTCAAGTCTCTGGAGTTGCAATATTCAAAAGTCCGTCTA 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 ATTCTCATCCGGATTGGGAGATTCAAGTCTCTGGAGTTGCAATATTCAAAAGTCCGTCTA 777
Query 797 AAGCCGATTAAACAACTCTGGGAAGATTTTGACACAAAGCAAAGGGCAAACAAGCTTGCC 856
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AAGCCGATTAAACAACTATGGGAGGATTTTGACACAAAGCAAAGGGCAAACAAGCTTGCC 837
Query 857 AATGAGAGAAGTGAAAGTCAAAGGTTGTCTAGCGGCGATGAGTTTCAG-TCGACATCATC 915
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 838 AATGAGAGAAGTGAAAGTCAAAGGTTGTCTAGCGGCGATGAGTTTC-GATTGACATCATC 896
Query 916 TCAGACATCATTTGCCAGTTGGCTGACAAGCTTTTACGACGAGTTGCTACTCTATCTTGA 975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TCAGACATCATTTGCCAGTTGGCTGACAAGCTTTTATGACGAGTTGCTACTCTATCTTGA 956
Query 976 GCAAGAGTGGAAATGGTGTATGGTTGCCTTCCCTGATGACTACATGACTCTCGTCCCAAA 1035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GCAAGAGTGGAAATGGTGTATGGTTGCCTTCCCTGATGACTACATGACTCTCGTCCCAAA 1016
Query 1036 GCTGTTGGTTGAGACCATGGGAGTACTGGGGGCTAGTTTTGTTTCTCGTCTTAACCTTGC 1095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GCTGTTGGTTGAGACCATGGGAGTACTGGGGGCTAGTTTTGTTTCTCGTCTTAACCTTGC 1076
Query 1096 AACTGGAGATGCTGTTCCTGAAACAAAAGCACTCGCCAAAGGTGTGATGGATCTATTATC 1155
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 AACAGGAGATGCTGTTCCTGAAACAAAAGCACTCGCCAAAGGTGTGATGGATCTATTATC 1136
Query 1156 TGGAGACTTGCCCAAGGGTATTAATATTCAGACCAAGCATCTTGAGGCTCTGATTGAACT 1215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CGGAGACTTGCCCAAGGGTATTAATATTCAGACCAAGCATCTTGAGGCTCTGATTGAACT 1196
Query 1216 GCACAACGTAACTGGTTCCTTTGCAAGAAATATTCAGCACCTGTTTGCGGAATCTGAACT 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GCACAACGTAACTGGTTCCTTTGCAAGAAATATTCAGCACCTGTTTGCGGAATCTGAACT 1256
Query 1276 TAGGATCTTAATAGATACGCTGAAGGCCGTGTACTCACCCTTTGAATCGTTTAAGCAAAA 1335
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1257 TAGGGTATTAATAGATACGCTGAAGGCCGTGTACTCACCCTTTGAATCATTTAAGCAAAA 1316
Query 1336 GTATGGGAAGATGGAACGTGCTATTTTATCCTCTGAGATTGCAGTGGTGGATCTGAGAGG 1395
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GTATGGAAAGATGGAACGTGCTATTTTATCCTCTGAGATTGCAGTGGTGGATCTGAGAGG 1376
Query 1396 GGCTGTTACTCGTGGTGTTGGGGCTCAAGGAATTGAACTCAGTGAAACAGTGCGTAGGAT 1455
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1377 GGCTGTCACTCGTGGTGTTGGAGCTCAAGGAATTGAACTCAGCGAAACAGTGCGTAGGAT 1436
Query 1456 GGAAGAGTCTATTCCCCAAGTTGTTGTTCTTCTTGAAGCTGCAGTTGAAAGGTGTATTGG 1515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1437 GGAAGAGTCTATTCCCCAAGTTGTTGTTCTTCTTGAAGCTGCGGTTGAAAGGTGTATTGG 1496
Query 1516 CTTTACTGGAGGGTCAGAGGCAGACGAGCTGATACTTGCATTAGATGACATAATGTTGCA 1575
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CTTCACTGGCGGCTCAGAGGCAGACGAGCTGATACTTGCATTAGATGACATAATGTTGCA 1556
Query 1576 GTATATCTCTATGCTTCAAGAAACACTCAAATCTTTGAGAGTTGTGTGTGGAGTGGATGG 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GTATATCTCTATGCTTCAAGAAACACTCAAATCTTTGAGAGTTGTGTGTGGAGTGGATGG 1616
Query 1636 TACAGGTGATGGAGTTGGCTCAAAGAAAGATGCAAGTGCAGAGAAAAGGGAGAGCTCTCG 1695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TACAGGTGATGGAGTTGGCTCAAAGAAAGATGCAAGTGCAGAGAAAAGGGAGAGCTCTCG 1676
Query 1696 CAAGATGGATTTGACTTCAAATGAGGAATGGTCCATTGTTCAAGGAGCACTTCAAATTCT 1755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1677 CAAGATGGATTTGACTTCAAATGAGGAATGGTCCATTGTTCAGGGAGCACTACAAATTCT 1736
Query 1756 TACTGTAGCTGATTGTCTCACGAGCAGGTCTTCTGTCTTTGAAGCCTCTTTGAGAGCAAC 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1737 TACTGTAGCTGATTGTCTCACGAGCAGGTCTTCTGTCTTTGAAGCATCTTTGAGAGCCAC 1796
Query 1816 TCTAGCTAGACTAAACTCCAGCTTGTCTATTTCATTATTTGGCACAAATTTGGATCACAA 1875
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TCTAGCTAGACTAAACTCCAGCTTGTCTATCTCGTTATTTGGCACAAATTTGGATCACAA 1856
Query 1876 CCTATCACATTTGAAAAGTGAACAAACTGCTGGAGATTTGTCTATGGCTGGACGAGCTTC 1935
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1857 CCTATCACATTTGAAAAGTGAACAAACTGCTGGTGATTTGTCTATGGCTGGACGAGCCTC 1916
Query 1936 CATGGATGTGGCAGCTATTCGGTTGGTTGATGTTCCGGAGAAGGCTCACAAACTATTAAA 1995
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1917 CCTGGATGTGGCAGCTATTCGGTTGGTTGATGTTCCGGAGAAGGCTCACAAACTGTTAAA 1976
Query 1996 CCTATTGGAGCAGTCCAAAGATCCACGATTCCACGCACTGCCTTTGGCGTCTCAGAGAGT 2055
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCTGTTGGAGCAGTCTAAAGATCCACGGTTCCATGCACTGCCTTTGGCGTCTCAGAGAGT 2036
Query 2056 TGCTGCATTTGCCGACACAGTCAATGAACTTGTCTATGACGTCCTTATATCAAAAGTCAG 2115
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CGCTGCTTTTGCCGACACAGTCAATGAACTTGTCTATGACGTCCTTATATCAAAAGTCAG 2096
Query 2116 GCAACGTCTAGGGGAAGTATCTCGCCTACCAATCTGGTCTTCCGTCGAGGAACAAACTGC 2175
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2097 GCAACGTCTCGGGGAAGTATCTCGCCTACCAATCTGGTCTTCAGTCGAAGAACAAACTGC 2156
Query 2176 TTTTCCTCTACCAAATTTCAGCTCATACCCGCAGTCTTATGTTACAAGTGTTGGAGAATA 2235
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TTTTCCTCTACCAAACTTCAGCTCATACCCTCAGTCTTATGTTACAAGTGTTGGAGAATA 2216
Query 2236 TCTCCTTACTTTGCCGCAGCAGCTTGAGCCTCTAGCTGAAGGCATCTCAACCAACGGCGA 2295
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2217 TCTCCTTACTTTGCCTCAGCAGCTTGAACCTCTAGCTGAAGGAATCTCAACCAATGGAGA 2276
Query 2296 TTCAAACAACGAGGATGCACAATTCTTTGCAACCGAATGGATGTTCAAGGTAGCAGAAGG 2355
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TTCAAACAATGAGGATGCACAATTCTTTGCAACCGAGTGGATGTTCAAGGTAGCAGAAGG 2336
Query 2356 AGCAACCGCTCTGTACATGGACCAATTGAGAGGAATCCAATACATTTCAGACCGAGGAGC 2415
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CGCAACCGCTCTGTACATGGACCAACTGAGAGGTATCCAATACATTTCAGACCGAGGAGC 2396
Query 2416 ACAACAACTCTCTGTAGATATTGAGTACTTGAGCAATGTGCTTTCGGCTCTGTCCATGCC 2475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 ACAACAACTCTCTGTAGATATTGAGTACTTGAGCAATGTGCTTTCGGCTCTGTCCATGCC 2456
Query 2476 AATTCCGCCAGTTCTTGCAACTTTTCAGACGTGTTTGGCTACACCGAGAGGTGAGCTCAA 2535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2457 AATTCCGCCAGTTCTTGCAACTTTTCAGACGTGTTTGGCTACACCGAGAGATGAGCTCAA 2516
Query 2536 AGATGTGATGAAATCAGAAGCTGGTAATGAACTCGACTGCCCTACAGCTAATCTTGTTTG 2595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 AGATGTGATGAAATCAGAAGCTGGTAATGAACTCGATTTCCCTACAGCTAATCTTGTTTG 2576
Query 2596 TAAGATGCGTCGTATCAGTTTCGATTAGTCTCAAATCTACTTGGGTT-TCGATAAGACTT 2654
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || || ||||||
Sbjct 2577 TAAGATGCGTCGTATCAGTTTCGATTAGTCTCAAATGTACTTGGGGTGTCTATGAGACTT 2636
Query 2655 TGCTAACAAATCGGCTCGTCCATTGTCATATTGTATTAC--AGCATTGTCTAAtgtttta 2712
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||
Sbjct 2637 -GCTAACAAATCGGTTCGTCCATTGTCATATTGTATTACTCA-CATTGTGAAAT-TTTTG 2693
Query 2713 gttacgtagttttttcgtgttt 2734
|||||||||||| || |||||
Sbjct 2694 GTTACGTAGTTTCTTATTGTTT 2715
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106766956735
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5